genome.fa.s7832.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007832.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110174_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4020056

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

This is table  13  of  21  ( 2482 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2435071--2435137	30	2.2	29	82	10	73	43	0	4	52	1.21
2435282--2435333	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
2435292--2435354	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
2435667--2435705	20	2.0	20	89	0	60	48	10	15	25	1.76
2435708--2435777	21	3.2	22	83	6	79	38	21	5	34	1.77
2434439--2437164	852	3.2	859	98	1	5252	38	13	8	40	1.74
2436134--2436185	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
2436144--2436206	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
2434439--2437164	429	6.4	431	97	1	5237	38	13	8	40	1.74
2436563--2436635	23	3.2	23	84	7	94	39	20	5	34	1.76
2436993--2437044	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
2437003--2437065	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
2438292--2439899	197	8.1	199	96	1	2940	32	15	15	37	1.88
2438292--2439899	592	2.7	592	96	2	2962	32	15	15	37	1.88
2439979--2440020	19	2.2	19	91	0	66	59	9	2	28	1.41
2441802--2441867	33	2.0	33	87	0	96	24	45	1	28	1.62
2443968--2444020	24	2.2	24	83	6	63	26	7	13	52	1.66
2444160--2444201	19	2.3	18	88	8	59	21	16	9	52	1.72
2444164--2444209	19	2.4	19	75	13	58	21	17	8	52	1.71
2445973--2446035	16	3.9	16	89	0	90	20	23	12	42	1.86
2445969--2446039	32	2.2	32	97	0	133	19	25	14	40	1.89
2446307--2446353	14	3.7	14	71	26	50	44	0	4	51	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2446306--2446355	23	2.1	24	96	3	93	48	0	4	48	1.20
2446518--2446548	14	2.2	14	94	0	53	16	0	29	54	1.42
2446665--2446701	15	2.4	15	95	4	65	40	2	5	51	1.39
2446725--2446751	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
2446725--2446767	13	3.1	14	86	6	52	55	0	2	41	1.12
2447063--2447141	7	11.3	7	72	5	61	17	1	31	49	1.55
2447064--2447141	28	2.8	28	75	14	88	17	1	32	48	1.56
2447124--2447248	47	2.6	48	93	2	207	32	4	10	52	1.56
2447262--2447356	2	47.0	2	91	6	156	47	1	1	50	1.15
2447380--2447406	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
2447380--2447422	13	3.1	14	86	6	52	55	0	2	41	1.12
2448618--2448676	21	2.8	21	81	0	73	18	0	28	52	1.46
2448618--2448676	14	4.2	14	71	16	50	18	0	28	52	1.46
2448618--2448689	21	3.5	20	75	7	63	19	0	27	52	1.46
2448686--2448780	49	2.0	49	87	2	138	34	7	7	50	1.58
2448762--2448795	9	3.9	9	84	7	52	38	0	5	55	1.24
2448764--2448802	17	2.2	18	95	4	71	41	2	5	51	1.38
2448826--2448852	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
2448826--2448868	13	3.1	14	86	6	52	55	0	2	41	1.12
2450064--2450122	21	2.8	21	81	0	73	18	0	28	52	1.46
2450064--2450122	14	4.2	14	71	16	50	18	0	28	52	1.46
2450064--2450135	21	3.5	20	75	7	63	19	0	27	52	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2450132--2450226	49	2.0	49	87	2	138	34	7	7	50	1.58
2450208--2450241	9	3.9	9	84	7	52	38	0	5	55	1.24
2450210--2450248	17	2.2	18	95	4	71	41	2	5	51	1.38
2450272--2450298	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
2450272--2450314	13	3.1	14	86	6	52	55	0	2	41	1.12
2450413--2450483	7	10.3	7	73	3	54	18	0	32	49	1.48
2450533--2450610	40	2.0	40	87	5	113	44	5	6	43	1.51
2450644--2450698	21	2.5	22	77	14	60	43	18	5	32	1.73
2450635--2450727	48	2.0	47	83	12	120	45	15	4	35	1.65
2451516--2451655	64	2.2	64	87	2	192	29	25	17	27	1.98
2456488--2456535	20	2.4	20	85	0	60	29	35	10	25	1.89
2456622--2456740	20	5.9	20	93	0	211	37	25	18	18	1.93
2456849--2456899	22	2.3	22	90	6	77	23	45	11	19	1.83
2457249--2457282	14	2.4	14	85	0	50	50	26	14	8	1.72
