genome.fa.s8283.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008283.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110945_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2862730

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2155952--2156000	23	2.1	23	85	7	64	28	8	4	59	1.45
2156162--2156223	2	30.5	2	96	3	115	48	1	0	50	1.10
2158312--2158347	16	2.2	16	95	0	63	52	19	0	27	1.46
2165584--2165668	43	2.0	43	88	0	125	35	23	9	31	1.87
2166420--2166510	46	1.9	49	84	10	127	28	19	14	37	1.91
2169276--2169319	3	15.0	3	80	4	54	63	0	0	36	0.95
2170139--2170211	36	2.0	36	100	0	146	34	19	16	30	1.94
2180595--2180623	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2181390--2181440	25	2.0	25	84	3	66	33	5	1	58	1.33
2187741--2188021	140	2.0	140	100	0	562	32	18	24	24	1.97
2190731--2190772	17	2.5	17	85	11	52	73	0	0	26	0.83
2190787--2190848	17	3.8	16	70	6	52	66	0	4	29	1.12
2190751--2190875	50	2.6	49	79	11	130	67	1	7	24	1.25
2190853--2190925	19	3.9	18	75	10	51	78	1	4	16	0.98
2190884--2190924	12	3.5	11	83	9	55	80	2	2	14	0.92
2190892--2190925	17	1.9	18	94	5	61	85	2	0	11	0.71
2190892--2191026	39	3.3	40	77	8	132	71	2	7	18	1.23
2190934--2190964	14	2.1	15	94	5	55	80	6	0	12	0.89
2191828--2192440	199	3.1	199	85	2	764	27	20	18	33	1.96
2192646--2193104	86	5.3	86	87	0	648	21	21	25	32	1.98
2197906--2197941	6	6.0	6	100	0	72	66	0	0	33	0.92
2198092--2198206	18	6.5	17	66	16	56	73	2	6	18	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2198049--2198161	50	2.3	48	83	10	133	68	0	7	23	1.20
2198169--2198280	39	2.9	37	83	11	118	73	4	6	16	1.20
2198173--2198305	41	3.4	39	78	12	130	70	3	7	18	1.26
2198348--2198407	23	2.5	24	76	10	61	70	1	6	21	1.20
2203476--2203536	22	2.8	21	75	7	59	68	3	3	24	1.19
2204622--2204676	25	2.2	26	81	12	71	50	5	1	41	1.36
2204641--2204775	37	3.7	36	87	5	182	45	8	2	42	1.50
2204852--2205171	84	3.9	83	72	7	271	25	20	23	29	1.99
2204811--2205184	160	2.3	161	86	2	516	25	21	23	29	1.99
2207229--2207276	25	1.9	25	82	0	60	54	10	0	35	1.35
2207302--2207351	12	3.9	12	80	14	55	42	4	6	48	1.46
2207297--2207355	27	2.1	28	87	3	84	42	5	5	47	1.47
2207327--2207461	40	3.5	40	84	8	197	44	5	5	45	1.48
2207327--2207619	37	8.0	36	77	16	257	45	6	4	44	1.48
2207443--2207499	27	2.1	28	83	9	73	40	3	7	49	1.47
2207441--2207619	75	2.4	76	83	4	220	45	7	3	43	1.50
2207254--2207556	102	3.0	100	81	11	337	45	4	3	45	1.43
2207485--2207698	76	2.8	75	78	10	197	43	11	2	42	1.53
2208310--2209317	84	12.2	81	76	7	882	24	19	25	31	1.98
2208287--2209317	249	4.1	248	82	3	1092	24	19	25	31	1.98
2208287--2209317	165	6.2	163	81	7	1022	24	19	25	31	1.98
2214545--2214571	12	2.2	12	100	0	54	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2216088--2216169	33	2.5	32	78	18	89	54	3	0	41	1.18
2216103--2216150	23	2.2	23	85	7	64	56	6	0	37	1.25
2216086--2216169	34	2.4	34	82	9	91	55	3	0	40	1.17
2216171--2216222	13	3.8	13	75	9	59	44	1	5	48	1.38
2216189--2216483	37	8.2	38	76	17	226	46	5	4	43	1.46
2216143--2216392	66	3.7	65	72	20	180	45	4	4	46	1.43
2216189--2216483	36	8.2	37	78	15	259	46	5	4	43	1.46
2216299--2216357	27	2.1	29	84	9	77	40	1	6	50	1.39
2216329--2216504	36	4.8	36	82	7	207	44	7	3	44	1.50
2216329--2216545	36	6.0	36	79	11	205	44	9	3	42	1.52
2223367--2223858	248	2.0	246	97	2	934	34	14	21	29	1.93
2231275--2231339	31	2.1	31	97	0	121	26	23	3	47	1.66
2231399--2231450	24	2.2	24	100	0	104	19	21	13	46	1.84
2232071--2232405	184	1.8	186	96	3	631	31	20	18	30	1.96
2232492--2232561	31	2.3	31	94	0	122	24	21	4	50	1.67
