genome.fa.s192.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold192
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2196177

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2826--2933	30	3.8	31	84	10	92	24	28	15	31	1.96
2857--3696	27	30.9	27	89	5	1230	23	33	14	29	1.93
2857--3696	82	10.3	81	90	4	1266	23	33	14	29	1.93
3682--4154	32	14.8	32	94	1	790	31	33	18	16	1.93
5409--5444	17	2.1	17	89	0	54	83	0	16	0	0.65
11851--11929	36	2.5	32	71	28	78	72	10	11	6	1.28
11863--11943	36	2.3	35	81	10	85	71	9	13	4	1.28
12192--12220	15	1.9	15	100	0	58	86	13	0	0	0.58
13241--13348	30	3.8	31	84	10	92	24	28	15	31	1.96
13272--14143	27	32.0	27	89	5	1251	23	34	14	27	1.94
13272--14037	163	4.7	162	92	3	1269	22	34	14	28	1.93
14046--14617	32	18.7	32	87	8	784	30	34	18	16	1.93
15865--15900	17	2.1	17	89	0	54	83	0	16	0	0.65
27027--27079	13	4.2	13	75	4	63	86	7	0	5	0.69
27027--27079	20	2.8	20	82	5	65	86	7	0	5	0.69
28321--29274	29	32.9	29	85	5	1200	29	30	16	23	1.96
28318--29274	57	16.5	57	85	4	1163	29	30	16	23	1.96
28318--29275	86	11.0	85	85	5	1204	29	30	16	23	1.96
29833--29907	20	3.8	20	80	0	96	33	13	12	41	1.81
29833--29910	40	2.0	39	89	2	120	33	12	12	41	1.82
33705--33730	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
33792--33851	21	2.8	22	90	7	97	35	11	26	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33839--33869	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
33893--34029	53	2.6	53	95	1	247	27	17	18	37	1.93
34109--34149	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
34884--34948	19	3.5	19	77	10	62	40	0	1	58	1.07
34904--34961	15	4.1	15	76	10	59	31	0	1	67	1.01
34934--34974	21	2.0	21	85	4	57	31	0	0	68	0.90
35784--35829	15	3.1	15	73	14	51	78	0	15	6	0.95
35787--35827	13	3.3	13	83	6	50	82	0	14	2	0.76
36149--36193	23	2.0	23	100	0	90	17	6	17	57	1.60
36592--36646	26	2.2	24	81	15	67	80	0	20	0	0.72
36594--36647	5	10.6	5	78	11	56	81	0	18	0	0.69
36594--36647	20	2.7	20	88	2	72	81	0	18	0	0.69
36589--36647	11	5.0	12	72	17	52	77	0	22	0	0.76
36722--36768	21	2.2	22	81	11	53	31	2	2	63	1.18
40503--40587	36	2.5	34	82	14	104	30	16	24	28	1.96
41768--41902	20	6.6	20	76	5	126	38	11	14	34	1.83
42567--42612	22	2.1	22	83	0	56	43	0	8	47	1.34
42760--42833	33	2.2	32	79	11	78	50	0	1	48	1.09
42786--42856	33	2.1	33	82	7	81	59	0	1	39	1.06
44841--44866	12	2.2	12	100	0	52	23	15	34	26	1.94
46204--46236	16	2.1	16	88	5	50	33	30	6	30	1.82
49876--49923	19	2.5	20	83	6	64	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49880--49955	32	2.3	32	77	4	80	52	1	1	44	1.17
50555--50591	15	2.4	16	82	8	51	45	0	5	48	1.25
54954--55169	20	9.7	20	67	21	101	39	13	16	30	1.87
54954--55173	40	4.8	49	72	19	181	39	13	17	30	1.88
54954--55176	91	2.5	92	89	2	337	39	13	17	30	1.88
55741--56211	28	16.5	28	86	5	567	23	17	30	28	1.97
55741--56211	113	4.1	114	84	5	598	23	17	30	28	1.97
55731--56213	169	2.8	169	87	5	652	24	17	29	28	1.97
59003--59057	13	4.4	12	76	15	58	80	12	1	5	0.97
60578--60643	27	2.4	27	84	0	87	21	27	15	36	1.93
60664--60834	31	5.4	32	80	5	161	29	26	19	23	1.98
60900--61305	52	7.7	51	70	13	218	22	24	15	36	1.94
61098--61305	104	2.0	104	81	5	242	22	23	16	37	1.94
69592--69632	22	1.9	21	85	5	55	29	7	7	56	1.54
74169--74323	79	2.0	79	80	0	175	29	25	10	34	1.90
74291--74351	28	2.2	28	96	0	113	22	26	19	31	1.98
77057--77234	51	3.5	51	84	2	216	29	25	10	34	1.89
