genome.fa.s8283.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008283.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110945_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2862730

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11987--12146	77	2.1	76	82	4	187	35	13	10	41	1.79
12453--12491	19	2.1	19	100	0	78	53	5	10	30	1.56
20575--20681	32	3.4	32	92	3	166	19	22	37	20	1.94
20962--21119	21	7.8	20	72	7	86	38	24	17	18	1.93
21087--21315	20	11.4	20	80	5	221	37	25	17	19	1.94
22006--22052	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
22227--22251	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
24545--24817	19	15.7	19	74	21	269	44	17	23	14	1.85
24545--24817	51	5.2	53	95	3	468	44	17	23	14	1.85
24807--24923	53	2.2	53	96	1	218	14	23	17	43	1.87
24826--24923	19	5.4	19	83	13	134	15	22	17	44	1.86
25029--25067	14	2.8	14	85	14	62	43	17	0	38	1.50
26466--26590	44	2.9	42	77	9	101	23	16	36	23	1.94
26985--27094	19	6.3	19	70	19	71	46	21	20	11	1.82
27022--27082	14	3.9	14	73	21	50	45	21	22	9	1.81
27003--27094	33	2.8	33	95	1	159	46	20	21	10	1.81
27111--27169	14	3.9	14	76	20	64	6	16	28	47	1.72
27095--27218	33	3.7	33	91	1	185	8	17	27	45	1.78
27095--27186	19	5.4	18	72	24	83	7	17	28	46	1.75
27144--27200	14	3.7	14	72	20	51	8	22	24	43	1.81
27316--27630	93	3.4	93	98	0	605	45	19	13	22	1.85
29316--29412	20	5.2	20	72	18	100	46	17	24	11	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29314--29378	21	3.1	21	82	4	96	47	15	26	10	1.78
29363--29419	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
29314--29436	33	3.5	33	90	8	165	46	18	24	10	1.81
29453--29505	14	3.4	14	72	22	52	7	26	22	43	1.80
29437--29525	33	2.7	33	91	1	133	8	22	21	47	1.78
29464--29569	21	5.6	20	74	15	100	14	21	17	46	1.84
29652--29720	32	2.2	32	94	0	120	46	18	23	11	1.82
29671--29720	16	3.0	18	69	22	54	44	20	24	12	1.85
30097--30289	20	9.6	20	83	7	230	19	19	26	34	1.96
30509--30578	27	2.5	28	86	13	99	37	0	21	41	1.53
30835--30866	13	2.4	14	85	15	50	59	0	0	40	0.97
31521--31634	56	2.0	56	93	0	192	34	25	8	31	1.86
32318--32387	27	2.5	27	90	6	104	41	22	0	35	1.54
32589--32667	32	2.6	31	88	6	108	20	36	21	21	1.95
33478--33539	32	2.1	30	82	11	74	50	1	12	35	1.51
35121--35181	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
35114--35232	35	3.3	36	88	6	170	32	4	19	43	1.70
35641--35672	16	1.9	17	93	6	57	37	6	21	34	1.79
39739--39798	20	3.2	20	65	29	60	26	5	20	48	1.70
39727--39845	35	3.3	37	86	8	165	31	5	18	44	1.71
40944--40992	22	2.2	22	92	0	80	24	46	12	16	1.81
51268--51292	9	2.8	9	100	0	50	44	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51288--51331	23	1.9	23	90	0	70	40	2	2	54	1.25
53128--53172	3	15.3	3	90	4	74	62	0	2	35	1.08
53424--53703	115	2.4	115	86	3	386	28	20	21	30	1.98
53667--53744	21	3.7	21	79	5	86	19	20	26	33	1.96
53731--53894	74	2.2	73	86	3	240	31	20	20	26	1.98
55836--55996	75	2.2	72	82	4	178	31	21	15	31	1.95
59132--59233	7	14.7	7	89	6	163	0	26	0	73	0.83
64834--64869	2	18.5	2	88	5	56	55	0	0	44	0.99
64831--65109	140	2.0	145	87	6	419	49	6	6	37	1.53
65295--65359	12	5.6	11	73	22	62	64	1	4	29	1.22
66676--66708	3	10.7	3	93	6	57	63	0	0	36	0.95
68215--68264	25	2.0	25	84	7	66	32	24	8	36	1.84
71908--71951	15	2.9	15	81	15	54	47	6	20	25	1.74
78049--78102	15	3.6	14	76	11	54	40	7	18	33	1.78
83841--83871	16	1.9	16	100	0	62	51	19	9	19	1.74
