genome.fa.s7832.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007832.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110174_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4020056

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2124310--2124366	24	2.4	23	77	16	62	35	17	1	45	1.59
2124784--2124836	21	2.5	21	78	6	63	22	26	16	33	1.96
2124826--2124919	21	4.5	21	89	1	127	40	17	21	21	1.91
2124912--2124961	20	2.5	20	83	0	64	34	26	16	24	1.95
2125148--2125191	22	2.0	22	90	0	70	22	45	13	18	1.84
2125454--2125512	20	3.0	20	87	0	73	15	18	22	44	1.87
2126776--2126830	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
2127791--2127856	18	3.7	18	91	0	96	27	42	12	18	1.85
2128391--2128457	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
2128446--2128504	14	3.9	14	76	20	64	49	23	16	10	1.77
2128430--2128517	33	2.7	33	98	0	167	47	21	18	12	1.81
2128430--2128517	19	5.2	18	69	25	75	47	21	18	12	1.81
2128566--2128638	20	3.7	20	90	0	119	16	26	23	34	1.95
2128626--2128664	20	2.0	20	94	0	69	25	12	28	33	1.93
2128573--2128658	40	2.2	40	84	0	109	18	22	25	33	1.96
2129007--2129080	21	3.7	20	73	8	69	24	40	14	20	1.90
2129003--2129092	40	2.2	42	86	4	130	22	40	15	22	1.91
2130647--2130725	33	2.4	34	80	2	88	39	21	21	17	1.93
2130744--2130819	20	3.8	20	91	0	107	17	21	21	40	1.91
2131042--2131118	20	3.8	20	91	0	109	25	20	28	24	1.99
2131086--2131163	41	1.9	41	91	0	129	19	16	25	38	1.92
2131051--2131159	20	5.4	20	81	6	121	22	19	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2131149--2131200	20	2.5	21	81	3	61	21	21	17	40	1.91
2131211--2131297	20	4.3	20	94	0	129	25	29	18	26	1.98
2132032--2132085	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
2132260--2132284	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2132588--2132642	19	2.8	19	83	2	65	38	21	21	18	1.94
2132549--2132642	20	4.7	20	71	13	68	35	23	20	21	1.96
2132615--2132741	33	3.8	33	92	0	209	45	18	23	11	1.83
2132595--2132745	19	8.7	18	67	22	83	44	19	23	11	1.84
2132741--2132817	19	4.3	19	75	18	76	12	15	24	46	1.81
2132756--2132882	33	3.8	33	92	2	202	10	20	22	46	1.81
2132808--2132864	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
2132751--2132882	19	7.7	19	68	23	89	10	20	21	46	1.80
2132989--2133025	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2134415--2134494	42	1.9	42	86	0	115	23	17	37	21	1.94
2134887--2135191	94	3.3	94	92	3	494	46	18	12	21	1.82
2136881--2136969	20	4.9	18	71	18	60	48	19	20	12	1.80
2136986--2137042	14	3.7	14	75	20	60	12	21	22	43	1.85
2136970--2137062	33	2.8	33	95	1	159	10	19	23	46	1.81
2137000--2137068	20	3.8	20	75	23	80	11	20	21	46	1.82
2137594--2137685	20	4.6	20	83	5	105	21	20	18	39	1.93
2137614--2137700	41	2.1	41	82	0	102	22	20	18	37	1.94
2145446--2145498	21	2.5	21	96	0	97	28	32	20	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2145659--2145690	6	5.3	6	100	0	64	34	50	15	0	1.45
2146790--2146822	6	5.5	6	100	0	66	54	0	0	45	0.99
2146790--2146828	18	2.2	18	90	0	60	58	0	0	41	0.98
2159614--2159690	21	3.7	21	76	10	77	23	18	23	35	1.96
2159715--2159760	22	2.1	22	84	8	58	15	15	26	43	1.85
2161104--2161307	105	1.9	105	87	0	300	41	13	10	34	1.79
2161358--2161417	22	2.8	22	82	5	70	25	11	6	56	1.59
2164108--2164332	51	4.5	51	81	7	268	46	16	12	24	1.81
2164097--2164332	101	2.4	102	81	9	283	47	15	12	25	1.80
2165293--2165420	51	2.5	51	87	1	186	15	34	32	17	1.91
2165432--2165551	49	2.4	49	89	5	181	24	26	22	26	2.00
2169320--2169363	12	3.7	12	84	0	52	4	29	25	40	1.75
2171182--2171402	110	2.0	111	92	0	372	46	8	8	36	1.65
2171677--2171800	51	2.5	50	81	6	135	19	29	33	17	1.95
