genome.fa.s8645.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008645.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111621_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4138222

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2732054--2732142	20	4.4	20	84	5	117	25	26	20	26	1.99
2734116--2734272	4	39.8	4	69	23	61	22	4	1	71	1.10
2734114--2734273	8	17.6	9	70	22	72	22	4	1	71	1.10
2742398--2743194	397	2.0	397	99	0	1558	27	16	17	39	1.90
2752881--2752925	20	2.5	18	80	19	58	24	22	11	42	1.86
2753867--2754107	72	3.3	71	77	8	209	46	5	10	36	1.63
2754725--2754772	18	2.7	18	90	0	69	22	35	25	16	1.95
2755120--2755189	34	2.1	32	86	5	95	34	12	30	22	1.92
2755750--2756197	187	2.4	186	83	5	562	33	15	10	40	1.82
2757046--2757093	23	2.1	23	92	0	78	37	8	14	39	1.76
2764643--2764693	6	8.5	6	93	0	57	37	39	11	11	1.79
2764662--2764697	12	3.0	12	91	0	54	41	33	8	16	1.78
2765676--2765708	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2765832--2765882	24	2.1	25	89	10	79	45	0	0	54	0.99
2767343--2767425	38	2.2	38	84	0	112	26	32	20	20	1.97
2767344--2767416	18	3.9	18	77	7	83	27	32	21	17	1.96
2767949--2768006	24	2.7	20	76	12	62	22	25	20	31	1.98
2772069--2772114	19	2.3	20	82	10	51	65	13	2	19	1.37
2772786--2772843	29	2.0	30	82	3	73	17	15	15	51	1.76
2783978--2784013	14	2.6	14	90	0	54	25	8	25	41	1.83
2784354--2784884	156	3.4	156	84	5	648	47	7	17	27	1.74
2784415--2784906	155	3.2	154	85	5	638	49	6	17	26	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2785443--2785576	21	6.2	22	86	8	138	20	20	19	39	1.93
2785458--2785581	65	1.9	65	96	0	230	19	20	19	40	1.92
2785468--2785576	44	2.5	44	97	2	204	20	20	18	41	1.91
2785458--2785581	21	5.7	21	90	5	194	19	20	19	40	1.92
2785673--2785708	6	6.0	6	100	0	72	33	50	16	0	1.46
2786364--2786427	21	3.2	21	82	13	98	21	23	26	28	1.99
2788521--2788558	20	1.9	20	100	0	76	36	10	28	23	1.88
2790100--2790153	27	2.0	26	89	3	81	55	5	0	38	1.23
2790357--2790389	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2797741--2797786	23	2.1	21	84	8	56	67	0	4	28	1.10
2809088--2809125	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
2823206--2823243	17	2.2	17	95	0	67	36	5	7	50	1.54
2824172--2824211	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
2833150--2833360	54	3.9	53	80	5	181	24	22	18	34	1.96
2833324--2833388	28	2.3	28	76	5	69	23	18	18	40	1.92
2834658--2834802	59	2.4	60	83	3	168	37	15	11	35	1.84
2836114--2836269	61	2.6	61	91	0	258	38	26	18	16	1.92
2841804--2841879	38	2.0	39	87	7	111	47	1	7	43	1.40
2842473--2842516	2	22.5	2	90	4	63	50	4	0	45	1.22
2843064--2843369	152	2.0	153	99	0	605	37	8	13	40	1.75
2846868--2846923	26	2.2	26	100	0	112	44	7	10	37	1.67
2848299--2848345	24	2.0	23	83	4	58	70	12	0	17	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2848368--2848394	14	1.9	14	100	0	54	59	0	40	0	0.98
2853807--2854137	165	2.0	165	97	0	626	25	16	21	36	1.94
2861356--2861411	28	2.0	28	100	0	112	25	25	21	28	1.99
2862347--2862393	22	2.1	22	100	0	94	27	14	38	19	1.91
2862584--2862638	17	3.2	17	73	0	56	25	23	41	9	1.83
2862581--2862671	34	2.7	34	84	0	101	30	21	38	8	1.84
2864875--2864918	17	2.5	17	85	3	61	6	11	22	59	1.55
2867006--2867051	23	1.9	25	86	8	69	39	2	6	52	1.40
2875371--2875403	12	2.8	12	82	17	50	33	6	36	24	1.80
2875623--2875709	35	2.5	33	75	15	86	27	8	11	52	1.65
2880093--2880238	21	7.1	21	71	7	129	18	18	25	37	1.93
2880097--2880238	41	3.5	39	98	0	221	19	19	24	37	1.94
2880098--2880235	20	6.8	20	73	4	114	18	18	24	37	1.94
2880865--2880943	28	2.8	28	92	3	122	0	17	56	25	1.41
2880865--2880946	6	14.3	6	93	3	109	0	17	57	25	1.40
