genome.fa.s9643.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009643.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117056_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8859806

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226--291	20	3.3	20	91	4	98	45	28	13	12	1.80
226--299	20	3.7	21	90	3	82	45	25	16	12	1.81
360--456	20	4.8	20	88	0	140	29	19	20	29	1.97
3597--3634	17	2.2	17	95	0	67	28	5	34	31	1.80
3778--3825	20	2.4	20	89	0	78	25	16	29	29	1.97
3817--3869	20	2.6	21	82	11	65	16	15	20	47	1.83
3862--3902	21	2.0	21	85	0	55	36	19	19	24	1.95
9405--9546	75	1.9	76	84	8	193	52	7	9	30	1.61
17942--17981	21	1.9	21	84	0	53	57	15	10	17	1.64
20374--20852	247	1.9	243	87	4	699	40	18	12	28	1.87
20808--20881	36	2.1	36	82	10	89	36	33	13	16	1.88
21917--21964	23	2.1	23	96	0	87	29	35	0	35	1.58
25256--25308	27	2.0	27	88	0	79	22	20	15	41	1.89
27107--27148	21	2.0	21	95	0	75	33	21	9	35	1.86
33381--33406	7	3.7	7	100	0	52	38	15	0	46	1.46
42172--42247	36	2.2	34	95	4	134	72	3	2	21	1.13
42173--42239	11	5.5	13	71	15	54	70	4	2	22	1.19
42188--42242	12	4.6	12	71	24	53	72	3	1	21	1.09
48728--48767	19	2.2	19	86	4	55	52	5	2	40	1.37
55789--55863	31	2.4	31	91	4	116	38	13	21	26	1.90
57799--57869	31	2.3	31	82	0	88	28	22	11	38	1.88
57816--57876	31	2.0	31	93	0	104	24	21	14	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69507--69590	28	3.0	28	100	0	168	25	25	28	21	1.99
69972--70000	15	1.9	15	100	0	58	34	0	0	65	0.93
69975--70018	23	2.0	21	86	8	61	25	0	0	75	0.81
70748--70829	38	2.2	38	93	0	137	41	14	12	31	1.83
74903--74938	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
78687--78829	66	2.2	66	100	0	286	44	12	21	20	1.85
83164--83202	10	3.7	11	83	10	55	71	0	2	25	0.98
85078--85643	211	2.7	211	93	0	943	22	19	24	33	1.97
85078--85644	106	5.4	106	93	0	940	22	19	24	33	1.97
89451--89494	10	4.2	11	82	8	56	70	0	2	27	0.99
98611--98683	21	3.5	20	72	23	62	42	1	1	54	1.17
98604--98674	21	3.3	22	76	20	69	43	1	1	53	1.18
101412--101461	24	2.0	25	84	7	66	52	4	0	44	1.20
104335--104359	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
126352--126732	151	2.5	151	88	3	565	46	9	9	33	1.69
126636--126798	57	2.8	58	89	1	238	51	6	7	33	1.58
126481--126936	210	2.2	202	87	5	648	48	9	9	33	1.67
126693--127151	152	3.1	151	87	6	666	44	10	9	34	1.72
128103--128146	23	2.0	22	82	13	54	15	38	4	40	1.68
129816--129840	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
130265--130316	20	2.5	20	93	3	86	38	23	17	21	1.93
130310--130358	21	2.4	21	86	3	64	42	24	12	20	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130514--130551	16	2.5	15	84	12	51	31	2	0	65	1.06
131305--131358	24	2.2	24	86	0	72	22	16	18	42	1.89
133620--133655	18	2.0	18	94	0	63	58	25	0	16	1.38
133950--134021	20	3.6	20	98	0	135	13	16	22	47	1.82
135493--135586	21	4.6	21	84	5	113	22	19	37	21	1.95
135493--135584	42	2.2	40	90	3	139	21	19	38	20	1.94
135884--135942	21	2.8	21	94	0	100	38	28	11	20	1.88
135905--136025	63	1.9	63	83	3	154	31	33	13	22	1.92
136017--136065	21	2.3	21	85	0	71	30	34	14	20	1.92
137751--137800	20	2.6	19	84	6	64	16	16	14	54	1.72
138131--138181	22	2.3	22	89	0	75	21	17	43	17	1.88
138292--138329	20	2.0	20	84	5	51	44	13	15	26	1.83
138355--138404	20	2.5	20	86	0	73	26	18	20	36	1.95
150817--150847	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
151007--151044	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
173527--173576	23	2.2	23	82	7	57	24	6	2	68	1.23
