genome.fa.s192.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold192
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2196177

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1974422--1974461	9	4.3	10	78	15	50	67	0	0	32	0.91
1981391--1981441	21	2.5	20	75	15	50	60	5	5	27	1.43
1981685--1981741	19	2.9	19	86	2	78	35	15	14	35	1.88
1981787--1981816	13	2.3	13	94	0	51	33	13	13	40	1.83
1981770--1981837	33	2.1	33	86	5	93	32	10	17	39	1.84
1986322--1986396	20	3.8	20	72	0	60	40	14	12	33	1.83
1989505--1989550	23	2.0	23	83	4	58	39	13	28	19	1.89
1991356--1991381	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1993872--1993896	13	1.9	13	100	0	50	28	16	16	40	1.89
1993883--1993937	20	2.8	20	89	5	78	29	14	18	38	1.90
1994674--1994705	9	3.7	9	95	4	57	50	18	9	21	1.75
1995408--1995587	92	1.9	93	83	3	229	36	15	5	43	1.70
1995593--1995724	67	2.0	67	84	3	176	35	13	7	43	1.73
1995915--1996045	39	3.3	39	79	5	122	38	11	4	45	1.61
1997124--1997166	3	14.3	3	100	0	86	34	0	0	65	0.93
1998290--1998327	15	2.4	16	79	20	53	50	0	0	50	1.00
1998325--1998379	21	3.1	18	74	20	53	69	0	1	29	0.99
1998691--1998723	17	1.9	17	88	11	50	69	3	0	27	1.03
2002800--2002847	14	3.4	13	78	16	51	29	2	6	62	1.31
2006775--2006808	17	1.9	17	88	5	50	44	0	2	52	1.16
2008689--2008738	26	1.9	26	87	0	73	40	10	12	38	1.76
2013107--2013171	26	2.5	26	94	0	112	38	12	12	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2015911--2015952	18	2.3	18	76	8	50	19	0	23	57	1.41
2017723--2017760	19	2.0	19	85	10	51	44	0	0	55	0.99
2021979--2022030	27	1.9	27	84	7	70	36	0	1	61	1.07
2027493--2027548	19	2.9	19	86	2	67	39	12	14	33	1.83
2029994--2030019	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2036274--2036311	19	2.0	19	100	0	76	42	15	15	26	1.87
2037928--2038001	28	2.6	29	85	6	116	24	20	31	24	1.98
2037875--2038076	107	1.9	106	85	3	280	30	15	28	25	1.96
2037958--2038319	79	4.6	79	94	1	629	30	16	27	25	1.96
2038331--2038460	51	2.5	51	87	0	188	36	10	21	31	1.88
2040741--2040884	20	6.8	20	78	16	139	41	14	16	27	1.87
2044008--2044050	19	2.2	20	87	4	61	60	16	0	23	1.35
2048460--2048484	3	8.3	3	100	0	50	32	36	0	32	1.58
2050092--2050122	13	2.4	13	94	0	53	41	12	12	32	1.81
2050167--2050222	19	2.9	19	81	2	67	35	12	17	33	1.88
2052511--2052871	103	3.5	102	81	6	392	26	24	15	33	1.95
2052624--2052676	27	2.0	26	82	10	63	26	30	16	26	1.97
2054309--2054349	16	2.5	17	80	11	59	39	21	17	21	1.93
2056967--2057014	23	2.1	23	96	0	87	25	25	8	41	1.83
2058159--2058234	25	3.1	25	77	12	86	28	9	5	56	1.52
2058187--2058241	22	2.5	22	87	3	74	30	9	5	54	1.54
2058207--2058250	23	1.9	23	86	9	63	31	13	2	52	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2058966--2059323	187	1.9	188	99	0	709	51	9	6	31	1.61
2060107--2060154	17	2.8	17	79	14	55	50	2	0	47	1.12
2061541--2061598	29	2.0	29	83	3	73	50	5	5	39	1.47
2062366--2062403	16	2.4	16	91	8	60	63	0	10	26	1.27
2062366--2062402	17	2.2	16	90	4	56	64	0	10	24	1.25
2062947--2062982	10	3.4	10	92	7	54	16	0	5	77	0.94
2063365--2063400	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
2065678--2065706	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
2065706--2065731	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2070252--2070326	34	2.2	35	85	2	98	30	12	20	37	1.89
2077958--2078012	19	2.9	18	76	10	56	50	0	0	49	1.00
2077944--2078032	20	4.4	20	77	13	69	52	0	0	47	1.00
2078224--2078292	32	2.1	33	89	2	104	33	8	7	50	1.61
2079254--2079318	27	2.5	27	85	9	82	72	4	3	20	1.16
2079908--2079933	1	26.0	1	100	0	52	0	100	0	0	0.00
2083170--2083195	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2083234--2083309	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
