genome.fa.s9643.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009643.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117056_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8859806

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8560277--8560332	11	4.8	11	74	20	51	46	1	8	42	1.45
8560218--8560401	74	2.5	73	86	7	239	44	3	7	44	1.50
8560249--8560497	74	3.4	72	80	12	242	41	4	8	46	1.52
8560249--8560497	38	6.8	37	78	14	216	41	4	8	46	1.52
8560580--8560620	21	2.0	21	85	0	55	26	0	0	73	0.84
8560640--8560671	12	2.7	12	90	0	55	37	25	28	9	1.87
8561933--8562013	11	7.0	11	71	21	51	22	4	0	72	1.03
8561969--8562013	20	2.2	20	84	11	65	26	2	0	71	0.98
8565389--8565452	29	2.1	29	91	5	101	25	4	23	46	1.71
8566530--8566572	20	2.2	20	87	4	61	39	4	0	55	1.20
8567780--8567820	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
8570459--8570514	26	2.1	27	83	3	69	19	12	26	41	1.87
8571434--8571491	23	2.5	23	80	5	64	36	25	20	17	1.94
8571607--8571668	15	4.2	14	70	11	52	38	19	8	33	1.81
8571607--8571645	16	2.6	15	88	8	53	43	20	7	28	1.79
8571607--8571750	45	3.2	45	84	2	164	35	18	9	36	1.84
8578700--8578738	16	2.6	16	88	8	55	43	20	7	28	1.79
8578700--8578760	15	4.1	15	76	14	54	44	16	8	31	1.77
8579182--8579220	15	2.7	15	88	4	53	28	20	20	30	1.98
8585978--8586064	45	1.9	46	88	2	131	27	20	22	28	1.99
8586084--8586122	20	2.0	20	89	0	60	25	15	28	30	1.96
8587187--8588062	458	1.9	458	95	0	1574	33	17	22	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8593104--8593143	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
8595633--8595666	18	1.9	18	88	5	52	14	14	0	70	1.17
8602872--8602954	27	3.0	27	79	12	87	26	33	26	13	1.93
8602947--8603012	33	2.0	33	93	0	114	28	21	37	12	1.89
8603145--8603188	23	1.9	23	95	0	79	25	22	25	27	2.00
8603636--8603718	27	3.1	26	86	8	121	30	0	14	55	1.40
8603641--8603730	28	3.2	28	93	6	155	30	0	13	56	1.37
8603699--8603792	49	2.0	48	82	10	115	41	1	9	47	1.43
8607473--8607643	49	3.4	52	82	10	189	41	1	11	45	1.48
8607614--8607688	27	2.6	29	85	10	109	33	0	16	50	1.45
8607643--8607720	35	2.3	35	89	6	117	35	0	11	52	1.38
8607695--8608184	14	37.5	13	67	24	168	45	2	7	43	1.47
8607689--8608182	26	19.5	26	74	12	277	45	2	7	44	1.47
8607978--8608182	49	4.0	50	80	9	227	49	2	4	42	1.39
8607985--8608122	3	47.7	3	70	7	61	52	2	4	40	1.36
8608242--8608362	59	2.1	56	90	4	188	38	4	7	49	1.50
8608274--8608318	24	1.9	24	86	4	65	40	2	4	53	1.33
8608285--8608326	17	2.5	17	80	0	57	40	0	2	57	1.12
8612094--8612190	19	4.8	20	80	14	76	23	26	18	30	1.98
8612140--8612189	19	2.6	19	100	0	100	22	30	18	30	1.97
8615844--8615908	23	2.8	23	80	0	76	27	23	27	21	1.99
8616112--8616171	23	2.7	23	80	10	72	31	21	5	41	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8616112--8616163	21	2.4	21	83	6	68	32	21	5	40	1.77
8617607--8617684	20	3.8	20	75	18	70	24	25	19	30	1.98
8618672--8618704	3	11.7	3	87	12	52	33	0	0	66	0.92
8618670--8618704	8	4.2	8	85	7	52	34	0	0	65	0.93
8622398--8622446	22	2.2	22	92	0	80	36	12	2	48	1.52
8622999--8623047	21	2.3	20	83	16	64	59	16	0	24	1.37
8623021--8623099	33	2.2	38	84	13	105	45	16	3	34	1.65
8623203--8623233	15	2.1	15	100	0	62	6	38	6	48	1.55
8623342--8623377	11	3.2	11	84	7	54	38	19	22	19	1.93
8623533--8623592	29	2.1	29	100	0	120	10	35	33	21	1.87
8628707--8628754	20	2.4	20	96	0	87	50	18	4	27	1.65
8629753--8629798	11	4.3	11	78	10	51	78	2	0	19	0.86
8629753--8629799	21	2.3	20	86	13	69	76	2	0	21	0.89
8637112--8637145	16	2.1	17	88	5	52	35	26	0	38	1.57
8639205--8639254	10	5.0	10	82	0	55	44	0	30	26	1.55
8640636--8640691	29	1.9	29	88	0	85	14	35	28	21	1.92
