genome.fa.s7823.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007823.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110160_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6287495

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2605797--2605888	17	5.7	16	74	17	66	41	2	0	56	1.11
2605802--2605890	20	4.1	22	76	15	78	41	2	0	56	1.12
2613657--2613965	113	2.7	113	90	2	478	29	22	16	32	1.96
2613884--2614017	48	2.8	48	95	0	241	29	20	17	32	1.95
2613784--2614106	161	2.0	161	93	0	556	27	23	16	33	1.95
2614384--2614412	12	2.4	12	100	0	58	48	6	0	44	1.29
2616303--2616336	18	1.9	17	88	5	50	32	0	0	67	0.91
2618741--2618765	12	2.1	12	100	0	50	40	24	16	20	1.91
2627081--2627140	3	19.7	3	96	3	111	0	31	1	66	1.01
2631882--2632186	105	2.9	106	90	2	458	20	20	26	33	1.97
2633253--2633298	7	6.7	7	83	11	51	0	19	2	78	0.86
2633281--2633388	56	1.9	56	88	3	164	13	22	11	52	1.72
2639777--2640117	170	2.0	171	97	0	639	25	23	23	27	2.00
2648813--2648881	36	1.9	35	88	2	102	31	4	14	49	1.63
2652351--2652386	16	2.1	18	90	10	58	36	13	22	27	1.92
2654060--2654088	15	2.0	15	93	6	51	24	6	13	55	1.63
2656248--2656851	63	9.6	63	93	0	976	32	18	17	31	1.94
2660584--2660678	31	3.1	31	78	0	100	34	16	29	18	1.94
2661160--2661204	2	23.0	2	95	4	83	48	0	0	51	1.00
2661755--2661793	17	2.2	18	90	4	62	25	12	2	58	1.47
2663835--2663889	26	2.1	26	83	6	67	41	29	9	20	1.82
2667839--2667927	29	3.0	28	71	12	79	33	12	10	43	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2668561--2668594	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2668916--2669046	41	3.1	41	66	21	99	41	7	6	44	1.58
2668887--2669048	85	1.9	86	89	1	254	40	9	5	44	1.60
2680544--2680617	37	2.0	36	84	7	96	50	4	0	45	1.20
2681852--2681896	21	2.1	22	84	12	58	51	20	4	24	1.66
2682167--2682604	43	10.2	43	84	2	474	33	21	21	23	1.97
2685213--2685717	41	12.3	41	82	5	436	33	19	18	28	1.96
2685213--2685640	166	2.6	164	80	4	450	34	19	18	27	1.95
2686548--2686605	22	2.7	21	83	2	62	37	1	3	56	1.26
2686574--2686641	21	3.2	21	78	12	75	45	0	5	48	1.26
2686570--2686627	23	2.5	24	86	11	84	48	0	1	50	1.11
2686570--2686627	24	2.4	25	88	8	84	48	0	1	50	1.11
2686616--2686665	19	2.6	19	77	3	55	44	4	8	44	1.52
2686669--2686752	19	4.4	18	77	10	69	41	2	4	51	1.36
2686585--2686727	65	2.3	62	79	12	159	42	2	4	49	1.38
2686686--2686733	16	2.8	17	79	20	55	41	0	6	52	1.27
2686699--2686775	39	2.0	40	87	7	113	41	0	6	51	1.27
2686671--2686766	19	5.0	19	70	17	65	40	2	6	51	1.39
2686768--2686807	20	2.0	20	85	5	53	15	2	0	82	0.77
2688085--2688112	13	2.2	13	100	0	56	14	0	7	78	0.95
2688514--2688562	21	2.3	23	80	20	61	26	4	4	65	1.29
2691435--2691484	22	2.3	22	78	0	55	40	4	22	34	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2692253--2692303	20	2.5	20	93	0	84	25	27	23	23	2.00
2699123--2699270	41	3.6	40	77	4	136	39	17	23	19	1.92
2699372--2699919	199	2.7	200	81	5	579	35	19	17	28	1.94
2700559--2700603	16	2.8	16	86	0	54	35	2	15	46	1.58
2700603--2700645	19	2.3	18	88	4	59	48	2	2	46	1.27
2701674--2702025	38	9.7	37	78	14	299	42	2	7	48	1.43
2701992--2702111	63	1.9	63	88	6	181	44	3	7	45	1.48
2702042--2702087	23	2.0	22	87	12	65	45	0	6	47	1.28
2702054--2702167	36	3.1	35	84	5	129	46	1	3	48	1.29
2702169--2702228	3	19.7	3	75	21	54	28	1	0	70	0.97
2702162--2702224	17	3.3	18	82	14	74	26	1	0	71	0.95
2702162--2702230	30	2.3	31	87	7	99	26	1	0	72	0.93
2702162--2702228	20	3.5	19	80	15	77	26	1	0	71	0.94
2703559--2703601	22	1.9	23	86	13	63	32	0	0	67	0.91
2703559--2703602	18	2.4	18	82	17	56	31	0	0	68	0.90
