genome.fa.s192.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold192
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2196177

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
733375--733942	34	17.1	34	72	12	276	38	10	29	21	1.87
733375--733931	68	8.4	66	72	12	320	38	10	29	22	1.88
733379--733745	137	2.7	136	82	5	436	38	10	28	21	1.87
733680--733794	59	1.9	59	86	8	162	36	10	28	24	1.88
733572--733932	94	3.7	94	81	7	379	38	10	28	22	1.87
734973--735035	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
734992--735016	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
734973--735043	32	2.2	32	97	0	133	32	12	18	36	1.88
735088--735115	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
738714--738776	23	2.7	23	76	16	67	6	9	4	79	1.05
738734--738790	12	4.7	12	76	18	55	3	7	3	85	0.80
738693--738792	42	2.5	39	80	9	103	5	9	5	81	0.99
738745--738788	18	2.5	17	82	10	52	4	6	4	84	0.88
738736--738809	39	1.9	38	83	2	94	6	9	4	79	1.03
745671--745728	20	2.8	20	89	5	80	34	13	13	37	1.85
747876--747914	20	2.0	20	90	10	62	28	5	0	66	1.12
747995--748075	41	2.0	41	100	0	162	51	20	7	19	1.70
748964--749009	23	2.0	24	86	4	67	13	8	13	65	1.48
750161--750302	73	1.9	73	97	0	266	37	16	11	34	1.85
752802--753032	103	2.3	103	87	0	329	26	26	14	32	1.95
756848--756946	31	3.0	34	70	22	93	19	28	15	37	1.92
756820--757338	65	8.1	65	73	7	342	20	22	14	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
756826--756924	31	3.1	31	73	18	103	17	27	18	37	1.93
763238--763268	9	3.3	9	95	4	53	0	12	0	87	0.55
763241--763291	20	2.9	17	86	13	61	1	21	0	76	0.88
766424--766566	76	1.9	76	86	0	205	27	15	17	39	1.90
767687--767873	72	2.7	69	81	7	207	56	13	0	29	1.42
767946--767989	16	2.7	16	85	3	52	38	15	9	36	1.80
768024--768072	24	2.0	24	92	0	80	34	16	14	34	1.89
771089--771115	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
775150--775274	20	5.8	20	71	18	90	43	12	15	28	1.83
776546--776571	3	8.7	3	100	0	52	34	0	34	30	1.58
779805--779961	19	8.7	19	72	19	131	36	12	16	34	1.86
779805--779962	32	4.4	37	84	12	183	37	12	16	34	1.86
785734--785760	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
785714--785777	33	2.0	33	93	3	112	26	12	20	40	1.88
785859--785883	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
788323--788357	13	2.7	13	90	0	52	37	22	14	25	1.92
794087--794215	52	2.5	52	92	0	213	31	18	14	35	1.91
794224--794248	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
794291--794339	19	2.5	20	90	3	73	38	12	12	36	1.80
794291--794343	20	2.7	19	88	2	79	41	13	11	33	1.80
797757--797811	20	2.8	20	100	0	110	27	10	21	40	1.87
797798--797824	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
797778--797839	33	1.9	32	93	3	106	25	11	20	41	1.86
797923--797947	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
800423--800461	20	2.0	20	100	0	78	43	10	15	30	1.80
800542--800644	43	2.4	43	100	0	206	35	18	12	33	1.89
801692--801731	20	2.0	20	85	5	53	42	12	15	30	1.83
801811--801869	20	3.0	19	82	5	73	25	15	18	40	1.90
806307--806428	30	4.1	29	75	4	91	23	27	16	32	1.96
806307--806428	59	2.1	59	80	6	131	23	27	16	32	1.96
806373--806493	64	1.9	65	86	8	176	21	25	15	37	1.93
806500--806835	31	10.8	31	72	13	192	23	27	9	39	1.86
806612--806831	33	7.0	32	70	12	127	23	28	9	38	1.86
806614--806831	66	3.5	64	74	14	204	23	27	9	38	1.86
806500--806788	157	1.8	155	81	7	361	24	29	9	37	1.86
806836--807240	64	6.3	63	80	6	377	32	33	16	17	1.92
806836--807240	31	12.7	32	79	5	356	32	33	16	17	1.92
