genome.fa.s193.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold193
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3104049

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

This is table  13  of  18  ( 2130 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2167007--2167082	21	3.6	21	76	3	64	30	11	18	39	1.87
2178723--2178770	25	2.0	22	84	11	60	37	10	6	45	1.64
2179983--2180023	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
2180231--2180291	22	2.9	21	81	16	65	34	8	4	52	1.53
2180446--2180484	17	2.2	16	86	13	51	35	0	5	58	1.20
2180457--2180495	13	3.3	13	73	26	50	35	0	5	58	1.20
2180449--2180501	22	2.5	22	93	3	90	32	0	5	62	1.19
2180630--2180713	22	3.9	22	73	6	73	34	2	7	55	1.40
2181334--2181365	16	1.9	17	93	6	57	37	0	3	59	1.13
2181803--2181884	41	2.0	41	100	0	164	34	12	17	36	1.87
2182032--2182083	26	2.0	27	85	7	72	50	0	0	50	1.00
2182101--2182182	43	2.0	41	82	4	101	47	3	3	45	1.38
2184579--2186156	42	37.6	42	67	12	352	19	28	16	35	1.94
2184883--2184961	41	1.9	41	82	5	97	18	29	18	32	1.96
2184510--2186138	84	19.4	84	78	4	1037	19	28	16	35	1.94
2186712--2186772	16	3.8	16	75	16	54	70	3	1	24	1.11
2186703--2186754	15	3.2	17	78	13	56	75	0	1	23	0.91
2186713--2186786	32	2.2	36	83	13	95	68	4	1	25	1.15
2186888--2187000	60	1.9	60	92	0	190	21	21	11	46	1.82
2186955--2187004	19	2.9	17	82	14	66	20	20	12	48	1.80
2186890--2187021	60	2.2	59	82	9	167	23	19	10	46	1.81
2187689--2187743	26	2.1	26	83	6	67	72	9	16	1	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2187806--2187884	19	4.3	19	75	10	74	49	27	15	7	1.71
2187796--2187867	38	1.9	37	85	2	99	51	29	12	6	1.65
2187850--2187884	17	2.1	17	88	0	52	51	28	14	5	1.65
2187862--2187897	10	3.5	10	92	3	54	47	27	22	2	1.65
2187813--2187884	26	2.6	26	82	8	81	50	27	13	8	1.71
2193560--2193869	164	1.9	162	83	5	401	28	16	22	32	1.95
2195494--2195532	19	1.9	19	85	10	51	41	0	12	46	1.42
2197571--2197597	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2197583--2197638	19	2.9	19	84	5	76	32	12	19	35	1.89
2197583--2197637	20	2.8	20	86	2	76	30	12	20	36	1.90
2203734--2203758	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2205664--2205733	36	2.0	35	88	8	106	34	2	28	34	1.72
2206303--2206356	20	2.8	20	91	2	83	31	12	18	37	1.89
2206408--2206432	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
2206471--2206523	20	2.7	20	100	0	106	33	11	15	39	1.83
2207473--2207500	13	2.2	13	100	0	56	39	17	7	35	1.78
2207919--2207971	20	2.6	20	90	3	79	41	11	16	30	1.84
2207919--2207992	21	3.6	20	87	3	85	37	13	18	29	1.90
2208017--2208115	20	4.9	20	72	16	69	38	12	12	37	1.80
2208062--2208113	19	2.7	20	90	3	79	30	13	11	44	1.79
2210912--2210963	19	2.7	20	90	3	79	40	17	15	26	1.89
2210953--2210991	20	1.9	21	94	5	71	20	17	20	41	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2213567--2213592	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2217870--2217906	3	12.3	3	100	0	74	32	32	0	35	1.58
2220303--2220351	22	2.3	22	80	16	59	46	0	0	53	1.00
2221130--2221157	13	2.2	13	100	0	56	39	28	17	14	1.89
2221208--2221286	32	2.5	33	86	10	96	46	0	0	53	1.00
2221205--2221256	21	2.5	19	79	14	59	44	0	0	55	0.99
2221219--2221286	31	2.2	31	89	5	102	47	0	0	52	1.00
2229917--2229943	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
2230754--2230782	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
2233183--2233214	6	5.5	6	92	7	57	0	0	46	53	1.00
2233183--2233214	11	2.8	12	90	9	57	0	0	46	53	1.00
2235547--2235571	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
2236682--2236746	25	2.6	25	77	15	73	41	1	0	56	1.08
