genome.fa.s7823.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007823.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110160_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6287495

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2424922--2424968	14	3.3	15	91	8	80	76	6	17	0	0.98
2424928--2424996	18	3.4	22	71	22	53	78	5	14	1	1.01
2424918--2424997	24	3.2	25	76	18	69	76	6	13	3	1.12
2426450--2426521	30	2.4	29	86	6	99	33	12	12	41	1.80
2426626--2426729	40	2.5	40	78	6	120	22	36	20	21	1.95
2427020--2427065	3	15.7	3	95	4	85	34	0	0	65	0.93
2428264--2428397	30	4.4	30	77	4	126	19	13	8	58	1.61
2428273--2428426	60	2.6	60	77	5	159	18	12	9	59	1.60
2429983--2430077	21	4.7	20	75	10	77	36	23	18	21	1.95
2429966--2430058	21	4.7	20	73	6	73	34	24	17	23	1.96
2430045--2430229	20	9.6	20	79	8	197	34	26	19	19	1.96
2430045--2430229	59	3.2	59	79	7	195	34	26	19	19	1.96
2430045--2430227	39	4.8	38	77	12	162	34	26	19	19	1.95
2430603--2430673	33	2.2	33	89	0	106	12	22	16	47	1.80
2430754--2430863	21	5.8	20	74	17	108	45	18	24	11	1.83
2430747--2430863	41	3.1	38	81	14	145	46	17	25	11	1.81
2430814--2430870	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
2430806--2430874	33	2.1	33	100	0	138	46	20	24	8	1.79
2430881--2430964	19	4.7	19	80	14	106	10	22	22	44	1.84
2430881--2430986	52	2.0	52	96	0	194	10	23	20	45	1.82
2432594--2433053	91	5.1	91	95	3	815	21	13	19	45	1.84
2433117--2433228	19	6.5	18	74	19	114	47	28	16	7	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2433137--2433228	33	2.8	32	91	6	150	46	28	17	7	1.75
2433229--2433283	14	3.6	14	76	21	56	10	20	21	47	1.80
2433224--2433302	33	2.4	33	95	0	140	11	21	21	45	1.83
2433235--2433323	19	5.1	17	77	18	78	8	19	22	49	1.76
2433274--2433339	19	3.4	19	87	6	89	10	16	27	45	1.80
2434664--2434962	156	1.9	151	96	3	553	29	19	27	23	1.98
2435394--2435429	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2435528--2435614	19	4.8	19	82	15	121	48	16	21	13	1.80
2435528--2435632	53	2.0	53	98	1	203	45	17	23	13	1.83
2435639--2435929	33	8.5	33	72	18	220	13	22	17	46	1.83
2435661--2435929	19	15.4	19	75	18	273	13	21	17	46	1.82
2435639--2435901	52	5.0	52	96	0	490	13	23	16	46	1.83
2438198--2438222	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2439117--2439346	20	11.5	20	83	1	219	20	18	24	36	1.94
2439333--2439415	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
2439313--2439411	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
2439826--2440299	180	2.6	181	86	4	641	41	13	16	28	1.86
2440220--2440265	20	2.3	19	78	10	56	52	8	17	21	1.71
2442488--2442529	21	2.0	21	85	0	57	42	11	28	16	1.84
2442563--2442628	33	2.0	33	84	0	87	33	0	42	24	1.55
2443136--2443688	197	2.8	197	89	2	831	38	13	15	31	1.87
2446381--2446950	198	2.9	195	84	6	686	38	14	16	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2447048--2447112	23	2.8	23	97	0	121	36	21	7	33	1.82
2451686--2451726	22	1.9	21	85	5	55	58	12	9	19	1.61
2452590--2452650	23	2.7	23	70	10	61	36	3	8	52	1.48
2452638--2452700	26	2.5	24	82	10	72	34	1	14	49	1.53
2452646--2452727	26	3.3	26	73	21	70	36	2	13	47	1.56
2452705--2452833	16	8.4	15	74	19	67	42	1	6	49	1.37
2452709--2452787	21	3.9	21	76	15	85	44	2	5	48	1.38
2452724--2452833	28	3.9	28	69	21	79	42	0	6	50	1.34
2452734--2452797	21	3.2	19	78	6	58	42	1	9	46	1.45
2452796--2452833	5	7.6	5	87	0	58	42	0	2	55	1.14
2455691--2455743	21	2.4	21	81	12	54	33	7	7	50	1.59
2470451--2470493	20	2.1	21	83	12	54	53	0	0	46	1.00
2471244--2471328	27	3.2	26	85	6	107	45	21	17	15	1.85
2472509--2472535	13	2.1	13	100	0	54	37	22	0	40	1.54