2172200--2172236	16	2.3	16	100	0	74	40	21	10	27	1.86
2174472--2174542	21	3.2	22	77	18	67	66	1	1	30	1.09
2174501--2174538	13	2.7	15	80	16	53	65	2	0	31	1.06
2174472--2174542	23	3.2	23	76	15	60	66	1	1	30	1.09
2179738--2179849	40	2.8	39	78	5	118	45	4	7	42	1.51
2179822--2179881	30	1.9	32	83	6	79	40	5	10	45	1.60
2179878--2180137	36	7.3	35	72	9	179	46	3	5	45	1.42
2179947--2179993	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2179876--2180067	102	1.9	98	87	7	278	46	3	3	46	1.36
2179975--2180131	74	2.1	79	81	6	189	46	4	7	42	1.51
2181467--2181525	27	2.2	26	82	8	66	18	8	3	69	1.28
2184531--2184681	75	2.0	76	97	1	286	43	12	15	27	1.83
2186013--2186056	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2191532--2191561	15	2.0	15	93	0	51	26	10	36	26	1.88
2194058--2194107	21	2.3	21	89	3	73	46	4	0	50	1.20
2194665--2194892	121	1.9	121	84	7	311	30	18	7	42	1.79
2194656--2194917	121	2.2	121	78	5	298	30	19	8	41	1.81
2204065--2204097	16	2.1	16	100	0	66	30	21	18	30	1.97
2207894--2207937	21	2.1	21	87	8	63	9	31	0	59	1.29
2210497--2210567	19	3.7	19	78	12	83	30	28	18	22	1.97
2212553--2212592	21	1.9	21	90	10	64	52	5	10	32	1.56
2218401--2218429	14	2.0	15	93	6	51	6	3	27	62	1.37
2219174--2219239	26	2.5	26	85	0	96	27	21	16	34	1.95
2219369--2219432	30	2.2	30	97	2	121	23	23	29	23	1.99
2222481--2222519	18	2.2	18	95	0	69	20	51	17	10	1.74
2224323--2224416	12	7.8	12	72	9	75	15	15	18	50	1.79
2224327--2224418	24	3.8	24	91	0	139	16	15	17	51	1.77
2224286--2224417	48	2.8	48	81	9	153	18	16	16	48	1.82
2226498--2226548	18	2.8	18	90	0	75	19	41	21	17	1.91
2229547--2229586	20	1.9	22	85	10	57	32	7	10	50	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2230209--2230261	20	2.7	19	75	11	54	64	1	0	33	1.05
2231228--2231275	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
2231724--2231786	23	2.7	23	85	0	90	34	20	6	38	1.78
2232154--2232216	23	2.7	23	87	0	90	38	19	4	38	1.73
2231548--2233272	427	4.0	430	97	0	3187	39	12	8	39	1.72
2232571--2232643	23	3.2	23	80	0	83	41	19	4	35	1.70
2232959--2232997	20	2.0	20	89	0	60	51	7	12	28	1.67
2233000--2233071	23	3.2	23	86	2	92	40	22	4	33	1.73
2231344--2233272	857	2.2	858	93	3	3269	39	12	8	40	1.72
2233416--2233480	25	2.6	25	97	0	121	36	12	10	40	1.78
2236998--2237060	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
2237417--2237449	16	2.1	16	94	0	57	27	21	6	45	1.75
2238628--2238722	6	15.8	6	83	0	91	21	33	6	38	1.78
2238624--2238704	9	9.0	9	77	0	81	23	33	4	38	1.76
2238628--2238722	36	2.6	36	91	0	145	21	33	6	38	1.78
2238658--2238730	18	4.1	18	75	7	76	19	34	9	36	1.84
2240183--2241749	200	7.9	199	95	1	2840	31	17	14	35	1.90
2240186--2241749	396	3.9	399	96	1	2872	31	17	15	35	1.91
2240183--2241749	596	2.6	593	95	1	2818	31	17	14	35	1.90
2241868--2241916	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
2244683--2244725	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
2244688--2244734	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2244869--2244914	20	2.3	19	85	10	65	17	13	10	58	1.62
2244655--2245127	181	2.6	181	88	1	680	27	16	13	42	1.85
2245194--2245688	229	2.2	228	95	1	902	39	7	7	45	1.62
2245935--2245959	11	2.3	11	100	0	50	36	24	8	32	1.84
2247697--2247793	35	2.7	35	82	1	113	38	27	3	30	1.72
2248749--2248825	35	2.2	35	90	0	118	36	1	20	41	1.61
2249876--2249922	21	2.2	21	100	0	94	44	4	34	17	1.68
2253766--2253790	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2265134--2265169	15	2.4	15	100	0	72	33	19	13	33	1.91
2268748--2268851	51	2.0	51	94	0	181	35	13	8	42	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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