genome.fa.s9643.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009643.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117056_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8859806

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
675177--675234	21	2.6	22	91	5	91	18	22	17	41	1.90
675177--675251	21	3.5	21	84	8	89	20	22	17	40	1.92
675241--675293	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
677285--677355	36	2.0	35	94	2	124	46	15	5	32	1.69
677295--677354	21	3.1	21	64	26	60	48	15	5	31	1.66
688243--688267	13	1.9	13	100	0	50	16	40	16	28	1.89
690744--690859	24	4.8	24	87	7	164	25	15	18	40	1.90
690796--690864	12	5.8	12	69	19	54	23	14	20	42	1.89
695393--695462	36	1.9	36	88	5	106	20	22	31	25	1.98
695485--695590	39	2.7	39	79	0	122	29	16	29	25	1.96
699652--699701	21	2.4	21	80	10	57	60	0	4	36	1.16
704054--704146	40	2.3	40	85	5	116	41	9	6	41	1.63
704079--704161	40	2.1	40	82	8	98	40	9	6	43	1.62
707641--707673	15	2.2	15	94	0	57	6	15	69	9	1.34
714425--714480	6	9.3	6	100	0	112	33	48	17	0	1.48
716153--716196	22	2.0	22	90	0	70	40	11	11	36	1.77
716235--716305	28	2.5	28	79	4	81	28	9	21	40	1.85
719643--719681	19	2.1	19	95	0	69	43	20	17	17	1.88
721258--721308	23	2.3	22	82	3	66	39	3	0	56	1.18
721265--721327	23	2.8	23	80	2	65	34	6	1	57	1.34
723456--723494	18	2.2	18	100	0	78	25	15	7	51	1.70
729610--729654	17	2.6	17	86	10	56	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
731771--731813	14	3.0	15	80	10	54	46	34	0	18	1.50
731772--731814	15	2.9	15	83	13	54	46	37	0	16	1.47
732923--732981	26	2.3	25	77	11	66	55	0	1	42	1.09
732955--732992	19	2.0	19	89	0	58	52	0	0	47	1.00
733688--733759	20	3.5	20	88	1	99	40	18	23	18	1.91
733747--733842	20	4.8	20	79	2	75	37	23	16	21	1.93
734031--734074	22	2.0	22	90	0	70	20	43	15	20	1.88
734338--734375	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
735694--735738	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
736222--736277	20	2.8	20	81	2	69	39	21	23	16	1.92
736266--736323	14	3.9	14	79	16	71	48	24	17	10	1.78
736250--736340	32	2.8	33	94	3	166	47	21	18	12	1.81
736250--736345	19	5.6	19	69	25	88	45	21	19	12	1.83
736371--736474	19	5.4	19	83	4	111	14	21	24	40	1.90
736382--736455	39	1.9	38	88	2	112	14	24	22	37	1.92
738474--738536	19	3.6	17	89	10	69	49	17	20	12	1.79
738474--738522	19	2.6	19	100	0	98	48	16	20	14	1.80
738561--738618	20	2.9	20	94	0	98	17	22	22	37	1.93
739678--739731	24	2.2	24	86	0	72	25	16	18	38	1.92
739904--739928	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
742222--742348	33	3.8	33	86	4	193	42	18	22	15	1.89
742223--742355	66	2.0	66	95	0	239	41	18	22	17	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
742348--742390	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
742376--742409	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
742531--742567	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
743925--743991	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
746049--746228	19	9.8	19	73	14	128	44	21	21	12	1.85
746074--746171	33	2.9	33	89	1	142	39	24	23	12	1.89
746144--746233	19	4.7	19	90	2	144	46	21	20	12	1.82
746144--746233	39	2.4	37	90	1	126	46	21	20	12	1.82
746229--746309	19	4.5	19	71	16	64	12	16	23	48	1.79
746843--746902	20	2.9	21	72	5	59	20	16	20	43	1.88
750717--750747	6	5.2	6	100	0	62	16	32	0	51	1.44
770646--770678	16	2.1	16	94	0	57	66	0	0	33	0.92
772760--772914	60	2.6	60	82	7	172	34	25	4	35	1.76
