genome.fa.s8645.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008645.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111621_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4138222

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2193246--2193297	19	2.9	18	78	15	54	67	0	3	28	1.08
2203795--2203867	31	2.7	26	77	20	85	21	9	15	53	1.70
2203808--2203867	31	1.9	31	96	0	111	21	8	13	56	1.63
2205070--2205147	31	2.5	31	95	0	138	52	15	11	20	1.73
2207244--2207285	18	2.3	18	84	8	50	71	2	2	23	1.10
2207681--2207764	20	4.2	20	72	6	62	38	23	15	22	1.92
2207843--2207931	41	2.2	41	85	0	115	31	21	11	35	1.89
2213834--2213867	17	2.1	17	88	5	52	55	0	11	32	1.36
2216093--2216184	18	4.9	18	83	7	121	20	19	31	28	1.97
2216576--2216615	21	1.9	21	90	10	64	57	0	15	27	1.38
2217589--2217631	14	3.1	14	96	0	77	20	25	0	53	1.46
2218038--2218201	60	2.7	60	81	5	172	41	3	20	34	1.68
2222582--2222634	24	2.4	22	80	17	65	52	20	0	26	1.46
2222589--2222638	24	2.1	24	96	0	91	50	24	0	26	1.50
2222875--2222944	34	2.1	32	84	5	86	24	30	14	31	1.94
2223159--2223198	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
2223226--2223268	21	2.0	21	95	0	77	27	27	20	23	1.99
2223359--2223438	21	4.0	21	76	20	91	12	27	37	22	1.90
2223382--2223411	15	2.0	15	100	0	60	13	26	33	26	1.93
2223360--2223432	37	2.0	37	91	2	121	13	27	35	23	1.92
2223528--2223587	29	2.0	31	90	6	97	41	18	6	33	1.76
2223745--2223791	22	2.1	22	92	0	76	36	2	6	55	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2224847--2224894	20	2.5	19	83	12	62	29	12	4	54	1.56
2225752--2225821	34	2.1	32	89	5	104	21	31	15	31	1.95
2226036--2226075	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
2226102--2226144	21	2.0	21	95	0	77	27	27	20	23	1.99
2226180--2226222	21	2.0	21	100	0	86	13	27	44	13	1.83
2226256--2226335	21	4.0	21	75	21	91	12	27	37	22	1.90
2226278--2226307	15	2.0	15	100	0	60	13	26	33	26	1.93
2226425--2226484	29	2.0	31	90	6	97	41	16	6	35	1.75
2226536--2226568	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2226588--2226636	10	4.9	10	82	9	64	83	2	0	14	0.73
2227697--2227731	17	1.9	19	88	11	56	57	2	0	40	1.14
2230918--2231004	33	2.7	32	82	8	104	31	20	11	36	1.88
2232973--2233003	8	3.8	8	95	4	53	48	0	16	35	1.46
2238756--2238807	26	2.0	26	92	0	86	48	17	7	26	1.74
2244990--2245037	2	24.0	2	95	0	87	50	2	0	47	1.12
2246804--2246837	17	2.0	17	88	0	50	20	0	2	76	0.92
2248181--2250531	168	14.0	168	94	1	4008	43	11	9	34	1.75
2248181--2250531	337	7.0	337	94	1	4050	43	11	9	34	1.75
2251372--2251399	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2252465--2252506	22	1.9	22	90	0	66	26	21	21	30	1.98
2255455--2255523	23	3.0	24	82	6	97	31	24	26	17	1.97
2256014--2256064	2	26.0	2	96	4	95	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2260617--2260685	23	3.0	23	84	0	102	31	24	24	18	1.98
2263864--2263895	15	2.1	15	94	0	55	12	25	9	53	1.68
2274132--2274158	7	3.9	7	100	0	54	44	25	0	29	1.54
2274314--2274436	18	6.9	18	83	0	149	29	30	21	19	1.97
2278597--2278681	18	4.7	18	91	0	125	24	30	23	21	1.99
2279348--2279429	19	4.1	19	77	13	85	14	26	36	21	1.93
2279348--2279427	42	1.9	42	87	5	117	15	27	35	22	1.94
2281620--2281661	21	2.0	21	90	0	66	16	28	38	16	1.91
2289650--2289728	32	2.5	32	79	2	88	41	8	2	46	1.48
2290386--2290413	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2293534--2293718	92	2.0	93	92	3	313	33	15	5	45	1.70
2293833--2293884	21	2.5	21	78	9	54	44	3	0	51	1.19
2296747--2296985	21	11.5	21	75	12	190	30	22	22	24	1.99
2296809--2296922	20	5.6	20	76	12	124	33	19	23	23	1.97
2296765--2296944	41	4.4	41	91	3	256	32	20	22	24	1.98