84477--84501	7	3.6	7	100	0	50	40	12	32	16	1.84
89121--89226	6	17.3	6	68	20	51	4	17	1	75	1.07
89118--89217	17	6.3	15	72	17	69	5	16	2	77	1.04
89134--89184	21	2.5	22	84	12	72	3	19	3	72	1.16
89175--89223	22	2.2	21	82	10	62	6	14	0	79	0.91
89118--89223	12	9.2	11	72	23	60	4	16	1	76	1.05
89178--89225	25	1.9	25	87	8	71	6	14	0	79	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90324--90360	6	6.2	6	93	0	56	27	35	21	16	1.94
91331--91355	7	3.6	7	100	0	50	40	12	32	16	1.84
91828--91959	48	2.7	50	80	11	141	29	22	6	40	1.80
94412--94454	23	1.9	22	85	4	59	23	0	4	72	1.04
95483--95549	27	2.5	27	100	0	134	49	7	7	35	1.59
95618--95680	17	3.6	17	80	2	72	36	11	25	26	1.90
101376--101461	23	3.7	23	69	14	77	19	25	24	30	1.98
104400--104446	24	1.9	24	83	12	60	57	0	2	40	1.11
113007--113064	31	1.9	31	85	3	82	31	6	5	56	1.47
130955--131456	198	2.5	199	87	2	722	39	13	14	33	1.84
132621--132660	20	2.0	20	90	0	62	35	10	27	27	1.89
132682--132729	19	2.3	22	79	10	57	31	12	25	31	1.92
133175--133500	55	5.9	55	94	0	537	36	10	16	36	1.84
138594--138765	94	1.8	94	81	2	211	37	11	20	29	1.88
139109--139482	55	6.8	55	91	0	590	37	11	16	34	1.85
139109--139473	164	2.2	163	92	0	595	37	12	16	34	1.85
139109--139488	109	3.5	109	90	1	584	37	11	15	35	1.85
140119--140160	18	2.3	18	91	0	66	28	35	2	33	1.70
142336--142365	15	2.0	15	93	0	51	30	6	13	50	1.67
142681--142780	6	16.7	6	82	4	94	31	9	8	52	1.62
142681--142780	30	3.3	30	94	0	164	31	9	8	52	1.62
143074--143132	29	2.0	29	100	0	118	45	16	20	16	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144263--144308	21	2.2	21	88	3	67	30	15	6	47	1.70
144659--144698	19	2.1	19	85	4	53	52	10	10	27	1.66
145756--145829	35	2.1	35	92	0	121	32	27	12	28	1.92
147054--147929	226	3.9	226	89	0	1322	31	16	14	37	1.89
147522--147889	108	3.3	108	72	11	373	30	17	14	37	1.89
147897--147975	23	3.4	23	94	3	133	26	26	17	29	1.98
147671--148201	272	2.0	272	93	1	904	30	17	15	36	1.91
148020--148386	108	3.3	108	72	11	364	30	16	14	38	1.89
148607--148631	11	2.3	11	100	0	50	24	24	12	40	1.88
151106--151188	24	3.6	24	76	12	77	48	0	2	49	1.14
153716--153806	26	3.4	25	72	22	62	49	1	1	48	1.15
153746--153811	23	2.7	26	77	18	77	48	1	1	48	1.20
159317--159363	21	2.2	21	84	0	58	44	10	23	21	1.83
164777--164816	20	2.0	20	100	0	80	25	15	20	40	1.90
164778--164825	20	2.4	20	92	0	78	29	14	16	39	1.88
175663--175712	18	2.8	18	79	8	59	42	2	2	54	1.23
183840--183921	41	2.0	41	85	7	112	41	21	7	29	1.80
198403--198483	23	3.6	22	76	8	74	24	23	24	27	2.00
206351--206392	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
206574--207391	137	6.0	137	81	2	856	28	16	27	27	1.97
206574--207391	271	3.0	270	80	4	870	28	16	27	27	1.97
206574--207391	408	2.0	410	83	4	1024	28	16	27	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207395--207525	66	2.0	66	87	3	192	39	12	16	30	1.87
207853--207947	34	2.6	37	78	15	94	35	13	18	31	1.90
209742--209769	14	2.0	14	100	0	56	64	0	28	7	1.20
209739--209771	17	1.9	17	93	0	57	60	0	30	9	1.27
210301--210353	26	2.0	26	100	0	106	28	18	11	41	1.85
210520--210574	22	2.5	21	80	8	65	14	25	0	60	1.35
210704--210818	2	58.0	2	98	1	223	49	50	0	0	1.00
210818--210852	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
213218--213342	31	4.0	33	74	13	102	36	20	15	28	1.93
214062--214655	137	4.4	137	83	2	725	28	17	28	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14