genome.fa.s7832.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007832.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110174_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4020056

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
682177--682219	22	2.0	22	95	0	77	34	0	11	53	1.37
682377--682435	31	1.9	31	89	0	91	44	10	5	40	1.60
684673--684702	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
685219--685260	18	2.3	18	87	0	57	45	2	2	50	1.27
688254--688312	25	2.4	25	80	8	68	0	25	1	72	0.93
688277--688306	16	1.9	15	93	6	51	0	16	0	83	0.65
688245--688304	24	2.6	23	77	12	61	1	20	1	76	0.96
689007--689437	133	3.2	134	83	5	500	29	17	21	31	1.96
689643--691018	233	6.0	231	84	4	1638	32	16	17	32	1.93
689622--691017	458	3.0	458	83	4	1695	32	16	17	33	1.92
690830--690924	42	2.3	41	81	3	118	32	22	21	24	1.98
689621--691018	691	2.0	687	83	5	1791	32	16	17	33	1.93
692511--692545	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
693459--693578	54	2.2	54	80	2	125	25	16	25	32	1.96
693543--693962	54	7.8	54	89	1	582	38	16	12	32	1.86
693543--693962	108	3.9	108	90	2	648	38	16	12	32	1.86
693543--693959	162	2.6	162	90	0	656	38	17	11	32	1.85
699913--699943	3	10.3	3	92	0	53	64	3	0	32	1.09
714039--714093	19	3.0	18	82	15	60	70	1	1	25	1.06
715252--715290	20	2.0	20	89	0	60	33	10	23	33	1.88
720612--720647	9	4.1	9	96	3	65	69	0	11	19	1.18
727647--727672	13	2.0	13	100	0	52	46	15	15	23	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
729457--729499	20	2.2	20	83	8	52	32	9	20	37	1.85
736180--736224	10	4.6	10	91	5	74	0	11	0	88	0.50
736161--736224	19	3.4	19	86	0	83	3	10	1	84	0.81
737720--738192	45	10.6	45	77	5	320	41	19	16	22	1.90
737715--738230	135	3.9	134	79	6	450	41	18	17	22	1.90
738034--738755	80	8.9	80	82	5	520	40	17	17	25	1.90
738077--739116	42	25.4	39	73	12	634	39	16	18	26	1.91
738032--738668	80	7.9	80	84	3	737	40	17	17	25	1.91
737850--739116	42	30.4	45	71	13	426	39	16	18	25	1.91
738725--739116	87	4.7	80	74	11	263	36	15	19	28	1.92
738637--739116	167	2.9	166	88	1	692	37	15	19	27	1.92
740281--740389	43	2.5	44	78	13	134	29	14	16	39	1.88
743934--743974	20	2.0	20	86	9	57	34	29	4	31	1.79
747643--747689	9	5.3	9	87	12	55	68	0	0	31	0.90
760312--760337	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
766168--766210	2	21.5	2	95	0	77	48	0	0	51	1.00
766237--766629	37	10.8	35	81	13	367	44	4	5	45	1.49
766347--766397	26	2.0	26	96	0	93	41	5	7	45	1.57
766361--766663	38	7.9	37	85	8	360	44	4	5	45	1.47
766361--766662	75	4.0	76	88	7	411	44	4	5	45	1.47
766668--766706	18	2.2	17	86	4	51	10	0	5	84	0.76
767896--767968	30	2.4	29	80	13	78	23	5	2	68	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
767913--767969	29	1.9	30	82	10	73	22	3	5	68	1.25
767907--767977	37	1.9	36	83	13	92	21	2	7	69	1.26
769042--769075	12	2.7	13	86	9	52	5	14	2	76	1.09
770501--770749	96	2.7	95	88	5	348	32	18	17	31	1.94
771875--772091	85	2.6	85	83	1	285	31	23	20	23	1.98
772075--772106	16	2.0	16	100	0	64	43	31	12	12	1.80
772095--773356	84	15.0	84	80	2	1271	32	24	18	24	1.97
772091--773346	251	5.0	249	80	3	1293	31	24	18	24	1.98
773899--773931	2	16.5	2	100	0	66	51	48	0	0	1.00
773983--774345	37	9.7	35	81	10	332	47	4	5	42	1.46
773983--774264	37	7.5	37	84	8	333	46	4	5	42	1.48
773983--774344	73	4.8	73	82	8	372	46	4	5	43	1.46
773983--774353	115	3.3	111	81	11	343	46	4	5	43	1.46
774349--774384	10	3.5	10	88	3	54	19	0	0	80	0.71
