genome.fa.s9643.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009643.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117056_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8859806

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2236262--2236329	23	3.0	23	97	0	127	23	11	25	39	1.88
2237667--2237754	31	2.7	31	81	6	104	27	23	32	15	1.95
2239153--2239193	16	2.4	18	88	8	59	75	0	7	17	1.02
2239203--2239242	19	2.1	19	100	0	80	70	0	15	15	1.18
2241870--2241903	11	3.0	11	83	8	50	82	5	0	11	0.83
2251070--2251214	63	2.3	63	85	9	183	30	21	17	31	1.96
2254198--2254258	15	4.0	15	77	12	61	70	0	3	26	1.02
2254200--2254286	18	5.2	17	75	22	62	67	0	6	25	1.15
2254209--2254258	25	2.0	25	88	7	75	70	0	4	26	1.05
2254200--2254285	33	2.7	31	82	8	93	68	0	6	24	1.14
2256067--2256094	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2256530--2256601	37	1.9	37	83	10	94	37	5	2	54	1.39
2257248--2257307	31	1.9	31	96	0	111	41	6	8	43	1.61
2257916--2257961	19	2.4	21	75	20	55	56	0	2	41	1.11
2257953--2258064	48	2.2	50	93	6	192	54	0	0	44	1.06
2257975--2258063	23	3.8	23	86	5	133	52	0	0	47	1.00
2258050--2258099	16	3.0	16	79	5	55	66	2	0	32	1.03
2265174--2265255	30	2.7	30	81	10	105	39	7	8	45	1.63
2271185--2271279	42	2.2	44	90	5	160	29	8	6	55	1.54
2275413--2275455	21	2.1	20	82	4	50	62	6	6	23	1.45
2277041--2277103	31	2.0	31	81	6	74	47	30	11	11	1.74
2277833--2277917	32	2.7	30	79	13	91	40	1	3	55	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2277835--2277919	10	8.1	10	70	18	57	40	1	3	55	1.25
2277833--2277920	31	2.8	31	78	11	90	40	1	3	54	1.24
2278519--2278605	31	2.8	30	81	10	95	54	4	1	40	1.29
2280451--2280493	14	3.0	14	82	3	59	27	18	6	46	1.75
2280443--2280507	29	2.3	27	80	12	78	27	15	6	50	1.67
2280736--2281035	139	2.2	138	87	1	431	31	10	12	45	1.76
2281542--2281593	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
2281583--2281681	21	4.8	20	72	6	72	36	23	19	21	1.95
2281648--2281841	20	9.6	20	81	5	221	35	25	19	19	1.95
2281648--2281841	60	3.2	60	83	0	253	35	25	19	19	1.95
2282216--2282286	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
2282407--2282460	14	3.6	14	77	18	63	38	24	27	9	1.86
2282417--2282465	14	3.1	16	72	21	57	42	22	26	8	1.81
2282472--2282569	19	5.7	19	70	22	81	12	22	22	42	1.86
2282494--2282583	14	5.7	14	68	23	54	11	23	23	42	1.86
2282477--2282591	33	3.5	33	91	0	194	11	22	20	45	1.83
2284278--2284655	93	4.1	93	98	1	742	22	12	18	46	1.83
2284278--2284655	185	2.0	185	98	1	740	22	12	18	46	1.83
2284699--2284827	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
2284735--2284827	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
2284699--2284827	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
2287091--2287458	20	18.5	20	85	5	440	19	19	26	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2292644--2292710	31	2.2	31	94	2	118	34	14	28	22	1.94
2294295--2294414	46	2.7	44	83	3	134	26	18	31	23	1.97
2294001--2294611	129	4.8	128	84	5	761	25	17	32	24	1.97
2294000--2294611	257	2.4	255	84	4	786	25	17	32	24	1.97
2294643--2295031	64	5.9	66	71	16	243	38	13	19	28	1.89
2294784--2295230	36	12.9	36	77	11	350	40	13	19	27	1.89
2294740--2294987	132	1.9	132	93	2	428	36	11	20	30	1.89
2294840--2294913	31	2.5	30	84	8	89	35	9	20	35	1.85
2294919--2294983	21	3.4	21	64	24	61	38	12	24	24	1.90
2294784--2295283	173	2.9	171	87	4	661	39	13	19	28	1.89
2294972--2295159	101	1.9	101	86	0	268	41	15	17	25	1.89
2294936--2295203	137	2.0	137	89	1	412	41	14	17	26	1.89
2295805--2295902	51	1.9	51	83	4	126	25	13	25	35	1.92
2296244--2296277	15	2.3	15	89	0	50	26	23	17	32	1.97
2297297--2297331	10	3.5	10	88	11	54	0	11	0	88	0.51