2478750--2478807	28	2.1	28	83	0	71	36	12	15	36	1.85
2479607--2479643	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2479675--2479780	39	2.7	39	81	12	128	37	17	0	43	1.56
2479922--2479968	2	24.0	2	91	4	78	53	0	0	46	1.00
2485014--2485067	20	2.6	21	94	5	92	68	16	5	9	1.35
2495938--2496254	160	2.0	157	96	3	591	33	14	9	42	1.78
2509524--2509568	20	2.3	19	82	14	56	75	0	11	13	1.05
2522084--2522134	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2522311--2522344	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2523327--2523373	21	2.2	21	88	0	67	23	40	17	19	1.91
2524290--2524472	92	2.0	92	95	1	332	26	24	16	32	1.96
2527794--2527845	19	2.5	20	74	25	54	57	3	3	34	1.35
2528840--2528945	20	5.4	19	82	7	106	39	25	13	21	1.90
2528816--2528925	39	2.8	41	81	9	131	40	25	13	20	1.89
2528816--2528945	20	6.6	20	77	13	94	40	24	13	21	1.90
2531163--2531200	20	1.9	20	84	10	51	76	0	15	7	1.01
2537603--2537638	19	1.9	18	88	5	54	61	8	11	19	1.54
2538132--2538176	20	2.3	21	85	14	69	6	13	42	37	1.70
2542926--2542985	23	2.5	23	81	5	66	33	11	11	43	1.77
2543166--2543226	29	2.1	29	82	11	72	27	1	3	67	1.16
2543193--2543251	16	3.6	16	78	17	59	27	0	5	67	1.11
2550908--2550956	12	4.0	12	82	12	64	42	0	0	57	0.99
2550904--2550950	24	2.0	24	95	0	85	44	0	0	55	0.99
2550908--2550951	6	7.3	6	80	10	54	45	0	0	54	0.99
2550854--2551006	60	2.5	60	85	8	186	40	0	2	56	1.18
2551016--2551061	18	2.5	19	75	17	51	39	0	0	60	0.97
2551997--2552042	20	2.4	18	82	7	56	73	0	8	17	1.07
2552120--2552174	22	2.5	22	88	11	78	69	0	3	27	1.05
2552356--2552396	20	2.0	20	90	9	66	63	0	0	36	0.95
2552862--2552963	37	2.8	37	89	0	141	30	14	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2553708--2554779	106	10.2	106	90	2	1601	23	18	25	33	1.97
2553708--2554779	419	2.6	421	90	2	1660	23	18	25	33	1.97
2555713--2555765	21	2.5	22	87	9	83	22	11	28	37	1.89
2556355--2556398	20	2.2	19	84	8	52	2	11	9	77	1.08
2560952--2561015	21	3.0	20	74	17	58	75	1	7	15	1.11
2561259--2561294	18	1.9	19	88	5	56	69	0	5	25	1.10
2561299--2561331	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2561288--2561360	20	3.5	22	76	9	66	63	0	4	32	1.14
2566576--2566607	14	2.3	14	100	0	64	40	0	53	6	1.26
2566576--2566616	14	2.9	14	92	0	55	43	0	46	9	1.36
2576897--2576981	41	2.0	42	97	2	163	41	9	16	32	1.80
2577449--2577484	16	2.2	16	95	0	63	38	22	27	11	1.88
2584888--2584964	32	2.4	32	82	6	93	37	0	1	61	1.05
2584855--2584959	34	3.1	34	80	12	94	34	0	3	61	1.14
2585102--2585155	17	3.2	17	72	0	54	31	0	3	64	1.11
2586686--2586733	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
2586737--2586830	21	4.5	21	89	5	136	18	32	27	21	1.96
2587249--2587347	32	3.0	34	83	5	139	53	4	3	39	1.35
2587250--2587354	34	3.2	33	83	6	140	54	4	2	38	1.36
2587745--2588196	128	3.6	128	91	4	733	34	19	23	22	1.96
2588900--2589096	75	2.6	75	83	3	234	21	24	30	22	1.99
2591663--2591702	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2591661--2591744	20	4.1	20	71	13	62	15	26	35	22	1.94
2597475--2597676	76	2.6	77	84	5	257	20	24	32	22	1.98
2598020--2598060	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
2602770--2602834	3	21.7	3	78	6	51	27	3	4	64	1.28
2602772--2602834	18	3.7	17	79	12	60	26	3	4	65	1.28
2603677--2603715	2	19.5	2	94	0	69	0	48	0	51	1.00
2604280--2604367	30	3.0	29	83	5	113	18	15	9	56	1.65
2605790--2605878	14	6.0	15	75	18	71	42	2	0	55	1.12
2605797--2605875	20	4.0	20	86	0	104	41	2	0	55	1.13
2605797--2605890	3	32.7	3	78	8	88	41	2	0	56	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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