775549--775626	11	6.8	11	69	16	52	20	5	0	74	1.01
775550--775601	26	2.1	26	85	7	72	19	3	0	76	0.93
775605--775661	29	1.9	30	82	10	73	22	3	5	68	1.25
776642--776686	21	2.1	21	83	0	54	35	4	2	57	1.31
776651--776690	21	2.0	21	90	5	64	37	7	0	55	1.29
777995--778060	18	3.6	18	84	11	89	30	27	21	21	1.98
779619--779659	12	3.4	12	93	0	64	60	0	0	39	0.96
779993--780033	20	2.0	20	100	0	82	39	4	9	46	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
788224--788301	40	2.0	40	84	5	104	29	30	8	30	1.88
803344--803388	22	2.0	22	87	12	65	66	4	0	28	1.11
804188--804258	6	11.3	6	91	7	97	46	0	16	36	1.48
804411--806003	796	2.0	796	98	0	3051	34	16	16	32	1.91
813841--814066	116	1.9	116	98	0	434	39	13	9	37	1.76
825149--825551	132	3.1	132	90	2	589	33	22	20	24	1.97
835893--835941	20	2.5	20	93	0	80	24	20	32	22	1.98
835912--836428	132	3.9	132	89	1	732	32	21	21	24	1.98
838334--838380	24	2.0	24	83	8	60	0	17	2	80	0.80
838343--838391	15	3.3	15	88	11	66	0	12	0	87	0.54
838343--838391	10	4.5	10	78	16	53	0	12	0	87	0.54
838343--838410	25	2.8	23	80	10	73	2	14	0	82	0.79
843834--843897	29	2.2	30	80	8	78	54	7	10	26	1.62
845908--845960	3	17.3	3	78	18	56	64	1	0	33	1.05
847029--847076	18	2.7	18	83	0	60	12	31	25	31	1.92
855171--855196	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
870346--870415	33	2.1	33	84	10	90	52	21	10	15	1.71
875419--875462	19	2.3	19	84	11	54	47	4	2	45	1.35
876342--876485	59	2.4	59	83	5	184	63	9	11	15	1.51
876402--876476	15	5.0	15	68	12	64	64	6	12	17	1.48
876342--876491	30	5.1	29	82	7	167	64	9	10	16	1.50
876342--876491	60	2.5	59	83	5	187	64	9	10	16	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
877954--877993	3	13.0	3	94	5	71	67	0	0	32	0.91
881083--881669	291	2.0	290	99	0	1156	34	14	26	24	1.94
882628--882935	131	2.3	132	84	3	379	23	18	33	24	1.97
882702--882976	131	2.1	132	82	3	329	24	17	31	26	1.97
882983--883337	66	5.4	66	78	8	291	40	15	19	24	1.90
883370--883454	37	2.3	36	84	10	100	38	9	16	35	1.81
884648--884721	13	5.8	13	72	15	64	5	13	4	77	1.10
884651--884692	15	2.9	15	86	6	52	4	14	7	73	1.21
888177--888434	142	1.8	140	95	1	471	53	8	8	29	1.60
888429--888575	30	5.0	30	88	5	201	61	10	12	14	1.56
895067--895939	190	4.6	190	90	2	1291	24	20	15	39	1.91
896412--896463	22	2.4	22	90	0	77	36	13	13	36	1.84
908917--908964	15	2.7	18	84	15	57	22	25	33	18	1.97
908938--908982	13	3.3	13	87	6	54	20	24	40	15	1.91
908918--908964	10	5.5	8	85	14	51	23	25	34	17	1.96
912988--913013	10	2.6	10	100	0	52	11	19	19	50	1.77
913347--913374	14	2.0	14	100	0	56	64	14	7	14	1.48
913492--913539	6	8.0	6	100	0	96	33	50	0	16	1.46
915253--915292	20	2.0	20	100	0	80	55	5	5	35	1.44
915253--915302	20	2.5	20	90	6	66	58	4	8	30	1.45
921802--921840	19	2.1	19	85	0	51	33	5	5	56	1.43
921812--921906	44	2.1	47	80	5	106	18	4	3	73	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
921831--921929	25	4.1	24	75	10	78	16	4	5	74	1.14
921831--921906	24	3.2	22	75	14	62	15	3	2	77	1.03
927396--927426	15	2.1	15	100	0	62	29	51	0	19	1.47
932413--932520	31	3.5	31	88	0	144	22	12	14	50	1.75
933733--933844	51	2.3	47	86	6	152	50	6	5	37	1.50
936474--936512	14	2.9	14	92	3	62	5	15	5	74	1.17
936475--936535	14	4.2	14	76	15	61	1	16	3	78	0.96
938390--938462	2	37.0	2	73	22	57	46	5	2	45	1.40
941673--942017	82	4.2	83	82	4	383	31	15	20	33	1.93
941661--941999	83	4.1	82	83	7	407	30	15	20	33	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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