genome.fa.s192.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold192
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2196177

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151388--151419	16	2.0	17	88	11	50	9	18	18	53	1.71
153819--153854	3	12.0	3	87	0	54	30	30	0	38	1.58
155432--155485	20	2.7	20	88	5	74	38	18	11	31	1.86
155508--155566	19	3.2	19	86	13	79	33	18	13	33	1.90
155534--155604	20	3.6	19	79	9	65	39	15	14	30	1.87
158620--158962	172	2.0	172	97	0	650	43	11	13	31	1.81
162568--162592	12	2.1	12	100	0	50	40	0	24	36	1.55
164195--164266	15	4.7	15	73	11	56	0	25	0	75	0.81
164185--164253	21	3.3	20	78	11	68	0	26	0	73	0.83
164216--164271	11	5.4	10	77	14	51	0	23	0	76	0.78
164203--164266	17	3.9	16	78	15	69	0	23	0	76	0.79
164197--164271	14	5.6	13	71	24	50	0	25	0	74	0.82
166199--166231	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
166810--166864	19	2.9	19	97	0	101	34	10	14	40	1.81
166904--166929	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
169396--169471	27	2.8	28	90	6	111	23	32	21	22	1.98
169454--169625	52	3.3	52	77	11	156	28	26	13	31	1.94
170956--171002	20	2.3	20	85	7	60	31	6	19	42	1.76
173078--173154	37	2.1	37	100	0	154	29	15	15	38	1.89
173189--173245	20	2.8	20	97	0	105	31	19	8	40	1.82
175825--175850	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
179650--180027	189	2.0	189	97	1	713	29	14	10	46	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183180--183204	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
186869--186993	20	5.7	20	66	18	70	42	12	15	30	1.83
187530--187561	3	10.7	3	93	0	55	37	0	34	28	1.57
194309--194359	19	2.6	20	78	3	59	29	13	13	43	1.83
201739--201772	13	2.6	13	85	0	50	32	11	20	35	1.89
201723--201791	33	2.1	33	83	0	84	34	11	20	33	1.89
212744--212797	21	2.6	21	79	5	56	33	14	12	38	1.85
217176--217295	52	2.3	52	95	0	213	29	17	19	34	1.94
217177--217315	52	2.7	51	88	4	199	30	17	19	32	1.95
217304--217328	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
217369--217435	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
217391--217415	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
218425--218510	43	2.0	43	93	0	145	30	19	23	26	1.98
218531--218971	49	8.8	52	86	7	433	31	17	27	24	1.97
218238--218732	218	2.2	222	92	3	811	35	15	24	24	1.94
218595--218971	48	7.7	49	88	6	527	29	18	27	24	1.98
218595--218971	97	3.9	99	90	4	531	29	18	27	24	1.98
218964--219095	31	4.3	30	86	10	178	12	18	37	30	1.89
219103--220005	34	26.1	34	81	12	937	34	12	33	19	1.90
219098--219934	316	2.7	315	94	3	1440	33	12	33	19	1.90
219085--220028	282	3.4	277	84	9	1157	33	12	33	20	1.90
219913--219964	27	1.9	27	96	0	95	21	17	38	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219110--220005	105	8.7	99	78	12	731	33	12	33	20	1.90
219879--219995	61	1.9	61	87	3	173	29	14	34	22	1.93
221001--221039	1	39.0	1	84	0	51	0	0	7	92	0.39
221001--221041	17	2.5	17	96	4	75	0	0	9	90	0.46
221001--221039	12	3.2	12	92	7	62	0	0	7	92	0.39
221083--221123	15	2.9	15	82	10	50	0	7	7	85	0.75
222955--223186	79	2.9	79	71	8	193	35	11	25	28	1.91
225937--225984	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
226415--226943	61	8.8	60	81	4	577	28	17	27	26	1.98
226389--226950	120	4.7	120	84	2	689	29	17	27	25	1.97
227920--227984	22	3.0	21	75	16	62	4	10	4	80	1.01
240340--240610	79	3.4	78	81	6	303	33	13	25	28	1.93
241381--241491	49	2.3	50	81	6	120	24	13	14	47	1.80
244010--244057	24	2.0	24	91	0	78	60	12	4	22	1.49
246410--246449	17	2.4	17	86	0	53	37	15	5	42	1.68
