genome.fa.s193.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold193
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3104049

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1864838--1864862	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1869604--1869633	12	2.5	12	94	0	51	43	0	26	30	1.55
1871316--1871369	20	2.7	20	82	5	65	38	16	11	33	1.84
1871398--1871457	20	3.0	20	87	7	95	35	18	13	33	1.89
1871397--1871453	19	2.9	19	92	5	96	35	17	14	33	1.90
1871438--1871464	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1871419--1871483	32	2.0	33	87	3	96	40	13	15	30	1.86
1875510--1875549	20	2.0	20	85	14	55	32	22	0	45	1.53
1877272--1877317	22	2.1	22	88	4	67	39	4	21	34	1.73
1877874--1877946	20	3.7	19	83	7	76	28	15	17	38	1.90
1877976--1878073	33	3.0	33	84	3	126	37	14	16	31	1.88
1880465--1880523	19	3.1	19	85	4	82	38	15	13	32	1.86
1880471--1880524	20	2.8	19	88	5	81	38	14	14	31	1.87
1880550--1880613	32	2.0	32	84	9	85	34	10	20	34	1.88
1882203--1882238	3	12.0	3	87	0	54	38	0	30	30	1.58
1886872--1886913	22	2.0	22	86	13	63	33	21	0	45	1.52
1886868--1886913	20	2.3	20	82	17	60	30	21	0	47	1.51
1890294--1890429	61	2.2	61	96	0	245	35	14	15	34	1.88
1893001--1893054	20	2.7	19	88	11	74	33	14	18	33	1.92
1895180--1895206	14	1.9	14	100	0	54	62	7	7	22	1.46
1895873--1895905	15	2.4	14	90	10	50	33	0	9	57	1.30
1896694--1896730	19	1.9	19	88	0	56	48	0	2	48	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1899060--1899145	22	3.6	22	70	19	73	18	0	41	39	1.51
1899060--1899175	51	2.3	51	95	0	205	18	0	41	39	1.51
1899751--1899789	20	2.0	20	89	0	60	41	15	12	30	1.85
1903270--1903323	20	2.7	20	91	5	83	37	18	12	31	1.89
1903352--1903424	20	3.7	19	85	7	76	38	16	15	30	1.89
1912045--1912097	13	4.5	13	73	26	64	37	16	13	32	1.88
1912045--1912113	33	2.1	33	91	5	113	37	18	13	30	1.89
1912142--1912197	19	2.9	19	91	2	85	35	17	16	30	1.92
1912182--1912207	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1913222--1913303	28	2.9	28	83	7	105	28	17	30	24	1.97
1913283--1913455	52	3.4	51	79	5	195	32	12	24	30	1.92
1913441--1913512	27	2.6	27	86	2	90	20	20	34	23	1.96
1913227--1913619	211	1.9	211	87	2	583	30	13	26	28	1.94
1915987--1916012	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1915966--1916032	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
1916882--1918308	55	25.0	54	81	9	1458	25	20	27	26	1.99
1916928--1917017	26	3.3	26	66	19	67	20	18	33	27	1.96
1916954--1917042	29	3.2	29	65	26	82	21	19	31	28	1.97
1916881--1918308	171	8.3	166	87	6	1520	25	20	27	26	1.99
1916937--1918308	573	2.4	573	95	2	2406	25	20	27	26	1.99
1922832--1922856	10	2.5	10	100	0	50	28	16	20	36	1.93
1924411--1924492	28	2.9	28	83	7	96	25	17	32	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1924472--1924644	52	3.4	51	79	5	195	32	12	24	30	1.92
1924630--1924701	27	2.6	27	86	2	90	20	20	34	23	1.96
1924419--1924808	211	1.8	211	87	2	586	30	13	27	28	1.94
1925236--1925264	12	2.4	12	100	0	58	55	0	13	31	1.39
1927174--1927199	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1927153--1927219	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
1929697--1929759	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
1929716--1929740	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1929695--1929765	32	2.2	32	97	0	133	35	11	16	36	1.85
1932206--1932232	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
1942215--1942286	1	72.0	1	74	0	63	87	8	4	0	0.66
1942218--1942284	19	3.3	20	83	10	84	86	8	4	0	0.69
1942215--1942286	13	5.7	12	78	12	72	87	8	4	0	0.66
1942217--1942285	11	6.9	10	85	12	81	86	8	4	0	0.68
1943251--1943467	62	3.6	60	81	12	268	24	27	19	29	1.98
1943287--1943460	55	3.0	55	81	12	208	25	25	20	27	1.99