2704409--2704451	18	2.4	18	84	7	52	23	6	0	69	1.12
2704421--2704475	25	2.2	26	83	3	67	23	5	1	69	1.19
2704921--2705022	40	2.5	42	80	4	127	46	0	3	50	1.20
2705204--2705292	31	3.0	30	77	6	92	32	3	12	51	1.56
2706472--2706511	21	2.0	20	85	5	53	35	17	0	47	1.48
2706525--2706554	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2706843--2706881	17	2.4	17	95	4	71	51	5	0	43	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2713058--2713125	20	3.3	20	72	11	75	27	17	17	36	1.93
2714554--2714626	33	2.2	33	95	0	128	54	0	10	34	1.35
2714587--2714712	56	2.2	57	92	2	211	53	5	9	30	1.56
2714612--2714710	29	3.5	28	70	10	85	55	7	7	30	1.53
2714898--2714974	31	2.5	30	82	4	91	24	10	15	49	1.76
2715804--2716171	182	2.0	184	98	1	722	35	8	17	38	1.81
2717731--2717821	19	4.4	20	74	17	96	36	5	27	30	1.80
2718125--2718160	18	2.0	18	100	0	72	0	22	55	22	1.44
2719248--2719320	29	2.5	30	93	2	121	32	16	32	17	1.93
2719408--2719490	37	2.3	37	85	6	107	53	0	0	46	1.00
2730114--2730153	20	2.0	20	95	0	71	35	22	22	20	1.96
2730156--2730215	19	3.2	19	83	4	77	30	18	33	18	1.95
2734586--2734613	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
2736617--2736677	18	3.5	17	71	15	54	32	1	4	60	1.28
2739104--2739181	31	2.5	31	100	0	156	16	17	20	44	1.86
2740014--2740071	28	2.2	26	87	9	82	36	13	8	41	1.76
2740276--2740400	43	2.9	42	80	4	142	32	17	19	30	1.95
2743045--2743100	29	1.9	29	92	0	94	32	10	7	50	1.64
2748520--2748562	18	2.5	17	85	7	61	67	2	4	25	1.22
2749714--2750163	105	4.3	105	92	2	696	21	18	27	32	1.96
2750731--2751221	65	7.2	66	74	13	262	38	11	19	29	1.87
2750899--2751161	36	7.4	36	79	10	274	40	13	18	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2750848--2751227	138	2.8	137	85	1	492	40	12	18	28	1.87
2750935--2751119	102	1.8	102	91	2	309	41	14	16	28	1.87
2752128--2752171	22	2.0	22	91	8	72	27	11	22	38	1.88
2752770--2752808	12	3.2	12	82	7	51	0	7	5	87	0.68
2752759--2752822	22	3.0	22	78	15	71	1	15	6	76	1.06
2753994--2754032	8	5.0	8	84	6	53	58	12	17	10	1.61
2753994--2754032	15	2.5	15	87	4	51	58	12	17	10	1.61
2757155--2757197	18	2.5	17	85	7	61	67	2	4	25	1.22
2760667--2760691	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2761929--2762339	116	3.5	116	83	3	504	35	16	21	26	1.94
2762328--2762622	44	6.7	43	77	9	186	32	21	13	32	1.92
2762328--2762622	88	3.4	87	83	4	333	32	21	13	32	1.92
2762374--2762612	132	1.8	132	90	0	388	30	22	14	32	1.94
2762827--2762972	74	2.0	75	83	4	188	37	10	26	25	1.88
2764269--2764338	30	2.2	32	80	5	81	21	8	4	65	1.37
2764291--2764345	27	2.1	26	86	3	74	16	7	5	70	1.28
2764386--2764438	15	3.6	15	84	5	72	24	9	5	60	1.49
2764386--2764434	14	3.4	14	83	8	62	24	10	6	59	1.53
2764386--2764462	29	2.6	30	82	12	88	23	11	7	57	1.60
2771951--2771999	19	2.5	20	83	3	64	51	6	14	28	1.66
2773025--2773065	21	2.0	21	85	0	55	29	7	9	53	1.60
2773374--2773413	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2773630--2773716	34	2.6	34	100	0	174	31	12	22	33	1.92
2775074--2775121	19	2.5	19	86	3	60	31	12	27	29	1.93
2775801--2775879	23	3.5	23	77	3	79	21	18	22	36	1.95
2775771--2775843	22	3.3	22	69	3	65	24	17	23	34	1.96
2775781--2775851	22	3.2	22	74	4	70	25	18	21	35	1.95
2775771--2775877	45	2.4	45	85	3	144	22	19	23	34	1.96
2779942--2779975	16	2.1	17	88	5	52	55	5	0	38	1.24
2780428--2780468	3	14.3	3	80	19	52	65	0	2	31	1.05
2780428--2780468	14	2.9	15	92	7	68	65	0	2	31	1.05
2782119--2782253	21	6.4	21	95	1	243	20	26	23	29	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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