2300721--2301100	146	2.6	147	77	2	399	20	22	21	35	1.96
2301418--2301452	15	2.3	15	95	0	61	57	0	8	34	1.29
2303472--2303526	28	2.0	27	86	10	76	36	0	25	38	1.56
2303770--2303852	23	3.6	23	76	15	98	16	26	26	30	1.97
2305864--2305930	31	2.2	31	89	2	100	35	14	26	22	1.93
2306475--2306562	31	2.8	33	79	10	112	54	0	9	36	1.32
2312159--2312223	33	2.0	33	87	0	94	26	12	20	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2329399--2329423	10	2.5	10	100	0	50	76	0	16	8	1.02
2331521--2331588	27	2.6	27	90	4	113	39	16	11	32	1.84
2335236--2335303	27	2.6	27	95	4	122	41	16	11	30	1.84
2341508--2341532	13	1.9	13	100	0	50	32	0	24	44	1.54
2344727--2345479	264	2.9	263	86	3	985	22	21	18	36	1.95
2349240--2349303	17	3.9	16	74	13	60	65	0	3	31	1.08
2349228--2349295	33	2.1	32	83	8	84	61	0	4	33	1.16
2350530--2350581	22	2.4	22	100	0	104	40	0	36	23	1.55
2351210--2351343	64	2.1	64	94	0	232	40	18	20	20	1.92
2352317--2352404	32	2.8	32	79	8	108	31	18	18	31	1.95
2352316--2352417	31	3.3	31	76	6	107	32	18	15	33	1.93
2353896--2353942	23	2.0	23	95	0	85	31	25	23	19	1.98
2364633--2364709	35	2.2	35	90	0	118	28	0	24	46	1.53
2368139--2368183	22	2.0	22	100	0	90	17	51	17	13	1.77
2370543--2370581	21	1.9	20	89	5	60	74	5	0	20	1.01
2380798--2380870	38	1.9	38	91	0	119	41	12	10	35	1.78
2387783--2387822	21	1.9	21	89	0	62	10	7	7	75	1.20
2397291--2397329	19	2.1	19	95	0	69	30	30	5	33	1.79
2405033--2405073	8	5.2	8	82	5	57	34	0	29	36	1.58
2405143--2405897	128	5.9	128	93	1	1150	23	24	19	33	1.97
2406298--2406398	34	3.0	34	86	0	157	39	3	2	53	1.35
2408176--2408264	34	2.7	31	81	6	97	59	2	0	38	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2408179--2408253	31	2.4	33	77	11	84	60	1	0	38	1.06
2415459--2415487	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
2421096--2421154	31	1.9	31	92	0	100	45	3	6	44	1.47
2421175--2421499	22	14.7	22	87	0	434	50	8	0	41	1.35
2421486--2421525	12	3.6	12	77	16	50	52	0	2	45	1.14
2427160--2427198	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2435343--2435427	3	29.0	3	77	11	61	28	8	0	63	1.23
2436923--2436950	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2437007--2437054	21	2.2	22	96	3	89	31	8	8	52	1.61
2440663--2440711	24	2.0	24	84	7	64	32	16	8	42	1.77
2441053--2441100	23	2.1	23	92	0	78	39	6	16	37	1.74
2441719--2442168	182	2.5	182	91	1	715	27	15	13	42	1.85
2442080--2442132	20	2.7	20	76	2	63	15	15	13	56	1.67
2444989--2446012	199	5.2	199	93	1	1702	28	15	15	41	1.87
2446565--2446596	11	2.9	11	100	0	64	62	0	18	18	1.33
2447711--2447757	12	3.9	12	91	0	58	23	29	4	42	1.73
2447712--2447746	18	1.9	18	88	0	52	22	34	2	40	1.69
2448909--2448952	15	2.9	15	83	6	54	34	2	43	20	1.64
2449233--2449272	21	1.9	21	84	0	53	42	10	17	30	1.82
2449296--2450395	199	5.5	198	95	1	1945	28	15	15	41	1.87
2449303--2450395	397	2.7	398	96	1	2021	28	15	15	41	1.87
2450743--2450787	19	2.4	19	88	3	65	57	8	2	31	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2453958--2453996	18	2.2	18	86	9	53	41	7	5	46	1.55
2454242--2454290	19	2.6	20	81	12	68	38	16	0	44	1.48
2454674--2455333	182	3.6	181	83	3	797	27	15	13	44	1.83
2455262--2455300	20	1.9	21	89	5	62	12	17	25	43	1.85
2455489--2455513	11	2.3	11	100	0	50	24	24	20	32	1.98
2461476--2461522	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
2461456--2461559	16	6.2	16	76	12	77	46	9	0	43	1.43
2464137--2464220	41	2.0	42	95	4	154	35	15	11	36	1.84
2465408--2465444	12	3.0	12	92	4	56	35	8	0	56	1.29
2467385--2467424	20	2.0	20	100	0	80	40	25	5	30	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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