genome.fa.s193.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold193
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3104049

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205186--205257	37	2.0	35	86	10	101	31	2	1	63	1.17
207836--207881	24	2.0	23	86	4	65	36	0	4	58	1.18
207914--207955	18	2.3	18	83	0	57	52	2	0	45	1.13
207933--207962	12	2.4	13	94	5	53	46	3	0	50	1.18
208506--208566	26	2.4	25	80	2	77	52	9	1	36	1.45
210906--210957	2	26.0	2	84	0	68	44	1	5	48	1.38
212323--212372	25	2.1	23	85	7	64	64	2	2	32	1.16
212432--212508	32	2.3	34	82	6	104	51	1	1	45	1.17
213053--213237	62	3.0	59	80	9	187	32	2	15	49	1.59
213395--213421	13	2.1	13	100	0	54	44	0	7	48	1.31
213959--214020	22	2.9	22	85	2	81	66	0	0	33	0.92
214100--214153	22	2.2	24	78	18	58	57	0	0	42	0.98
214417--214504	45	2.0	43	82	12	108	51	0	0	48	1.00
214644--214705	21	3.1	21	77	6	67	56	0	1	41	1.09
214748--214789	14	2.9	15	77	22	54	52	9	0	38	1.34
214827--214901	37	2.0	36	82	14	91	36	0	1	62	1.04
214828--214898	18	3.8	19	74	23	71	35	0	1	63	1.03
214984--215038	12	4.9	11	76	12	58	30	0	1	67	1.01
216915--216950	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
222401--222707	157	1.9	158	82	1	375	33	14	24	26	1.95
222401--222707	79	3.9	78	81	5	332	33	14	24	26	1.95
222643--222755	51	2.2	51	91	0	181	36	9	22	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222954--223074	51	2.4	51	87	5	174	33	11	24	30	1.91
222954--223097	51	2.8	50	83	8	150	34	9	25	31	1.88
222984--223118	51	2.6	51	83	4	166	34	10	25	29	1.89
234598--234632	16	2.1	17	89	5	54	48	0	0	51	1.00
234863--234911	20	2.4	21	82	6	64	42	2	0	55	1.11
239518--239641	61	2.0	61	98	0	239	41	15	21	20	1.89
240299--240338	20	2.0	21	85	14	57	72	0	0	27	0.85
241449--241487	15	2.6	15	91	0	60	71	5	0	23	1.05
241452--241493	15	2.5	17	77	18	52	69	2	0	28	1.01
242307--242333	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
242958--242983	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
242940--243004	32	2.0	34	90	6	107	44	15	12	27	1.82
244712--244744	17	2.0	17	88	5	50	54	15	27	3	1.55
245202--245251	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
247049--247079	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
248529--248569	20	2.0	20	100	0	82	41	9	9	39	1.71
249183--249212	13	2.3	13	94	0	51	36	20	13	30	1.90
249324--249369	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
251759--251784	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
251741--251805	32	2.0	34	90	6	107	44	15	12	27	1.82
257141--257187	16	3.0	15	84	6	58	46	0	0	53	1.00
257141--257179	15	2.5	16	87	4	53	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
259018--259063	20	2.2	22	77	14	53	45	2	2	50	1.26
259185--259304	30	4.0	30	77	15	99	52	0	0	45	1.12
259203--259301	15	6.7	15	70	15	80	54	1	1	43	1.13
259157--259326	30	5.8	29	67	28	78	51	1	0	46	1.15
264099--264175	34	2.2	36	82	13	90	42	1	6	49	1.36
264600--264633	11	3.0	11	87	8	50	47	0	0	52	1.00
264854--264922	19	3.8	19	70	24	60	53	1	0	44	1.09
264898--264932	15	2.2	16	90	5	54	45	0	0	54	0.99
265148--265207	17	3.5	17	75	18	54	41	0	0	58	0.98
265142--265212	16	4.3	16	73	16	56	40	0	1	57	1.07
265222--265269	19	2.5	20	83	12	57	75	0	14	10	1.06
265443--265481	19	2.1	19	90	0	60	58	2	7	30	1.39
265725--265763	20	2.0	19	90	5	60	28	0	2	69	1.02
269994--270050	20	2.8	20	81	0	78	29	12	15	42	1.84
270063--270121	20	3.0	20	89	0	82	37	15	11	35	1.84
273923--273975	20	2.7	20	90	0	79	41	9	11	37	1.73
274351--274436	36	2.6	32	83	14	104	27	12	26	32	1.93
274351--274446	31	2.9	32	83	11	106	31	12	26	30	1.93
