genome.fa.s9643.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009643.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117056_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8859806

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7909499--7909532	10	3.4	10	91	0	50	61	8	0	29	1.26
7909603--7909659	20	2.8	20	91	0	96	35	8	29	26	1.87
7909810--7909889	42	2.0	42	82	5	101	48	3	0	47	1.19
7919556--7919593	20	1.9	20	88	0	58	34	2	15	47	1.60
7924425--7924472	22	2.3	21	85	7	62	12	18	12	56	1.67
7943703--7943733	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
7951125--7951154	15	1.9	16	93	6	53	16	6	20	56	1.62
7954037--7954100	7	8.9	7	73	13	58	28	1	28	42	1.65
7957105--7957164	21	2.6	22	74	12	59	31	1	0	66	1.01
7958422--7958462	20	2.0	20	86	9	57	26	4	0	68	1.10
7958435--7958461	13	2.1	13	100	0	54	29	0	0	70	0.88
7965467--7965509	23	2.0	21	86	13	61	16	13	27	41	1.86
7966293--7966332	20	2.0	20	90	0	62	25	15	27	32	1.95
7966327--7966553	112	2.0	112	88	0	337	39	14	19	25	1.90
7967147--7967208	19	3.2	19	75	6	54	32	0	12	54	1.38
7967008--7967189	76	2.4	75	94	2	314	29	1	10	59	1.38
7967923--7967965	13	3.3	13	90	6	61	34	0	0	65	0.93
7967910--7967965	16	3.4	16	74	18	53	33	1	0	64	1.04
7973486--7973519	17	2.0	17	88	0	50	17	0	2	79	0.86
7975242--7975410	75	2.3	75	83	5	225	31	2	10	56	1.45
7976049--7976092	21	2.1	21	84	12	56	18	4	0	77	0.94
7979390--7980175	400	2.0	385	95	4	1403	35	15	17	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7982752--7982785	12	2.8	12	86	0	50	44	0	2	52	1.16
7989225--7989355	36	3.5	36	70	9	102	27	16	13	41	1.86
7989234--7989471	76	3.1	75	81	11	288	30	15	12	42	1.83
7989476--7989690	36	5.7	37	84	7	204	27	19	16	36	1.93
7989474--7989690	78	2.9	78	79	9	243	28	18	16	36	1.93
7989476--7989664	39	5.1	37	87	5	222	27	20	15	36	1.93
7989479--7989665	36	5.0	36	86	4	205	27	20	15	36	1.93
7989479--7989774	74	3.9	74	78	4	254	29	19	14	37	1.91
7989961--7990306	136	2.6	134	86	5	456	33	16	21	28	1.95
7990538--7990590	15	3.8	13	81	18	63	37	0	3	58	1.16
7990544--7990592	3	16.7	3	79	12	57	36	0	4	59	1.17
7991832--7991863	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
7994092--7994176	31	2.7	32	80	9	93	20	25	29	24	1.99
7994372--7994408	17	2.2	17	100	0	74	10	29	10	48	1.72
7995629--7995673	23	2.0	22	83	16	56	60	31	6	2	1.35
8005610--8005649	21	1.9	21	94	0	71	60	5	5	30	1.40
8018825--8018913	23	4.0	23	73	7	76	24	32	24	17	1.97
8018825--8018892	23	2.9	23	84	2	82	22	30	26	20	1.98
8020785--8020821	16	2.5	15	87	12	58	18	0	29	51	1.47
8023445--8023484	21	1.9	21	90	10	64	57	7	5	30	1.48
8026436--8026501	12	5.6	12	80	3	71	12	13	46	27	1.78
8026507--8026546	21	1.9	21	94	0	71	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8026506--8026552	21	2.2	21	84	0	67	44	0	0	55	0.99
8027230--8027263	12	2.8	12	95	0	59	35	32	0	32	1.58
8038345--8038391	20	2.4	20	96	3	87	38	4	0	57	1.18
8040592--8040689	41	2.4	41	87	0	133	22	19	21	36	1.95
8040665--8040709	20	2.2	20	88	7	65	11	20	24	44	1.83
8040617--8040750	61	2.2	61	90	2	207	20	19	22	38	1.94
8040644--8040770	61	2.1	61	80	5	141	24	18	23	33	1.96
8040685--8040793	40	2.7	41	94	1	184	22	17	23	36	1.94
8040726--8040790	20	3.2	20	64	0	58	18	20	23	38	1.93
8040782--8040856	22	3.5	22	71	10	75	18	16	25	40	1.91
8040782--8040846	19	3.2	20	72	10	62	18	18	24	38	1.93
8040923--8040956	6	6.0	6	96	3	54	29	52	17	0	1.45
8041189--8041241	22	2.4	22	100	0	106	35	28	18	16	1.93
8041208--8041293	21	4.1	21	74	7	68	37	25	18	18	1.94
8049860--8049900	22	1.9	21	85	5	55	68	2	2	26	1.15
8050845--8050889	21	2.1	21	83	4	54	35	8	2	53	1.45