77171--77394	80	2.8	80	80	6	249	29	25	12	32	1.93
77327--77449	51	2.4	51	93	0	210	27	26	14	30	1.95
77381--77558	79	2.2	79	86	3	241	27	27	14	30	1.95
77289--77527	130	1.8	132	87	1	356	27	27	13	31	1.94
77381--77602	79	2.8	79	82	4	207	27	25	13	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77120--77602	210	2.3	209	80	2	558	28	25	12	32	1.93
78403--78469	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
78423--78447	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
78512--78536	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
78545--78665	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
82388--82777	79	4.9	79	82	2	451	28	23	13	35	1.92
82344--82749	79	5.1	78	81	6	417	28	23	13	34	1.92
82344--82789	158	2.8	157	82	6	497	28	23	13	35	1.92
87917--87953	16	2.3	16	90	0	56	81	18	0	0	0.70
88948--89647	62	11.4	61	81	7	760	25	24	19	31	1.98
89650--90135	42	11.5	42	76	9	381	20	26	11	41	1.85
89648--90145	129	3.9	127	82	8	574	21	25	11	41	1.87
89649--90135	173	2.9	165	80	8	497	20	26	11	41	1.86
89648--90135	44	11.6	41	76	11	388	20	26	11	42	1.85
89910--90085	78	2.2	77	79	9	169	19	26	11	42	1.85
90861--90975	50	2.3	50	89	0	167	27	16	13	42	1.85
90861--90991	50	2.6	50	86	2	165	28	16	12	41	1.86
93331--93976	316	2.0	315	82	4	766	28	24	12	34	1.91
93331--93964	79	8.0	79	80	3	550	28	24	12	34	1.92
100437--100493	3	20.3	3	78	10	59	71	0	1	26	0.95
101405--101434	13	2.3	13	100	0	60	36	13	16	33	1.88
102159--102205	15	2.8	16	76	20	51	38	19	0	42	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102192--102307	43	2.7	43	89	5	164	27	22	3	46	1.68
107241--107302	19	3.2	20	73	8	56	43	14	12	29	1.83
107326--107367	21	2.0	21	100	0	84	42	9	19	28	1.82
109245--109413	52	3.3	51	83	4	223	30	27	10	31	1.90
109427--109629	79	2.6	79	81	1	228	24	28	17	30	1.97
111443--111514	29	2.5	29	75	8	74	51	15	12	20	1.75
111573--111606	17	1.9	18	88	5	52	76	2	17	2	1.04
111812--111883	23	3.2	23	84	3	85	61	23	8	6	1.49
123953--124892	165	5.8	166	80	7	866	29	13	9	47	1.75
124038--124892	330	2.6	329	82	5	979	30	13	9	46	1.75
125287--125319	6	5.7	6	85	7	50	72	0	15	12	1.12
127022--128046	156	6.6	155	74	8	799	25	14	19	40	1.89
128815--128840	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
128795--128858	33	2.0	32	87	9	94	26	14	18	40	1.89
128931--128955	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
128913--128978	33	2.0	33	93	0	114	36	18	16	28	1.93
131386--131476	13	7.0	13	93	0	155	35	15	18	30	1.92
131386--131475	26	3.5	26	100	0	180	34	15	18	31	1.93
134713--134763	27	2.0	24	88	11	75	15	15	41	27	1.88
136884--137008	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
136884--137028	52	2.8	51	89	4	211	29	17	18	34	1.94
137017--137041	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137082--137148	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
137104--137128	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
141304--141365	32	1.9	33	87	9	92	27	14	16	41	1.87
141420--141469	20	2.5	20	83	0	55	36	12	16	36	1.85
145111--145160	19	2.5	21	78	18	61	62	4	26	8	1.41
145121--145160	19	2.1	19	90	9	64	62	5	25	7	1.42
145763--145828	33	2.0	33	82	5	80	31	15	13	39	1.86
145879--145903	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
146655--146708	20	2.7	20	94	0	90	37	16	12	33	1.87
146777--146802	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14