genome.fa.s7823.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007823.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110160_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6287495

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2131202--2131239	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
2131376--2131419	18	2.4	19	88	3	63	29	13	25	31	1.94
2131439--2131543	19	5.4	19	91	2	165	32	7	20	39	1.81
2131529--2131657	20	6.4	20	82	10	165	17	14	24	43	1.87
2131555--2131682	40	3.2	40	80	12	181	18	15	22	42	1.88
2133546--2133773	102	2.2	103	85	3	305	35	12	12	39	1.82
2135473--2135508	15	2.4	15	100	0	72	50	8	16	25	1.73
2148370--2148421	21	2.5	21	93	0	86	11	19	28	40	1.86
2153318--2153362	23	2.0	23	82	8	56	24	8	6	60	1.51
2153328--2153377	23	2.2	22	89	10	75	28	4	6	62	1.37
2153345--2153431	22	4.5	19	70	20	56	32	1	1	65	1.07
2153375--2153399	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2153379--2153446	19	3.5	20	82	4	68	33	0	1	64	1.02
2153394--2153452	19	3.1	19	76	16	59	28	0	3	67	1.06
2158780--2158850	35	2.0	35	91	0	115	25	9	12	52	1.70
2166291--2166404	59	1.9	59	82	7	142	32	8	16	42	1.79
2167281--2168180	182	5.0	182	90	2	1366	34	12	9	43	1.74
2168032--2168056	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2168180--2168209	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
2168946--2169004	21	2.8	20	85	10	73	50	22	5	22	1.68
2172222--2172288	31	2.3	29	77	20	77	22	20	19	37	1.95
2172614--2172953	20	16.7	20	84	11	387	37	25	19	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2172552--2172981	20	21.2	20	78	11	330	39	23	19	17	1.92
2173077--2173103	6	4.5	6	100	0	54	33	51	14	0	1.43
2173600--2173632	6	5.5	6	100	0	66	0	15	51	33	1.43
2173735--2173914	20	8.8	20	74	15	145	17	18	25	38	1.93
2173728--2173872	40	3.6	40	85	5	193	17	19	23	40	1.91
2173777--2173914	62	2.2	62	100	0	276	17	19	24	38	1.93
2173732--2173918	40	4.6	40	78	9	173	17	19	24	39	1.92
2173930--2174006	20	3.9	20	80	8	95	16	18	20	44	1.87
2174215--2174248	18	1.9	18	94	5	61	44	0	2	52	1.16
2174519--2174588	23	3.0	24	83	8	99	18	20	34	27	1.96
2177190--2177217	11	2.5	11	100	0	56	17	7	0	75	1.03
2183818--2183867	26	1.9	26	95	0	91	32	6	16	46	1.71
2185066--2185113	21	2.3	21	86	10	64	41	0	12	45	1.42
2194595--2195236	322	2.0	320	89	1	982	31	10	19	39	1.84
2196534--2196630	34	2.8	34	85	4	133	20	15	17	46	1.84
2208547--2208714	83	2.0	83	100	0	336	25	23	21	29	1.99
2210685--2210828	60	2.4	60	90	2	218	40	14	9	35	1.78
2211585--2211651	27	2.5	27	78	11	66	44	2	0	52	1.16
2213721--2213800	39	2.0	41	85	4	110	25	13	12	48	1.77
2217604--2217633	15	2.0	15	100	0	60	13	20	46	20	1.83
2219315--2219345	14	2.2	14	100	0	62	35	0	0	64	0.94
2219311--2219347	17	2.1	17	90	5	56	37	0	0	62	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2227469--2227553	22	3.8	22	76	7	73	25	32	25	15	1.95
2229112--2229152	18	2.3	18	87	8	57	46	19	31	2	1.63
2232624--2232674	20	2.5	20	87	0	66	23	25	7	43	1.81
2232624--2232774	48	3.1	48	81	0	203	22	23	5	47	1.73
2232672--2232719	20	2.4	21	79	10	64	18	22	4	54	1.61
2232693--2232750	28	2.1	28	86	0	80	22	25	5	46	1.72
2232719--2232769	20	2.5	20	87	0	66	29	23	5	41	1.78
2232604--2232794	96	2.0	96	92	2	321	21	22	6	49	1.73
2232645--2232794	48	3.1	47	78	1	165	21	21	6	50	1.71
2232740--2232823	28	3.0	28	71	0	78	20	17	10	51	1.75
2234317--2234358	22	1.9	23	81	18	54	78	2	19	0	0.86
2234313--2234346	17	2.0	17	94	0	59	79	0	20	0	0.73
2234309--2234360	13	3.5	15	82	7	54	78	1	19	0	0.84
2234306--2234361	20	2.5	22	76	21	55	76	3	19	0	0.93
2234988--2235054	28	2.4	28	92	2	109	43	34	1	20	1.61
