genome.fa.s8645.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008645.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111621_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4138222

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
693--827	65	2.1	65	98	0	261	43	13	12	30	1.81
4927--5041	40	2.8	40	89	1	176	32	27	18	21	1.97
6531--6588	30	1.9	30	83	13	75	27	20	8	43	1.81
10020--10111	2	49.0	2	69	12	52	47	0	0	52	1.00
11887--11989	50	2.1	49	80	8	111	33	15	15	35	1.89
25572--26424	428	2.0	427	94	0	1501	33	18	13	34	1.90
27097--27141	17	2.6	17	89	3	63	44	0	0	55	0.99
28004--28045	15	2.9	14	89	7	57	0	21	2	76	0.90
28004--28045	20	2.1	20	86	8	59	0	21	2	76	0.90
28534--28605	3	24.0	3	94	0	126	63	0	1	34	1.03
28922--29707	229	3.5	229	90	2	1160	29	18	13	37	1.90
28919--29707	113	6.9	113	83	4	942	29	18	13	37	1.90
30440--30696	105	2.4	105	100	0	514	35	23	14	27	1.93
30609--31039	83	5.2	83	98	0	817	36	23	14	25	1.93
32194--32232	15	2.5	15	91	4	60	0	15	0	84	0.62
32177--32239	16	3.8	16	81	14	74	0	17	0	82	0.67
43610--43653	16	2.6	16	85	7	52	45	0	0	54	0.99
44516--44557	15	2.9	14	89	7	57	0	21	2	76	0.90
44516--44557	20	2.1	20	86	8	59	0	21	2	76	0.90
45047--45127	3	27.0	3	94	0	144	64	0	1	34	1.02
46917--47031	24	4.8	24	85	5	135	40	18	16	25	1.91
49581--49626	18	2.6	18	96	0	83	10	21	50	17	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49573--49604	13	2.5	13	94	0	55	15	25	43	15	1.86
51706--51767	23	2.7	23	87	7	81	45	16	19	19	1.86
51713--51827	24	4.8	24	85	7	137	40	18	17	23	1.91
51745--51845	48	2.1	48	83	7	125	41	18	14	24	1.89
53978--54082	37	2.8	36	78	5	111	39	13	14	33	1.85
54639--54729	11	8.4	11	66	22	50	28	5	1	64	1.22
54747--54790	11	3.9	11	82	11	54	22	4	2	70	1.17
54632--54790	71	2.2	74	80	13	179	23	6	1	67	1.22
54707--54791	11	8.2	10	71	17	50	20	7	1	71	1.15
55170--55198	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
55295--55321	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
55358--55385	6	4.7	6	100	0	56	0	14	0	85	0.59
55409--55483	40	1.9	38	82	15	91	16	13	2	68	1.33
56572--56608	19	1.9	19	89	10	58	8	24	0	67	1.17
60014--60047	16	2.1	16	89	10	52	76	8	14	0	1.01
60137--60467	167	2.0	164	88	8	495	35	20	18	25	1.95
60863--60939	22	3.5	22	89	0	118	37	28	12	20	1.90
61742--62593	106	8.0	106	92	0	1326	33	24	18	23	1.97
63324--63428	37	2.8	37	84	2	140	40	14	14	31	1.86
63868--63895	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
64040--64091	23	2.1	26	89	10	83	28	0	1	69	0.99
65593--65622	13	2.3	13	94	0	51	16	23	43	16	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65599--65645	18	2.6	18	89	0	76	12	23	46	17	1.82
72106--72184	41	2.0	40	92	2	131	22	0	11	65	1.24
85238--85271	12	2.8	12	100	0	68	5	32	8	52	1.56
91818--91956	66	2.1	66	93	0	233	28	25	15	30	1.96
92558--92596	19	2.1	18	95	4	69	53	10	15	20	1.70
93465--93528	19	3.5	17	81	14	74	3	20	0	76	0.92
93477--93528	19	2.8	18	88	5	77	0	21	0	78	0.74
93478--93529	9	5.5	10	84	8	65	0	19	0	80	0.71
93478--93533	10	5.5	11	81	10	50	0	19	0	80	0.71
95408--95444	19	2.1	18	90	10	58	40	8	5	45	1.56
106361--106418	24	2.5	23	77	5	71	27	12	13	46	1.79
106408--106450	22	2.0	22	90	0	68	18	9	16	55	1.67
109884--109922	10	4.0	10	93	6	71	79	0	10	10	0.94
109886--109919	9	3.7	9	96	4	59	82	0	8	8	0.85
109886--109922	19	1.9	19	100	0	74	81	0	8	10	0.89
112555--112597	12	3.2	13	78	18	52	13	20	16	48	1.80
