genome.fa.s8645.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008645.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111621_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4138222

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2373191--2373222	14	2.1	16	88	11	50	15	15	18	50	1.79
2373480--2373523	23	1.9	23	90	0	70	13	11	15	59	1.62
2391040--2391064	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2391038--2391077	14	2.8	14	84	3	53	42	2	0	55	1.13
2392245--2392417	9	20.4	9	66	18	77	52	7	2	37	1.45
2392245--2392417	16	10.8	16	76	13	144	52	7	2	37	1.45
2392276--2392401	60	2.1	59	85	4	173	53	8	1	36	1.42
2392235--2392418	18	10.2	18	70	20	93	51	7	3	38	1.45
2403492--2403723	32	7.3	31	85	5	261	28	16	18	36	1.93
2403459--2403708	64	3.9	64	87	1	331	28	16	19	36	1.93
2403459--2403714	96	2.7	95	88	1	341	28	16	19	35	1.93
2404663--2404713	22	2.3	23	83	10	70	49	1	3	45	1.32
2404672--2404713	11	3.8	11	87	0	66	50	2	2	45	1.27
2404818--2404931	22	5.4	21	73	16	78	48	5	2	43	1.39
2404807--2404854	2	24.5	2	95	4	89	50	0	0	50	1.00
2404898--2404964	9	7.3	9	71	18	50	52	4	1	41	1.31
2404820--2404964	20	6.8	20	71	16	71	48	4	2	43	1.38
2404935--2404971	16	2.4	16	90	4	58	45	0	5	48	1.25
2405429--2405788	102	3.6	100	82	5	372	36	30	3	29	1.75
2405429--2405864	198	2.2	195	81	8	485	36	31	3	28	1.75
2405910--2406075	49	3.4	48	80	6	174	24	24	5	45	1.74
2405979--2406121	46	3.0	46	79	9	146	25	22	6	46	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2406241--2406279	17	2.4	16	84	16	53	17	2	0	79	0.84
2406233--2406275	19	2.1	21	87	8	63	16	4	2	76	1.05
2407934--2407985	22	2.3	23	76	3	61	21	3	3	71	1.18
2409554--2409584	16	1.9	16	100	0	62	54	6	12	25	1.62
2412324--2412390	29	2.3	29	100	0	134	40	16	10	32	1.82
2416476--2416584	24	4.5	24	76	6	105	20	13	16	49	1.79
2416476--2416586	48	2.3	48	87	3	152	20	13	16	49	1.79
2417651--2417730	20	4.0	20	85	0	88	17	16	17	48	1.81
2419895--2419963	21	3.3	21	83	0	102	28	30	21	18	1.97
2419877--2420005	42	3.1	42	89	2	188	27	31	20	20	1.97
2419869--2420005	21	6.5	21	77	3	96	27	31	20	20	1.97
2419890--2420025	42	3.2	41	89	2	191	25	33	22	19	1.97
2421442--2421468	14	1.9	14	100	0	54	40	0	14	44	1.46
2421502--2421540	20	2.0	20	100	0	78	38	25	20	15	1.92
2421563--2421626	20	3.2	20	88	0	101	18	20	20	40	1.91
2421869--2421904	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
2425157--2425210	19	2.8	20	85	5	74	35	9	22	33	1.86
2425170--2425245	19	4.1	19	78	13	86	35	10	18	35	1.85
2425231--2425315	20	4.2	20	86	0	125	17	9	23	49	1.76
2430238--2430281	20	2.0	22	87	12	65	47	0	0	52	1.00
2434329--2434453	34	3.8	34	73	19	129	42	10	16	31	1.81
2434702--2434770	22	3.3	21	74	16	56	20	5	4	69	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2434724--2434769	24	2.0	23	83	12	58	19	6	4	69	1.28
2434838--2434971	13	9.9	14	72	22	58	18	3	0	76	0.97
2434800--2434969	51	3.5	49	78	14	158	21	3	1	73	1.05
2434832--2434948	38	3.0	38	79	7	110	21	3	0	74	1.02
2434850--2434970	32	4.1	28	75	17	104	19	3	0	76	0.97
2437484--2437522	8	5.0	8	84	6	53	10	17	12	58	1.61
2438649--2438710	23	2.7	22	80	9	72	79	6	14	0	0.93
2438649--2438718	20	3.3	20	82	9	68	78	5	14	1	1.00
2439327--2439377	22	2.3	22	93	0	84	35	25	11	27	1.91
2440321--2440407	37	2.4	37	88	1	122	25	20	13	40	1.89
2440237--2440777	102	5.3	102	97	0	1021	29	19	12	37	1.90
2440423--2440508	37	2.4	37	88	2	120	25	20	13	39	1.90
2440237--2440777	203	2.7	204	97	0	1021	29	19	12	37	1.90
2440524--2440610	37	2.4	37	88	1	122	25	20	13	40	1.89
2440640--2440717	37	2.1	38	87	2	113	28	20	12	38	1.89