808194--808247	20	2.7	20	94	2	90	40	5	16	37	1.72
810708--810826	52	2.3	52	94	0	202	27	18	17	36	1.94
810730--810848	52	2.3	52	86	2	168	29	17	18	34	1.94
810837--810861	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
810927--810951	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
810905--810971	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
812255--812293	21	1.9	20	89	5	60	23	17	10	48	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
814832--814995	79	2.1	80	88	1	240	45	9	8	37	1.67
815973--816016	22	2.0	22	82	8	54	52	0	2	45	1.13
820938--820970	8	4.1	8	100	0	66	63	0	0	36	0.95
820972--821021	26	2.0	23	85	11	64	56	0	0	44	0.99
821012--821055	5	8.4	5	80	9	52	61	2	0	36	1.09
825293--825338	20	2.3	20	85	3	58	41	0	0	58	0.98
825293--825346	19	2.8	20	86	5	67	40	0	0	59	0.98
825371--825415	23	2.1	22	88	12	67	60	0	2	37	1.09
825935--825977	18	2.6	18	85	10	56	0	18	0	81	0.69
826323--826362	21	1.9	21	90	10	64	40	0	0	60	0.97
828373--828431	20	2.9	20	76	14	59	42	13	5	38	1.66
829619--829645	13	2.1	13	100	0	54	29	14	7	48	1.71
829589--829627	2	19.5	2	83	0	51	41	0	7	51	1.31
829886--829939	7	7.6	7	78	12	56	48	0	0	51	1.00
829886--829944	13	4.2	13	76	16	55	49	0	0	50	1.00
829890--829935	16	3.1	16	81	12	53	43	0	0	56	0.99
832505--832542	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
833983--834047	22	2.8	24	76	9	71	56	1	1	40	1.18
834329--834373	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
835780--835819	18	2.1	20	86	9	57	57	0	2	40	1.12
835836--835876	22	2.0	19	86	13	55	58	0	0	41	0.98
835839--835916	27	2.9	27	80	10	81	60	2	0	37	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
843059--843114	22	2.8	20	76	10	53	0	26	0	73	0.84
844132--844200	28	2.5	28	74	9	68	30	14	21	33	1.93
846829--846866	17	2.2	18	85	4	51	63	0	2	34	1.09
847451--847526	27	2.8	27	77	13	75	56	1	1	40	1.16
847957--848028	27	2.7	27	83	10	94	52	1	0	45	1.09
848969--849038	35	2.0	35	97	0	131	31	10	11	47	1.73
854237--854268	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
855938--855994	20	2.7	22	89	7	84	31	10	14	43	1.79
856059--856087	15	1.9	15	100	0	58	31	13	34	20	1.92
865579--865653	20	3.8	20	76	0	78	36	12	12	40	1.79
865579--865656	40	2.0	39	84	2	102	35	11	12	39	1.80
866567--866623	22	2.5	23	94	5	107	17	10	8	63	1.51
875138--875266	52	2.5	52	93	0	222	29	17	17	35	1.93
875138--875287	52	2.9	52	89	2	176	30	16	18	34	1.93
875353--875381	13	2.1	14	93	6	51	27	17	13	41	1.87
876085--876953	49	17.8	49	84	5	1019	32	17	25	24	1.97
876085--876953	98	8.9	98	89	3	1145	32	17	25	24	1.97
876985--877335	34	9.8	34	77	11	303	34	11	32	20	1.89
876988--877209	112	2.0	113	81	4	261	32	12	33	21	1.91
877103--877335	34	6.7	35	86	5	305	36	11	31	20	1.89
877306--877612	31	10.1	30	80	10	222	29	16	29	23	1.97
877324--877607	61	4.7	61	92	2	414	28	17	29	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
885876--886004	52	2.5	52	87	2	188	29	19	16	34	1.93
885876--886024	52	2.9	52	83	4	158	31	18	16	33	1.93
886013--886037	13	1.9	13	100	0	50	44	16	8	32	1.76
886165--886212	21	2.3	22	78	10	64	35	18	16	29	1.93
886841--886956	51	2.3	51	80	3	135	32	14	24	28	1.94
886962--887017	28	2.0	28	89	6	87	26	12	32	28	1.93
886832--887140	158	2.0	158	84	1	413	32	12	26	28	1.93
886995--887114	51	2.4	51	92	0	195	29	12	28	30	1.93
887046--887266	79	2.8	77	78	6	228	31	13	25	29	1.93
889560--889633	20	3.7	19	83	7	85	41	13	16	28	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14