113766--113822	21	2.7	21	76	17	55	73	7	10	8	1.24
114868--114955	32	2.8	32	89	0	131	27	17	23	31	1.97
115110--115246	65	2.1	64	90	4	213	28	9	16	45	1.79
115373--115620	128	1.9	128	89	0	379	24	29	17	28	1.97
115512--116011	86	5.9	86	72	11	280	24	30	17	27	1.97
115598--116089	128	3.9	128	84	1	610	24	29	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115389--115834	214	2.1	214	85	0	597	23	29	17	28	1.97
115430--115963	40	12.6	40	67	13	225	24	29	17	27	1.97
115598--116074	255	1.9	256	85	1	670	24	30	17	27	1.97
115362--116356	469	2.1	471	83	3	1259	24	29	17	27	1.98
115984--116175	86	2.2	86	83	1	251	22	28	20	28	1.98
116078--116444	129	2.8	128	76	6	310	26	28	17	26	1.98
115856--116276	215	2.0	213	85	0	563	24	29	18	27	1.98
117355--117419	29	2.2	28	78	7	67	15	9	12	63	1.52
117712--118256	271	2.0	271	98	0	1045	36	17	12	33	1.87
121934--122020	29	3.0	29	94	0	156	34	20	5	39	1.77
124197--124348	43	3.0	52	77	21	178	51	9	4	34	1.56
124246--124337	43	2.1	43	100	0	184	54	7	4	33	1.49
124606--124640	16	2.3	15	90	9	54	28	0	0	71	0.86
124597--124641	15	2.9	15	83	6	63	28	2	0	68	1.01
126739--126857	5	23.6	5	89	5	186	38	0	1	58	1.14
132858--132934	33	2.3	33	86	0	100	36	16	14	32	1.89
133295--133346	24	2.0	25	82	10	61	34	0	1	63	1.06
137355--137463	32	3.4	32	84	3	130	31	11	20	36	1.89
138678--138772	35	2.7	36	88	8	151	29	22	12	35	1.91
138807--138869	32	2.0	32	90	9	103	28	12	12	46	1.79
138887--138964	31	2.4	32	85	8	104	41	19	8	30	1.82
138969--139226	83	3.1	82	84	2	304	30	25	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139575--139667	5	18.2	5	92	4	134	35	1	0	63	1.02
140129--140171	14	2.9	14	83	16	52	41	0	0	58	0.98
142459--142493	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
146253--146286	12	2.7	13	86	9	52	41	5	8	44	1.60
146587--146651	23	2.9	22	82	11	69	56	26	0	16	1.40
148049--148091	12	3.3	13	83	9	52	46	9	9	34	1.68
148564--148662	44	2.2	44	87	0	144	30	20	18	31	1.96
148596--148665	21	3.2	21	68	7	59	28	20	15	35	1.93
148708--148862	78	2.0	78	98	0	301	43	18	6	30	1.75
155198--155236	20	2.0	20	90	10	62	30	20	10	38	1.86
155227--155274	21	2.3	21	85	0	60	25	29	12	33	1.92
155555--155622	33	2.1	33	91	0	109	44	7	14	33	1.73
156315--156409	49	1.9	49	85	4	129	35	17	16	29	1.93
157531--159381	931	2.0	926	89	0	2851	27	21	15	36	1.93
163084--163131	21	2.2	21	85	14	71	70	0	4	25	1.04
165044--165183	42	3.3	42	100	0	280	52	8	4	34	1.51
166021--166057	13	2.8	13	87	0	56	16	45	21	16	1.84
166003--166044	18	2.3	18	95	0	75	16	47	23	11	1.80
166002--166067	31	2.2	30	86	2	96	16	43	21	18	1.87
166075--166170	29	3.3	29	83	0	93	25	7	23	43	1.79
167523--167978	235	1.9	235	98	0	876	30	7	15	46	1.73
173644--173689	23	2.0	23	86	0	65	17	47	23	10	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173707--173801	29	3.3	29	83	1	93	27	8	21	43	1.81
173736--173805	28	2.4	30	83	9	92	27	8	21	42	1.81
177417--177524	35	3.0	36	90	4	164	45	18	4	31	1.70
177454--177517	20	3.4	20	66	29	59	45	18	4	31	1.70
182840--182887	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
184339--184415	20	4.1	20	70	24	76	20	36	27	15	1.93
184528--184569	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
185545--185580	16	2.2	17	95	5	65	44	19	0	36	1.51
186027--186109	21	4.3	21	73	20	90	40	20	4	33	1.74
185994--186108	56	2.0	58	91	3	189	43	19	5	32	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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