genome.fa.s7823.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007823.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110160_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6287495

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

This is table  2  of  33  ( 3920 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144955--145187	124	1.9	124	87	3	344	25	15	25	34	1.94
145275--145721	110	3.9	111	76	12	461	25	17	23	34	1.96
145431--145850	130	3.4	127	74	14	426	26	17	22	33	1.96
145320--145858	240	2.2	240	90	0	844	25	17	23	33	1.96
146900--147115	95	2.2	98	87	4	305	31	18	18	31	1.94
147936--148011	37	2.1	37	100	0	152	35	7	25	31	1.84
149849--149901	10	5.1	11	77	22	53	69	0	1	28	0.99
149920--149955	8	4.9	8	80	19	51	77	8	0	13	0.98
149928--149956	13	2.2	13	100	0	58	79	6	0	13	0.93
149916--149955	21	1.9	21	100	0	80	77	7	0	15	0.98
149965--150004	14	2.6	15	88	11	55	80	0	5	15	0.88
149965--150004	16	2.5	15	88	8	53	80	0	5	15	0.88
150050--150102	3	17.7	3	100	0	106	67	0	0	32	0.91
159236--159279	22	2.0	21	86	4	61	18	6	4	70	1.27
160682--160722	21	2.0	21	100	0	82	39	29	24	7	1.82
165930--165958	15	1.9	15	100	0	58	24	13	0	62	1.32
165933--165965	5	6.6	5	86	13	50	24	15	0	60	1.35
165933--165985	24	2.2	25	89	3	81	24	11	0	64	1.26
172973--173010	16	2.4	16	90	0	58	39	23	18	18	1.92
178046--178106	26	2.3	26	83	13	72	60	8	0	31	1.26
181373--181407	5	6.6	5	90	9	52	20	0	2	77	0.90
182549--182600	22	2.4	22	100	0	104	44	13	0	42	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182549--182609	11	5.5	12	72	14	51	42	11	0	45	1.40
187102--187158	30	1.9	30	92	0	96	29	12	22	35	1.91
187197--187244	9	5.4	8	85	14	51	2	22	0	75	0.91
187197--187244	4	10.8	4	81	16	51	2	22	0	75	0.91
187185--187262	5	15.8	5	79	11	65	2	20	1	75	0.99
187198--187262	17	3.9	18	78	15	68	1	23	1	73	1.00
195373--195511	66	2.1	67	90	2	219	37	15	15	31	1.89
200904--200961	27	2.1	27	96	0	107	18	18	22	39	1.92
204448--204478	15	2.1	15	100	0	62	45	6	25	22	1.76
207801--207914	38	3.0	37	71	14	97	46	6	9	37	1.62
208064--208101	20	1.9	19	89	5	58	44	13	2	39	1.57
209795--209828	17	2.0	17	100	0	68	47	0	0	52	1.00
214372--214400	12	2.3	13	94	5	51	82	6	10	0	0.83
222894--222943	3	16.3	3	76	19	50	64	4	0	32	1.12
222894--222961	34	2.0	34	85	5	93	61	4	0	33	1.16
223812--223844	17	1.9	17	88	11	50	66	0	0	33	0.92
224796--224835	18	2.2	18	86	0	53	50	2	0	47	1.14
225092--225148	16	3.4	17	75	22	57	40	3	0	56	1.17
238841--238949	34	3.2	33	83	3	146	26	17	11	44	1.83
239041--239067	14	1.9	14	100	0	54	7	22	11	59	1.56
239007--239140	65	2.1	65	87	2	189	20	20	13	46	1.83
241392--241452	12	4.9	12	76	11	52	75	0	3	21	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241392--241453	26	2.5	25	82	10	65	74	0	3	22	0.96
241846--241895	25	2.0	25	100	0	100	28	12	16	44	1.83
242700--242743	20	2.3	19	85	11	63	25	22	9	43	1.82
242706--242743	20	1.9	20	94	0	67	26	21	10	42	1.85
245285--245456	66	2.7	63	83	8	197	29	0	13	56	1.38
250630--251399	385	2.0	387	98	0	1499	48	9	14	27	1.74
252056--253002	471	2.0	472	98	1	1828	39	18	10	30	1.85
254113--254178	5	13.2	5	81	12	55	72	1	7	18	1.15
254113--254178	11	6.6	10	79	11	55	72	1	7	18	1.15
254116--254172	14	3.9	15	77	9	55	71	1	8	17	1.19
254113--254167	19	2.8	19	77	2	65	70	0	9	20	1.13
254994--255053	20	2.9	21	85	7	86	31	23	25	20	1.98
256430--256639	103	2.0	103	96	0	384	26	12	24	36	1.91
256658--256726	23	3.0	23	76	0	66	23	21	26	28	1.99
260338--260382	22	2.0	22	91	4	72	28	33	26	11	1.91
