genome.fa.s9643.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009643.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117056_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8859806

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   

This is table  41  of  41  ( 4862 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8727400--8727555	43	3.4	43	71	13	141	20	19	27	32	1.97
8727043--8727763	304	2.4	296	88	8	1040	22	18	25	32	1.97
8738987--8739046	20	3.0	20	85	9	86	20	18	16	45	1.86
8740769--8741153	193	2.0	191	95	3	702	30	12	24	32	1.92
8744165--8744233	23	3.0	23	82	0	84	28	24	23	23	1.99
8744592--8744824	119	2.0	114	95	4	421	37	23	9	29	1.87
8750897--8750937	16	2.6	16	88	3	57	36	7	21	34	1.82
8751685--8752388	343	2.0	356	94	4	1256	44	6	8	39	1.62
8752318--8752357	20	2.0	20	85	5	53	52	2	5	40	1.37
8752703--8752746	20	2.2	20	88	8	63	27	29	15	27	1.96
8753302--8753344	17	2.4	17	88	7	59	46	27	16	9	1.77
8753340--8753425	19	4.7	19	88	7	133	12	19	22	45	1.84
8753363--8753490	31	3.8	33	83	11	120	12	20	25	41	1.87
8753458--8753666	105	2.0	104	97	2	393	27	18	17	36	1.93
8755563--8755653	41	2.2	40	80	5	101	23	36	16	24	1.94
8757007--8757043	13	2.6	15	87	12	60	32	0	21	45	1.52
8758066--8758109	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
8758300--8758337	19	2.0	19	94	0	67	28	13	31	26	1.93
8758276--8758388	20	5.7	20	74	9	70	23	15	24	35	1.94
8758377--8758469	20	4.6	20	75	4	87	18	23	18	39	1.92
8758377--8758471	41	2.3	41	96	0	172	18	23	17	40	1.92
8758977--8759420	219	2.0	222	96	3	815	26	13	22	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8760007--8760086	35	2.3	35	80	0	88	42	31	1	25	1.63
8762689--8762942	124	2.0	125	87	6	323	51	14	13	20	1.76
8765132--8765194	29	2.2	29	88	5	94	25	6	15	52	1.66
8767176--8767220	21	2.2	21	88	4	65	42	2	6	48	1.41
8767902--8767964	27	2.3	28	75	8	67	25	3	1	69	1.12
8781251--8781297	13	3.7	13	81	13	62	38	0	2	59	1.09
8782971--8783025	26	2.1	26	83	12	69	27	1	54	16	1.52
8783042--8783081	20	2.0	20	85	9	55	32	20	30	17	1.95
8793907--8793982	37	2.1	37	94	0	134	40	21	18	19	1.91
8796127--8796188	28	2.2	28	85	5	81	14	9	16	59	1.60
8796127--8796188	14	4.4	14	80	6	72	14	9	16	59	1.60
8796401--8796476	24	3.2	24	94	0	125	13	11	18	56	1.66
8796445--8796496	18	2.7	19	72	19	54	11	9	17	61	1.55
8797383--8797469	22	4.0	22	89	0	102	51	14	12	20	1.75
8797393--8797471	22	3.6	22	89	0	104	49	16	13	20	1.79
8798326--8798373	25	1.9	25	82	0	60	47	6	8	37	1.59
8802413--8802512	47	2.1	47	84	0	128	53	5	7	35	1.50
8804395--8804564	80	2.1	80	95	1	315	26	28	11	33	1.91
8816195--8816242	23	2.1	23	92	0	78	35	8	18	37	1.81
8816513--8816564	20	2.6	20	78	0	68	13	15	13	57	1.65
8816505--8817334	182	4.6	182	91	0	1327	27	16	12	43	1.84
8817464--8817515	20	2.6	20	70	11	52	15	13	11	59	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8817205--8817666	112	4.1	112	92	0	746	25	14	13	45	1.82
8817205--8817666	223	2.1	224	91	0	746	25	14	13	45	1.82
8818971--8819175	82	2.5	82	81	4	234	29	16	21	32	1.96
8819642--8819691	22	2.3	22	89	0	73	40	10	14	36	1.79
8820859--8820948	42	2.1	42	81	0	99	33	7	20	38	1.81
8822337--8822379	22	2.0	22	95	0	77	44	4	16	34	1.68
8829677--8829745	23	3.0	23	76	0	75	33	24	23	18	1.97
8834837--8834937	50	2.0	50	100	0	202	35	19	5	38	1.77
8837277--8837316	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
8843819--8843855	19	1.9	19	100	0	74	21	35	16	27	1.94
8845976--8846057	33	2.5	34	80	6	87	19	32	32	14	1.92
8847461--8847507	20	2.3	21	88	3	69	59	17	17	6	1.57
8848408--8848437	14	2.1	14	100	0	60	16	20	16	46	1.84
8850332--8850447	35	3.4	34	68	20	87	40	3	9	46	1.53
8850317--8850515	69	2.9	69	81	4	233	40	4	8	47	1.52
8850288--8850514	69	3.3	69	77	7	221	40	4	8	46	1.55
8853699--8853762	19	3.4	19	93	0	110	17	32	14	35	1.89
8857250--8857455	36	5.8	36	93	1	344	35	23	23	16	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41

The End!