8055236--8055265	15	2.0	15	100	0	60	33	6	26	33	1.83
8056277--8056302	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8058483--8058523	21	2.0	21	85	9	57	53	2	0	43	1.13
8058669--8058699	14	2.2	14	100	0	62	32	0	0	67	0.91
8059677--8059721	23	2.0	23	86	0	63	26	26	26	20	1.99
8059826--8059874	24	2.0	25	88	11	75	34	20	24	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8066578--8066623	23	2.0	24	82	4	58	26	28	26	19	1.99
8068253--8068314	26	2.4	25	81	7	70	53	3	1	41	1.27
8069327--8069369	17	2.5	18	85	7	54	41	0	2	55	1.12
8070116--8070151	17	2.1	17	89	0	54	58	8	2	30	1.42
8082376--8082411	14	2.6	14	90	0	54	13	8	16	61	1.56
8082580--8082617	13	2.8	13	88	4	58	63	18	10	7	1.50
8082884--8082946	14	4.9	14	68	28	50	55	9	14	20	1.67
8082881--8082947	24	2.7	24	88	4	89	55	11	13	19	1.69
8083268--8083337	23	3.0	24	80	4	79	14	12	15	57	1.66
8083268--8083404	24	5.8	24	67	17	88	13	13	16	55	1.69
8083357--8083402	14	3.3	14	96	0	83	8	15	19	56	1.65
8083901--8083953	21	2.5	21	81	6	72	20	26	18	33	1.96
8083943--8083996	20	2.7	20	75	8	56	42	16	18	22	1.89
8084004--8084076	21	3.5	21	79	3	76	23	21	17	36	1.94
8084066--8084119	20	2.6	21	82	5	74	38	20	22	18	1.93
8084695--8084739	19	2.4	19	92	0	72	48	26	15	8	1.74
8084735--8084899	19	9.1	19	75	15	143	12	23	20	44	1.85
8084735--8084874	52	2.7	52	90	1	208	12	23	21	42	1.86
8087045--8087111	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
8086993--8087111	42	2.8	42	76	12	102	23	36	17	22	1.95
8088468--8088503	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
8088608--8088674	19	3.8	19	77	18	81	44	20	22	11	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8088679--8088796	19	6.7	19	66	19	76	13	23	20	42	1.88
8088683--8088776	33	2.8	33	98	0	179	12	24	19	43	1.85
8091068--8091104	12	3.1	12	84	0	56	2	24	0	72	0.97
8091279--8091332	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
8092136--8092214	20	3.9	20	77	9	70	35	22	18	22	1.96
8092174--8092223	20	2.5	20	80	0	73	38	22	18	22	1.94
8092437--8092500	20	3.2	20	69	8	67	39	21	21	17	1.93
8092512--8092565	19	2.8	19	97	0	99	16	22	14	46	1.84
8094602--8094655	20	2.7	20	85	0	72	37	25	24	12	1.91
8094642--8094732	14	5.4	17	69	23	68	47	20	18	13	1.82
8094659--8094748	14	5.8	14	71	21	72	48	22	17	11	1.78
8094642--8094764	33	3.8	33	89	2	185	47	23	17	11	1.80
8094642--8094764	65	1.9	66	88	5	187	47	23	17	11	1.80
8094765--8094821	14	3.7	14	77	20	60	12	15	21	50	1.76
8094760--8094837	33	2.4	33	97	0	147	14	19	20	46	1.84
8094779--8094837	19	3.4	19	77	22	83	15	18	18	47	1.83
8094822--8094865	20	2.2	20	88	4	63	18	25	20	36	1.95
8094831--8094876	20	2.3	20	84	0	56	17	21	23	36	1.94
8096723--8096767	20	2.2	20	88	0	63	37	26	17	17	1.93
8097017--8097060	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
8097249--8097300	20	2.6	20	93	0	86	25	21	28	25	1.99
8097309--8097362	20	2.7	20	94	0	90	27	18	22	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8097228--8097365	61	2.3	61	84	2	188	24	17	23	34	1.96
8097228--8097383	61	2.6	61	81	4	154	23	19	23	33	1.97
8097433--8097473	21	2.0	21	85	0	55	34	29	17	19	1.94
8102592--8102645	23	2.3	23	87	9	74	55	0	1	42	1.10
8102592--8102645	24	2.3	24	87	3	74	55	0	1	42	1.10
8107464--8107528	33	2.0	33	90	0	103	21	16	43	18	1.88
8109247--8109305	21	2.6	22	86	7	75	64	3	0	32	1.10
8117118--8117163	25	1.9	24	82	8	58	15	2	23	58	1.48
8121413--8121437	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8133479--8133557	32	2.5	32	97	0	149	13	11	34	40	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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