genome.fa.s9643.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009643.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117056_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8859806

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2688910--2688969	27	2.3	26	82	8	68	68	0	5	26	1.10
2689333--2689418	33	2.7	32	85	10	113	26	11	19	41	1.86
2689468--2689530	22	2.9	21	80	15	65	61	0	0	38	0.96
2689482--2689530	23	2.2	22	83	16	66	57	0	0	42	0.99
2691200--2691245	23	2.1	23	84	8	60	45	4	2	47	1.34
2693349--2693471	3	42.3	3	83	13	152	0	28	0	70	0.93
2693351--2693471	19	6.0	19	84	12	145	0	28	0	71	0.92
2693459--2693544	37	2.4	36	90	2	127	16	38	1	44	1.55
2695190--2695227	20	1.9	20	100	0	76	13	39	31	15	1.86
2700785--2700835	22	2.3	22	79	0	57	43	19	7	29	1.79
2701666--2701755	26	3.5	26	72	13	69	72	0	23	4	1.03
2701700--2701750	21	2.4	21	100	0	102	80	0	15	3	0.86
2707340--2707388	12	4.2	12	75	17	50	65	0	34	0	0.93
2707451--2707561	45	2.5	45	93	0	195	32	5	22	39	1.77
2710155--2710199	21	2.1	22	83	4	56	53	4	2	40	1.33
2710145--2710255	59	1.9	56	85	5	150	49	6	2	41	1.42
2710337--2710726	14	29.1	14	69	20	192	45	8	2	43	1.49
2710401--2710495	3	32.7	3	72	6	52	41	4	3	51	1.37
2710337--2710603	26	10.6	26	78	8	239	44	8	2	44	1.50
2710359--2710468	23	4.6	22	82	4	76	41	8	1	48	1.43
2710338--2710553	49	4.3	52	73	18	67	44	8	1	45	1.43
2710491--2710658	49	3.5	46	72	9	165	47	10	3	39	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2710439--2710710	98	2.8	97	87	5	388	45	8	3	42	1.52
2710630--2710735	26	4.3	25	87	10	123	46	9	1	42	1.47
2710829--2711101	49	5.6	49	89	4	383	45	11	0	42	1.46
2714398--2714443	21	2.2	21	84	7	58	56	6	0	36	1.25
2714949--2715016	28	2.4	28	88	9	111	55	11	0	32	1.36
2714986--2715034	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
2715618--2715700	29	2.7	31	83	7	116	13	33	30	22	1.92
2718323--2718394	35	2.1	35	97	0	135	38	11	20	29	1.87
2718769--2718808	18	2.3	18	83	8	57	25	5	2	67	1.23
2718861--2719029	81	2.1	81	80	13	188	34	5	2	57	1.36
2727719--2728562	106	8.0	106	85	4	1059	34	22	19	24	1.96
2727719--2728531	411	2.0	414	87	1	1193	34	22	18	23	1.96
2727821--2728418	305	2.0	306	90	1	948	35	21	18	23	1.96
2729040--2729116	35	2.2	35	95	0	136	44	9	19	27	1.81
2729491--2729530	18	2.3	18	83	8	57	25	5	2	67	1.23
2729528--2729619	2	46.5	2	78	14	75	40	3	1	55	1.23
2729796--2729832	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2730040--2730119	40	2.0	40	86	9	112	31	5	7	56	1.49
2730189--2730250	19	3.4	18	77	18	58	12	11	1	74	1.15
2735659--2735687	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
2737220--2737292	28	2.6	29	91	6	123	38	12	0	49	1.41
2761388--2761443	26	2.2	26	93	0	94	37	25	5	32	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2761993--2762240	41	6.1	42	83	4	258	27	19	19	33	1.96
2765717--2765756	18	2.2	18	86	0	53	35	15	5	45	1.68
2769259--2769420	42	3.9	41	76	4	137	20	24	19	35	1.95
2771319--2771418	3	33.3	3	100	0	200	67	0	0	33	0.91
2782188--2782222	17	2.0	18	88	5	54	40	2	0	57	1.14
2784079--2784111	8	4.1	8	92	0	57	45	15	27	12	1.81
2786054--2786087	17	2.0	17	88	0	50	44	8	11	35	1.72
2788957--2789003	22	2.1	22	84	7	60	59	4	2	34	1.29
2796264--2796312	6	8.2	6	93	0	53	24	48	22	4	1.67
2796268--2796312	12	3.8	12	87	0	63	22	48	24	4	1.68
2796268--2796312	18	2.5	18	85	0	63	22	48	24	4	1.68
2796310--2796358	5	9.8	5	93	0	62	20	34	40	4	1.71
2801620--2801961	108	3.2	107	91	2	526	28	28	13	29	1.94
2801628--2801961	53	6.2	53	87	2	470	28	28	13	29	1.94
2801882--2802048	53	3.1	53	79	8	135	25	26	17	29	1.98
2801964--2802364	105	3.9	100	81	5	424	23	24	19	32	1.97