773295--773394	18	5.9	16	80	16	80	50	0	3	47	1.16
773321--773394	2	38.0	2	94	5	134	48	0	0	51	1.00
785740--786083	87	4.0	86	89	3	485	35	11	15	36	1.85
788048--788125	23	3.5	22	73	11	61	52	0	2	44	1.14
788060--788126	22	3.0	22	76	6	64	52	0	2	44	1.16
793447--793736	148	2.0	148	91	0	472	47	10	5	36	1.60
793919--793995	35	2.2	35	88	0	109	32	0	23	44	1.54
794991--795015	13	1.9	13	100	0	50	32	0	8	60	1.26
795033--795072	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
798378--798416	17	2.3	17	95	0	69	12	25	46	15	1.81
798414--798461	10	5.0	10	82	7	64	25	31	27	16	1.97
798412--798510	38	2.6	38	82	9	121	27	27	28	17	1.97
798412--798501	9	9.6	9	78	7	90	27	28	27	15	1.96
798414--798501	19	4.6	19	83	9	117	28	29	26	15	1.96
798412--798529	29	4.1	29	77	10	100	28	25	27	17	1.98
798418--798530	9	11.8	9	69	12	55	29	25	26	18	1.98
800632--800674	2	22.0	2	95	4	79	48	0	0	51	1.00
800686--800784	38	2.5	40	82	8	123	46	2	6	45	1.39
800727--801047	36	8.8	34	76	13	234	47	3	5	43	1.43
800930--801003	32	2.3	32	84	9	89	44	4	2	48	1.35
800989--801084	36	2.7	34	82	11	95	47	3	7	41	1.47
801085--801143	3	20.3	3	85	13	79	32	0	3	64	1.10
802345--802392	17	2.7	19	84	9	57	14	8	2	75	1.13
802344--802406	18	3.5	19	76	10	60	12	7	1	77	1.05
802390--802451	22	2.8	22	76	16	74	14	6	1	77	1.04
802503--802540	19	1.9	20	84	10	51	26	5	5	63	1.37
808175--808204	6	5.0	6	91	0	51	20	50	13	16	1.78
816686--816748	31	2.0	31	84	6	83	42	12	9	34	1.76
818068--818170	29	3.5	29	70	10	91	33	24	2	39	1.70
818041--818225	60	3.1	60	82	9	184	32	23	4	38	1.75
818347--818517	60	2.9	60	82	6	195	43	4	20	32	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
823908--823947	19	2.0	20	85	4	55	25	0	17	57	1.40
824257--824488	121	1.9	121	98	0	446	39	24	12	23	1.90
827805--827835	16	2.0	15	93	6	53	38	0	0	61	0.96
827966--828015	26	1.9	26	84	8	66	48	0	0	52	1.00
827864--828686	337	2.5	335	87	4	1166	44	5	4	45	1.47
828627--828680	25	2.1	27	83	13	69	48	1	1	48	1.23
836663--836690	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
844309--844341	3	11.7	3	87	12	52	66	0	0	33	0.92
844309--844339	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
847574--847613	11	3.5	11	93	6	71	17	25	0	57	1.40
847576--847614	12	3.3	12	96	3	71	15	23	0	61	1.33
859118--859146	13	2.3	13	94	5	51	31	0	3	65	1.09
859210--859429	111	2.0	109	93	1	377	36	9	10	44	1.71
861461--861533	25	3.0	24	68	24	62	26	6	4	63	1.38
864654--864696	21	2.0	21	81	0	50	27	30	25	16	1.97
865239--865270	2	15.5	2	93	6	55	46	0	3	50	1.17
865855--866099	30	8.2	30	97	0	456	24	18	23	33	1.97
870084--870147	14	5.0	13	73	19	55	59	1	17	21	1.46
870088--870155	20	3.6	19	80	11	86	57	1	17	23	1.48
870321--870349	4	7.2	4	100	0	58	27	0	24	48	1.51
870599--870851	30	8.4	30	98	0	479	24	19	23	33	1.97
882825--882860	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
888236--888359	64	1.9	65	83	8	164	25	8	17	49	1.74
898431--898497	24	2.8	24	77	16	77	46	10	0	43	1.38
900076--900119	22	2.0	22	100	0	88	13	13	22	50	1.77
912402--912444	18	2.4	18	80	3	52	58	2	2	37	1.24
912632--912700	32	2.4	30	77	17	74	30	0	5	63	1.17
913328--913377	20	2.4	22	80	12	61	50	0	8	42	1.32
931200--931243	21	2.0	22	83	12	56	34	0	4	61	1.16
931541--931658	21	5.7	21	71	4	114	22	18	24	34	1.96
931562--931634	20	3.6	20	72	3	74	17	21	21	38	1.93
931540--931655	41	2.8	41	98	0	223	21	18	24	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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