2237583--2237634	20	2.6	20	88	11	88	26	13	34	25	1.93
2238577--2238622	22	2.1	22	83	0	56	36	17	21	23	1.94
2241385--2241463	36	2.4	31	79	18	104	15	16	31	36	1.90
2241389--2241459	36	2.0	36	97	0	133	16	16	29	36	1.92
2241483--2241556	38	2.0	38	89	2	114	16	10	33	39	1.83
2253291--2253326	19	1.9	18	88	5	54	13	22	5	58	1.56
2257026--2257393	184	2.0	185	96	3	679	27	18	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2260001--2260029	15	2.0	15	93	6	51	41	6	0	51	1.28
2262524--2262557	17	2.0	17	88	0	50	20	44	20	14	1.87
2269622--2269688	10	6.9	9	79	12	62	13	26	28	31	1.94
2269617--2269656	21	2.0	20	90	5	62	17	25	22	35	1.95
2269648--2269686	19	2.0	20	95	5	71	15	25	30	28	1.96
2269695--2269730	17	2.1	17	94	0	63	19	41	25	13	1.88
2271320--2272211	445	2.0	444	98	0	1739	42	13	10	33	1.78
2274192--2274243	17	2.8	18	77	11	61	55	13	5	25	1.60
2274556--2274935	55	6.7	55	80	7	235	27	21	18	32	1.97
2274681--2274800	64	1.9	64	85	0	168	26	21	22	29	1.99
2274565--2274881	174	1.8	174	85	1	447	28	20	19	32	1.97
2274740--2274937	110	1.8	110	87	4	301	27	22	18	31	1.97
2274740--2274987	55	4.6	54	86	5	263	28	23	16	31	1.96
2278245--2278280	12	3.0	12	91	0	63	33	5	25	36	1.79
2278245--2278313	24	2.8	26	83	12	85	37	5	24	31	1.79
2278296--2278353	28	2.0	29	83	3	73	48	8	18	24	1.76
2284027--2284074	23	2.0	26	88	12	75	43	6	20	29	1.76
2284060--2284117	28	2.0	29	83	3	73	48	8	18	24	1.76
2285372--2285408	15	2.5	15	86	0	56	0	16	2	81	0.81
2288129--2288168	18	2.3	17	87	12	55	30	2	0	67	1.04
2295087--2295257	81	2.1	80	92	4	283	36	15	8	39	1.78
2295374--2295507	65	2.0	65	81	1	151	38	16	10	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2295440--2295611	82	2.1	79	87	4	254	36	14	8	40	1.77
2294886--2295593	381	1.9	379	78	6	795	40	13	8	38	1.75
2295524--2295936	161	2.5	167	83	7	554	39	14	7	38	1.74
2295740--2295896	66	2.3	66	86	7	201	40	12	6	40	1.69
2295524--2295990	162	2.8	162	83	6	568	39	14	7	38	1.74
2295802--2296033	94	2.4	96	92	1	387	39	16	8	35	1.79
2298041--2298094	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
2298278--2298384	54	2.0	54	96	0	196	46	7	4	41	1.53
2299744--2299769	8	3.2	8	100	0	52	0	11	0	88	0.52
2300756--2300875	42	2.9	42	85	7	163	34	20	21	23	1.97
2300576--2301080	258	2.0	256	92	0	848	32	18	16	32	1.93
2300783--2301300	215	2.4	216	88	3	749	31	18	16	32	1.94
2303548--2303577	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
2306062--2306290	109	2.1	108	94	0	395	56	10	11	21	1.65
2307001--2307064	30	2.2	30	88	2	94	23	0	43	32	1.54
2307378--2307974	129	4.6	130	84	4	706	29	21	19	29	1.97
2307378--2307974	256	2.3	259	83	4	740	29	21	19	29	1.97
2308419--2308770	36	9.8	36	89	0	506	41	17	17	23	1.90
2308616--2308753	21	7.4	20	63	25	61	41	16	18	23	1.90
2308419--2308770	145	2.4	144	91	0	569	41	17	17	23	1.90
2308765--2308822	30	1.9	30	96	0	107	34	13	25	25	1.93
2308795--2308926	39	3.4	39	90	0	219	34	15	19	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2308940--2308995	24	2.3	24	96	0	103	42	7	16	33	1.75
2315170--2315222	24	2.3	23	84	12	65	75	3	0	20	0.96
2315293--2315516	100	2.2	105	87	5	332	57	11	10	20	1.63
2315830--2315854	9	2.8	9	100	0	50	8	0	0	92	0.40
2316246--2316329	29	2.9	29	84	8	100	26	0	41	32	1.56
2316742--2316766	12	2.1	12	100	0	50	32	24	0	44	1.54
2322246--2322293	21	2.3	21	92	0	78	18	14	20	45	1.85
2324778--2325041	147	1.8	146	98	0	510	51	11	5	31	1.61
2325005--2325129	64	2.1	59	76	17	132	44	10	14	31	1.79
2325026--2325156	64	2.0	64	95	0	235	41	8	16	32	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14