genome.fa.s8283.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008283.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110945_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2862730

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
734086--734133	20	2.5	20	86	3	62	31	12	2	54	1.49
740622--740659	20	1.9	20	88	0	58	13	26	34	26	1.93
749658--749703	20	2.3	19	89	10	74	54	10	17	17	1.70
749816--749869	20	2.7	21	82	8	67	50	11	16	22	1.77
749834--749876	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
752155--752252	6	16.3	6	78	0	79	37	8	34	19	1.81
752158--752252	12	7.9	12	85	0	118	36	8	34	20	1.83
753726--754388	183	3.6	183	97	0	1249	34	14	16	34	1.89
756889--756953	25	2.6	25	80	0	85	35	9	13	41	1.77
757298--757361	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
757298--757370	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
757413--758414	334	3.0	334	98	0	1927	42	7	11	38	1.70
759139--759172	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
762446--762498	27	2.0	27	96	0	97	30	20	24	24	1.99
770720--770762	20	2.2	20	86	0	59	30	11	20	37	1.89
770992--771044	27	2.0	27	96	0	97	30	22	22	24	1.99
773086--773131	18	2.6	17	80	10	56	63	2	4	30	1.26
773086--773133	17	2.8	18	84	6	64	64	2	4	29	1.23
773167--773197	10	3.1	10	95	0	53	35	0	32	32	1.58
773318--773440	51	2.4	50	78	4	122	21	25	38	14	1.92
773288--773440	50	3.0	51	70	11	138	23	26	34	15	1.95
774854--774911	23	2.5	24	73	18	59	13	24	8	53	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
778841--778870	13	2.2	14	94	5	53	56	0	43	0	0.99
779395--779510	46	2.6	45	89	5	171	42	9	14	33	1.78
781039--781088	14	3.5	15	75	8	50	64	2	2	32	1.16
781631--781671	17	2.4	17	91	0	64	56	9	2	31	1.45
795640--795718	28	3.0	25	73	15	70	64	3	0	31	1.11
795647--795689	15	2.8	16	82	10	54	62	0	0	37	0.95
796089--796155	35	1.9	35	93	0	116	31	17	14	35	1.91
796170--796254	37	2.3	37	91	4	136	50	0	0	49	1.00
796934--797166	101	2.3	100	78	6	231	26	14	11	48	1.77
797033--797363	101	3.3	99	73	9	247	27	13	12	46	1.79
802673--802703	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
805943--805979	18	2.1	18	100	0	74	27	16	21	35	1.94
814691--814742	19	2.7	19	90	0	86	34	15	28	21	1.94
821752--821794	20	2.1	21	87	8	63	13	16	0	69	1.19
821739--821826	45	2.0	45	84	8	117	13	19	0	67	1.24
827136--827166	11	2.8	11	95	0	53	74	0	9	16	1.07
827136--827168	16	2.1	16	88	11	50	75	0	9	15	1.03
828935--828999	30	2.2	30	91	0	103	26	21	21	30	1.98
828946--829007	30	2.1	30	100	0	124	24	19	24	32	1.98
831707--831734	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
833424--833520	44	2.2	44	100	0	194	42	20	10	26	1.84
833507--833558	19	2.7	19	78	0	68	38	15	25	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
834335--834399	31	2.1	31	85	0	85	24	15	23	36	1.93
834358--834457	30	3.3	30	90	1	128	23	18	25	34	1.96
835916--835965	3	16.7	3	82	0	64	26	32	4	38	1.75
845186--845251	33	2.0	33	93	0	114	22	46	0	30	1.52
845285--845328	21	2.1	21	86	0	61	15	29	11	43	1.82
845411--845442	15	2.1	15	100	0	64	12	62	6	18	1.50
849545--849599	23	2.4	22	80	14	58	25	18	32	23	1.97
849528--849610	21	3.7	22	71	17	73	21	20	32	25	1.98
856560--856605	20	2.3	19	78	10	56	21	17	8	52	1.71
857137--857161	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
857710--857761	15	3.5	15	97	0	95	28	25	25	21	1.99
858255--858302	17	2.7	18	80	9	62	56	2	2	39	1.23
858342--858389	8	5.9	8	79	13	53	72	2	0	25	0.95
858341--858406	17	4.0	16	75	13	62	66	1	0	31	1.01
