genome.fa.s9643.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009643.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117056_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8859806

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2472593--2472685	20	4.7	20	87	0	132	32	23	21	22	1.98
2472705--2472781	21	3.7	21	89	1	120	19	19	37	23	1.94
2473001--2473040	21	1.9	21	89	0	62	47	7	12	32	1.69
2473485--2473519	14	2.6	13	86	8	52	54	5	8	31	1.54
2473493--2473520	14	2.0	14	100	0	56	57	7	7	28	1.52
2474113--2474178	21	3.2	21	63	6	55	25	15	3	56	1.54
2474161--2474208	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
2475349--2475409	21	2.9	21	87	4	88	14	9	37	37	1.80
2475527--2475565	12	3.6	12	74	25	50	30	23	28	17	1.97
2475521--2475574	20	2.7	20	94	0	90	31	24	24	20	1.98
2475594--2475650	21	2.7	21	91	5	89	26	19	33	21	1.97
2475969--2476058	18	4.8	18	77	10	90	21	22	31	25	1.98
2475982--2476058	40	1.9	40	86	0	109	23	20	29	25	1.99
2477243--2477284	17	2.4	18	88	4	68	35	4	7	52	1.50
2480370--2480405	14	2.5	15	95	4	65	44	0	0	55	0.99
2480379--2480421	23	2.0	21	86	9	59	41	0	2	55	1.12
2487574--2487618	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
2492832--2492941	10	11.4	9	76	12	94	16	28	28	27	1.97
2492832--2492941	19	5.7	20	82	11	122	16	28	28	27	1.97
2492832--2492936	29	3.6	28	84	8	122	16	27	27	28	1.97
2500165--2500202	19	2.0	19	94	0	67	15	28	31	23	1.96
2500200--2500289	17	5.3	17	95	0	162	18	44	23	13	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2503931--2503999	30	2.3	30	80	7	79	68	2	2	26	1.18
2504036--2504079	23	1.9	23	86	9	63	72	4	6	15	1.22
2505022--2505093	15	4.9	15	82	3	101	43	5	19	31	1.74
2505022--2505093	30	2.4	30	97	2	137	43	5	19	31	1.74
2505079--2505144	20	3.3	20	95	0	123	40	9	15	34	1.78
2505306--2505365	26	2.3	25	80	8	66	50	1	1	46	1.21
2505344--2505388	22	2.0	23	82	4	56	55	2	0	42	1.12
2505317--2505396	29	2.7	30	79	11	94	51	2	0	46	1.14
2505414--2505457	14	3.4	14	78	18	58	56	0	0	43	0.99
2505387--2505483	46	2.1	46	83	7	117	47	0	1	51	1.07
2505655--2505770	41	2.8	42	93	1	189	45	18	18	17	1.85
2506046--2506088	17	2.5	17	100	0	86	46	0	0	53	1.00
2512813--2512839	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2513411--2513461	3	16.0	3	84	11	66	33	0	0	66	0.92
2513410--2513460	7	7.3	7	82	12	61	31	0	0	68	0.90
2518240--2518366	60	2.1	60	81	8	143	37	14	14	32	1.88
2528328--2528386	2	30.0	2	96	3	111	49	0	0	50	1.00
2529414--2529521	29	3.6	28	69	16	67	34	14	3	47	1.62
2529406--2529519	60	1.9	60	85	3	158	34	14	5	45	1.68
2529697--2529837	60	2.3	59	78	13	146	42	2	22	31	1.68
2530794--2530891	10	8.8	10	71	20	61	59	16	12	12	1.62
2530838--2530887	13	4.1	13	75	15	52	60	16	10	14	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2530831--2530896	23	2.9	23	86	2	98	59	19	10	10	1.60
2531152--2531187	18	2.0	18	94	0	63	61	13	11	13	1.58
2531162--2531197	14	2.6	14	86	0	54	61	16	11	11	1.57
2544002--2544373	55	6.9	54	88	6	444	27	26	15	30	1.96
2544002--2544313	108	2.9	109	88	5	465	27	26	15	30	1.96
2544274--2544976	51	13.8	51	87	5	913	22	25	18	32	1.97
2545200--2545398	36	5.5	36	85	1	229	21	17	24	36	1.94
2554812--2554844	2	16.5	2	100	0	66	0	51	0	48	1.00
2571012--2571059	23	2.1	23	92	0	78	35	4	18	41	1.70
2571493--2571943	181	2.5	182	91	2	712	27	16	13	42	1.85
2578224--2578249	6	4.3	6	100	0	52	46	0	0	53	1.00
2583834--2583878	23	2.0	23	86	0	63	20	26	24	28	1.99
2584927--2585009	40	2.1	40	100	0	166	27	24	4	43	1.74
2591672--2591741	3	23.3	3	88	0	104	38	0	0	61	0.96
2599164--2599216	26	2.0	26	92	0	88	69	11	15	3	1.31
