genome.fa.s9643.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009643.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117056_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8859806

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1275377--1275421	23	2.0	23	86	0	63	26	26	26	20	1.99
1277152--1277312	64	2.5	63	85	8	200	26	21	18	33	1.96
1277282--1277332	19	2.7	19	100	0	102	21	27	25	25	1.99
1280158--1280218	27	2.3	27	97	0	113	47	14	9	27	1.76
1289580--1289692	58	1.9	58	100	0	226	24	30	6	38	1.80
1296110--1296156	25	1.9	24	87	12	69	53	0	2	44	1.12
1301487--1301597	56	2.0	56	92	0	186	41	16	8	34	1.78
1304004--1304056	3	17.7	3	96	0	97	33	1	0	64	1.05
1304052--1304076	11	2.3	11	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1306208--1306258	18	2.9	17	72	18	50	25	0	1	72	0.95
1313339--1313374	17	2.0	19	89	10	58	25	13	0	61	1.33
1316052--1316096	22	2.0	22	91	8	74	31	0	13	55	1.38
1325059--1325155	42	2.3	41	83	1	122	24	22	23	28	1.99
1325055--1325166	42	2.7	41	76	6	118	26	22	22	28	1.99
1325284--1325484	80	2.5	79	91	0	312	31	19	20	27	1.97
1325923--1326113	53	3.6	53	91	2	303	27	23	28	21	1.99
1326084--1326235	55	2.8	55	85	9	174	30	16	24	28	1.96
1327342--1327386	22	2.0	22	91	8	74	31	0	13	55	1.38
1330637--1330674	12	3.3	12	89	7	53	89	0	10	0	0.49
1330634--1330674	10	4.0	10	96	3	73	87	0	12	0	0.53
1331800--1332437	82	7.7	82	94	1	1107	27	12	23	36	1.91
1331800--1332437	165	3.9	165	94	0	1118	27	12	23	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1333113--1333949	230	3.6	230	90	4	1237	36	13	20	29	1.90
1333126--1333968	343	2.4	342	90	3	1291	37	13	20	29	1.90
1334105--1334181	3	25.7	3	97	0	145	33	1	0	64	1.01
1334177--1334208	11	2.8	11	95	4	55	56	0	0	43	0.99
1338515--1338580	21	3.3	21	66	20	59	16	39	12	31	1.85
1338492--1338618	39	3.3	39	95	0	218	18	38	11	31	1.87
1339519--1339631	33	3.4	33	80	2	129	17	13	31	37	1.89
1339638--1340371	33	22.2	33	76	3	492	19	14	31	34	1.92
1339638--1340513	66	13.3	66	73	6	567	20	14	31	33	1.93
1339527--1339742	111	1.9	111	86	5	303	18	12	31	37	1.88
1339638--1340287	132	4.9	132	80	2	664	19	14	31	34	1.91
1340344--1340422	33	2.4	33	84	0	104	18	17	27	35	1.94
1341840--1341889	17	2.9	17	90	0	82	24	34	16	26	1.95
1341922--1341961	21	1.9	21	94	0	71	30	25	27	17	1.97
1341989--1342028	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
1345036--1345075	21	1.9	21	94	0	71	32	10	7	50	1.64
1345513--1345559	20	2.3	21	82	10	71	34	38	10	17	1.84
1355505--1355546	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
1355754--1355805	27	1.9	27	84	7	70	44	0	1	53	1.11
1355918--1355992	31	2.4	31	81	0	87	28	6	10	54	1.60
1367366--1367651	145	2.0	145	91	0	464	32	15	13	38	1.86
1370150--1370183	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1382152--1382205	21	2.6	21	93	0	90	29	27	22	20	1.98
1382783--1382832	21	2.4	21	96	0	91	22	20	30	28	1.98
1385628--1385669	19	2.2	19	87	8	59	66	0	4	28	1.12
1385635--1385700	23	2.8	23	76	4	69	65	0	1	33	1.02
1389360--1389406	19	2.4	20	85	3	69	27	25	19	27	1.99
1389920--1389965	20	2.3	20	96	0	83	32	15	26	26	1.95
1391447--1391532	29	2.9	29	73	1	73	17	31	33	17	1.93
1391955--1391998	21	2.1	21	86	0	61	29	0	13	56	1.38
1394269--1394537	49	5.6	49	88	7	374	42	0	11	46	1.42
1394328--1394537	95	2.2	96	93	4	361	41	0	12	45	1.42
1394744--1394965	12	19.1	11	72	17	93	45	1	9	44	1.46
1394753--1394803	19	2.9	17	78	16	52	39	0	11	49	1.40
1394789--1394955	26	6.6	26	88	4	243	46	2	8	42	1.47
1394849--1394933	3	29.3	3	72	7	50	51	2	4	41	1.35
1394789--1394955	75	2.2	76	92	2	282	46	2	8	42	1.47
1394789--1394955	49	3.3	52	86	5	243	46	2	8	42	1.47