8640707--8640778	33	2.2	32	87	2	99	9	37	27	25	1.87
8640760--8640824	14	4.2	14	77	21	67	7	30	36	24	1.84
8640717--8640824	34	3.1	36	85	8	129	9	34	32	24	1.87
8640868--8640925	29	2.0	29	82	0	71	24	29	32	13	1.94
8641042--8641078	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
8654779--8655099	131	2.5	131	92	2	554	41	14	11	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8655312--8655363	20	2.5	21	81	3	61	40	19	23	17	1.91
8655929--8655994	19	3.5	19	81	4	80	50	24	16	9	1.74
8655990--8656173	19	10.1	19	76	13	172	11	22	20	44	1.84
8655990--8656173	33	5.1	38	82	8	172	11	22	20	44	1.84
8658209--8658268	21	3.0	20	66	9	50	23	38	18	20	1.93
8659621--8659656	13	2.6	14	82	8	56	30	0	25	44	1.54
8659780--8659836	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
8659762--8659851	33	2.7	33	94	0	153	43	21	22	13	1.87
8659762--8659822	19	3.5	19	74	21	69	44	21	22	11	1.84
8659847--8659907	19	3.5	19	65	21	51	11	21	19	47	1.81
8659851--8659975	32	3.9	32	83	9	164	15	20	20	44	1.87
8662428--8662471	22	2.0	22	90	0	70	34	22	18	25	1.96
8663525--8663575	20	2.5	20	100	0	102	33	27	23	15	1.95
8663599--8663683	19	4.7	19	88	9	126	15	21	16	47	1.83
8663801--8663835	14	2.6	13	90	4	52	45	22	0	31	1.53
8665812--8665867	21	2.7	21	86	2	78	37	23	25	14	1.92
8665866--8665922	14	3.8	14	78	17	69	49	26	15	8	1.74
8665853--8665928	32	2.5	30	91	4	116	48	25	17	9	1.76
8665935--8666030	19	5.6	18	71	22	75	11	18	22	46	1.81
8665958--8666014	14	3.8	14	73	24	53	8	14	26	50	1.71
8665940--8666030	32	2.8	33	93	3	157	10	17	23	48	1.79
8666015--8666069	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8666550--8666594	18	2.5	18	85	0	63	15	15	42	26	1.87
8668123--8668169	22	2.2	21	85	7	60	23	14	42	19	1.88
8668130--8668173	22	2.0	21	91	4	70	18	15	47	18	1.83
8668344--8668473	41	3.2	41	79	6	156	23	16	25	33	1.96
8668358--8668471	20	5.7	20	82	6	122	24	18	26	30	1.98
8668461--8668535	21	3.6	21	76	3	89	16	24	18	41	1.90
8668400--8668534	41	3.3	41	81	4	130	19	20	21	38	1.94
8668461--8668551	41	2.3	40	92	3	157	17	24	18	39	1.92
8678894--8678926	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
8678960--8678998	12	3.2	12	92	3	60	66	2	0	30	1.05
8686299--8686351	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
8692212--8692282	36	2.0	35	94	2	124	26	22	12	38	1.90
8694823--8694918	48	2.0	48	95	0	174	37	12	18	31	1.88
8696419--8696480	30	2.0	31	90	9	101	27	48	11	12	1.76
8697454--8697543	44	2.0	44	97	0	171	28	14	6	50	1.68
8700562--8700621	20	2.9	21	92	7	104	28	25	28	18	1.98
8702058--8702268	103	2.0	103	95	0	377	26	14	23	36	1.93
8702285--8702352	23	3.0	23	84	0	82	22	26	25	26	2.00
8711030--8711074	19	2.3	19	85	14	56	55	4	2	37	1.32
8711203--8711236	2	16.5	2	93	6	59	50	0	2	47	1.16
8711234--8711274	4	10.2	4	100	0	82	75	0	0	24	0.80
8712912--8713653	105	7.3	105	86	9	1071	22	19	25	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8712946--8713653	199	3.5	199	93	1	1195	22	18	26	32	1.97
8712896--8713648	304	2.5	296	88	7	1048	22	19	26	32	1.97
8725129--8725175	2	23.5	2	81	16	53	53	2	2	42	1.25
8725298--8725348	2	25.5	2	78	21	54	50	1	3	43	1.31
8725286--8725368	21	4.2	21	72	17	63	57	2	3	36	1.29
8725346--8725374	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
8727027--8727768	105	7.3	105	87	9	1073	22	19	25	32	1.97
8727201--8727356	43	3.4	43	69	13	123	21	19	26	32	1.98
8727061--8727768	199	3.5	199	94	1	1204	22	19	25	32	1.97
8727165--8727313	43	3.1	50	67	15	134	24	18	26	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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