2457299--2457351	20	2.7	20	96	0	97	11	20	20	47	1.81
2457293--2457363	20	3.6	20	88	1	81	15	16	18	49	1.80
2459514--2459632	42	2.8	42	81	5	123	23	35	20	21	1.96
2459520--2459632	21	5.4	21	75	4	84	23	35	21	20	1.96
2460839--2460891	24	2.2	24	89	0	79	20	1	32	45	1.62
2460983--2461159	66	2.6	67	89	8	247	28	2	16	52	1.58
2461015--2461159	66	2.2	65	95	3	256	30	1	17	51	1.54
2462256--2462292	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2462678--2462727	25	2.0	25	96	0	91	44	22	8	26	1.80
2462856--2462900	20	2.2	20	92	0	72	15	20	22	42	1.89
2463186--2463221	18	2.0	18	94	0	63	19	2	22	55	1.56
2465483--2465536	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
2465483--2465550	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
2466278--2466315	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
2466367--2466405	18	2.2	18	100	0	78	38	0	38	23	1.55
2466491--2466542	21	2.6	21	87	6	63	26	13	23	36	1.92
2466491--2466761	20	13.6	20	74	10	155	20	15	25	38	1.92
2466504--2466696	40	4.8	40	78	10	214	17	16	24	41	1.89
2466502--2466717	40	5.4	41	75	12	189	19	16	24	40	1.91
2466507--2466717	60	3.5	60	84	7	293	18	16	24	40	1.91
2473020--2473178	75	2.1	75	98	0	309	33	27	16	22	1.95
2473768--2473814	24	2.0	24	95	0	85	34	17	21	27	1.95
2473772--2473823	24	2.2	24	85	0	68	36	19	19	25	1.95
2474552--2474589	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
2474888--2474958	20	3.6	19	76	12	63	21	7	33	38	1.80
2475250--2475275	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
2475825--2475879	29	1.9	28	82	10	67	23	1	3	70	1.12
2475901--2475959	23	2.6	23	83	5	75	16	11	13	57	1.65
2476939--2476990	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
2476979--2477113	20	6.7	20	80	7	121	34	24	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2476976--2477107	61	2.2	61	87	0	183	36	24	16	22	1.94
2477281--2477324	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
2477588--2477646	20	3.0	20	87	0	73	16	18	22	42	1.89
2477783--2477837	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
2478966--2479028	18	3.5	18	91	0	99	26	44	14	14	1.83
2479510--2479565	20	2.8	20	78	2	60	37	21	23	17	1.94
2479549--2479645	19	5.6	19	69	22	88	47	21	18	12	1.81
2479565--2479623	14	3.9	14	74	20	55	50	23	15	10	1.74
2479549--2479640	33	2.8	33	96	0	166	48	21	17	11	1.79
2479657--2479746	14	5.8	14	74	21	81	11	17	23	47	1.79
2479652--2479763	33	3.4	33	96	1	199	11	18	23	46	1.82
2479748--2479803	20	2.8	19	86	7	76	16	25	23	35	1.94
2481665--2481703	14	2.8	14	84	0	51	35	0	17	46	1.49
2481840--2481888	19	2.6	19	90	0	80	51	12	18	18	1.76
2481926--2482021	20	4.8	20	76	5	86	16	18	21	42	1.89
2481914--2482001	40	2.4	36	83	12	108	15	20	21	42	1.89
2481928--2482009	40	2.1	40	88	2	121	17	19	20	42	1.89
2482561--2482594	12	2.9	12	86	4	52	17	41	5	35	1.74
2483149--2483202	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
2485696--2485794	19	5.7	19	66	22	74	43	20	22	14	1.87
2485698--2485797	33	3.0	33	84	11	150	41	20	22	17	1.91
2485805--2485857	14	3.4	14	72	22	52	7	26	22	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2485790--2485879	33	2.7	33	91	0	135	14	23	20	42	1.88
2485982--2486018	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
2487634--2487818	91	2.0	92	88	8	279	48	17	11	22	1.80
2489505--2489628	19	6.7	19	77	12	132	46	19	22	11	1.81
2490231--2490508	20	13.6	20	72	14	149	26	20	18	34	1.96
2490231--2490511	41	6.9	41	76	9	193	26	20	18	34	1.95
2490334--2490406	21	3.5	21	81	3	85	36	19	21	21	1.95
2490498--2490550	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
2491384--2491429	13	3.6	12	82	11	56	78	2	4	15	1.01
2491384--2491429	6	7.2	6	83	11	56	78	2	4	15	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21