genome.fa.s9643.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009643.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117056_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8859806

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2034112--2034153	14	2.7	16	75	17	52	52	4	2	40	1.35
2034112--2034164	16	3.4	14	80	15	52	54	5	1	37	1.35
2039647--2039671	11	2.3	11	100	0	50	56	0	28	16	1.41
2046665--2046708	13	3.4	13	80	0	52	68	13	2	15	1.31
2048957--2048992	9	4.1	9	85	7	56	63	2	0	33	1.08
2048953--2048990	17	2.3	16	95	4	67	63	2	0	34	1.09
2048952--2049015	26	2.7	22	81	15	67	68	1	0	29	0.99
2049887--2050004	54	2.2	54	82	10	143	45	0	1	52	1.10
2049934--2050019	27	3.1	27	71	18	70	47	0	2	50	1.14
2050034--2050078	23	2.0	23	86	0	63	55	2	0	42	1.12
2050174--2050211	18	2.2	17	90	4	58	55	0	0	44	0.99
2050372--2050398	14	1.9	14	100	0	54	55	7	14	22	1.64
2051830--2051896	20	3.3	20	79	4	89	40	17	23	17	1.91
2051820--2051915	41	2.3	41	96	0	174	39	16	23	19	1.92
2051840--2051915	21	3.7	20	78	5	89	39	18	25	17	1.91
2051842--2051976	41	3.3	41	81	6	123	37	20	21	20	1.94
2051904--2051997	20	4.7	20	80	2	89	34	24	18	23	1.96
2052522--2052586	19	3.4	19	84	2	76	44	26	18	10	1.82
2052582--2052784	19	11.1	19	79	13	210	12	21	21	43	1.86
2052582--2052701	58	2.1	57	89	4	179	10	20	24	44	1.83
2052673--2052760	33	2.6	33	90	1	131	12	25	23	38	1.90
2054786--2054908	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2054842--2054908	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
2056267--2056302	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
2056481--2056600	19	6.7	19	66	21	80	10	24	20	44	1.83
2056485--2056579	33	2.9	33	98	0	181	12	24	18	44	1.85
2056551--2056600	22	2.5	20	80	9	57	10	22	24	44	1.83
2058874--2058898	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2060377--2060413	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2060963--2060999	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2060000--2061836	588	3.1	589	98	0	3556	36	19	11	31	1.88
2061551--2061587	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2063454--2063575	19	6.7	19	78	11	112	41	22	22	13	1.89
2063455--2063528	39	1.9	38	86	2	103	37	21	24	16	1.93
2063587--2063644	14	3.9	14	75	16	62	8	17	27	46	1.77
2063571--2063660	32	2.8	33	93	3	155	11	18	24	45	1.82
2063645--2063699	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
2064172--2064216	18	2.5	18	85	0	63	15	15	42	26	1.87
2065536--2065573	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
2065837--2065880	22	2.0	22	90	0	70	20	15	43	20	1.88
2066068--2066161	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
2066088--2066223	41	3.3	42	78	5	118	20	20	20	38	1.94
2066048--2066162	20	5.7	20	78	5	88	23	17	23	35	1.95
2066151--2066243	21	4.6	20	79	4	105	18	23	18	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2066151--2066246	41	2.3	41	96	0	174	18	22	17	40	1.91
2070003--2070039	15	2.5	15	100	0	74	43	29	21	5	1.75
2083610--2083749	42	3.4	41	85	4	174	35	14	20	30	1.92
2083610--2083767	84	1.9	83	82	3	201	35	15	20	29	1.93
2086609--2086659	19	2.5	22	78	12	63	41	9	1	47	1.48
2094108--2094157	24	2.1	24	88	7	75	26	2	12	60	1.43
2094560--2094592	16	2.1	16	88	11	50	15	9	0	75	1.03
2094562--2094592	11	2.8	11	95	0	53	16	9	0	74	1.07
2100922--2100965	21	2.1	21	84	12	56	13	13	0	72	1.12
2100922--2100965	20	2.2	20	84	8	54	13	13	0	72	1.12
2104777--2104814	16	2.5	15	87	12	51	15	7	0	76	1.01
2104779--2104809	11	2.8	11	95	0	53	16	9	0	74	1.07
2107892--2107984	44	2.1	44	89	0	150	35	24	11	27	1.91
2108007--2108142	43	3.2	42	76	4	137	31	26	16	25	1.97