2802009--2802364	156	2.3	154	87	4	493	23	24	18	33	1.97
2801978--2802376	155	2.5	156	85	4	527	24	24	18	33	1.97
2801959--2802376	51	8.0	51	80	6	392	23	24	18	33	1.97
2802763--2802934	36	4.8	37	87	4	210	19	20	22	37	1.94
2807740--2807873	21	6.4	21	84	5	164	17	20	19	42	1.89
2807740--2807873	63	2.1	63	86	5	182	17	20	19	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2815265--2815300	6	6.0	6	100	0	72	33	16	0	50	1.46
2833363--2833396	15	2.2	16	89	5	52	70	2	2	23	1.15
2836195--2836234	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
2836229--2836321	33	2.8	33	95	1	161	32	6	16	45	1.72
2836556--2836611	21	2.7	21	88	2	87	19	26	25	28	1.99
2836773--2836827	14	3.6	14	77	15	56	32	12	12	41	1.81
2836792--2836824	17	1.9	17	100	0	66	39	12	12	36	1.80
2836775--2836824	15	3.2	15	78	10	55	36	10	12	42	1.76
2846624--2846660	10	3.7	10	88	0	56	35	29	21	13	1.92
2846657--2846689	14	2.4	14	94	0	57	24	39	30	6	1.79
2846681--2846788	33	3.3	33	94	0	180	25	25	39	8	1.84
2846929--2846986	29	2.0	29	93	0	98	22	25	37	13	1.91
2848474--2848549	36	2.1	36	97	0	143	43	14	10	31	1.79
2853023--2853052	15	2.0	15	100	0	60	13	46	26	13	1.80
2853473--2853548	36	2.1	36	97	0	143	43	14	10	31	1.79
2854646--2854719	27	2.8	28	89	4	91	36	2	12	48	1.55
2857851--2857946	33	2.8	33	90	3	138	41	20	23	13	1.88
2857884--2857951	19	3.8	19	72	21	74	45	19	22	13	1.84
2857955--2858117	20	8.9	19	73	17	112	17	21	19	42	1.89
2857954--2858084	53	2.5	53	87	3	183	17	22	17	42	1.89
2858027--2858135	34	3.0	34	75	20	114	19	22	22	36	1.95
2858006--2858115	20	5.9	19	78	15	113	18	21	20	40	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2860342--2860368	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
2860543--2860596	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
2860543--2860610	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
2861396--2861445	20	2.5	20	100	0	100	36	14	22	28	1.92
2861471--2861543	20	3.7	20	87	3	94	20	20	23	35	1.96
2861540--2861580	21	2.0	21	90	0	64	39	17	26	17	1.91
2861526--2861636	55	2.0	55	98	0	213	34	18	22	25	1.96
2861595--2861640	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
2861691--2861883	20	9.6	20	80	7	176	18	18	25	38	1.93
2861712--2861883	41	4.2	41	87	1	256	18	17	25	39	1.91
2861690--2861883	81	2.4	80	86	5	255	18	18	25	38	1.92
2861690--2861944	20	12.6	20	73	12	139	18	17	24	39	1.92
2862813--2862847	4	8.8	4	100	0	70	22	0	0	77	0.78
2864880--2864937	18	3.5	18	73	22	72	56	0	0	43	0.99
2864882--2864947	31	2.1	31	97	0	123	54	0	1	43	1.09
2864894--2864945	15	3.4	14	73	17	50	50	0	1	48	1.12
2885995--2886020	11	2.4	11	100	0	52	26	7	7	57	1.54
2891117--2891168	25	2.1	24	85	3	68	42	0	9	48	1.36
2891527--2891557	14	2.1	15	94	5	55	77	0	16	6	0.97
2897701--2897807	31	3.5	31	71	14	94	31	29	26	12	1.92
2899215--2899275	23	2.7	23	89	0	95	26	27	26	19	1.99
2899291--2899611	103	3.1	103	98	0	624	36	23	13	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2904419--2904469	23	2.2	23	82	0	57	33	27	21	17	1.96
2904493--2904813	103	3.1	103	98	0	606	37	22	13	26	1.92
2909602--2909660	23	2.6	23	86	0	82	28	28	23	18	1.98
2909676--2909992	102	3.1	103	95	2	579	35	23	13	27	1.92
2914494--2914588	23	4.3	22	77	12	88	27	15	24	32	1.95
2915843--2915882	20	2.0	21	85	5	55	40	20	20	20	1.92
2918216--2918279	31	2.2	29	86	8	85	35	15	25	23	1.94
2919323--2919386	2	32.0	2	93	6	112	48	0	1	50	1.10
2924296--2924338	22	2.0	22	86	9	61	39	13	0	46	1.44
2933830--2933889	31	2.0	32	83	9	81	50	8	3	38	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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