2236738--2236779	22	2.0	22	90	4	68	61	7	2	28	1.35
2239392--2239445	23	2.4	23	82	11	60	31	0	1	66	1.02
2240015--2240049	2	17.0	2	94	5	61	48	2	0	48	1.16
2240417--2240528	13	8.7	13	71	22	69	47	1	3	47	1.30
2240442--2240525	37	2.2	37	81	6	89	47	1	3	47	1.27
2240492--2240528	14	2.5	15	87	12	51	43	0	5	51	1.24
2241069--2241106	16	2.5	15	84	16	51	21	13	18	47	1.82
2241170--2241229	31	1.9	31	100	0	120	41	13	11	33	1.80
2241960--2242008	16	3.1	16	85	8	64	24	12	20	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2242340--2242394	24	2.4	23	77	11	60	54	0	1	43	1.10
2242457--2242492	19	1.9	18	88	5	54	52	0	0	47	1.00
2242988--2243052	29	2.2	30	79	15	73	61	0	0	38	0.96
2243500--2243528	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2243748--2243779	10	3.1	11	86	13	50	68	0	0	31	0.90
2243748--2243793	21	2.2	21	81	11	51	69	2	0	28	1.00
2245446--2245490	14	3.2	14	78	12	56	44	0	0	55	0.99
2245450--2245491	13	3.0	14	75	10	50	42	0	0	57	0.99
2245445--2245500	28	2.0	28	86	6	78	44	0	0	55	0.99
2245451--2245543	23	3.8	23	76	15	64	52	0	0	47	1.00
2245479--2245523	12	3.8	13	80	16	53	55	0	0	44	0.99
2246979--2247020	20	2.1	20	86	0	57	85	2	4	7	0.80
2248441--2248489	23	2.1	22	82	14	55	30	0	6	63	1.19
2248892--2248975	32	2.7	32	74	17	86	45	1	0	53	1.08
2249555--2249607	21	2.7	20	88	8	74	67	0	0	32	0.91
2249563--2249605	13	3.2	13	93	6	68	67	0	0	32	0.91
2249551--2249607	6	9.2	6	78	21	64	68	0	0	31	0.90
2249556--2249621	19	3.4	19	78	13	64	63	0	0	36	0.95
2249562--2249633	18	4.1	18	80	12	69	56	0	0	43	0.99
2249609--2249653	22	2.0	22	86	4	63	37	0	0	62	0.96
2249627--2249661	17	2.0	18	88	5	54	37	0	0	62	0.95
2253941--2253984	3	14.7	3	85	0	52	0	61	2	36	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2253941--2253982	15	2.8	15	88	0	66	0	59	2	38	1.10
2253941--2253981	18	2.3	18	91	0	64	0	60	2	36	1.10
2258791--2259046	78	3.2	78	65	21	202	38	5	7	49	1.52
2258778--2259106	163	2.0	163	97	0	622	36	6	6	50	1.55
2262105--2262168	31	2.1	31	85	5	85	48	1	1	48	1.20
2262303--2262366	24	2.6	24	79	16	69	28	1	0	70	0.97
2262324--2262364	20	2.0	20	90	0	64	24	0	0	75	0.80
2262961--2263007	20	2.4	19	79	10	51	31	0	2	65	1.04
2262987--2263012	11	2.4	11	100	0	52	34	0	0	65	0.93
2267941--2267970	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2269927--2269962	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2270086--2270132	11	4.2	11	81	5	58	68	0	2	29	1.02
2270317--2270358	19	2.2	20	83	8	52	35	4	4	54	1.42
2272536--2272576	22	1.9	22	95	5	75	75	2	0	21	0.92
2277997--2278120	52	2.4	51	94	1	212	28	17	18	35	1.94
2277997--2278140	52	2.8	51	88	5	202	29	17	18	34	1.94
2278129--2278153	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2278194--2278260	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2278216--2278240	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2279199--2279267	22	3.2	22	62	25	56	30	17	26	26	1.97
2279075--2279557	49	9.8	49	87	5	640	32	15	25	26	1.96
2279562--2279758	56	3.4	57	87	6	245	18	17	31	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2279578--2279979	30	13.5	30	79	10	308	25	15	30	29	1.96
2279624--2279949	57	5.4	57	74	10	190	25	16	29	28	1.97
2279809--2279981	87	2.0	87	83	2	222	23	17	30	28	1.97
2280880--2280968	3	29.7	3	86	0	124	30	31	4	33	1.78
2282943--2282980	18	2.1	18	90	0	58	34	23	0	42	1.55
2291252--2291363	42	2.6	42	83	6	129	27	11	14	46	1.79
2291955--2292006	10	4.9	10	77	13	59	3	30	3	61	1.32
2291950--2292014	33	2.0	33	93	0	112	7	30	3	58	1.42
2291955--2292009	18	3.2	18	72	15	62	3	30	3	61	1.30
2295819--2295873	19	2.8	19	86	2	65	36	12	18	32	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18