2108061--2108226	43	3.9	43	77	3	138	33	26	15	25	1.95
2112383--2112479	29	3.3	29	75	5	95	28	16	13	41	1.86
2114011--2114071	25	2.4	25	100	0	122	44	16	0	39	1.48
2115386--2115440	28	2.0	28	100	0	110	50	10	9	29	1.68
2122666--2122719	20	2.7	20	91	0	81	27	16	33	22	1.95
2122684--2122775	20	4.9	19	74	15	68	25	16	29	29	1.96
2122742--2122837	21	4.6	20	79	13	95	25	17	34	22	1.96
2122927--2122983	29	2.0	29	89	6	89	45	14	5	35	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2122927--2122985	30	2.0	29	93	3	100	44	13	6	35	1.71
2125239--2125269	16	1.9	16	93	0	53	41	0	9	48	1.36
2128832--2128954	64	1.9	64	86	3	176	37	18	17	26	1.93
2128855--2128995	64	2.2	65	84	5	180	35	20	18	25	1.95
2136031--2136085	3	18.3	3	100	0	110	67	0	0	32	0.91
2136572--2136647	15	5.3	15	75	9	77	55	1	1	42	1.16
2136574--2136643	19	3.5	19	66	21	52	54	1	1	42	1.18
2136580--2136646	21	3.2	21	64	16	57	58	1	1	38	1.17
2136571--2136662	42	2.2	42	96	1	168	52	3	2	42	1.30
2136655--2136694	20	2.0	21	90	5	64	37	0	2	60	1.11
2136701--2136784	38	2.3	36	76	8	87	48	4	0	46	1.23
2136759--2136791	15	2.2	15	100	0	66	60	0	0	39	0.97
2137617--2137651	3	11.7	3	87	0	52	2	60	2	34	1.26
2140041--2140068	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2140638--2140677	17	2.3	18	95	4	73	22	10	7	60	1.54
2147754--2148030	26	11.0	26	67	24	168	22	22	10	44	1.83
2147710--2147839	46	2.8	46	89	2	199	23	23	10	42	1.84
2147892--2148017	20	5.7	20	76	20	117	21	26	9	42	1.83
2147826--2148030	46	4.6	46	89	7	332	22	22	10	43	1.84
2148417--2148470	20	2.6	20	82	5	54	31	24	11	33	1.90
2148512--2148567	22	2.7	20	84	10	76	28	28	16	26	1.97
2148443--2148618	95	1.9	95	91	0	289	25	25	15	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2150247--2150274	13	2.2	13	100	0	56	32	0	7	60	1.24
2151304--2151346	17	2.7	16	79	10	52	46	6	0	46	1.30
2154791--2154846	24	2.3	24	78	6	60	51	16	14	17	1.76
2159491--2159586	12	8.0	12	68	4	59	46	16	15	20	1.83
2159477--2159585	24	4.5	24	77	0	110	50	16	14	18	1.78
2164761--2164842	23	3.8	22	84	6	96	17	25	32	24	1.96
2171460--2171512	22	2.4	22	93	0	97	16	9	33	39	1.81
2179410--2179472	32	2.0	32	96	3	119	36	19	9	34	1.84
2179963--2180203	42	5.6	42	78	10	231	29	19	23	27	1.98
2179958--2180203	86	2.9	85	85	7	322	29	19	23	28	1.98
2179961--2180203	128	1.9	127	84	8	323	29	18	23	27	1.98
2184320--2184642	42	7.8	41	73	9	228	34	17	17	30	1.92
2184322--2184643	83	3.9	82	77	9	307	35	17	17	30	1.92
2192242--2192383	46	3.1	46	81	6	171	30	18	18	32	1.95
2198067--2198242	95	1.9	95	87	4	266	32	19	17	30	1.95
2199603--2199663	19	3.3	19	69	21	58	26	21	6	45	1.76
2199582--2199685	36	3.0	36	88	6	162	25	20	11	42	1.86
2199699--2199819	36	3.3	37	83	6	149	26	19	14	40	1.89
2199829--2199919	33	2.8	33	93	3	148	39	16	9	34	1.82
2203082--2203136	13	4.1	13	73	17	58	65	1	1	30	1.13
2203120--2203180	28	2.3	27	80	8	72	60	0	0	39	0.97
2203125--2203196	31	2.6	28	80	12	78	59	0	1	38	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2203172--2203232	26	2.4	24	78	8	68	55	0	6	37	1.26
2206769--2206824	29	1.9	29	89	7	87	23	5	7	64	1.40
2210808--2210835	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2220488--2220821	106	3.2	105	92	2	508	32	26	19	22	1.97
2222585--2222614	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2224724--2224805	29	2.8	29	92	1	128	31	14	10	42	1.81
2229443--2229523	29	2.8	29	92	3	128	33	13	9	43	1.77
2230072--2230111	19	2.1	19	100	0	80	32	5	10	52	1.56
2231265--2231338	29	2.5	30	79	16	93	52	5	13	28	1.62
2232451--2232490	21	1.9	21	84	0	53	32	2	7	57	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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