genome.fa.s7832.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007832.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110174_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4020056

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2682064--2682169	24	4.4	25	67	17	64	49	14	15	21	1.79
2683767--2683814	21	2.3	21	85	0	60	52	16	14	16	1.76
2693923--2693980	30	1.9	30	83	13	75	41	6	5	46	1.53
2694723--2694760	19	2.0	19	94	0	67	34	28	5	31	1.80
2705913--2706215	153	2.0	153	96	0	561	37	19	20	21	1.94
2706347--2706389	18	2.4	18	92	0	68	20	6	0	72	1.08
2706459--2706488	15	1.9	16	93	6	53	13	6	3	76	1.11
2706496--2706525	16	1.9	16	93	6	53	13	6	3	76	1.11
2707231--2707277	23	2.0	23	84	15	62	63	10	2	23	1.37
2708902--2708937	16	2.2	17	90	5	56	50	2	0	47	1.15
2710668--2710743	17	4.4	16	74	19	64	76	3	3	15	1.09
2710664--2710746	34	2.4	35	82	13	109	74	3	4	16	1.13
2710676--2710740	18	3.8	16	73	15	58	76	4	4	13	1.10
2716401--2716458	20	2.9	20	78	0	71	32	17	20	29	1.95
2717720--2717753	16	2.1	16	100	0	68	29	29	14	26	1.95
2717718--2717765	16	2.8	17	84	12	62	29	25	18	27	1.98
2722089--2722125	18	2.1	18	100	0	74	51	10	10	27	1.70
2723496--2723541	23	2.2	21	82	17	60	47	6	0	45	1.28
2726070--2726100	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2726186--2726216	15	2.1	15	100	0	62	41	6	19	32	1.77
2728166--2728197	16	2.0	16	100	0	64	56	25	12	6	1.59
2728137--2728268	71	1.9	71	93	0	228	43	16	10	28	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2728232--2728290	10	5.7	10	73	15	57	57	20	11	10	1.63
2728236--2728284	16	3.1	16	93	0	89	57	22	12	8	1.61
2729801--2729862	24	2.6	24	86	0	88	53	22	11	12	1.71
2730752--2730795	14	3.4	14	73	23	51	52	20	11	15	1.74
2730734--2730795	24	2.6	24	89	0	97	53	20	11	14	1.72
2729236--2731102	933	2.0	933	99	0	3689	35	19	20	25	1.96
2733488--2733538	14	3.9	14	80	19	74	15	13	13	56	1.67
2733473--2733535	24	2.5	25	90	10	94	17	14	14	53	1.72
2733794--2733873	13	5.9	14	73	17	71	10	10	20	60	1.57
2733799--2733876	27	2.9	27	94	1	131	11	10	17	60	1.58
2740602--2740655	16	3.4	16	89	0	81	46	5	0	48	1.25
2740601--2740648	9	5.8	9	76	18	50	45	8	0	45	1.33
2747462--2747548	35	2.5	34	80	12	97	55	10	8	26	1.61
2747774--2747818	3	15.0	3	80	0	54	6	35	26	31	1.82
2747774--2747818	15	3.2	15	81	18	69	6	35	26	31	1.82
2749778--2749818	18	2.3	18	87	4	57	60	2	7	29	1.36
2751731--2751801	33	2.2	33	89	2	108	43	18	8	29	1.79
2751796--2751837	21	2.0	21	100	0	84	47	9	14	28	1.75
2751855--2751884	14	2.1	15	93	6	53	6	26	0	66	1.16
2755489--2755536	22	2.2	22	88	7	71	37	20	16	25	1.93
2755582--2755606	13	1.9	13	100	0	50	32	24	20	24	1.98
2759546--2759612	19	3.6	19	67	15	50	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2770026--2770094	29	2.3	30	85	5	95	21	7	42	28	1.80
2770737--2770761	12	2.1	12	100	0	50	44	16	0	40	1.47
2779110--2779176	22	3.1	21	69	16	57	26	16	20	35	1.94
2779106--2779389	42	6.9	42	72	6	186	26	18	22	32	1.97
2779228--2779391	42	4.0	41	88	4	222	25	19	23	32	1.98
2779228--2779391	83	2.0	83	85	4	224	25	19	23	32	1.98
2779692--2780007	53	5.9	53	86	2	402	30	20	27	21	1.98
2781758--2781820	26	2.4	26	97	0	117	41	0	3	55	1.16
2783982--2784043	33	1.9	33	93	6	110	62	1	11	24	1.37
2789635--2789659	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2792042--2792077	18	2.0	18	94	0	63	30	27	16	25	1.97
2792417--2792443	12	2.2	12	100	0	54	33	25	33	7	1.84
2792668--2792748	38	2.1	37	80	13	85	29	9	9	50	1.68
2795064--2795228	90	1.8	91	90	1	269	41	19	9	29	1.83
2795954--2796012	31	1.9	31	92	0	100	42	5	8	44	1.57
2796036--2796485	22	20.6	22	90	2	692	49	10	0	40	1.38
