genome.fa.s193.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold193
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3104049

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2016580--2017039	34	13.7	34	90	6	672	29	11	37	21	1.89
2016572--2017037	66	7.0	66	93	2	731	30	11	36	21	1.89
2016572--2017038	100	4.6	101	88	6	675	30	11	37	20	1.89
2017017--2017079	31	2.0	31	87	0	90	22	15	34	26	1.94
2018375--2018401	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
2025312--2025431	52	2.3	52	97	0	222	29	17	18	35	1.94
2025312--2025451	52	2.7	51	90	4	210	30	17	18	33	1.94
2025440--2025464	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2025505--2025571	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2025527--2025551	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2025609--2025650	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
2026300--2026694	171	2.3	171	94	1	682	36	14	24	24	1.93
2026546--2027132	49	11.8	49	87	4	754	32	17	25	24	1.96
2026608--2027132	150	3.6	150	91	3	861	32	17	25	24	1.97
2027132--2027229	33	3.0	33	92	7	164	17	18	36	27	1.93
2027125--2027233	32	3.4	32	87	9	161	17	17	37	27	1.92
2027243--2027702	34	13.7	34	89	6	663	29	11	37	21	1.89
2027235--2027700	66	7.0	66	93	2	722	30	11	36	21	1.89
2027238--2027701	100	4.6	101	89	6	658	29	11	37	21	1.89
2027680--2027742	31	2.0	31	87	0	90	22	15	34	26	1.94
2029040--2029064	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
2031956--2031980	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2032025--2032076	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
2032033--2032097	19	3.7	19	73	23	70	36	16	13	32	1.89
2032025--2032095	32	2.2	32	94	0	124	35	18	14	32	1.90
2035536--2035576	22	2.0	20	90	9	64	48	7	7	36	1.59
2044228--2044804	155	3.7	155	78	4	588	39	18	16	24	1.92
2045508--2045755	129	1.9	130	82	4	313	43	12	11	33	1.78
2045619--2046078	162	2.8	162	88	2	672	41	10	11	36	1.75
2046880--2046927	14	3.7	13	81	15	55	2	25	0	72	0.95
2047707--2047823	20	5.8	20	81	0	144	32	9	13	44	1.76
2047707--2047817	40	2.8	40	98	0	213	33	9	14	42	1.79
2055119--2055144	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2055135--2055209	29	2.6	29	95	0	132	24	13	20	42	1.87
2057047--2057164	51	2.3	51	88	0	173	30	27	11	29	1.92
2057146--2057218	28	2.6	28	80	8	87	27	26	16	30	1.97
2057177--2057425	79	3.2	78	76	4	223	27	25	14	32	1.94
2058455--2058511	19	2.9	19	86	2	78	36	14	14	35	1.86
2058476--2058540	32	2.0	32	85	5	87	43	15	13	27	1.85
2060869--2060918	21	2.4	22	80	9	61	50	0	20	30	1.49
2061027--2061066	13	3.1	13	100	0	80	40	15	15	30	1.87
2067218--2067270	19	2.7	19	91	8	81	35	18	13	32	1.90
2067298--2067354	19	2.9	19	87	5	78	38	14	12	35	1.83
2076678--2077100	28	14.7	28	82	7	424	29	31	15	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2078323--2078397	20	3.8	20	87	0	114	32	14	13	40	1.85
2080657--2080707	27	1.9	26	92	4	84	21	33	19	25	1.97
2081970--2082403	166	2.6	166	84	3	421	48	8	11	31	1.69
2082051--2082403	165	2.1	165	88	4	516	50	7	12	30	1.66
2085154--2085218	32	2.0	32	88	11	96	29	15	16	38	1.90
2085175--2085200	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2087906--2087947	21	2.0	21	100	0	84	38	38	0	23	1.55
2087932--2087960	13	2.2	13	100	0	58	31	34	0	34	1.58
