genome.fa.s9643.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009643.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117056_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8859806

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7540940--7541809	120	7.4	119	79	8	500	28	14	28	27	1.96
7541080--7541285	105	2.0	105	85	1	279	27	13	29	29	1.94
7540948--7541641	225	3.0	225	77	8	581	28	14	28	27	1.96
7541173--7542004	120	7.0	119	79	8	734	28	15	27	28	1.96
7546529--7546587	29	2.1	29	81	9	68	45	11	16	25	1.82
7546587--7546624	19	2.0	19	94	0	67	18	15	21	44	1.86
7546615--7546639	13	1.9	13	100	0	50	20	16	16	48	1.82
7548221--7548262	21	2.0	21	95	0	75	30	14	7	47	1.71
7548257--7548360	33	3.2	33	91	1	165	31	6	16	45	1.73
7548532--7548568	16	2.2	17	86	13	51	62	21	5	10	1.48
7549003--7549180	77	2.3	77	96	0	320	30	16	21	30	1.96
7549807--7549852	22	2.0	22	91	4	74	19	34	6	39	1.78
7552302--7552347	22	2.0	23	87	4	67	21	32	6	39	1.79
7553478--7553546	29	2.3	29	80	2	75	30	21	13	34	1.91
7556167--7556236	36	1.9	36	97	0	131	51	18	12	17	1.76
7560710--7560759	23	2.2	23	88	0	73	38	6	22	34	1.78
7560675--7560835	87	1.9	87	94	0	286	40	9	14	34	1.79
7561024--7561538	201	2.6	199	86	4	693	29	16	14	39	1.88
7561450--7561488	20	2.0	19	85	5	51	35	12	2	48	1.55
7565177--7565317	64	2.2	63	81	7	160	32	18	24	24	1.97
7565305--7565362	20	2.6	22	86	10	75	31	18	22	27	1.97
7566062--7566173	31	3.6	31	95	0	197	17	21	21	39	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7566964--7567417	251	1.8	252	84	1	626	31	15	16	37	1.90
7570223--7570759	200	2.7	202	93	0	909	31	16	14	37	1.89
7571022--7571068	19	2.5	19	96	0	85	57	8	0	34	1.29
7572558--7572768	65	3.2	64	82	5	228	31	24	15	28	1.95
7579219--7579282	21	3.0	21	77	4	67	21	42	6	29	1.78
7580082--7580125	21	2.1	21	86	0	61	6	34	15	43	1.74
7581087--7581297	65	3.2	65	82	5	223	31	25	15	27	1.96
7582655--7582719	21	3.1	21	93	0	103	16	32	9	41	1.80
7584967--7585012	20	2.3	19	78	10	56	21	17	8	52	1.71
7584950--7585407	182	2.5	182	86	2	598	27	15	13	43	1.84
7589580--7589687	54	2.0	55	87	5	157	43	4	18	33	1.71
7590280--7590315	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
7596665--7596726	30	2.0	32	90	6	101	40	0	4	54	1.22
7596810--7596853	21	2.1	21	100	0	88	52	9	9	29	1.64
7600382--7600412	9	3.4	9	90	0	53	29	25	25	19	1.99
7601135--7601190	29	1.9	29	85	0	76	7	10	7	75	1.20
7615414--7615457	21	2.1	21	86	0	61	43	11	29	15	1.82
7615491--7615556	33	2.0	33	90	0	105	31	0	42	25	1.55
7617615--7618353	201	3.7	201	93	0	1239	36	14	16	32	1.89
7619814--7619864	18	2.8	18	93	0	84	39	7	33	19	1.81
7619818--7619883	6	11.0	6	86	0	69	37	6	31	24	1.80
7619818--7619882	12	5.4	12	90	0	76	38	6	32	23	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7621152--7621644	251	2.0	251	85	5	683	38	14	15	31	1.87
7624747--7624828	23	3.6	23	94	0	137	32	17	8	41	1.79
7627168--7627329	85	1.9	85	90	0	261	32	11	7	48	1.66
7630426--7630453	6	4.7	6	100	0	56	17	0	32	50	1.47
7633777--7633806	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7633789--7633857	35	2.0	34	82	5	84	31	4	0	63	1.14
7633834--7633875	17	2.4	17	88	4	57	11	9	0	78	0.96
7633898--7634185	9	30.2	9	67	20	65	20	6	3	69	1.26
7634125--7634185	5	12.0	5	78	15	54	19	6	0	73	1.04
7639828--7639876	20	2.5	20	75	21	57	40	6	0	53	1.26
7641538--7641575	12	3.2	12	81	3	51	47	0	0	52	1.00
7641520--7641577	23	2.4	23	82	5	71	50	1	0	48	1.11
7641512--7641589	23	3.0	26	70	14	63	47	1	0	51	1.09
7641566--7641660	11	8.5	11	70	10	68	49	5	1	44	1.32
7641714--7641781	19	3.6	18	70	21	50	44	1	5	48	1.36
7641817--7641891	21	3.5	21	78	12	73	46	0	2	50	1.15
