genome.fa.s7832.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007832.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110174_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4020056

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
720--785	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
819--883	21	3.1	21	80	6	69	15	29	15	40	1.88
3103--3164	20	3.0	21	83	7	81	19	14	9	56	1.65
3273--3318	20	2.3	20	89	10	76	17	17	10	54	1.70
3386--3824	226	2.0	220	90	6	688	40	7	7	45	1.60
4294--4336	17	2.6	17	79	17	54	30	0	2	67	1.03
5869--6492	131	4.8	131	93	1	1054	32	18	17	31	1.94
6456--7045	45	12.8	45	93	2	811	31	20	23	25	1.98
7715--7793	22	3.6	22	87	0	122	39	13	15	31	1.86
15036--15123	46	1.9	46	93	4	151	29	18	12	39	1.87
15548--15606	28	2.2	28	81	6	77	64	1	3	30	1.20
15516--15633	60	2.1	54	80	15	123	63	0	6	28	1.25
16509--16573	3	22.7	3	80	9	73	63	3	0	33	1.10
16511--16573	17	3.9	17	79	12	78	61	3	0	34	1.12
16509--16573	20	3.4	20	83	6	82	63	3	0	33	1.10
16509--16573	11	6.2	11	77	12	66	63	3	0	33	1.10
16513--16580	14	4.7	14	79	12	66	64	2	0	32	1.08
16809--16865	7	8.3	7	74	18	57	33	0	0	66	0.92
16808--16853	17	3.0	15	79	20	51	30	0	0	69	0.89
18159--18202	3	14.3	3	90	4	70	61	0	0	38	0.96
31259--31299	22	1.9	22	85	5	57	29	7	9	53	1.60
33242--33362	46	2.7	46	89	7	178	33	15	19	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40383--40608	123	1.8	123	95	0	407	30	11	7	50	1.67
40543--40807	144	1.8	144	96	0	494	30	12	9	47	1.72
40190--40752	277	2.1	269	90	4	902	30	12	7	49	1.69
42157--42209	5	11.0	5	84	8	74	20	43	0	35	1.52
43636--43667	4	8.0	4	100	0	64	25	0	0	75	0.81
52667--52703	11	3.5	11	78	14	51	8	29	27	35	1.85
52665--52704	20	2.0	20	100	0	80	10	30	25	35	1.88
54055--54441	54	7.2	54	81	4	374	31	21	14	32	1.93
54055--54441	107	3.6	107	83	4	408	31	21	14	32	1.93
54055--54441	214	1.8	215	83	3	521	31	21	14	32	1.93
55383--55481	40	2.4	40	75	6	92	46	7	22	24	1.76
55627--55973	40	8.9	39	73	11	185	42	12	19	25	1.86
55627--55973	39	8.9	38	76	11	240	42	12	19	25	1.86
57628--57694	29	2.2	31	84	7	93	32	10	22	34	1.88
57628--57741	30	3.8	29	76	13	99	34	8	23	33	1.86
59850--59946	30	3.2	30	63	23	76	47	13	8	30	1.72
61776--61835	25	2.3	26	94	2	104	30	15	38	16	1.89
61937--61997	26	2.3	26	97	0	113	29	14	39	16	1.88
71779--72360	251	2.3	253	88	6	868	27	12	20	40	1.88
72368--72453	44	2.0	44	93	4	147	5	23	39	31	1.78
72361--72456	44	2.3	41	84	8	124	6	21	41	30	1.78
74254--74412	87	1.8	87	91	5	268	44	6	11	36	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74754--74786	16	2.1	16	100	0	66	12	33	24	30	1.91
89156--89186	6	5.2	6	92	0	53	32	48	16	3	1.62
108225--108271	3	15.0	3	86	8	67	65	0	2	31	1.04
108225--108272	16	3.0	16	87	9	71	66	0	2	31	1.03
108225--108271	22	2.1	22	96	0	85	65	0	2	31	1.04
110920--110980	24	2.5	24	81	5	79	42	19	14	22	1.88
123658--123683	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
124797--124832	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
128073--128131	7	8.1	7	78	10	57	62	6	0	30	1.21
128058--128126	22	3.1	22	72	15	79	59	11	0	28	1.32
135651--135688	19	2.0	19	94	0	67	23	42	21	13	1.88
141111--141191	23	3.7	22	79	12	78	24	29	27	18	1.98
141111--141171	23	2.7	22	89	2	86	22	31	26	19	1.98
141154--141191	20	1.9	20	84	10	51	26	28	28	15	1.96
143411--143471	30	2.0	30	100	0	122	37	0	42	19	1.52
145011--145292	54	5.3	54	81	3	239	35	16	14	32	1.90