2599197--2599235	9	4.0	9	90	10	51	82	0	17	0	0.68
2601372--2601705	114	2.9	114	91	0	533	35	13	18	32	1.90
2601882--2601944	31	2.0	31	100	0	126	33	19	15	31	1.93
2603658--2603761	54	1.9	54	86	3	147	37	14	22	25	1.92
2604182--2604236	22	2.5	22	90	0	92	34	10	12	41	1.78
2604913--2605852	76	12.4	76	96	0	1686	23	19	22	35	1.96
2605998--2606057	18	3.3	18	86	13	88	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2605998--2606045	3	16.0	3	82	0	60	41	0	0	58	0.98
2619625--2619657	6	5.5	6	92	7	50	3	12	0	84	0.72
2624141--2624173	15	2.2	15	100	0	66	30	24	6	39	1.79
2625101--2625139	10	3.9	10	89	0	60	58	20	12	7	1.58
2625102--2625139	20	1.9	20	94	0	67	57	21	13	7	1.60
2625448--2625500	14	4.1	14	74	18	60	54	16	15	13	1.71
2625448--2625537	24	3.8	24	78	11	105	50	17	16	15	1.79
2632245--2632414	31	5.5	30	78	8	164	40	1	6	51	1.35
2632287--2632377	11	8.8	11	70	17	61	43	1	2	52	1.20
2632262--2632414	62	2.5	62	84	4	220	40	1	5	52	1.32
2632262--2632400	20	6.8	20	72	19	74	41	1	4	52	1.30
2638015--2638171	79	2.0	79	85	0	215	35	14	17	33	1.90
2638417--2638451	13	2.7	13	90	0	52	74	0	0	25	0.82
2645646--2645693	23	2.1	23	84	0	60	35	10	18	35	1.85
2646102--2646155	23	2.5	20	75	18	54	42	18	1	37	1.61
2646117--2646179	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
2646210--2646289	30	2.7	29	72	3	79	41	3	3	51	1.38
2646858--2646894	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
2647315--2647371	23	2.5	23	88	0	78	40	19	5	35	1.74
2647631--2647696	25	2.6	25	80	0	87	42	13	9	34	1.76
2650157--2650647	183	2.7	182	93	1	833	34	16	14	34	1.90
2652129--2652209	3	27.0	3	73	0	63	24	34	6	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2652129--2652213	12	7.1	12	82	0	80	24	34	7	34	1.83
2652151--2652221	36	2.0	36	91	0	115	19	35	9	35	1.85
2652167--2652221	12	4.6	12	88	0	74	18	36	10	34	1.86
2652163--2652224	18	3.4	18	79	0	79	17	35	9	37	1.83
2652133--2652224	6	15.3	6	76	0	58	21	34	7	35	1.82
2653673--2654637	198	4.9	197	95	1	1688	30	16	15	37	1.90
2653673--2654637	392	2.4	395	94	2	1699	30	16	15	37	1.90
2654756--2654804	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
2656592--2656655	32	2.0	32	90	0	101	23	46	0	29	1.52
2656704--2656752	21	2.3	21	82	0	62	16	32	14	36	1.89
2658975--2659017	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
2658980--2659026	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
2659254--2659691	224	1.9	226	93	2	767	39	7	7	45	1.62
2665624--2665670	14	3.3	14	77	11	51	36	2	14	46	1.57
2666214--2666261	13	3.7	13	85	0	69	29	20	14	35	1.93
2666354--2666391	15	2.5	16	91	8	62	18	26	23	31	1.97
2674595--2674627	3	11.0	3	93	0	57	33	3	0	63	1.10
2676435--2676500	33	2.0	33	90	0	105	28	12	19	39	1.88
2676551--2676622	17	4.2	16	73	25	51	69	1	1	27	1.05
2676588--2676617	12	2.4	12	94	5	51	66	0	0	33	0.92
2676969--2677637	84	8.1	83	77	6	626	25	20	23	30	1.99
2676941--2677646	166	4.3	165	84	4	703	25	20	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2676965--2677648	246	2.8	245	84	6	803	25	20	23	30	1.99
2677754--2678190	110	4.0	110	90	1	666	22	17	24	35	1.96
2677754--2678190	221	2.0	216	89	2	658	22	17	24	35	1.96
2680097--2680306	30	7.2	30	93	6	371	32	24	19	23	1.97
2680097--2680306	87	2.4	88	95	4	374	32	24	19	23	1.97
2684554--2684802	59	4.2	60	96	2	452	33	24	18	23	1.97
2684554--2684802	89	2.8	90	96	2	452	33	24	18	23	1.97
2684554--2684802	30	8.4	30	95	3	452	33	24	18	23	1.97
2684788--2684880	31	3.0	31	79	3	98	34	21	17	26	1.95
2685052--2685076	4	6.2	4	100	0	50	48	24	0	28	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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