2236366--2236781	57	7.4	57	83	5	486	33	8	17	40	1.80
2236366--2236781	112	3.7	112	84	5	491	33	8	17	40	1.80
2240021--2240066	20	2.3	19	85	14	58	26	15	8	50	1.73
2254364--2254406	20	2.2	20	86	0	59	34	18	11	34	1.87
2274524--2274636	53	2.1	53	93	0	190	20	15	27	36	1.93
2279629--2280750	558	2.0	558	99	0	2210	28	20	16	34	1.94
2285158--2285216	31	2.0	29	83	6	73	35	16	1	45	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2285842--2285866	12	2.1	12	100	0	50	40	24	0	36	1.55
2306202--2306271	29	2.5	28	76	4	70	67	2	12	17	1.35
2306712--2306925	110	2.0	109	92	2	358	22	18	23	35	1.95
2307892--2307922	16	1.9	16	93	0	53	3	12	6	77	1.08
2307920--2307949	9	3.3	9	95	0	51	16	10	0	73	1.09
2318193--2318224	15	2.1	15	94	0	55	78	0	9	12	0.97
2318227--2318292	16	4.1	17	73	26	72	63	1	1	33	1.13
2319818--2319859	19	2.2	20	87	12	61	40	2	0	57	1.12
2321303--2321400	49	2.0	49	86	4	135	45	13	7	33	1.70
2329854--2329880	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2330863--2330910	15	2.9	16	77	17	53	12	22	8	56	1.63
2337092--2337147	23	2.6	22	86	8	80	33	23	14	28	1.94
2343957--2344017	20	3.0	19	76	11	59	26	21	11	40	1.87
2348882--2348920	4	10.2	4	89	10	64	23	0	25	51	1.49
2354815--2354862	23	2.1	23	85	14	64	58	2	0	39	1.10
2354813--2354853	19	2.0	22	86	13	61	56	2	0	41	1.13
2360055--2360154	25	4.0	25	93	0	164	28	16	22	34	1.95
2360233--2360274	3	14.3	3	80	5	50	69	2	2	26	1.13
2360448--2360601	43	3.5	43	75	8	157	25	19	29	24	1.98
2360475--2360681	43	4.5	45	70	14	138	25	20	29	24	1.99
2361610--2361672	11	5.9	11	74	5	58	6	11	0	82	0.83
2372973--2373012	22	1.9	22	85	10	57	62	2	5	30	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2375254--2375353	25	4.0	25	93	0	164	28	16	22	34	1.95
2375432--2375473	3	14.3	3	80	5	50	69	2	2	26	1.13
2376168--2376265	44	2.3	42	87	7	142	69	5	6	19	1.29
2376175--2376264	43	2.0	45	91	4	148	70	5	6	17	1.30
2376203--2376275	22	3.4	22	69	16	62	68	4	6	20	1.30
2377948--2379466	106	14.4	106	93	2	2321	22	18	25	33	1.96
2383162--2383272	45	2.6	41	80	11	107	71	6	7	15	1.29
2383180--2383272	45	2.0	46	89	2	143	70	6	6	16	1.29
2383194--2383290	45	2.1	45	87	9	135	69	3	7	20	1.27
2385470--2385695	117	1.9	117	85	4	312	29	10	3	55	1.52
2391029--2391138	44	2.5	44	82	8	132	68	3	7	20	1.30
2393900--2393964	34	1.9	34	90	0	103	13	23	23	40	1.90
2395614--2395667	28	1.9	28	81	7	65	51	5	7	35	1.53
2396913--2397023	40	2.8	41	86	6	142	39	26	16	18	1.91
2396938--2397023	20	4.3	20	79	4	95	39	26	16	17	1.90
2396998--2397085	20	4.4	20	88	4	124	42	19	19	19	1.90
2397439--2397536	20	4.9	20	84	2	99	18	18	16	46	1.84
2397438--2397523	40	2.2	40	84	0	118	18	16	16	48	1.81
2402478--2402631	75	2.1	74	98	1	299	42	10	24	22	1.85
2403356--2403431	24	3.2	24	72	7	75	23	22	22	31	1.98
2409538--2409585	20	2.4	21	75	10	55	31	14	31	22	1.94
2411151--2411183	17	1.9	17	93	0	57	45	15	12	27	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2413125--2413165	18	2.3	18	87	4	57	51	2	0	46	1.14
2417580--2417625	22	2.0	23	83	4	58	36	13	19	30	1.90
2418369--2418479	20	5.5	20	91	1	159	43	17	21	18	1.88
2418829--2418985	20	7.8	21	85	5	155	20	17	19	42	1.89
2418891--2418997	20	5.3	20	81	10	114	17	15	25	41	1.89
2419268--2419364	20	4.8	20	84	2	106	18	17	21	42	1.89
2419289--2419375	40	2.2	40	93	0	147	17	16	25	41	1.89
2419288--2419375	20	4.4	20	83	8	108	17	17	25	40	1.90
2419425--2419472	20	2.4	20	85	0	60	25	10	35	29	1.89
2420945--2421033	30	2.9	30	78	6	90	21	13	8	56	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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