859137--859296	65	2.5	64	86	5	216	31	23	18	27	1.97
859268--859316	19	2.6	19	87	9	66	24	28	18	28	1.98
863477--863557	23	3.6	23	75	11	78	25	25	23	24	2.00
866850--866894	16	2.8	16	82	3	54	55	0	0	44	0.99
867169--867221	23	2.3	23	86	0	79	13	20	15	50	1.76
867489--867516	14	2.0	14	100	0	56	21	0	21	57	1.41
879950--880165	115	1.9	116	90	3	346	35	5	6	53	1.47
880055--880121	28	2.4	28	80	11	68	25	7	4	62	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
883622--883663	22	2.0	22	85	4	59	54	2	0	42	1.13
884452--884492	2	20.5	2	100	0	82	0	48	0	51	1.00
890053--890099	21	2.2	21	84	0	67	19	27	17	36	1.93
890052--890381	20	16.3	20	84	8	296	26	21	17	33	1.96
890052--890368	121	2.6	122	80	5	313	26	21	17	34	1.96
890052--890381	41	8.1	40	80	8	296	26	21	17	33	1.96
890052--890381	61	5.4	59	78	9	285	26	21	17	33	1.96
891250--891303	24	2.2	24	90	0	81	20	16	20	42	1.89
891478--891507	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
893819--893873	19	2.8	19	83	2	65	38	21	21	18	1.94
893864--893951	14	5.6	14	67	23	50	44	18	25	12	1.84
893846--893972	33	3.8	33	95	0	227	44	18	24	12	1.84
893826--893976	19	8.7	18	68	22	92	43	19	24	12	1.85
893982--894053	33	2.2	33	92	0	117	9	22	20	47	1.79
894003--894061	19	3.4	18	68	22	54	13	22	18	45	1.84
894168--894201	14	2.4	14	95	0	59	44	20	0	35	1.52
895555--895621	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
895555--895677	42	2.9	42	81	4	124	23	18	35	21	1.95
896123--896170	19	2.5	20	86	3	62	50	27	14	8	1.71
896171--896249	19	4.4	18	78	15	76	10	17	25	46	1.79
896181--896262	33	2.3	36	85	12	107	7	20	23	48	1.74
896180--896250	19	4.0	19	80	15	98	7	19	25	47	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
896364--896739	94	4.1	94	92	2	593	47	19	11	21	1.81
898426--898552	19	7.2	19	73	17	121	44	19	23	11	1.84
898426--898552	52	2.4	52	93	1	209	44	19	23	11	1.84
899093--899185	20	4.7	20	84	5	125	19	18	22	39	1.92
899182--899227	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
900447--900483	18	2.1	18	89	0	56	24	13	0	62	1.31
901905--901980	36	2.1	36	97	0	143	31	10	14	43	1.79
902401--902430	15	2.0	15	100	0	60	13	26	46	13	1.80
906898--906972	35	2.1	36	95	2	134	32	10	14	42	1.80
909873--909908	18	2.1	17	94	5	63	30	8	0	61	1.26
910085--910223	46	3.0	46	100	0	278	23	25	17	33	1.96
920848--920884	18	2.1	18	94	0	65	21	18	32	27	1.97
923043--923110	35	1.9	35	85	5	93	22	23	22	32	1.98
929977--930050	20	3.7	20	85	0	103	22	21	22	32	1.98
930040--930110	20	3.5	20	90	0	115	22	15	21	40	1.90
930033--930109	40	1.9	41	94	2	138	22	14	19	44	1.86
935474--935517	23	1.9	23	90	0	70	27	0	40	31	1.56
939891--939959	27	2.6	26	84	9	95	55	0	2	42	1.15
951402--951480	6	13.2	6	90	0	104	31	45	16	6	1.72
957190--957268	6	13.2	6	95	0	104	29	48	16	6	1.71
963512--963536	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
963716--963773	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
967184--967297	58	1.9	60	84	7	153	37	8	4	49	1.54
973806--973864	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
978484--978542	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
983570--983613	18	2.4	18	92	0	70	6	36	43	13	1.71
984546--984633	32	2.7	32	87	1	122	31	31	11	25	1.91
987209--987275	34	1.9	34	82	14	84	47	19	11	20	1.81
987443--987533	32	2.8	32	76	3	101	31	28	13	26	1.93
988173--988250	38	2.1	38	95	0	138	33	5	17	43	1.72
989890--990048	81	2.0	80	86	8	225	38	5	11	44	1.63
996642--996687	18	2.6	18	100	0	92	8	26	23	41	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14