2440677--2440846	65	2.6	65	93	0	297	31	18	12	37	1.88
2440237--2440786	305	1.8	301	95	0	922	30	19	12	37	1.89
2440560--2440877	167	1.9	169	92	1	541	29	20	12	37	1.89
2441485--2441851	105	3.6	103	82	7	439	33	25	19	21	1.97
2441873--2442178	109	2.8	109	85	6	394	32	25	20	22	1.98
2441914--2442340	106	4.1	103	82	6	423	33	24	20	22	1.97
2441914--2442340	206	2.0	212	82	5	510	33	24	20	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2442796--2442920	34	3.8	34	73	19	129	42	10	16	31	1.81
2443310--2443430	7	14.5	8	69	19	54	17	4	0	76	1.00
2443320--2443382	30	2.2	28	74	17	58	22	1	1	74	0.99
2443283--2443372	34	2.5	37	87	8	132	27	2	0	70	1.00
2443291--2443372	38	2.2	38	93	4	139	28	2	0	69	1.01
2443284--2443428	4	35.8	4	71	14	57	21	4	0	73	1.04
2443391--2443420	15	1.9	16	93	6	53	3	10	0	86	0.67
2443315--2443429	11	10.2	11	71	16	60	16	4	0	78	0.96
2443314--2443472	46	3.4	45	75	14	137	16	7	1	74	1.11
2443516--2443545	15	2.0	15	100	0	60	20	20	0	60	1.37
2447619--2447929	154	2.0	155	99	0	615	26	19	27	26	1.99
2448542--2448674	35	3.8	34	85	5	176	36	18	24	20	1.95
2448531--2448670	71	2.0	71	89	0	217	39	17	25	18	1.92
2449312--2449375	32	2.0	32	100	0	128	28	15	18	37	1.92
2449311--2449386	32	2.5	31	91	6	127	30	14	19	35	1.92
2451549--2451629	10	8.1	10	70	20	62	9	8	19	61	1.53
2451549--2451602	23	2.3	23	93	0	90	11	9	18	61	1.55
2451556--2451629	37	2.0	36	87	7	105	10	8	18	62	1.52
2457212--2457277	34	1.9	34	81	9	80	56	12	10	21	1.65
2457651--2457688	16	2.4	16	100	0	76	28	18	31	21	1.97
2458072--2458132	24	2.5	24	83	0	86	14	11	18	55	1.68
2458974--2459062	23	3.8	23	90	1	124	25	19	24	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2458974--2459035	11	5.5	11	79	7	70	29	16	25	29	1.96
2458974--2459062	47	1.9	46	86	2	124	25	19	24	30	1.98
2460327--2460364	17	2.2	18	85	4	51	13	15	18	52	1.74
2464343--2464385	23	1.9	22	86	13	61	51	16	2	30	1.57
2472141--2472177	17	2.2	17	86	13	51	59	0	2	37	1.12
2472249--2472285	17	2.2	16	90	4	56	35	0	0	64	0.94
2472581--2472694	55	2.1	55	91	0	183	38	19	8	33	1.82
2473064--2473120	27	2.1	27	100	0	114	36	12	3	47	1.58
2477886--2477958	2	36.5	2	100	0	146	50	0	0	49	1.00
2479178--2479547	35	10.6	34	75	17	233	44	6	3	45	1.46
2479269--2479625	37	9.9	34	75	16	267	43	6	4	45	1.50
2479287--2479374	39	2.2	40	88	6	126	40	5	4	48	1.47
2479263--2479615	74	4.9	74	80	12	340	43	6	4	45	1.49
2481098--2481140	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
2481140--2481178	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
2483595--2483675	35	2.4	35	86	10	107	35	17	6	40	1.74
2487913--2488415	8	62.8	8	93	1	639	43	24	6	25	1.78
2488791--2488858	20	3.5	19	75	13	68	26	27	20	25	1.99
2488781--2488855	38	2.0	38	82	10	91	25	29	20	25	1.99
2490215--2490261	19	2.5	19	100	0	94	19	29	23	27	1.98
2494105--2494197	18	4.9	18	75	10	87	30	29	20	20	1.98
2494104--2494197	38	2.5	38	84	3	127	29	28	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2494104--2494200	20	5.1	20	74	8	103	29	27	20	21	1.98
2495166--2495206	2	21.0	2	90	5	66	48	0	0	51	1.00
2514735--2514771	17	2.2	17	100	0	74	48	16	10	24	1.77
2515380--2515407	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2516941--2516989	22	2.2	22	85	0	71	36	0	20	42	1.52
2519524--2519553	15	2.0	15	93	0	51	50	3	0	46	1.18
2522506--2522549	21	2.2	20	83	4	52	56	2	0	40	1.11
2522486--2522869	184	2.1	182	89	3	594	42	1	9	46	1.45
2538212--2538703	252	2.0	239	93	5	842	32	15	16	35	1.90
2542388--2542639	125	2.0	126	96	2	472	30	20	19	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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