246919--246955	12	3.2	12	85	14	51	5	16	0	78	0.93
247516--247541	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
247498--247561	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
249994--250063	36	2.0	35	88	2	104	25	30	12	31	1.93
251576--251627	20	2.6	20	84	0	77	36	13	9	40	1.77
255379--255544	67	2.5	66	76	5	172	27	17	12	42	1.84
256467--256642	79	2.2	77	78	5	183	37	17	11	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256796--256868	29	2.5	28	75	20	69	42	13	17	26	1.87
257042--257068	5	5.4	5	100	0	54	0	18	0	81	0.69
258664--258712	22	2.3	21	86	13	73	26	0	2	71	0.97
260347--261618	154	8.3	154	75	7	897	26	16	19	38	1.92
260527--261530	461	2.2	461	98	0	1929	25	16	19	39	1.91
268462--268492	15	2.1	15	100	0	62	51	9	12	25	1.70
271376--271573	76	2.6	76	80	5	222	27	19	14	38	1.90
271354--271590	76	3.1	76	76	5	210	24	18	13	42	1.87
272017--272104	40	2.2	40	83	0	104	21	27	11	39	1.87
272360--272458	40	2.5	40	85	3	110	22	27	11	39	1.88
272456--272624	40	4.2	39	74	7	133	16	23	16	43	1.87
272564--272641	40	1.9	41	89	2	122	19	23	15	42	1.89
272664--272753	40	2.2	40	78	3	101	15	24	15	44	1.85
272755--272905	63	2.4	65	80	9	152	20	25	13	39	1.90
274119--274165	18	2.7	17	78	21	53	21	0	2	76	0.89
274119--274170	11	4.5	11	74	9	50	23	0	1	75	0.91
274319--275091	308	2.5	303	81	7	821	27	15	17	39	1.89
274327--275165	154	5.4	153	77	7	673	27	14	17	39	1.90
280911--280994	22	4.0	21	72	12	64	44	13	7	35	1.71
281246--281306	30	2.1	29	84	9	79	40	13	4	40	1.65
284751--284779	14	2.0	15	93	6	51	37	0	0	62	0.96
285049--285103	25	2.2	26	81	15	62	41	3	1	52	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
295073--295153	43	2.0	42	83	13	107	43	3	16	37	1.65
295258--295314	29	1.9	29	82	10	71	47	0	0	52	1.00
296911--296958	19	2.6	18	74	6	51	62	0	2	35	1.07
299212--299237	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
301779--301804	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
303881--303911	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
305714--305758	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
307990--308015	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
311109--312319	62	19.6	62	81	2	1234	23	23	19	33	1.97
311119--312319	185	6.5	185	81	4	1248	24	23	19	33	1.97
312282--312513	42	5.6	42	76	5	204	21	25	13	39	1.90
312282--312508	86	2.7	82	76	10	192	21	25	12	40	1.88
313269--313323	20	2.8	20	97	0	101	25	18	10	45	1.82
316066--316188	27	4.7	26	87	5	151	23	6	22	47	1.75
320638--320715	27	2.9	27	82	3	95	24	8	21	44	1.81
320696--320741	24	1.9	24	95	0	83	19	8	23	47	1.77
325595--325672	20	3.8	20	76	6	75	39	15	12	32	1.85
330285--330356	18	3.8	18	72	15	65	41	8	33	16	1.78
331068--331174	52	2.1	52	92	0	178	38	11	17	32	1.85
334548--334602	20	2.7	21	83	8	69	49	12	10	27	1.74
334591--334682	39	2.4	39	94	0	157	25	15	18	41	1.89
334666--334721	20	2.8	20	83	2	76	26	16	10	46	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
334759--334797	21	1.9	20	94	5	69	35	12	15	35	1.86
334977--335013	15	2.5	15	90	0	56	51	21	18	8	1.72
336132--336185	20	2.6	21	85	2	65	31	12	7	48	1.69
336813--336957	52	2.8	51	82	2	173	38	14	24	22	1.91
337129--337394	52	5.1	51	83	2	291	38	14	21	25	1.92
336798--337292	270	1.8	269	81	4	620	38	14	22	24	1.92
337387--337594	31	6.6	32	76	7	165	22	16	30	30	1.96
337608--337818	60	3.5	60	87	2	264	37	13	28	19	1.90
337668--337786	27	4.2	27	72	17	98	35	13	30	21	1.91
337634--338039	33	13.0	32	75	13	353	39	12	27	20	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14