genome.fa.s8283.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008283.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110945_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2862730

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1256958--1259173	819	2.7	817	88	2	3062	31	23	19	25	1.98
1260040--1260445	37	11.6	36	77	18	337	45	2	4	46	1.39
1260072--1260133	28	2.4	25	80	15	79	43	1	4	50	1.33
1260083--1260138	28	2.0	28	93	3	96	41	3	5	50	1.43
1260112--1260446	68	4.7	72	80	12	313	45	2	4	46	1.38
1261744--1261792	19	2.6	19	77	6	55	12	8	10	69	1.37
1261888--1261956	25	2.8	26	75	20	67	26	1	5	66	1.22
1262036--1262060	11	2.3	11	100	0	50	36	0	0	64	0.94
1261790--1262295	246	2.0	247	94	5	879	25	9	6	59	1.52
1262888--1262925	19	2.0	19	85	10	51	28	7	13	50	1.69
1275619--1275644	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1276605--1276789	93	2.0	92	88	1	271	32	28	12	26	1.93
1291528--1291603	37	2.1	37	100	0	152	25	19	15	39	1.91
1313258--1313283	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
1324947--1324975	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
1342148--1342181	9	3.7	9	88	4	50	47	17	8	26	1.77
1342187--1342572	184	2.1	182	89	3	598	45	8	3	42	1.52
1342509--1342551	20	2.2	20	83	8	52	41	2	2	53	1.26
1343456--1343488	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
1344335--1344427	39	2.3	40	77	15	102	32	19	18	30	1.95
1345079--1345128	22	2.3	22	82	6	57	36	12	16	36	1.85
1346554--1346583	7	4.3	7	95	0	51	30	40	13	16	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1348791--1348893	36	2.9	36	86	2	154	42	17	10	29	1.83
1350521--1350729	44	4.8	44	80	2	233	31	23	16	28	1.96
1350521--1350729	88	2.4	88	88	0	312	31	23	16	28	1.96
1350545--1350755	88	2.4	88	82	3	230	33	23	15	27	1.95
1350747--1350874	43	3.0	43	78	6	134	35	22	13	28	1.92
1350852--1350905	27	1.9	28	88	7	83	24	20	24	31	1.98
1353209--1353254	18	2.5	19	75	10	51	58	0	0	41	0.98
1353919--1353988	34	2.1	34	97	0	131	30	2	11	55	1.50
1356993--1357130	65	2.1	65	93	0	231	23	33	17	26	1.96
1357532--1357575	21	2.1	21	91	0	70	29	0	15	54	1.42
1357552--1357614	28	2.2	30	94	5	112	30	0	12	57	1.36
1358099--1358160	17	3.4	17	73	16	61	40	0	11	48	1.39
1358121--1358164	23	2.0	23	81	4	54	40	0	9	50	1.34
1361474--1361528	12	4.7	12	86	6	69	52	0	3	43	1.18
1361466--1361641	26	7.2	24	78	9	89	46	1	9	43	1.45
1361547--1361636	26	3.5	26	93	3	155	42	3	11	43	1.56
1361547--1361674	26	4.8	26	84	8	145	42	2	11	42	1.54
1361718--1361752	17	2.0	18	94	5	63	57	0	5	37	1.23
1361991--1362273	26	11.2	25	77	12	190	45	1	7	44	1.42
1361953--1362192	113	2.1	113	91	3	385	45	1	8	44	1.42
1361982--1362262	87	3.2	89	81	8	315	45	1	8	44	1.44
1362366--1362410	24	1.9	24	86	4	65	40	2	4	53	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1362377--1362418	17	2.5	17	80	0	57	40	0	2	57	1.12
1363636--1363669	14	2.4	14	90	0	50	50	2	0	47	1.16
1364674--1364707	15	2.2	16	94	5	61	55	5	0	38	1.24
1364761--1364850	30	3.0	30	90	1	135	44	12	1	42	1.49
1364765--1364819	15	3.6	16	70	20	55	43	12	0	43	1.42
1365406--1365481	29	2.6	29	85	6	100	13	32	32	21	1.91
1371350--1371448	44	2.2	45	82	8	123	23	16	14	46	1.83
1371681--1371966	54	5.3	55	94	1	470	34	19	11	33	1.89
1371681--1371966	109	2.6	108	92	1	473	34	19	11	33	1.89
1372311--1372509	94	2.1	94	80	1	211	25	23	12	39	1.89
1376661--1376778	38	3.1	39	74	17	113	35	15	0	48	1.51
1376954--1376991	18	2.1	19	85	5	51	71	2	0	26	1.00
1379132--1379188	16	3.6	16	92	0	87	14	10	15	59	1.60
1383564--1383606	21	2.1	20	82	4	50	13	6	34	44	1.72
