genome.fa.s8283.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008283.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110945_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2862730

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

This is table  9  of  14  ( 1608 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1708904--1708950	2	23.5	2	100	0	94	0	48	0	51	1.00
1709501--1709535	9	3.9	9	88	0	52	20	0	0	80	0.72
1709501--1709554	18	2.8	18	80	11	54	24	0	0	75	0.80
1709525--1709565	3	13.0	3	90	10	64	31	0	0	68	0.90
1709501--1709558	12	4.9	12	81	10	57	24	0	0	75	0.80
1710979--1711021	22	2.0	22	81	9	52	41	0	2	55	1.12
1711607--1711664	28	2.1	27	84	6	73	32	5	1	60	1.29
1717567--1717792	114	2.0	114	91	0	362	35	15	19	30	1.92
1720323--1720365	22	2.0	22	90	0	68	32	13	13	39	1.85
1720751--1721087	113	3.0	111	85	6	455	36	13	20	29	1.91
1721342--1721406	3	21.0	3	90	6	103	33	0	0	66	0.92
1721339--1721406	28	2.4	28	97	0	127	33	0	0	66	0.92
1722652--1722706	15	3.7	15	80	4	58	32	1	1	63	1.15
1722804--1722849	17	2.9	16	84	9	58	34	2	0	63	1.07
1731496--1731681	92	2.0	92	96	0	345	40	6	19	33	1.78
1732609--1732647	14	2.8	14	80	0	51	23	15	30	30	1.95
1733041--1733188	45	3.3	45	86	1	190	33	10	18	37	1.85
1733344--1733469	54	2.3	53	86	8	166	36	9	14	39	1.78
1733453--1733485	16	2.1	16	94	0	57	33	9	15	42	1.78
1733711--1733798	39	2.3	39	84	7	117	32	10	13	43	1.78
1733732--1733991	97	2.7	96	78	9	255	38	7	13	40	1.73
1735915--1736063	39	3.9	39	83	5	187	35	6	14	43	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1735984--1736157	94	1.8	95	84	8	239	35	5	15	43	1.71
1739171--1739209	20	2.0	20	85	10	53	28	0	0	71	0.86
1739174--1739206	10	3.0	11	91	8	50	27	0	0	72	0.85
1739197--1739246	21	2.4	21	80	9	57	32	2	4	62	1.25
1743364--1743546	93	2.0	93	98	0	357	38	17	23	20	1.93
1744272--1744302	8	3.8	8	91	8	53	12	3	0	83	0.75
1744378--1744465	21	4.5	19	76	10	63	18	7	1	72	1.15
1744522--1744546	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
1745386--1745423	15	2.7	14	88	8	51	10	13	0	76	1.02
1749590--1749797	100	2.1	99	85	5	285	31	15	17	34	1.92
1750978--1751762	84	9.4	85	80	2	709	30	24	19	24	1.98
1750979--1751756	168	4.6	167	82	1	831	31	24	19	24	1.98
1750978--1751756	251	3.1	249	84	2	963	31	24	20	24	1.98
1752321--1752371	19	2.6	19	78	12	50	47	5	1	45	1.38
1753264--1753314	21	2.4	21	90	0	75	29	49	17	3	1.65
1753457--1753491	12	2.8	13	91	8	63	28	0	0	71	0.86
1753460--1753492	10	3.0	11	91	8	50	27	0	0	72	0.85
1753469--1753579	45	2.4	47	75	17	108	32	4	1	61	1.27
1753664--1753706	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
1753704--1753753	17	2.7	18	78	12	57	16	8	0	76	1.02
1753936--1753968	13	2.5	14	90	9	52	6	12	0	81	0.85
1754012--1754056	20	2.3	20	88	3	65	6	15	0	77	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1754048--1754116	21	3.4	19	75	11	57	17	10	1	71	1.21
1754009--1754118	52	2.1	52	81	10	125	14	11	0	72	1.16
1754196--1754237	17	2.5	17	80	0	57	16	4	2	76	1.07
1755607--1755647	21	2.0	21	85	0	55	65	2	4	26	1.25
1756355--1756492	37	3.8	36	84	6	172	29	14	13	42	1.84
1756389--1756489	34	2.9	35	91	8	161	27	14	13	43	1.84
1757036--1757693	105	6.3	105	90	4	931	22	18	26	33	1.96
1757035--1757693	207	3.2	208	88	3	936	22	18	26	33	1.96
1758366--1758659	36	8.4	34	74	12	188	40	14	18	26	1.89
1759089--1759124	18	2.0	18	88	0	54	41	30	8	19	1.81
1760153--1760209	25	2.4	25	82	5	73	1	15	7	75	1.10
1760167--1760213	16	2.9	16	84	9	51	0	17	8	74	1.05
1760202--1760251	17	3.1	16	76	23	52	2	12	6	80	0.98
