genome.fa.s7832.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007832.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110174_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4020056

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2491400--2491497	7	13.7	7	74	17	53	79	0	8	12	0.93
2491400--2491432	13	2.5	13	100	0	66	84	0	0	15	0.61
2491460--2491498	17	2.4	16	84	16	53	87	0	7	5	0.68
2491460--2491499	18	2.3	17	84	16	55	87	0	7	5	0.66
2492214--2492268	23	2.4	23	93	0	92	20	0	21	58	1.40
2492526--2492555	16	1.9	15	93	6	51	13	26	40	20	1.89
2492723--2492765	11	3.8	11	90	6	68	74	2	0	23	0.93
2492726--2492762	12	3.2	12	92	3	58	75	2	0	21	0.92
2492777--2493003	39	5.8	41	74	12	158	46	5	2	45	1.39
2492844--2493163	35	8.9	35	78	13	278	46	5	3	43	1.45
2493189--2493217	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
2493650--2494284	167	3.9	165	86	4	824	24	20	24	31	1.98
2493650--2494284	84	7.8	83	83	3	765	24	20	24	31	1.98
2494286--2494881	125	4.8	125	89	1	887	26	17	24	31	1.97
2494286--2494881	248	2.4	249	90	1	937	26	17	24	31	1.97
2496227--2496486	96	2.7	95	89	4	378	31	19	16	31	1.94
2499089--2499185	6	15.3	6	72	24	67	75	2	7	15	1.11
2499089--2499185	13	7.7	12	72	23	67	75	2	7	15	1.11
2499089--2499178	19	4.7	19	75	19	80	75	2	7	14	1.12
2499108--2499178	20	3.7	19	69	16	58	76	1	8	14	1.09
2500422--2500466	18	2.5	17	82	10	54	66	8	0	24	1.20
2500481--2500598	43	2.8	42	77	7	105	46	5	1	46	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2500554--2500583	16	1.9	16	93	6	53	56	3	0	40	1.16
2500576--2500855	35	7.7	35	79	12	264	45	5	3	45	1.44
2500550--2500855	75	4.2	73	81	12	290	46	5	3	44	1.43
2505105--2505242	43	3.2	44	80	8	133	28	21	19	29	1.98
2505712--2505746	16	2.2	16	94	0	61	22	5	25	45	1.74
2512203--2512240	13	2.9	13	100	0	76	76	0	7	15	1.01
2514377--2514587	112	1.9	109	85	5	284	38	18	12	30	1.88
2520692--2520872	64	2.8	63	83	3	218	27	17	26	29	1.97
2520820--2520870	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
2520714--2520921	65	3.2	64	79	14	223	27	17	25	29	1.97
2523918--2524020	51	2.0	51	81	10	122	43	1	1	52	1.23
2524126--2524428	167	1.8	167	94	1	545	44	3	3	47	1.40
2524493--2524559	16	3.9	17	74	12	66	43	0	0	56	0.99
2524480--2524549	26	2.8	25	75	12	63	44	1	0	54	1.09
2535423--2535729	127	2.4	127	87	2	420	34	14	15	35	1.89
2536379--2536482	50	2.1	51	84	12	135	38	17	21	23	1.93
2536396--2536797	45	8.8	44	78	7	206	40	18	17	23	1.91
2536436--2536797	90	4.0	90	79	3	363	40	18	17	23	1.91
2536494--2536797	135	2.3	134	81	5	364	40	18	17	23	1.91
2536659--2536863	44	5.0	41	73	12	154	40	21	15	21	1.90
2536720--2536873	77	2.0	79	85	3	213	41	21	15	21	1.90
2538239--2538288	20	2.5	20	83	0	64	30	34	10	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2538279--2538506	60	3.8	60	79	5	214	42	22	14	20	1.89
2538312--2538512	80	2.5	81	85	4	264	43	22	14	19	1.87
2538311--2538512	20	10.1	20	78	6	185	43	22	14	19	1.87
2538622--2538672	22	2.3	22	89	0	84	21	41	13	23	1.89
2539056--2539136	19	4.5	18	75	20	80	12	18	22	46	1.82
2539084--2539116	14	2.4	14	90	5	50	9	21	21	48	1.77
2539066--2539131	33	2.0	34	93	3	116	9	21	22	46	1.79
2539066--2539135	20	3.9	19	71	19	69	10	20	21	48	1.78
2540361--2540410	21	2.4	21	86	0	73	16	16	32	36	1.90
2540809--2540914	21	5.0	21	72	13	65	26	34	17	20	1.95
2540816--2540896	42	1.9	42	85	5	110	24	37	17	20	1.94
2540815--2540934	42	2.9	42	77	7	109	25	35	19	20	1.95
2542227--2542402	66	2.6	65	88	7	255	27	2	16	53	1.55
2542870--2542905	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
