genome.fa.s8283.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008283.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110945_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2862730

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2325155--2325180	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2325167--2325499	164	2.0	165	91	8	545	37	11	11	39	1.77
2325542--2325616	2	39.5	2	89	10	122	50	0	0	49	1.00
2325727--2325773	16	3.1	15	90	6	69	48	0	0	51	1.00
2325736--2325774	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
2327155--2327452	150	2.0	146	97	2	560	15	15	19	49	1.79
2332930--2332956	3	9.0	3	100	0	54	66	33	0	0	0.92
2334612--2334669	20	2.9	20	97	0	107	18	15	34	31	1.93
2334505--2334649	65	2.2	64	83	9	170	28	15	23	33	1.95
2342984--2343126	64	2.2	65	87	1	198	28	18	23	29	1.98
2343005--2343142	64	2.2	63	85	5	179	30	16	21	31	1.96
2343155--2343192	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
2346930--2346963	14	2.3	15	95	5	61	70	0	8	20	1.13
2346983--2347023	22	1.9	22	95	5	75	26	26	0	46	1.53
2347933--2348083	75	2.0	75	96	0	275	6	29	14	49	1.69
2349537--2349584	18	2.7	17	81	15	53	35	2	0	62	1.07
2350234--2350320	34	2.5	35	78	15	92	36	1	0	62	1.03
2350279--2350328	26	1.9	26	95	0	91	40	0	0	60	0.97
2351258--2351301	21	2.0	23	86	8	65	4	15	47	31	1.66
2371571--2371678	29	3.7	29	83	4	137	37	15	6	40	1.73
2378548--2379267	81	9.0	81	88	3	1005	30	19	13	36	1.90
2380013--2380056	22	2.0	23	81	4	54	72	4	11	11	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2380167--2380308	49	2.8	50	89	6	207	40	4	7	47	1.54
2380509--2380782	113	2.3	118	87	8	398	41	14	8	35	1.76
2381233--2381271	20	1.9	21	89	5	62	51	15	15	17	1.77
2381019--2381574	181	3.1	182	90	1	850	43	14	15	26	1.85
2381415--2381452	20	1.9	20	88	0	58	52	13	15	18	1.74
2388977--2389016	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2393983--2394024	17	2.5	17	96	3	77	30	19	23	26	1.98
2394823--2394871	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
2395320--2396287	201	4.8	201	89	0	1445	35	14	17	32	1.90
2396577--2396620	15	2.9	15	93	0	79	27	36	6	29	1.83
2398446--2398493	19	2.5	19	96	0	87	31	6	10	52	1.60
2400858--2400900	13	3.3	13	90	0	68	76	9	13	0	1.01
2406750--2407417	199	3.4	191	86	6	830	39	14	15	31	1.87
2407534--2407614	23	3.5	23	86	0	108	32	16	9	41	1.81
2408000--2408048	23	2.1	23	84	0	62	61	4	0	34	1.15
2408862--2409035	89	2.0	89	100	0	348	40	10	10	38	1.74
2409603--2409629	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2410045--2410105	21	2.9	21	75	0	59	31	16	14	37	1.89
2413099--2413155	21	2.7	21	81	7	62	42	10	8	38	1.71
2413981--2414045	32	2.0	32	84	0	85	21	9	30	38	1.85
2417173--2417213	7	6.0	7	97	2	75	58	14	14	12	1.63
2419409--2419460	22	2.3	23	90	6	79	63	1	7	26	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2423043--2423086	23	1.9	23	90	0	70	22	18	15	43	1.88
2423071--2423116	23	2.0	23	82	0	56	32	13	13	41	1.82
2425523--2425551	15	1.9	15	100	0	58	10	13	20	55	1.68
2428887--2428950	32	2.0	32	100	0	128	15	9	15	59	1.60
2435079--2435109	9	3.6	9	95	4	55	80	0	9	9	0.90
2435146--2435193	23	2.1	23	84	0	60	72	2	10	14	1.19
2435504--2435551	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2436092--2436166	37	2.0	37	97	0	141	32	14	13	40	1.85
2436903--2436996	35	2.6	36	91	1	154	28	6	18	46	1.73
2436982--2437315	73	4.7	73	71	12	250	42	14	18	25	1.87
2436992--2437380	36	11.1	36	69	16	237	42	13	18	25	1.87
2436982--2437390	174	2.3	174	88	1	595	42	13	18	26	1.87
2437301--2437411	29	3.6	29	70	19	89	37	10	18	32	1.86
2437277--2437433	65	2.4	66	92	2	257	39	11	20	28	1.87
2444718--2444780	19	3.1	20	72	9	56	23	31	28	15	1.96
