genome.fa.s8645.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008645.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111621_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4138222

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1956618--1956676	25	2.3	24	80	13	64	32	1	1	64	1.13
1957659--1957713	21	2.6	21	79	0	65	21	27	30	20	1.98
1959697--1959753	21	2.7	20	73	10	51	24	26	24	24	2.00
1959704--1959758	21	2.6	21	76	0	56	21	25	30	21	1.98
1961160--1961193	8	4.2	8	84	0	50	32	44	0	23	1.54
1961747--1961905	82	1.9	82	88	2	239	30	13	19	36	1.90
1963114--1963165	24	2.2	23	83	10	68	50	30	0	19	1.48
1963102--1963167	25	2.7	25	85	2	80	54	27	0	18	1.44
1966915--1967001	42	2.1	42	95	2	158	54	2	5	37	1.37
1967130--1967165	18	2.0	18	100	0	72	44	5	27	22	1.75
1973723--1973819	3	30.3	3	78	15	97	61	0	0	38	0.96
1973731--1973814	23	3.7	23	93	3	134	61	0	0	38	0.96
1973723--1973815	26	3.7	26	85	11	131	62	0	0	37	0.96
1974111--1974409	118	2.5	118	87	0	436	26	19	14	39	1.91
1974324--1974496	87	2.0	87	93	0	292	26	18	17	37	1.93
1979035--1979075	15	2.7	15	88	0	55	34	21	21	21	1.97
1979743--1979813	32	2.2	32	94	0	124	40	9	15	33	1.80
1979961--1980041	23	3.7	21	74	12	74	16	22	28	33	1.95
1981208--1981289	14	5.7	14	84	8	69	21	17	32	28	1.96
1981220--1981272	15	3.6	15	92	7	83	20	13	33	32	1.91
1992271--1992308	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
1992840--1992876	19	1.9	19	88	0	56	10	40	0	48	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1993566--1993676	3	36.3	3	89	7	170	63	0	0	35	1.00
1994138--1994187	4	12.0	4	84	16	66	74	0	2	24	0.93
1994145--1994357	9	22.7	9	75	17	118	74	0	5	18	1.07
1994288--1994357	8	8.4	8	76	20	72	82	0	2	14	0.77
1995502--1995542	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
1996422--1997123	106	6.6	106	93	0	1170	23	18	23	34	1.96
2000285--2000329	19	2.4	19	96	3	83	68	8	11	11	1.39
2001589--2001614	6	4.3	6	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2002016--2002067	4	12.0	4	84	15	52	75	0	1	23	0.91
2002023--2002151	10	13.2	10	72	18	71	74	1	4	19	1.08
2002160--2002244	38	2.3	35	84	9	100	76	1	4	17	1.02
2002169--2002244	31	2.5	30	78	6	82	78	1	3	15	0.96
2003379--2003450	2	36.0	2	100	0	144	50	0	0	50	1.00
2006761--2006802	3	15.0	3	85	14	63	35	0	0	64	0.94
2015776--2016222	55	8.1	54	85	5	492	31	23	17	27	1.97
2015753--2016222	110	4.3	109	82	7	549	30	24	17	27	1.97
2015754--2016222	165	2.8	165	83	5	583	30	24	17	27	1.97
2016245--2016315	37	1.9	36	94	2	124	22	22	16	38	1.93
2016532--2016570	17	2.3	18	87	12	57	28	25	2	43	1.68
2017611--2017795	7	25.7	7	79	17	161	10	15	0	73	1.09
2030923--2031063	64	2.2	63	81	10	171	31	17	24	26	1.97
2035677--2035734	28	2.1	27	84	12	73	34	43	0	22	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2036761--2036808	3	16.3	3	95	4	89	33	0	0	66	0.92
2037192--2037275	41	2.1	40	82	6	100	58	3	4	33	1.36
2037507--2037636	64	2.0	64	98	0	251	12	25	18	43	1.85
2038911--2038952	22	1.9	22	90	0	66	40	16	2	40	1.62
2039599--2039680	37	2.2	37	84	0	110	36	14	17	31	1.90
2040977--2041081	47	2.2	47	89	0	156	32	19	6	41	1.77
2045271--2045367	25	3.9	25	93	5	169	26	15	19	38	1.92
2045421--2045480	22	3.0	22	64	31	62	3	20	41	35	1.68
2045406--2045480	37	2.0	37	100	0	150	2	18	42	36	1.65
2045522--2045582	3	21.0	3	77	12	65	67	1	3	27	1.16
2045921--2046072	43	3.5	44	71	11	141	27	21	26	25	1.99
2045919--2046115	89	2.3	87	93	2	333	25	20	27	25	1.99
2045964--2046118	43	3.5	43	76	8	186	23	20	30	25	1.98
2047075--2047119	18	2.3	20	85	11	58	11	11	0	77	0.99
2060438--2060504	3	22.7	3	96	3	127	68	0	0	31	0.90