2543856--2543892	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
2544276--2544323	23	2.0	24	88	8	71	45	22	6	25	1.75
2544528--2544577	20	2.5	20	83	0	73	20	18	18	44	1.88
2544863--2544898	18	2.0	18	94	0	63	19	2	22	55	1.56
2548060--2548110	18	2.7	19	75	6	59	35	7	19	37	1.81
2548143--2548289	20	7.3	20	71	6	100	22	15	22	39	1.92
2548144--2548289	60	2.4	60	78	4	161	22	15	21	39	1.91
2548204--2548289	40	2.2	40	89	0	127	20	17	24	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2548607--2548818	75	2.9	73	88	6	293	28	1	11	58	1.41
2548624--2548818	72	2.6	74	88	5	270	29	0	12	57	1.39
2549486--2549535	13	3.8	13	77	12	50	16	4	0	80	0.87
2556776--2556979	75	2.8	73	87	3	268	30	0	12	56	1.39
2558278--2558322	3	15.3	3	86	4	65	2	26	0	71	0.98
2558268--2558373	27	4.1	26	74	20	80	2	23	0	73	0.96
2558277--2558373	9	10.2	10	75	18	57	3	22	0	74	0.96
2560382--2560421	17	2.4	17	100	0	80	17	40	20	22	1.92
2561179--2561209	8	3.9	8	91	0	53	74	0	3	22	0.96
2562197--2562268	32	2.2	32	92	0	117	30	5	29	34	1.80
2562576--2562617	15	2.9	14	82	10	57	69	0	7	23	1.13
2562570--2562617	25	1.9	25	91	0	78	70	0	6	22	1.09
2562625--2562662	12	3.2	12	85	7	60	76	5	7	10	1.15
2562569--2562662	11	8.3	11	73	18	52	69	4	8	18	1.31
2575203--2575260	23	2.5	23	85	2	71	44	17	15	22	1.86
2583311--2583344	4	8.8	4	93	6	61	73	0	26	0	0.83
2593402--2593432	16	2.0	15	93	6	53	25	0	0	74	0.82
2594382--2594436	24	2.3	24	87	6	76	40	9	27	23	1.85
2594414--2594451	15	2.5	15	86	0	58	39	13	28	18	1.88
2597015--2597164	59	2.5	60	83	3	169	34	14	23	28	1.93
2597030--2597180	60	2.5	59	83	3	169	33	17	22	26	1.96
2598009--2598090	30	2.7	30	90	0	128	21	26	32	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2599479--2599513	16	2.2	16	89	0	52	28	2	0	68	1.04
2599724--2599770	18	2.6	18	82	3	58	46	10	0	42	1.38
2599757--2599874	29	4.0	29	84	7	148	38	8	1	50	1.43
2599760--2599890	30	4.4	30	82	9	144	38	9	2	48	1.49
2599760--2599874	59	1.9	58	86	6	160	38	8	1	51	1.43
2600727--2600830	30	3.5	29	78	12	104	37	9	0	51	1.41
2600818--2600945	31	4.4	29	74	14	86	39	11	0	48	1.45
2600847--2600903	24	2.4	23	82	5	60	40	8	1	49	1.44
2600822--2600930	54	2.0	56	82	10	136	40	11	0	46	1.47
2600870--2600945	31	2.5	30	86	2	107	39	9	1	50	1.43
2600967--2601092	30	4.2	30	77	5	105	55	1	4	38	1.31
2601085--2601149	25	2.7	23	76	11	60	53	1	6	38	1.35
2627505--2627533	15	1.9	15	100	0	58	20	6	3	68	1.27
2631812--2631938	44	3.2	44	65	28	127	25	1	12	59	1.42
2631809--2632024	76	2.9	75	91	2	326	27	0	13	58	1.42
2642972--2643076	38	2.7	39	78	11	126	41	0	20	38	1.52
2645898--2645947	17	2.9	17	96	0	91	32	24	16	28	1.96
2651987--2652013	6	4.5	6	100	0	54	33	51	14	0	1.43
2658689--2658889	31	6.4	31	76	8	192	31	17	20	30	1.95
2658666--2658889	63	3.6	63	90	2	326	30	17	20	30	1.96
2662398--2662580	31	5.8	31	73	10	138	33	18	16	31	1.94
2662412--2662565	32	4.9	32	74	8	127	33	18	16	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2662378--2662550	63	2.7	63	93	0	283	32	18	16	32	1.93
2662376--2662602	63	3.6	63	86	4	282	31	18	18	31	1.95
2662558--2662624	30	2.2	31	86	2	91	20	19	25	34	1.96
2665426--2665475	17	3.0	17	94	2	84	12	4	40	44	1.60
2666188--2666234	20	2.3	20	82	10	60	27	2	2	68	1.13
2674113--2674152	21	1.9	21	100	0	80	30	20	15	35	1.93
2674616--2674641	5	5.2	5	100	0	52	23	38	38	0	1.55
2680961--2680992	3	10.7	3	93	0	55	0	28	0	71	0.86
2681166--2681204	21	1.9	21	89	5	62	56	2	10	30	1.46
2682064--2682177	47	2.4	46	81	8	115	50	13	14	21	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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