genome.fa.s9643.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009643.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117056_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8859806

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8133493--8133550	19	3.4	19	68	26	65	10	13	36	39	1.79
8133479--8133561	16	5.2	16	79	0	94	13	12	33	40	1.81
8138803--8138845	22	2.0	22	82	17	54	27	4	4	62	1.35
8146464--8146491	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8147871--8147953	29	2.9	26	72	24	62	71	1	8	19	1.19
8156126--8156208	2	41.5	2	97	0	157	49	0	1	49	1.08
8157579--8157636	19	3.2	19	82	7	75	68	0	0	31	0.89
8157621--8157775	32	4.5	34	69	14	104	48	5	3	43	1.41
8157651--8157932	38	7.9	36	78	14	216	45	5	4	43	1.49
8157848--8157912	31	2.1	31	97	0	121	44	6	7	41	1.58
8157861--8157958	27	3.5	27	83	9	101	47	5	4	42	1.44
8157919--8158061	38	3.8	38	70	8	103	44	11	3	41	1.57
8158699--8159170	84	5.6	83	83	3	559	25	20	24	29	1.99
8158668--8159169	169	3.0	169	85	2	670	24	20	24	30	1.99
8159262--8159665	110	3.7	110	88	0	565	26	16	21	34	1.95
8165051--8165088	17	2.2	18	90	4	60	60	0	0	39	0.97
8165126--8165415	38	8.1	35	81	14	269	45	5	5	43	1.50
8165125--8165415	106	2.7	105	81	14	305	46	5	5	42	1.50
8165291--8165357	31	2.2	31	100	0	134	46	5	5	41	1.53
8165375--8165441	27	2.5	27	87	2	100	49	4	2	43	1.38
8165154--8165421	144	1.8	143	83	10	348	45	5	5	43	1.51
8165268--8165465	65	3.0	65	84	8	188	47	5	5	41	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8165402--8165548	38	3.8	38	70	9	111	42	10	4	42	1.57
8165543--8165589	23	2.0	23	88	8	69	61	2	0	36	1.08
8165619--8165659	8	4.6	9	80	19	50	73	0	0	26	0.84
8166985--8167030	9	4.9	9	89	7	56	71	0	0	28	0.86
8166990--8167037	3	15.3	3	87	8	69	68	0	0	31	0.90
8166997--8167117	7	17.3	7	74	20	78	57	4	0	37	1.20
8166997--8167117	28	4.1	30	76	16	110	57	4	0	37	1.20
8167726--8167774	25	2.0	25	91	0	80	42	16	8	32	1.77
8169306--8169337	15	2.1	15	100	0	64	21	18	40	18	1.91
8174151--8174180	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
8176782--8176911	63	2.1	63	100	0	260	27	26	23	22	2.00
8184168--8184193	12	2.2	12	100	0	52	34	15	34	15	1.89
8184175--8184218	18	2.4	18	84	0	61	34	13	31	20	1.92
8187338--8187470	51	2.6	50	79	12	121	19	30	29	21	1.97
8192414--8192442	13	2.1	14	93	6	51	37	0	0	62	0.96
8196289--8196347	2	29.5	2	100	0	118	50	0	0	49	1.00
8197334--8197377	18	2.4	19	85	11	56	61	2	0	36	1.09
8198060--8198285	20	11.2	20	75	9	111	38	23	18	19	1.93
8198112--8198284	40	4.3	41	81	5	183	38	23	18	20	1.94
8198131--8198282	60	2.5	60	83	7	164	39	23	17	19	1.92
8198754--8198812	21	2.9	21	82	7	77	50	16	20	11	1.76
8198868--8198924	19	2.9	19	92	5	96	10	22	17	49	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8198837--8198924	39	2.5	34	82	14	90	12	22	17	47	1.81
8198861--8198922	20	3.2	20	90	4	108	11	22	16	50	1.76
8200927--8200993	21	3.2	21	71	0	62	25	35	20	17	1.95
8200884--8200993	42	2.6	42	81	4	114	24	32	20	22	1.97
8202338--8202374	14	2.6	14	87	12	58	32	0	18	48	1.49
8202481--8202539	19	3.4	19	71	22	65	45	18	20	15	1.85
8202481--8202560	33	2.4	33	91	0	124	46	21	20	12	1.83
8202572--8202703	19	7.4	19	66	17	86	15	21	17	45	1.85
8202570--8202716	33	4.3	33	80	10	177	14	23	18	44	1.86
8202647--8202737	20	4.9	19	70	16	66	16	21	20	40	1.91
8202568--8202736	53	3.2	52	76	13	157	14	23	19	42	1.88
8202572--8202716	72	2.1	66	86	7	191	14	22	17	44	1.85
8202603--8202737	72	1.9	73	87	1	200	16	22	19	42	1.89
8202709--8202782	20	3.7	20	66	16	53	25	17	24	32	1.97
8205023--8205049	14	1.9	14	100	0	54	7	11	29	51	1.64