2060441--2060512	6	12.4	5	95	4	54	69	0	0	30	0.89
2062956--2062990	18	1.9	18	88	0	52	22	14	20	42	1.88
2070023--2070108	3	28.7	3	94	4	147	31	0	1	67	0.98
2071629--2071673	22	2.0	22	86	8	63	42	0	0	57	0.98
2071490--2071732	118	2.0	125	80	8	277	40	8	8	42	1.64
2071723--2071772	23	2.0	26	85	11	70	46	2	0	52	1.12
2072254--2072317	26	2.5	26	78	9	71	28	4	1	65	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2082907--2082959	13	4.2	13	69	26	51	81	0	15	3	0.83
2083796--2084088	93	3.2	93	95	0	523	30	15	19	34	1.93
2084914--2085011	40	2.4	41	94	3	173	50	9	21	19	1.75
2084948--2085479	113	4.7	113	94	2	901	39	15	17	27	1.89
2085444--2085630	84	2.3	82	82	3	214	39	17	16	27	1.91
2085793--2085840	3	16.7	3	87	8	73	31	0	2	66	1.03
2085793--2085840	20	2.4	20	89	0	78	31	0	2	66	1.03
2085793--2085840	23	2.1	23	92	0	78	31	0	2	66	1.03
2087183--2087217	11	3.2	11	87	0	52	54	0	0	45	0.99
2087319--2087363	22	2.0	22	86	8	63	42	0	0	57	0.98
2087190--2087421	117	2.0	119	80	9	269	40	7	9	42	1.66
2093090--2093129	16	2.6	16	88	4	55	40	20	2	37	1.66
2097197--2097237	20	2.2	19	86	8	57	39	9	26	24	1.86
2097388--2097462	38	2.0	37	84	5	98	48	4	1	46	1.29
2102243--2102409	84	2.0	81	96	3	307	43	15	17	23	1.88
2105629--2105665	15	2.4	16	82	13	51	62	0	32	5	1.18
2110587--2110643	27	2.1	28	96	3	107	31	24	0	43	1.54
2113267--2113724	21	22.1	21	75	10	376	20	20	24	35	1.96
2113267--2113646	82	4.6	84	78	11	401	20	20	23	35	1.96
2113617--2113754	40	3.3	42	90	5	217	21	18	25	34	1.96
2113847--2113873	6	4.5	6	100	0	54	33	51	14	0	1.43
2113874--2113905	5	6.4	5	100	0	64	37	21	40	0	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2114380--2114524	42	3.5	42	88	5	222	34	23	19	22	1.96
2114377--2114536	82	1.9	83	93	3	279	33	23	19	23	1.97
2114427--2114560	61	2.2	60	89	5	189	34	22	19	23	1.97
2114376--2114541	19	8.2	19	77	13	154	33	22	18	24	1.97
2115474--2115844	187	2.0	183	96	3	690	28	21	13	36	1.92
2116977--2117009	16	2.1	16	94	0	57	57	15	0	27	1.38
2117048--2117181	31	4.3	31	81	14	175	62	0	0	36	1.01
2117090--2117188	36	2.7	35	90	3	144	62	0	1	36	1.02
2117048--2117181	64	2.1	62	86	10	184	62	0	0	36	1.01
2129880--2129924	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2129947--2129988	21	2.0	22	90	4	68	28	38	26	7	1.82
2131203--2131355	59	2.6	59	91	5	238	21	22	26	30	1.99
2131203--2131355	30	5.1	30	92	4	240	21	22	26	30	1.99
2135760--2135797	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
2137471--2137551	23	3.6	22	75	6	83	24	25	25	23	2.00
2143003--2143065	27	2.3	27	89	10	94	20	17	31	30	1.96
2142961--2143131	91	1.9	92	83	8	224	25	16	26	31	1.97
2143093--2143130	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
2145249--2145288	16	2.5	16	100	0	80	37	12	25	25	1.91
2150445--2150482	18	2.1	18	85	9	51	55	2	5	36	1.37
2151106--2151152	21	2.2	21	96	0	85	36	6	14	42	1.72
2151470--2151527	19	3.2	19	72	18	68	3	13	29	53	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2151471--2151534	18	3.6	18	75	23	71	4	14	29	51	1.62
2156868--2156917	25	2.0	25	100	0	100	56	8	4	32	1.47
2158008--2158032	12	2.1	12	100	0	50	60	0	16	24	1.36
2161253--2161452	42	4.7	42	82	3	231	29	21	21	28	1.98
2161253--2161452	85	2.3	84	83	5	240	29	21	21	28	1.98
2165271--2165647	41	9.2	41	75	4	314	34	19	18	27	1.95
2165203--2165667	82	5.7	82	81	3	492	35	19	18	27	1.95
2170767--2170811	21	2.1	21	100	0	90	13	4	40	42	1.64
2173901--2173954	3	18.3	3	76	3	56	25	3	3	66	1.25
2192487--2192606	30	4.0	30	80	6	127	23	20	16	39	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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