276040--276091	21	2.4	22	81	15	72	57	1	25	15	1.48
277183--277237	20	2.8	20	97	0	101	36	18	14	30	1.91
278675--278700	12	2.2	12	100	0	52	42	11	30	15	1.82
282691--282768	15	5.2	14	71	14	57	35	1	8	53	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
282714--282775	32	2.0	31	87	3	88	37	0	6	56	1.25
282701--282816	15	7.6	15	69	11	56	38	0	7	52	1.36
282722--282792	32	2.2	32	82	5	81	38	0	7	54	1.27
291799--293412	154	10.5	153	78	5	1278	38	20	16	23	1.93
291838--293413	308	5.1	309	80	6	1503	38	20	17	23	1.93
294583--294626	22	2.0	22	90	0	70	4	22	9	63	1.42
294744--294793	25	2.0	25	84	0	64	12	36	14	38	1.83
295489--295515	11	2.5	11	100	0	54	7	14	0	77	0.97
297383--297496	43	2.7	43	76	12	119	47	17	21	13	1.82
297379--297578	84	2.4	83	80	4	224	45	15	23	15	1.84
297379--297488	41	2.6	41	78	12	125	45	19	22	12	1.84
297348--297592	42	5.9	41	73	11	169	44	15	23	16	1.85
299280--300835	155	10.1	153	80	5	1399	37	20	17	24	1.93
299280--300832	308	5.0	307	81	4	1576	37	20	17	24	1.93
299280--300832	615	2.5	608	83	4	1805	37	20	17	24	1.93
302161--302185	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
302173--302225	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
302267--302318	20	2.7	20	90	3	79	38	21	13	26	1.90
311386--311411	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
312499--312548	20	2.5	20	93	0	82	28	18	20	34	1.95
312603--312653	20	2.6	20	87	9	70	41	17	13	27	1.87
314240--314270	9	3.4	9	95	0	53	38	0	35	25	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
318779--318825	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
318946--318984	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
318970--319048	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
321063--321093	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
322897--322941	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
325159--325184	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
325967--325995	14	2.1	14	100	0	58	13	6	20	58	1.58
326667--326697	15	2.1	15	93	0	53	41	16	22	19	1.89
328913--328953	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
331223--331288	33	2.0	33	87	0	96	28	13	19	37	1.90
331361--331386	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
331343--331406	33	2.0	32	87	9	94	40	17	14	28	1.88
332783--332836	19	2.8	20	80	8	67	35	16	14	33	1.90
332884--332914	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
332868--332936	33	2.1	33	86	5	95	33	13	18	34	1.90
333960--333985	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
333940--334003	33	2.0	32	87	3	92	28	14	18	39	1.90
340762--340786	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
340742--340806	33	2.0	33	87	6	96	30	15	15	38	1.88
341121--341167	20	2.3	22	82	10	55	21	27	34	17	1.95
344544--344598	20	2.8	20	88	0	83	40	14	12	32	1.84
345302--345341	13	3.1	13	88	0	62	37	12	15	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
348277--348315	3	13.0	3	83	0	51	30	28	0	41	1.57
348278--348310	12	2.8	12	100	0	66	33	27	0	39	1.57
349715--349859	72	2.0	72	93	0	245	27	10	22	39	1.87
350093--350118	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
349990--350349	178	2.0	179	98	0	695	30	15	20	34	1.93
350272--350297	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
352352--352396	2	22.5	2	86	8	65	2	46	0	51	1.13
352438--352519	33	2.3	36	72	18	91	18	18	9	53	1.71
352979--353063	37	2.3	38	87	6	129	61	11	8	18	1.55
352996--353071	37	2.1	37	89	0	116	63	10	6	19	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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