1943472--1944107	55	11.4	54	87	5	806	26	28	21	23	1.99
1943476--1943778	27	11.0	27	60	15	84	27	28	22	21	1.99
1944209--1944302	42	2.3	40	81	7	100	19	29	10	40	1.85
1947436--1947798	52	6.9	52	72	13	260	28	25	11	34	1.91
1947545--1947615	28	2.5	28	86	4	90	23	30	19	25	1.98
1947426--1947821	51	7.6	48	71	15	202	29	25	11	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1947427--1947910	262	1.8	263	90	3	778	29	25	11	33	1.91
1948817--1949093	111	2.5	113	83	5	334	42	10	6	40	1.65
1952939--1953009	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
1952979--1953115	53	2.6	53	96	1	247	37	18	17	27	1.93
1953139--1953169	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
1953157--1953215	21	2.7	22	94	5	111	27	23	11	37	1.90
1953201--1953245	14	3.2	14	83	0	63	28	24	8	37	1.86
1955073--1955111	18	2.2	17	81	4	51	69	5	0	25	1.09
1956027--1956061	14	2.4	15	90	4	54	60	0	2	37	1.12
1956152--1956188	2	19.0	2	88	5	58	45	0	0	54	1.00
1958948--1959098	73	2.1	73	91	1	241	43	16	13	25	1.85
1963973--1964051	37	2.1	37	88	4	115	45	16	13	24	1.84
1965526--1965625	36	2.7	37	76	11	98	40	11	25	24	1.87
1965977--1966054	37	2.1	37	85	4	104	42	11	19	26	1.85
1970813--1970888	20	3.8	20	86	6	91	36	13	14	35	1.85
1971864--1971930	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
1972409--1972434	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
1972510--1972564	21	2.5	22	94	5	103	36	10	25	27	1.89
1972552--1972582	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
1972659--1972729	20	3.5	20	75	11	65	28	12	18	40	1.87
1972769--1972809	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
1974065--1974110	15	3.1	14	84	12	56	0	13	2	84	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1976336--1976883	182	3.0	182	99	0	1069	32	12	17	37	1.87
1976934--1976989	27	2.1	27	87	12	80	35	3	32	28	1.74
1977369--1977410	22	2.0	21	85	4	57	57	0	0	42	0.99
1979241--1979304	21	3.0	21	81	9	67	23	1	7	67	1.26
1983098--1983132	18	1.9	18	100	0	70	17	17	28	37	1.92
1995158--1995213	19	2.8	20	89	5	78	35	14	17	32	1.90
2003222--2003291	22	3.2	22	68	11	72	38	1	34	25	1.65
2003230--2003307	17	4.1	17	69	26	50	35	1	33	29	1.66
2003273--2003307	17	2.1	17	89	5	54	34	0	34	31	1.58
2003829--2003891	32	1.9	33	87	3	92	30	19	14	36	1.91
2003937--2003967	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
2003921--2003987	33	2.0	32	88	11	100	35	13	17	32	1.89
2004998--2005067	36	2.0	35	82	2	86	35	8	20	35	1.83
2005134--2005223	36	2.5	37	80	8	105	40	13	15	31	1.86
2005101--2005439	108	3.1	103	78	7	293	40	12	13	33	1.83
2005946--2006000	13	3.8	13	75	25	56	34	12	18	34	1.89
2005959--2006021	19	3.7	18	72	24	64	34	11	17	36	1.85
2005945--2006028	32	2.6	32	96	0	150	34	11	16	36	1.86
2006074--2006131	13	4.9	13	68	23	56	31	17	13	37	1.89
2006086--2006151	20	3.7	19	71	26	63	30	18	12	39	1.87
2006140--2006268	52	2.5	52	93	0	222	35	18	17	28	1.93
2014649--2014768	52	2.3	52	97	0	222	29	17	18	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2014649--2014788	52	2.7	51	90	4	210	30	17	18	33	1.94
2014777--2014801	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2014842--2014908	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2014864--2014888	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2014946--2014987	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
2015637--2016031	171	2.3	171	94	1	682	36	14	24	24	1.93
2015883--2016469	49	11.8	49	87	4	763	32	17	25	24	1.96
2015945--2016469	150	3.6	150	92	3	870	32	17	25	24	1.97
2016469--2016566	33	3.0	33	92	7	164	17	18	36	27	1.93
2016462--2016570	32	3.4	32	87	9	161	17	17	37	27	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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