2797771--2797796	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
2800675--2800726	17	3.1	17	77	2	61	44	7	13	34	1.72
2802986--2803760	389	2.0	386	92	5	1291	29	22	14	33	1.94
2804110--2804143	15	2.3	15	90	5	52	44	17	8	29	1.79
2805751--2805790	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
2807118--2807153	17	2.1	17	89	0	54	44	5	13	36	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2815976--2816113	61	2.3	58	79	8	143	46	9	4	39	1.56
2816759--2816811	26	2.0	26	92	0	88	18	20	22	37	1.94
2818700--2818940	131	1.8	131	94	0	428	43	18	13	24	1.87
2821640--2821668	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2824331--2824389	31	1.9	31	96	0	109	54	13	11	20	1.70
2824331--2824396	31	2.1	31	91	0	105	54	12	12	21	1.69
2825156--2825217	31	2.1	31	84	6	83	27	6	9	56	1.56
2827489--2827530	22	1.9	22	90	0	66	26	28	23	21	1.99
2828507--2828531	12	2.1	12	100	0	50	40	16	0	44	1.47
2832912--2832984	18	3.9	18	74	11	67	30	30	19	20	1.97
2843074--2843113	19	2.1	19	85	0	53	55	0	0	45	0.99
2843112--2843166	12	4.6	12	83	0	74	25	49	14	10	1.76
2852113--2852152	21	1.9	21	90	10	64	40	0	7	52	1.30
2857723--2857759	16	2.3	16	90	0	56	43	24	18	13	1.86
2858174--2858324	39	3.8	39	86	11	211	31	8	0	59	1.32
2861643--2861683	22	1.9	21	85	14	57	43	2	2	51	1.28
2862782--2862812	14	2.1	14	94	5	53	61	0	6	32	1.21
2862991--2863063	17	4.1	17	69	22	51	54	2	1	41	1.23
2863144--2863233	43	2.1	43	81	8	103	55	1	2	41	1.19
2863166--2863265	42	2.4	42	80	12	116	53	2	2	43	1.23
2870971--2871179	8	25.9	8	92	5	305	0	9	49	40	1.39
2870962--2871202	8	30.1	8	93	0	257	2	8	47	41	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2871306--2871612	119	2.5	119	82	5	346	28	20	17	33	1.95
2873023--2873350	54	6.1	53	80	6	320	39	19	9	30	1.84
2873029--2873340	107	2.9	108	82	5	346	39	19	9	31	1.84
2875382--2875415	16	2.1	16	94	0	59	2	23	0	73	0.97
2875441--2875492	19	2.7	19	85	5	61	7	13	0	78	0.94
2876888--2876939	20	2.6	20	87	0	68	50	11	21	17	1.77
2883897--2883941	19	2.4	19	92	0	72	35	4	13	46	1.63
2886158--2886251	45	2.1	45	91	0	152	26	1	21	51	1.55
2886473--2886597	40	3.1	40	66	21	107	48	17	15	18	1.81
2886448--2886607	80	2.0	80	95	0	284	48	17	14	20	1.81
2894219--2894271	21	2.5	21	75	6	63	20	24	18	35	1.95
2894261--2894312	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
2894246--2894353	41	2.6	42	72	7	96	31	21	18	28	1.97
2894322--2894375	20	2.7	20	82	2	54	20	22	18	38	1.93
2894369--2894434	20	3.2	20	76	4	69	40	13	21	24	1.89
2894380--2894436	20	2.8	21	78	5	71	43	14	19	22	1.86
2894218--2894432	102	2.1	103	82	6	258	31	19	19	30	1.96
2894977--2895064	19	4.8	19	78	14	105	44	21	22	11	1.84
2894977--2895094	52	2.2	53	89	1	175	44	22	21	11	1.84
2895090--2895196	19	6.1	19	69	22	90	10	24	20	44	1.82
2895095--2895188	33	2.8	33	93	1	152	9	23	22	44	1.82
2896453--2896501	18	2.7	18	100	0	98	28	46	12	12	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2896907--2897211	94	3.3	94	95	2	521	21	12	19	46	1.82
2899254--2899371	19	6.7	19	63	19	58	12	21	20	45	1.84
2899258--2899351	33	2.9	34	90	6	149	11	22	19	46	1.81
2899609--2899633	12	2.1	12	100	0	50	8	16	16	60	1.58
2901680--2901704	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2901879--2901925	24	2.0	24	91	0	76	38	21	17	23	1.93
2901881--2901932	24	2.2	24	85	0	68	40	23	17	19	1.91
2902674--2902832	20	7.7	20	80	9	158	24	18	26	30	1.98
2902761--2902853	41	2.2	43	81	11	102	23	16	21	38	1.92
2902821--2902872	20	2.5	21	81	3	61	21	21	17	40	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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