1764998--1765036	15	2.5	15	83	8	51	56	0	2	41	1.13
1765025--1765084	24	2.6	24	79	12	63	65	1	5	28	1.23
1765056--1765093	16	2.4	16	82	4	51	63	0	5	31	1.17
1765783--1765920	37	3.8	36	84	6	172	29	14	13	42	1.84
1765817--1765917	34	2.9	35	91	8	161	27	14	13	43	1.84
1766627--1766658	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
1772694--1772848	37	4.2	37	88	1	213	30	20	10	37	1.87
1773199--1773263	21	3.1	21	93	0	112	23	26	10	40	1.87
1773201--1773277	21	3.8	21	84	5	88	24	22	12	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1773752--1773822	34	2.1	33	84	7	90	22	28	15	33	1.95
1774229--1774296	34	2.0	34	88	5	102	25	22	32	20	1.98
1774230--1774317	19	4.8	20	77	14	100	23	21	32	21	1.98
1774539--1774578	21	1.9	21	94	0	71	50	7	10	32	1.64
1777730--1777817	19	4.8	19	76	12	87	23	18	34	23	1.96
1782559--1782642	41	2.0	41	100	0	168	36	14	20	28	1.91
1790505--1790552	21	2.3	21	85	3	62	41	0	0	58	0.98
1790553--1790587	16	2.3	15	90	5	52	68	0	5	25	1.11
1790553--1790617	12	5.2	12	72	20	53	66	1	4	27	1.20
1790600--1790672	29	2.5	29	76	10	78	68	1	4	26	1.15
1791960--1792019	3	21.0	3	77	16	56	65	3	0	31	1.09
1791960--1792020	18	3.6	17	84	6	70	65	3	0	31	1.09
1791988--1792037	21	2.4	22	93	6	86	74	4	0	22	0.99
1791961--1792033	21	3.1	23	80	15	78	68	4	0	27	1.07
1792368--1793095	113	6.4	113	89	1	1048	28	19	14	37	1.91
1793107--1793288	76	2.4	76	93	1	303	32	21	20	24	1.97
1793963--1794017	22	2.5	22	93	0	101	40	14	10	34	1.81
1794383--1794540	54	3.0	54	82	4	198	27	22	13	36	1.92
1798830--1798936	17	6.2	16	72	12	79	2	17	0	79	0.85
1798846--1798940	8	11.4	8	75	17	79	3	16	0	80	0.85
1798845--1798944	9	11.3	9	73	12	73	3	17	0	80	0.84
1798843--1798938	36	2.8	33	83	16	124	3	17	0	79	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1798846--1798965	43	2.8	44	81	14	142	4	16	2	76	1.05
1798848--1798940	26	3.8	22	74	16	62	3	17	0	79	0.86
1798925--1798977	26	2.0	26	88	0	79	7	11	11	69	1.35
1798884--1798963	33	2.4	32	83	10	90	2	15	3	78	0.99
1801767--1801814	12	3.8	12	81	10	60	56	8	12	22	1.63
1801767--1801826	26	2.3	25	83	11	68	55	6	13	25	1.62
1803381--1803438	28	2.2	26	84	6	71	60	1	5	32	1.29
1804026--1804077	20	2.6	20	78	0	59	65	1	1	30	1.14
1804226--1804260	16	2.2	16	90	10	54	40	0	0	60	0.97
1804261--1804303	13	3.1	14	83	10	61	69	0	4	25	1.07
1804261--1804303	3	14.3	3	80	9	52	69	0	4	25	1.07
1804261--1804325	12	5.2	12	72	20	53	66	1	4	27	1.20
1804308--1804380	29	2.5	29	76	10	78	68	1	4	26	1.15
1805672--1805731	3	21.0	3	79	16	65	66	1	0	31	1.01
1805672--1805732	11	5.6	11	74	14	56	67	1	0	31	1.01
1805700--1805740	21	2.0	21	100	0	82	73	4	0	21	1.02
1820857--1820892	17	2.2	16	90	5	54	38	2	8	50	1.47
1824540--1824608	27	2.6	27	80	8	70	34	1	1	62	1.13
1830951--1831055	23	4.7	22	83	5	122	15	25	34	24	1.95
1838047--1838114	29	2.4	29	90	4	104	26	10	7	55	1.59
1838072--1838305	118	2.0	116	88	5	346	28	14	5	51	1.64
1851630--1851670	20	2.0	21	95	4	75	34	21	19	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1851751--1851790	19	2.0	21	90	9	66	37	30	12	20	1.89
1852525--1852575	19	2.6	20	84	3	68	31	17	19	31	1.95
1853799--1853844	20	2.3	19	85	14	58	50	8	15	26	1.73
1855001--1855039	19	2.1	19	100	0	78	10	43	10	35	1.73
1856512--1856557	19	2.5	19	92	3	76	6	4	47	41	1.49
1856738--1856794	24	2.4	24	82	5	71	24	24	31	19	1.98
1864240--1864285	20	2.3	19	85	14	58	50	8	15	26	1.73
1871069--1871313	122	2.0	123	99	0	483	26	21	16	35	1.95
1871404--1871505	49	2.1	49	98	0	195	29	12	23	34	1.92
1872115--1872164	23	2.2	23	85	0	64	40	10	20	30	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14