7642278--7642328	25	2.0	25	96	0	93	43	11	17	27	1.84
7647387--7647413	14	1.9	14	100	0	54	92	7	0	0	0.38
7647391--7647416	12	2.2	12	100	0	52	92	7	0	0	0.39
7652416--7652463	21	2.2	22	85	10	64	56	0	6	37	1.25
7653477--7653502	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
7659545--7659725	89	2.0	91	95	3	330	28	8	30	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7663680--7663731	24	2.1	26	89	7	81	15	13	17	53	1.72
7663979--7664019	13	3.4	13	74	19	52	17	7	14	60	1.55
7663980--7664030	23	2.2	23	92	0	84	15	9	13	60	1.58
7668835--7669168	166	2.0	166	100	0	668	21	30	19	28	1.97
7675257--7675325	23	3.0	23	82	0	93	30	24	26	18	1.98
7676278--7676317	20	2.0	20	100	0	80	20	40	15	25	1.90
7677481--7677518	16	2.4	16	95	0	67	34	28	0	36	1.58
7680270--7680297	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
7689488--7689586	41	2.4	41	80	6	103	34	25	13	27	1.93
7689524--7689588	20	3.2	20	84	6	94	29	24	13	32	1.94
7689593--7689716	58	2.1	58	90	0	203	33	23	12	30	1.91
7690042--7690096	19	2.8	20	81	8	60	21	14	29	34	1.93
7691281--7691354	3	24.7	3	97	0	139	33	1	0	64	1.02
7691350--7691381	11	2.8	11	95	4	55	56	0	0	43	0.99
7700631--7700664	10	3.4	10	95	0	59	23	8	0	67	1.18
7704179--7704220	9	4.9	9	77	11	52	85	0	14	0	0.59
7704179--7704214	18	2.0	18	94	0	63	86	0	13	0	0.58
7704179--7704220	16	2.5	16	88	7	57	85	0	14	0	0.59
7705337--7705889	165	3.4	165	96	1	1011	28	11	22	37	1.89
7705337--7705889	247	2.2	248	96	0	1020	28	11	22	37	1.89
7705337--7705892	83	6.7	83	96	1	1012	28	11	22	37	1.89
7706482--7707027	113	4.8	113	93	0	896	38	13	19	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7707342--7707414	3	24.7	3	91	8	123	35	0	0	64	0.94
7712957--7713107	74	2.0	74	98	0	293	32	19	31	15	1.94
7717185--7717335	58	2.6	58	90	4	225	29	16	14	39	1.88
7719716--7719745	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7724189--7724227	9	4.3	9	83	0	51	10	7	0	82	0.86
7724189--7724230	18	2.3	19	87	4	59	11	9	0	78	0.96
7755637--7755661	12	2.1	12	100	0	50	24	16	44	16	1.86
7755691--7755767	29	2.7	29	83	0	100	24	37	22	15	1.93
7756325--7756462	28	5.1	28	62	16	85	10	18	44	25	1.82
7756353--7756434	25	3.2	25	64	16	67	10	18	41	29	1.84
7756312--7756470	53	3.0	53	99	0	309	11	19	43	25	1.84
7765063--7765144	41	2.0	41	100	0	164	48	17	7	26	1.73
7767200--7767268	31	2.2	31	92	5	104	43	11	11	33	1.77
7767213--7767278	31	2.1	31	88	5	98	51	12	9	27	1.69
7770959--7771092	62	2.2	62	93	0	223	53	8	10	26	1.64
7771334--7771385	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
7771374--7771427	20	2.7	20	100	0	108	31	24	16	27	1.96
7771371--7771487	61	1.9	61	83	0	153	33	24	17	24	1.96
7771436--7771488	20	2.7	20	93	0	88	24	28	20	26	1.99
7772004--7772059	19	2.9	19	86	2	85	48	23	17	10	1.79
7772071--7772250	19	9.8	19	77	14	173	11	21	22	44	1.84
7772071--7772250	33	4.9	38	79	12	173	11	21	22	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7772193--7772250	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
7774071--7774113	22	1.9	22	85	4	59	30	4	6	58	1.45
7774250--7774372	42	2.9	42	79	2	113	22	35	17	23	1.95
7774312--7774372	21	2.9	21	72	0	68	22	36	19	21	1.95
7775731--7775766	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
7775948--7776108	33	4.9	31	88	6	205	16	21	20	42	1.89
7775942--7776108	66	2.5	64	85	7	228	17	20	19	41	1.90
7778190--7778214	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
7778389--7778442	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
7779504--7779561	20	2.9	20	89	0	89	39	22	20	17	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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