2083255--2083327	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
2083234--2083327	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
2085780--2085818	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
2085804--2085882	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
2087896--2087926	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2091966--2091991	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2092030--2092105	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
2092051--2092123	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
2092030--2092123	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
2097673--2097717	21	2.1	21	87	4	63	37	11	4	46	1.60
2098542--2098614	20	3.6	21	87	7	105	43	10	15	30	1.80
2098542--2098634	20	4.6	20	82	8	98	40	11	16	31	1.84
2100883--2101070	96	2.0	96	82	2	234	31	20	10	38	1.86
2111039--2111696	156	4.2	156	81	3	704	40	20	16	23	1.91
2111124--2111738	311	2.0	312	84	4	803	39	20	16	23	1.92
2112288--2112629	128	2.7	128	87	3	501	43	11	11	33	1.76
2114223--2114827	166	3.6	164	84	5	707	50	7	12	29	1.67
2118389--2118486	30	3.3	28	73	18	81	71	6	6	16	1.27
2118391--2118522	9	13.8	9	67	19	54	72	6	6	14	1.25
2119800--2119980	29	6.2	30	72	7	122	25	28	14	30	1.95
2119800--2120030	29	7.9	29	73	11	100	25	27	14	32	1.95
2119843--2120025	88	2.1	87	85	3	242	28	26	13	31	1.93
2119916--2120037	29	4.2	29	79	9	113	27	27	15	29	1.96
2119930--2120043	29	3.9	29	80	7	115	28	27	14	29	1.96
2120045--2120167	33	3.8	33	89	2	178	30	27	18	23	1.98
2120045--2120219	33	5.6	30	81	7	93	32	27	18	21	1.97
2120288--2120881	208	2.9	208	79	2	516	27	22	14	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2120506--2120898	207	1.9	207	82	3	495	26	22	14	36	1.93
2120280--2120882	52	11.6	52	80	3	430	27	22	14	36	1.92
2120618--2120920	104	2.9	103	77	6	299	27	24	13	33	1.93
2121707--2122274	167	3.4	167	81	6	631	30	10	7	50	1.65
2124401--2124731	155	2.1	154	84	1	439	21	17	22	38	1.94
2128155--2128219	19	3.3	20	72	18	55	76	1	13	7	1.06
2128767--2128982	112	1.9	113	82	6	269	31	17	14	36	1.90
2130307--2130421	51	2.3	51	84	6	144	37	13	20	28	1.91
2130358--2130607	79	3.2	78	86	4	333	32	15	24	26	1.95
2130562--2130636	28	2.7	28	100	0	150	21	22	33	22	1.97
2130486--2130755	108	2.5	107	88	1	398	29	16	27	26	1.97
2130729--2131012	51	5.6	51	89	0	379	32	10	26	30	1.90
2130729--2131012	153	1.9	153	88	1	435	32	10	26	30	1.90
2133296--2133369	20	3.7	20	83	0	94	45	12	13	28	1.79
2133913--2134271	61	6.1	60	83	9	434	26	19	28	25	1.99
2133928--2134272	116	2.9	116	87	2	483	24	20	28	26	1.99
2135254--2135313	11	5.6	10	81	13	57	0	8	6	85	0.76
2135251--2135313	21	3.0	21	86	6	76	0	9	6	84	0.79
2135251--2135316	29	2.2	32	86	8	93	0	10	6	83	0.81
2147709--2147823	51	2.3	51	87	6	162	38	13	19	29	1.89
2147755--2147933	79	2.3	79	84	5	220	32	15	24	26	1.95
2147888--2147959	27	2.6	27	86	2	90	23	20	31	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2147940--2148227	51	5.6	51	86	1	380	32	10	25	30	1.90
2147944--2148227	153	1.9	153	87	0	424	33	10	24	31	1.89
2150509--2150593	33	2.6	33	98	0	161	41	17	16	24	1.90
2150521--2150591	20	3.9	20	72	24	75	40	18	16	23	1.90
2150509--2150571	13	5.3	13	71	21	57	41	17	15	25	1.89
2150555--2150608	20	2.7	20	85	5	65	42	14	16	25	1.87
2151209--2151355	44	3.3	43	74	12	120	23	18	12	46	1.82
2151021--2151337	176	1.8	176	81	2	395	24	17	12	45	1.84
2151193--2151356	88	1.9	87	81	6	197	23	18	12	45	1.83
2151716--2152078	89	4.1	88	83	7	439	28	26	15	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14