261683--261895	103	2.1	103	98	0	408	25	13	23	36	1.92
261912--261979	23	3.0	23	84	0	82	20	25	26	27	1.99
271699--274511	431	6.6	429	89	3	4232	31	19	15	33	1.93
271683--274515	215	13.3	215	89	3	4231	31	19	15	33	1.93
272718--272818	42	2.4	41	77	6	105	30	22	21	24	1.99
273149--273249	42	2.4	42	82	6	134	32	22	20	23	1.98
274215--274315	42	2.4	41	81	3	130	29	22	23	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281568--281600	16	2.0	17	94	5	59	39	24	12	24	1.89
282045--282494	236	1.9	237	95	0	812	29	17	15	37	1.91
283863--283995	42	3.2	42	88	2	187	17	16	20	45	1.85
284192--284254	23	2.6	24	78	19	60	50	1	0	47	1.10
284226--284272	22	2.1	23	88	4	69	44	2	0	53	1.12
284315--284360	21	2.2	20	84	3	56	47	0	0	52	1.00
284440--284484	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
284587--284637	27	1.9	27	84	11	70	54	0	0	45	0.99
284789--284822	14	2.4	14	90	0	50	32	14	14	38	1.87
286127--286190	2	32.5	2	96	3	121	50	0	0	50	1.00
287537--287581	15	2.9	16	86	6	74	35	0	0	64	0.94
291349--291959	142	4.3	143	83	4	777	36	16	12	34	1.87
291662--291739	32	2.4	33	81	10	90	34	16	8	39	1.80
292624--292712	35	2.6	34	76	5	97	24	11	14	49	1.76
296137--296502	176	2.1	177	91	3	594	44	8	4	42	1.53
303940--304244	148	2.1	148	98	0	592	38	4	21	35	1.74
311435--311480	20	2.3	20	92	0	83	32	21	15	30	1.94
312215--312269	25	2.2	25	90	0	83	25	9	20	45	1.80
313732--313778	24	2.0	24	86	0	67	46	0	6	46	1.28
315622--315679	21	2.6	22	78	8	64	22	22	27	27	1.99
315643--315689	21	2.2	22	84	3	60	19	17	29	34	1.94
315661--315717	22	2.5	23	83	13	66	14	22	26	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
323015--323050	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
324296--324338	17	2.5	18	74	14	54	44	9	0	46	1.35
326482--326588	55	1.9	55	96	0	196	25	6	4	63	1.38
332804--333279	182	2.6	182	87	2	652	41	14	16	27	1.87
335053--335112	24	2.8	22	76	23	65	48	0	5	46	1.24
335384--335416	15	2.2	15	89	10	50	15	3	63	18	1.43
335499--335542	21	2.1	21	86	0	61	40	6	31	20	1.79
335577--335642	33	2.0	33	90	0	105	31	0	45	22	1.53
335801--335839	18	2.3	17	86	8	53	66	2	15	15	1.36
336875--336918	17	2.7	16	74	19	54	31	9	9	50	1.65
337427--337473	19	2.5	19	96	0	85	34	0	8	57	1.29
337760--338855	200	5.6	201	89	6	1681	36	14	17	31	1.90
338133--338855	201	3.8	180	84	12	887	36	15	17	30	1.90
338312--338855	201	2.7	201	93	2	889	36	14	17	31	1.90
340306--340341	18	2.0	18	88	0	54	47	11	22	19	1.80
341802--341911	51	2.1	53	82	12	140	37	17	20	25	1.94
344747--345451	200	3.5	197	82	8	766	39	14	16	29	1.88
345557--345621	23	2.8	23	95	0	121	35	20	9	35	1.84
349373--349401	13	2.2	13	100	0	58	31	27	24	17	1.97
351430--351461	11	2.9	11	95	0	55	56	0	6	37	1.25
353081--353151	3	23.7	3	88	5	108	67	1	0	30	0.99
353482--353537	17	3.2	17	74	18	60	21	21	7	50	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
353465--354259	116	7.0	116	83	5	979	30	17	12	38	1.88
353465--354256	229	3.5	229	93	1	1292	30	18	12	38	1.88
354982--355445	83	5.6	83	94	0	777	36	22	14	26	1.92
356596--356640	16	2.9	15	87	12	65	0	15	0	84	0.62
356596--356639	15	2.9	14	90	10	61	0	15	0	84	0.63
363954--363985	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
367207--367231	11	2.3	11	100	0	50	60	0	8	32	1.26
368854--368921	3	22.7	3	85	5	93	66	1	1	30	1.10
369330--369374	21	2.2	21	88	4	65	48	4	4	42	1.43
376534--376578	18	2.5	18	96	0	81	44	15	6	33	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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