2445224--2445532	155	2.0	154	96	3	577	32	10	15	41	1.81
2446464--2446509	18	2.6	18	86	6	58	52	19	23	4	1.64
2447138--2447208	38	1.9	38	94	5	128	33	2	36	26	1.71
2447138--2447201	21	3.2	21	65	17	64	32	1	40	25	1.65
2449080--2449126	23	2.0	23	91	0	76	12	8	38	40	1.74
2450850--2450884	6	5.8	6	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2451403--2451447	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2452162--2452226	20	3.3	20	89	4	89	40	1	0	58	1.07
2452204--2452272	31	2.3	30	83	14	81	39	5	1	53	1.34
2453894--2453920	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2455889--2455932	14	2.9	16	86	6	65	47	13	20	18	1.82
2459270--2459313	14	3.0	14	86	6	61	50	13	20	15	1.78
2459270--2459310	16	2.7	15	88	7	57	51	12	19	17	1.76
2464455--2464512	28	2.1	28	96	0	107	43	18	20	17	1.89
2468185--2468340	41	3.9	40	92	5	253	38	12	11	37	1.80
2469078--2469130	21	2.5	21	81	6	63	20	24	18	35	1.95
2469120--2469213	20	4.7	20	84	2	134	37	20	21	21	1.95
2469120--2469213	41	2.3	40	87	1	134	37	20	21	21	1.95
2469120--2469233	61	1.9	60	90	1	183	35	21	21	22	1.96
2469401--2469476	22	3.5	22	85	0	98	25	39	17	18	1.91
2469802--2469915	40	3.2	32	74	17	93	14	18	23	43	1.86
2469845--2469894	20	2.5	20	90	0	73	18	18	28	36	1.94
2469802--2469874	33	2.2	33	85	7	94	15	20	24	39	1.91
2469862--2469916	20	2.8	20	91	0	83	10	16	23	49	1.77
2469881--2469924	20	2.2	20	87	0	61	13	13	20	52	1.74
2471795--2471951	20	8.5	20	78	18	153	41	21	19	17	1.90
2471838--2471918	33	2.4	33	85	2	99	45	22	19	12	1.83
2471967--2472117	20	7.9	20	85	8	190	15	20	21	42	1.89
2472624--2472692	21	3.3	21	70	0	57	21	36	17	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2474089--2474124	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
2474295--2474369	20	3.8	20	87	0	105	20	20	24	36	1.95
2474302--2474403	40	2.7	40	81	12	119	20	20	22	36	1.95
2476820--2476866	24	2.0	24	95	0	85	34	17	21	27	1.95
2476824--2476875	24	2.2	24	85	0	68	36	19	19	25	1.95
2477513--2477553	22	1.9	21	85	5	55	26	12	39	21	1.89
2477704--2477750	20	2.3	20	92	0	76	23	14	25	36	1.93
2477744--2477890	20	7.3	20	88	1	222	20	21	19	38	1.93
2477724--2477890	60	2.8	58	84	8	217	20	20	20	38	1.94
2477887--2477932	21	2.2	21	84	0	56	36	15	28	19	1.92
2486265--2486337	30	2.4	30	93	0	119	30	23	20	26	1.99
2486311--2486395	31	2.8	30	82	5	89	30	23	18	27	1.98
2486323--2486448	31	4.1	31	85	2	128	32	21	18	27	1.96
2487907--2487951	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2491060--2491132	30	2.4	30	95	0	128	30	24	20	24	1.99
2491106--2491190	31	2.8	30	82	5	89	30	23	18	27	1.98
2491118--2491243	31	4.1	31	84	2	101	32	20	18	28	1.96
2492713--2492757	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2497894--2497989	32	2.8	32	87	7	129	42	5	0	52	1.24
2497915--2497989	38	2.0	37	94	2	132	44	4	0	52	1.20
2497988--2498026	20	2.0	20	89	0	60	5	10	43	41	1.61
2498021--2498077	29	2.0	27	93	6	96	31	7	14	47	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2499376--2499400	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2501121--2501163	22	2.0	22	85	0	59	23	20	9	46	1.79
2505123--2505168	20	2.3	20	92	0	74	30	26	17	26	1.97
2508559--2508606	20	2.4	20	92	0	78	29	29	16	25	1.97
2508650--2508688	20	2.0	20	89	0	60	33	12	12	41	1.82
2511294--2511388	12	7.5	12	78	18	63	58	1	2	37	1.17
2511342--2511380	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
2520216--2520261	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
2521223--2521277	21	2.6	21	91	0	92	40	18	10	30	1.85
2521319--2521381	27	2.3	27	94	0	108	28	14	22	34	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14