145036--145161	51	2.4	52	81	6	130	34	12	15	36	1.86
150901--151135	54	4.4	55	79	8	189	33	19	15	31	1.93
151025--151128	53	2.0	53	92	0	172	39	20	9	30	1.84
154114--154147	15	2.3	15	94	0	59	5	23	2	67	1.26
157404--157613	110	1.9	109	92	2	350	35	11	8	44	1.71
160360--160385	12	2.2	12	100	0	52	23	0	7	69	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160372--160413	20	2.2	20	87	8	61	19	4	4	71	1.22
168041--168135	40	2.4	40	80	3	102	33	23	15	27	1.95
168063--168139	20	3.8	20	91	0	118	38	20	18	22	1.93
168697--168735	20	2.0	20	94	0	69	51	17	12	17	1.76
170234--170331	42	2.3	42	89	0	142	27	33	20	18	1.96
170448--170487	21	1.9	21	84	0	53	20	10	35	35	1.86
170568--170626	21	2.8	21	92	0	100	23	13	25	37	1.92
170920--171016	21	4.6	21	81	0	95	21	31	20	25	1.98
174794--174818	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
174993--175060	24	2.8	24	82	8	84	39	17	16	26	1.90
175975--176123	20	7.4	21	73	17	102	32	12	24	30	1.93
176047--176123	41	1.9	40	86	2	109	27	15	28	28	1.96
185432--185456	13	1.9	13	100	0	50	56	16	0	28	1.41
187081--187127	19	2.5	18	83	10	58	65	17	0	17	1.27
187547--187621	21	3.5	22	78	14	84	37	14	20	28	1.92
189320--189377	30	1.9	30	89	0	89	37	22	17	22	1.93
193776--193826	22	2.4	21	76	3	57	23	23	5	47	1.73
194267--194310	23	2.0	21	87	12	63	22	27	15	34	1.95
207792--207971	95	1.9	95	83	4	238	40	12	21	26	1.89
208352--208679	45	7.3	45	89	1	505	43	10	22	23	1.84
211653--211689	19	1.9	19	94	0	65	75	2	5	16	1.10
213959--213984	13	2.0	13	100	0	52	15	23	30	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220797--220847	18	2.8	18	93	0	84	35	3	29	31	1.76
221389--221461	37	1.9	38	91	2	121	42	35	8	13	1.74
222052--222089	20	2.0	19	90	10	60	47	10	23	18	1.79
223211--223269	18	3.2	18	90	9	100	23	27	10	38	1.87
224157--224213	10	5.6	10	80	12	62	68	5	3	22	1.25
224157--224185	11	2.7	11	94	5	51	72	6	0	20	1.07
226813--226864	16	3.4	14	76	10	50	5	9	3	80	0.99
227921--227959	17	2.4	17	95	4	71	51	5	0	43	1.24
235781--235826	2	23.5	2	84	4	58	47	4	2	45	1.34
235782--235821	21	1.9	21	89	0	62	45	5	2	47	1.38
242654--242680	3	9.0	3	100	0	54	0	0	66	33	0.92
244833--244862	12	2.6	11	90	10	51	33	3	0	63	1.11
244832--244889	26	2.2	26	85	11	75	36	1	1	60	1.17
244832--244878	14	3.5	14	83	11	55	31	2	2	63	1.18
247476--247541	29	2.3	29	79	7	73	56	1	9	33	1.40
248651--248706	3	18.0	3	78	14	60	62	1	0	35	1.06
252060--252093	13	2.6	13	95	0	59	35	8	14	41	1.77
254368--254405	20	1.9	20	88	0	58	10	26	36	26	1.89
254388--254448	20	2.9	21	85	11	72	19	26	32	21	1.97
257846--257893	24	2.0	24	100	0	96	70	12	8	8	1.32
265384--266537	575	2.0	576	96	3	2146	27	19	17	35	1.95
268160--268291	58	2.3	57	94	5	239	35	12	15	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269614--269643	15	2.1	15	93	6	53	26	3	0	70	1.03
271257--271299	17	2.6	17	79	13	54	23	13	6	55	1.62
271707--271903	47	4.2	47	77	10	199	37	18	16	27	1.92
290011--290069	24	2.5	23	78	13	66	69	6	1	22	1.21
291384--291437	3	17.7	3	81	11	65	62	0	3	33	1.12
291386--291447	18	3.4	18	86	8	72	62	0	6	30	1.20
291749--292290	107	4.9	112	90	7	851	29	17	12	39	1.88
291749--292290	221	2.5	219	90	6	864	29	17	12	39	1.88
293027--293557	83	6.5	83	93	5	915	35	21	14	28	1.93
305309--305359	18	2.9	17	75	16	50	72	1	0	25	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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