2296765--2296903	62	2.2	62	78	10	151	30	21	23	23	1.99
2296761--2296985	82	2.7	83	83	8	305	30	21	22	25	1.99
2297103--2297140	6	6.5	6	90	3	60	31	50	15	2	1.58
2297706--2297778	21	3.5	21	75	17	80	23	20	26	30	1.99
2298526--2298596	2	35.5	2	100	0	142	50	0	0	49	1.00
2301944--2301989	22	2.0	23	83	4	58	56	2	10	30	1.46
2301943--2301993	23	2.2	24	79	10	61	56	1	9	31	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2304937--2304994	16	3.5	17	79	6	57	70	0	1	27	0.97
2305027--2305067	21	1.9	22	90	5	66	75	0	4	19	0.98
2305541--2305570	12	2.5	12	88	0	51	66	3	23	6	1.30
2305667--2305861	64	2.9	64	82	15	191	58	11	1	28	1.42
2305738--2305885	76	2.0	75	90	4	235	58	10	2	29	1.45
2307731--2307773	5	8.8	5	90	10	63	83	0	0	16	0.64
2307728--2307774	7	6.9	7	77	22	55	82	0	0	17	0.66
2307729--2307785	14	4.1	13	80	14	60	82	1	0	15	0.75
2312413--2312461	22	2.2	23	82	10	57	20	4	26	48	1.67
2314692--2314739	21	2.2	22	85	11	71	29	16	16	37	1.91
2314697--2314743	21	2.2	21	96	0	85	29	14	19	36	1.92
2317036--2317083	22	2.2	22	92	0	78	75	0	2	22	0.91
2317711--2317773	19	3.2	19	75	4	54	55	12	0	31	1.37
2317731--2317895	76	2.2	76	86	3	235	56	10	2	30	1.45
2320076--2320153	12	6.5	12	76	5	77	30	46	11	11	1.76
2322159--2322191	8	3.7	9	88	12	50	87	0	0	12	0.53
2322153--2322191	17	2.3	17	91	8	62	87	0	0	12	0.55
2322166--2322194	11	2.7	11	94	5	51	86	0	0	13	0.58
2322153--2322190	9	4.6	8	87	12	51	86	0	0	13	0.56
2322780--2322836	23	2.4	23	77	13	62	50	15	12	21	1.76
2323109--2324906	455	3.9	455	98	0	3395	41	12	12	33	1.81
2333073--2333507	222	2.0	222	91	5	720	45	7	7	39	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2335892--2335957	33	2.0	33	87	0	96	28	1	45	24	1.62
2337723--2337761	19	2.1	19	95	0	69	33	2	10	53	1.48
2337843--2338553	194	3.7	196	93	4	1205	37	15	15	31	1.89
2338493--2338618	64	2.0	62	93	6	218	43	19	14	23	1.87
2338554--2339508	199	4.8	200	96	1	1755	37	14	14	32	1.88
2338554--2339508	400	2.4	396	96	1	1772	37	14	14	32	1.88
2340047--2340123	38	2.0	38	100	0	154	25	31	10	32	1.90
2340994--2341079	3	29.0	3	77	2	84	34	5	34	24	1.80
2342526--2343010	183	2.7	184	96	0	877	35	14	15	34	1.88
2345555--2345618	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
2345555--2345627	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
2345986--2346043	22	2.6	23	88	5	91	36	6	20	36	1.80
2345986--2346051	22	3.0	22	88	2	87	34	6	21	37	1.78
2346407--2346470	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
2346407--2346479	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
2346834--2346898	23	2.8	23	90	0	94	35	7	18	38	1.80
2347101--2347137	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
2347093--2347139	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
2352900--2352935	15	2.4	15	95	0	63	41	5	8	44	1.58
2356040--2356066	6	4.5	6	100	0	54	0	33	18	48	1.49
2357286--2357324	20	2.1	18	85	9	51	7	17	5	69	1.32
2359076--2359115	20	2.0	20	100	0	80	30	20	20	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2362795--2362874	31	2.6	31	93	0	142	37	12	16	33	1.86
2365479--2365530	23	2.2	23	86	6	68	50	9	17	23	1.75
2365988--2366045	24	2.4	25	91	2	91	27	0	20	51	1.47
2366238--2366264	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2369949--2370445	118	4.2	116	74	10	384	38	10	21	29	1.87
2369949--2370440	59	8.3	59	76	7	299	38	10	21	29	1.87
2370195--2370357	60	2.7	60	85	4	177	37	12	20	29	1.89
2370522--2370959	43	10.0	44	92	1	614	39	6	20	33	1.78
2370530--2370980	44	10.3	44	92	1	622	39	6	20	33	1.78
2370522--2370978	177	2.6	175	89	2	668	39	6	20	33	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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