175515--175553	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
177368--177586	42	5.3	42	78	8	216	24	21	19	34	1.96
178979--179010	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
179003--179048	21	2.1	22	88	4	67	60	2	2	34	1.21
179020--179080	26	2.2	29	82	11	74	63	0	3	32	1.10
179011--179056	21	2.2	21	84	0	56	65	2	4	28	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179770--179950	89	2.0	90	93	1	310	48	4	6	40	1.49
180176--180221	21	2.2	21	92	0	74	41	0	0	58	0.98
180947--181009	14	4.4	14	77	13	56	53	1	1	42	1.19
190771--190799	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
196301--196790	239	2.0	242	90	3	765	27	13	18	39	1.89
197101--197163	17	3.6	17	89	2	72	30	28	3	38	1.73
198571--198611	21	2.0	21	95	0	73	26	7	4	60	1.43
199098--199131	16	2.2	15	89	5	50	64	2	2	29	1.22
209419--209456	20	1.9	20	88	0	58	57	2	5	34	1.35
211926--211997	31	2.3	31	95	0	126	31	15	5	47	1.68
212891--212937	23	2.0	24	84	12	62	59	8	2	29	1.39
216376--216454	33	2.4	32	81	12	90	59	1	0	39	1.06
216658--216759	50	2.0	50	83	7	127	22	31	28	17	1.97
217092--217117	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
217121--217162	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
217538--217585	15	3.3	15	82	8	55	54	6	4	35	1.45
218551--218604	20	2.7	20	100	0	108	24	37	29	9	1.86
218532--218604	34	2.3	32	82	15	89	23	35	30	10	1.89
218591--218623	14	2.4	14	94	0	57	24	39	30	6	1.79
218533--218642	54	2.0	57	89	5	172	23	34	30	10	1.89
218551--218604	10	5.4	10	83	16	76	24	37	29	9	1.86
218620--218689	33	2.1	33	89	5	106	27	21	40	11	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218696--218777	29	2.8	29	90	0	119	20	29	34	15	1.94
219159--219194	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
226842--226901	24	2.5	23	76	7	66	33	13	3	50	1.58
228762--228824	27	2.3	26	89	7	99	15	9	31	42	1.79
236160--236201	22	2.0	21	86	13	59	59	4	0	35	1.19
239223--239353	66	2.0	66	95	0	235	51	12	5	30	1.63
253372--253443	31	2.5	28	76	12	74	56	2	5	34	1.37
253382--253439	31	1.9	31	85	3	82	60	3	6	29	1.39
256034--256060	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
268708--268734	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
275770--275888	24	5.0	22	71	22	80	52	0	0	47	1.00
275771--275890	32	3.4	32	75	20	123	51	0	0	48	1.00
276063--276093	2	15.5	2	100	0	62	0	51	0	48	1.00
277594--277655	29	2.1	29	85	8	81	45	6	0	48	1.28
278151--278206	6	9.2	6	94	3	76	23	60	0	16	1.35
281933--281992	2	31.0	2	90	6	97	51	0	0	48	1.00
282188--282229	14	2.9	15	78	7	59	42	7	19	30	1.78
282212--282262	20	2.5	20	100	0	102	39	9	15	35	1.81
282586--282753	30	5.9	28	69	19	98	51	1	1	46	1.16
282586--282737	59	2.6	59	76	13	150	50	1	1	47	1.18
282701--282755	16	3.3	16	75	14	58	54	0	0	45	0.99
282702--282772	24	3.0	24	79	6	74	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
282643--282765	54	2.3	52	76	19	128	50	0	0	47	1.12
282954--283073	42	2.9	42	94	0	213	45	18	20	16	1.86
287278--287350	37	2.0	36	97	2	137	52	20	10	16	1.74
298708--298760	23	2.3	23	90	0	88	26	26	26	20	1.99
298871--298906	18	2.0	18	94	0	63	36	33	19	11	1.87
298767--299130	121	3.0	121	95	0	638	37	23	14	25	1.92
298992--299031	18	2.3	18	86	4	55	45	27	12	15	1.82
300346--300504	63	2.5	63	87	2	212	26	22	19	32	1.97
300472--300509	19	2.0	20	94	5	69	26	28	15	28	1.96
304788--304850	9	6.4	9	77	15	56	80	3	7	7	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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