2880999--2881115	61	1.9	62	92	1	200	41	22	20	16	1.90
2880973--2881112	20	6.9	20	86	4	174	43	20	21	14	1.87
2888457--2888490	14	2.7	12	86	13	50	41	0	0	58	0.98
2890698--2890747	21	2.4	21	80	12	59	32	24	20	24	1.98
2894257--2894309	18	2.9	18	94	0	88	32	20	30	16	1.95
2899315--2899800	41	11.9	40	72	9	261	28	19	18	33	1.95
2899427--2899529	42	2.5	42	80	4	111	27	23	16	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2899315--2899606	81	3.6	79	72	12	245	30	20	18	31	1.96
2899314--2899649	40	8.3	40	73	9	146	28	19	19	31	1.97
2899335--2899819	205	2.4	202	79	2	506	29	19	18	33	1.95
2899693--2899831	42	3.4	42	79	3	138	33	20	13	32	1.91
2902713--2902767	21	2.6	21	82	0	65	20	5	20	54	1.63
2902883--2902979	43	2.3	43	83	7	117	21	18	22	37	1.95
2902899--2902995	43	2.3	43	78	5	99	26	18	22	31	1.97
2902967--2903063	43	2.3	43	90	0	149	24	21	23	29	1.99
2919924--2920010	23	3.7	23	74	17	88	20	26	26	26	1.99
2927578--2927611	17	1.9	18	94	5	61	47	5	2	44	1.42
2927751--2927836	29	3.0	27	89	6	91	53	4	0	41	1.21
2927769--2927836	29	2.4	27	100	0	100	55	2	0	41	1.15
2927854--2927904	16	3.2	16	75	13	52	33	0	0	66	0.92
2928022--2928054	17	1.9	17	88	11	50	33	3	0	63	1.10
2933382--2933458	39	2.0	39	97	0	145	35	16	29	18	1.93
2939948--2940042	45	2.1	45	100	0	190	43	6	9	41	1.62
2940942--2940970	15	1.9	15	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2946315--2946358	20	2.2	20	83	0	52	40	27	20	11	1.86
2946324--2946399	30	2.6	29	81	6	80	38	23	23	14	1.92
2951005--2951128	31	3.9	32	73	4	92	25	25	29	20	1.99
2952070--2952177	28	3.9	29	75	10	109	47	18	6	27	1.73
2952042--2952135	31	3.1	30	76	6	91	47	14	4	32	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2952072--2952175	26	3.8	28	81	5	113	47	18	5	28	1.71
2952171--2952225	18	3.2	18	82	10	78	9	27	47	16	1.76
2958383--2958477	32	3.0	32	73	4	95	24	25	29	21	1.99
2959390--2959525	29	4.7	28	73	12	114	45	16	4	33	1.67
2959390--2959526	58	2.4	58	85	2	177	45	16	5	33	1.69
2959549--2959585	19	1.9	19	88	0	56	27	29	27	16	1.97
2962941--2963007	30	2.2	31	83	2	91	40	10	5	43	1.63
2963371--2963399	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2964696--2964878	97	1.9	96	88	2	278	29	7	16	45	1.75
2966785--2966846	31	2.0	31	84	6	81	43	0	3	53	1.17
2966999--2967063	32	2.0	33	85	8	89	41	0	3	55	1.15
2978452--2978504	2	26.5	2	100	0	106	0	49	0	50	1.00
2986366--2986391	13	2.0	13	100	0	52	30	30	0	38	1.58
2988016--2988078	31	2.1	31	91	8	103	26	6	12	53	1.62
2988689--2988731	8	5.2	8	78	15	52	34	0	2	62	1.08
2988803--2988841	21	1.9	20	84	5	51	46	5	0	48	1.24
2990506--2990547	12	3.8	11	78	9	50	0	16	4	78	0.91
2998254--2998571	165	1.9	166	90	3	514	37	17	9	35	1.82
2999209--2999286	26	2.8	28	75	20	81	46	5	0	48	1.24
2999221--2999286	26	2.4	27	80	19	82	46	3	0	50	1.16
2999221--2999287	27	2.5	28	83	13	79	46	2	0	50	1.16
3000530--3000590	20	3.1	19	71	13	52	54	13	14	18	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3000724--3000770	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
3000331--3000802	180	2.6	182	89	2	691	43	13	16	26	1.86
3000733--3000775	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
3002982--3003025	21	2.1	21	86	0	61	40	9	31	18	1.81
3003059--3003124	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
3004915--3004963	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
3005082--3005655	199	2.9	199	98	0	1096	36	14	17	31	1.90
3007117--3007210	6	15.7	6	77	0	62	37	7	32	22	1.82
3007117--3007210	12	7.8	12	80	0	80	37	7	32	22	1.82
3007141--3007214	9	8.2	9	78	0	76	36	6	32	24	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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