1385624--1385651	14	2.0	14	100	0	56	14	50	28	7	1.69
1386265--1386350	3	28.7	3	80	0	91	59	1	0	39	1.05
1386282--1386350	27	2.6	27	92	0	111	62	1	0	36	1.04
1386599--1387380	45	17.2	45	90	1	1197	34	19	22	24	1.96
1387229--1387348	25	5.2	25	59	19	62	35	17	25	22	1.95
1388550--1388711	54	3.0	54	84	5	220	27	20	16	36	1.93
1389582--1389810	75	3.1	74	81	5	246	31	19	17	32	1.94
1397469--1397554	2	45.5	2	84	11	119	47	1	1	50	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1397713--1397754	5	8.4	5	84	10	59	73	0	2	23	0.94
1398759--1398818	3	20.0	3	78	0	57	58	0	0	41	0.98
1398759--1398818	18	3.3	18	85	0	75	58	0	0	41	0.98
1398760--1398820	21	3.0	21	83	6	65	60	0	0	39	0.97
1402495--1402535	18	2.3	18	95	0	73	14	24	26	34	1.94
1402881--1403043	89	1.8	89	80	7	197	23	18	28	29	1.98
1409678--1409729	21	2.3	23	83	6	63	36	7	0	55	1.29
1416138--1416177	14	2.9	13	85	10	53	57	0	5	37	1.21
1420013--1420037	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
1420713--1420766	10	5.8	10	77	20	55	5	29	0	64	1.16
1420700--1420757	26	2.3	25	87	3	89	6	29	0	63	1.20
1420700--1420765	26	2.6	25	83	7	87	6	28	0	65	1.17
1422602--1422653	26	2.0	25	88	3	77	69	1	25	3	1.16
1423745--1423870	47	2.8	45	84	5	155	29	23	7	39	1.83
1430861--1430985	47	2.8	45	83	7	146	29	23	7	40	1.81
1433536--1433574	3	13.0	3	94	0	69	30	0	0	69	0.89
1434712--1434757	23	2.0	23	91	0	74	28	26	23	21	1.99
1435930--1435964	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
1436455--1436614	64	2.5	63	83	6	189	26	21	18	33	1.96
1439726--1440029	151	2.0	149	92	4	431	34	21	17	26	1.95
1440916--1440950	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
1441434--1441558	64	1.9	65	85	6	173	28	19	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1441434--1441594	64	2.5	64	80	10	168	27	20	18	33	1.96
1441564--1441614	19	2.7	19	100	0	102	21	27	25	25	1.99
1445435--1445699	132	2.0	132	100	0	530	43	12	22	21	1.86
1453353--1453398	3	15.3	3	100	0	92	0	34	0	65	0.93
1456600--1456846	51	4.8	51	80	4	282	48	13	11	25	1.76
1456598--1456846	102	2.4	103	85	3	324	48	14	11	25	1.76
1463379--1463608	120	2.0	116	82	9	283	26	10	42	21	1.84
1467164--1467236	20	3.7	20	92	0	119	23	27	21	27	1.99
1467289--1467326	20	1.9	20	94	0	67	28	10	21	39	1.86
1471723--1471832	38	2.9	38	74	6	107	36	21	6	35	1.79
1471834--1471943	56	2.0	56	85	0	148	30	19	10	40	1.85
1471916--1471975	17	3.4	17	68	20	50	38	21	6	33	1.80
1471903--1472136	37	6.5	37	69	14	150	33	22	8	35	1.84
1471940--1472203	70	3.8	69	76	10	232	32	22	8	36	1.84
1471940--1472144	72	2.9	72	80	7	186	33	22	8	35	1.84
1471940--1472202	142	1.9	142	80	7	320	32	22	8	36	1.84
1473630--1473664	18	1.9	18	100	0	70	25	34	22	17	1.96
1474472--1474534	20	2.9	20	77	15	63	23	26	19	30	1.98
1474472--1474536	24	2.9	22	80	13	71	24	26	18	30	1.98
1478663--1478697	18	1.9	18	94	0	61	22	34	25	17	1.96
1479418--1479581	65	2.5	64	86	1	238	27	15	26	31	1.96
1479532--1479578	19	2.5	19	83	10	62	25	17	31	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1479422--1479628	65	3.2	62	80	11	202	27	16	24	31	1.96
1479798--1479837	20	2.0	21	85	14	57	45	7	5	42	1.54
1479968--1480000	16	2.1	16	94	0	57	18	42	6	33	1.75
1481043--1481160	44	2.7	42	79	8	128	26	18	26	28	1.98
1486887--1487050	65	2.5	64	85	1	229	27	15	26	30	1.96
1487001--1487047	19	2.5	19	83	10	62	25	17	31	25	1.97
1486891--1487097	65	3.2	62	79	12	195	27	16	24	31	1.97
1487267--1487306	20	2.0	21	85	14	57	45	7	5	42	1.54
1487349--1487411	18	3.3	18	87	12	99	26	33	20	19	1.96
1490830--1490883	21	2.3	23	75	12	58	9	11	11	68	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14