8205249--8205302	24	2.2	24	90	6	83	42	20	16	20	1.89
8206164--8206336	60	2.9	60	87	2	240	19	17	21	40	1.91
8206162--8206412	20	12.5	20	78	8	206	19	17	23	39	1.92
8206462--8206515	20	2.7	19	75	8	63	16	18	31	33	1.93
8209024--8209071	20	2.4	19	80	13	53	20	2	2	75	1.02
8220617--8220740	44	2.8	43	86	2	167	28	17	11	42	1.84
8224832--8225010	20	8.9	20	70	7	94	35	20	11	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8224832--8224931	21	4.9	21	71	12	82	42	21	11	26	1.85
8224916--8225035	20	6.1	19	73	10	82	30	20	10	39	1.85
8224914--8225021	39	2.7	39	84	2	126	31	20	11	37	1.88
8224995--8225046	20	2.6	19	78	6	59	36	19	7	36	1.80
8225810--8225843	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
8225968--8226021	24	2.2	24	90	0	81	20	16	20	42	1.89
8228281--8228316	18	2.0	18	88	0	54	55	19	2	22	1.56
8228599--8228651	20	2.7	20	88	5	81	43	20	13	22	1.86
8228679--8228874	74	2.6	74	83	6	261	21	11	21	45	1.83
8228709--8228849	20	7.3	20	75	10	107	21	10	24	43	1.84
8230730--8230820	21	4.3	21	81	5	94	27	14	37	20	1.92
8231121--8231293	63	2.8	64	80	8	187	34	33	10	21	1.88
8231103--8231293	21	9.1	21	70	13	124	33	34	11	20	1.89
8231393--8231495	21	5.0	21	63	19	65	18	14	40	26	1.89
8231393--8231548	42	3.8	42	85	5	194	21	13	39	25	1.90
8234723--8234800	38	2.1	38	97	0	147	29	19	17	33	1.95
8235400--8235452	22	2.4	22	90	0	79	22	20	39	16	1.92
8235537--8235628	20	4.7	19	75	11	87	38	8	20	32	1.83
8235545--8235690	59	2.5	58	83	7	161	38	10	20	30	1.86
8235718--8235763	21	2.1	22	96	4	85	21	15	19	43	1.87
8244205--8244245	18	2.3	18	91	4	66	29	4	2	63	1.28
8244306--8244638	111	3.0	111	96	0	612	35	7	11	45	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8253994--8254058	34	1.9	34	81	12	80	46	6	4	43	1.49
8254033--8254151	63	1.9	63	84	3	159	43	7	4	44	1.52
8256768--8256805	19	2.0	20	89	5	60	55	0	7	36	1.29
8272289--8272322	17	1.9	18	88	5	52	58	0	11	29	1.33
8275866--8275921	22	2.5	22	88	0	85	23	25	21	30	1.99
8282181--8282233	22	2.4	22	87	0	70	26	24	20	28	1.99
8283022--8283363	130	2.7	128	81	5	363	40	11	14	33	1.82
8284434--8284497	29	2.1	31	82	5	78	42	6	17	34	1.74
8286538--8286598	21	2.8	22	80	16	81	24	8	26	40	1.83
8287949--8288035	20	4.3	20	94	0	147	35	22	19	21	1.96
8287904--8288035	40	3.3	42	84	9	143	37	19	18	25	1.94
8288044--8288190	20	7.3	20	80	6	145	34	23	14	27	1.94
8287989--8288179	80	2.4	81	93	1	307	34	23	17	24	1.96
8288044--8288223	20	8.9	20	77	7	141	35	23	13	28	1.92
8288009--8288223	80	2.7	80	90	5	292	35	23	14	26	1.93
8288207--8288256	20	2.5	20	81	15	59	32	20	12	36	1.89
8289998--8290035	20	2.0	20	84	5	51	44	13	15	26	1.83
8290006--8290048	19	2.2	20	83	4	52	44	16	16	23	1.86
8291046--8291097	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
8291059--8291114	23	2.7	20	83	10	60	39	17	5	37	1.73
8291480--8291542	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
8291956--8292041	39	2.2	39	93	0	145	18	13	18	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8292300--8292353	24	2.2	25	83	9	76	51	14	3	29	1.60
8292760--8292811	23	2.4	22	87	9	79	42	15	3	38	1.65
8294950--8295437	181	2.7	180	95	2	869	32	16	14	36	1.89
8296804--8297860	195	5.5	197	94	3	1838	31	16	15	36	1.90
8296804--8297860	392	2.7	385	94	3	1841	31	16	15	36	1.90
8297985--8298033	19	2.6	19	90	6	73	55	10	4	30	1.52
8299817--8299881	33	2.0	32	87	3	94	21	49	0	29	1.50
8299915--8299978	21	3.1	21	80	8	69	14	29	15	40	1.86
8302197--8302239	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
8302202--8302248	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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