1394930--1394996	11	7.0	10	76	23	65	34	0	16	49	1.46
1394998--1395057	29	2.1	29	93	0	102	20	35	25	20	1.96
1395067--1395131	23	2.8	23	85	0	85	13	35	26	24	1.93
1395558--1395623	30	2.2	30	91	0	105	13	21	36	28	1.91
1402246--1402318	3	24.0	3	97	2	137	32	0	1	65	1.01
1402638--1402668	16	1.9	16	93	0	53	25	12	19	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1409267--1409331	24	2.7	24	85	0	94	21	20	21	36	1.95
1418625--1418748	60	2.1	60	81	4	144	35	16	12	35	1.87
1424641--1424666	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1426346--1426388	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
1427404--1427455	23	2.3	23	89	0	77	28	15	3	51	1.60
1427873--1427991	60	2.0	59	82	12	145	34	15	14	36	1.87
1430836--1430864	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
1433352--1433401	21	2.3	22	83	16	61	48	0	8	44	1.32
1436818--1436990	23	7.5	23	86	2	213	47	1	28	21	1.60
1436818--1436993	70	2.6	69	85	4	223	47	1	29	21	1.61
1439240--1439288	22	2.1	24	88	7	75	48	0	0	51	1.00
1439240--1439288	24	2.1	22	85	7	62	48	0	0	51	1.00
1441167--1441215	24	2.0	25	84	4	64	36	4	2	57	1.30
1443301--1443458	60	2.6	60	80	0	172	29	19	6	44	1.75
1443613--1443772	60	2.7	60	81	6	164	41	5	20	32	1.75
1446581--1446648	27	2.4	29	80	7	77	36	2	19	41	1.66
1446800--1447008	43	4.9	43	90	4	316	32	19	25	22	1.98
1446800--1447007	85	2.4	84	91	4	319	32	19	25	22	1.97
1447142--1447202	21	2.9	21	97	0	113	52	21	6	19	1.68
1451053--1451167	42	2.7	43	80	9	139	28	14	22	33	1.94
1451050--1451385	41	8.2	41	69	12	179	32	17	19	30	1.95
1451132--1451347	82	2.6	83	79	5	233	33	19	17	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1451646--1451803	21	7.8	20	72	7	86	38	25	17	18	1.92
1451770--1451924	40	3.8	40	82	4	186	37	26	18	18	1.93
1451770--1451923	20	7.7	20	80	7	168	37	26	18	18	1.93
1452306--1452376	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
1452456--1452565	21	5.8	20	73	17	108	44	18	24	12	1.84
1452455--1452565	41	2.9	40	82	15	146	44	18	25	12	1.84
1452508--1452588	33	2.5	33	93	0	135	45	22	22	9	1.81
1452516--1452572	14	3.7	14	70	20	51	42	22	24	10	1.85
1452584--1452648	19	3.7	19	74	19	77	10	23	21	44	1.83
1452606--1452662	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
1452589--1452670	33	2.5	33	100	0	164	9	23	19	47	1.79
1454367--1454649	93	3.1	93	97	0	541	22	12	18	45	1.83
1454697--1454773	19	4.3	19	76	17	83	45	29	15	9	1.77
1454769--1454889	19	6.6	19	80	10	135	11	19	23	45	1.83
1456816--1456851	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
1456958--1457055	19	5.4	19	84	13	143	45	17	22	14	1.84
1456958--1457074	53	2.2	53	96	1	218	43	17	24	13	1.86
1457064--1457233	19	9.7	19	76	19	181	15	21	18	45	1.85
1457088--1457142	14	3.6	14	73	21	56	10	23	20	45	1.82
1457070--1457247	33	5.2	33	84	10	250	14	21	18	46	1.84
1457070--1457247	72	2.6	68	84	11	240	14	21	18	46	1.84
1459479--1459503	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1459678--1459724	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
1460405--1460634	20	11.5	20	86	1	246	20	17	25	36	1.94
1460601--1460699	21	4.8	20	75	6	81	21	18	22	38	1.93
1460601--1460699	42	2.4	43	77	11	100	21	18	22	38	1.93
1462469--1462560	3	30.7	3	97	0	175	33	1	0	65	1.00
1463102--1463137	16	2.3	15	90	4	54	69	2	27	0	1.02
1476534--1477007	83	5.7	83	88	4	650	27	13	22	36	1.92
1476534--1477007	166	2.8	167	87	3	722	27	13	22	36	1.92
1477661--1478197	113	4.7	114	96	1	868	37	13	20	29	1.90
1478022--1478350	153	2.1	153	93	2	561	41	11	20	26	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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