2094001--2094026	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2094086--2094136	21	2.5	21	81	9	61	27	15	17	39	1.90
2097212--2097354	13	10.7	13	73	13	94	51	2	4	40	1.38
2097212--2097311	41	2.5	42	82	11	111	55	4	5	36	1.41
2097291--2097329	12	3.2	12	89	7	60	48	2	0	48	1.15
2097251--2097683	27	16.2	27	71	13	199	47	4	7	40	1.51
2097439--2097642	105	1.9	107	84	5	272	49	2	6	41	1.45
2097441--2097577	13	10.4	14	65	22	57	52	3	5	37	1.43
2097250--2097726	28	17.8	28	71	11	218	48	4	7	39	1.53
2097283--2097726	79	5.6	79	70	12	211	47	4	7	39	1.54
2097499--2097669	13	12.7	13	64	17	64	47	2	7	43	1.43
2097440--2097676	105	2.3	105	81	7	261	48	2	7	41	1.46
2099988--2100124	70	2.0	69	88	4	204	40	3	10	45	1.57
2100192--2100220	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2102654--2102924	79	3.4	79	84	1	337	32	15	25	26	1.96
2102883--2102956	28	2.6	28	78	19	91	31	18	24	25	1.98
2102804--2103031	107	2.1	108	84	6	311	34	14	23	28	1.93
2102912--2103096	79	2.3	79	84	5	241	34	12	24	28	1.92
2102735--2103096	186	2.0	185	84	3	478	33	14	23	27	1.94
2105596--2105689	20	4.8	20	94	5	167	36	9	10	43	1.72
2106216--2106305	41	2.2	41	80	4	101	35	13	26	24	1.92
2106294--2106804	61	8.4	59	74	12	274	30	17	24	27	1.97
2106294--2106777	122	4.0	118	78	9	467	30	17	24	27	1.97
2106283--2106790	241	2.1	243	81	7	577	30	17	24	27	1.97
2106294--2106804	180	2.8	181	80	7	552	30	17	24	27	1.97
2107751--2107790	19	2.1	19	86	9	55	2	15	0	82	0.77
2107754--2107802	20	2.5	20	80	6	55	2	12	4	81	0.91
2107766--2107825	13	5.0	11	74	21	50	1	6	8	83	0.88
2119364--2119394	4	7.8	4	92	0	53	74	0	3	22	0.96
2121425--2121821	79	5.0	79	81	2	404	30	12	26	30	1.92
2122096--2122158	33	1.9	32	84	9	83	36	11	11	41	1.76
2124425--2124476	21	2.4	21	78	15	61	57	1	23	17	1.49
2127705--2127775	20	3.6	20	75	19	69	33	15	12	38	1.85
2128341--2128431	36	2.7	33	74	15	96	32	14	23	29	1.94
2129434--2129500	27	2.5	28	82	7	77	29	19	26	23	1.98
2129483--2129651	51	3.3	51	89	1	268	34	10	24	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2129585--2129763	79	2.3	79	87	5	256	31	13	26	29	1.94
2129708--2129790	28	3.1	28	79	10	84	30	19	27	22	1.98
2129636--2129866	107	2.2	107	81	4	270	31	16	25	26	1.96
2129891--2130022	51	2.6	51	96	0	246	34	15	24	25	1.95
2132329--2132384	20	2.8	20	86	5	78	39	12	16	32	1.85
2132398--2132452	20	2.8	20	91	0	83	49	10	10	29	1.72
2139090--2139370	79	3.6	78	80	7	257	38	10	22	28	1.87
2139157--2139378	79	2.8	79	82	4	270	40	12	20	26	1.88
2142335--2142399	2	32.5	2	100	0	130	50	0	0	49	1.00
2147461--2147491	13	2.4	13	94	0	53	32	3	22	41	1.70
2148949--2148986	20	1.9	19	94	5	67	28	15	18	36	1.92
2148971--2148995	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2149099--2149153	19	2.8	20	86	5	85	40	16	12	30	1.86
2151658--2151759	13	8.8	13	66	23	75	37	14	17	30	1.90
2151685--2151779	20	5.4	20	64	31	74	37	14	18	28	1.91
2151668--2151782	33	3.5	33	100	0	230	39	15	17	27	1.90
2151769--2151889	61	2.0	61	85	3	163	28	13	14	44	1.82
2157974--2158044	20	3.7	20	82	17	105	38	15	15	30	1.89
2157995--2158050	17	3.1	17	77	22	69	37	16	17	28	1.91
2157975--2158050	37	2.1	37	100	0	152	36	15	17	30	1.91
2158073--2158128	19	2.9	19	91	2	85	35	16	17	30	1.92
2158879--2158926	15	3.2	16	77	14	57	37	6	8	47	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2159120--2159154	19	1.9	19	88	11	56	42	0	2	54	1.15
2159221--2159272	22	2.3	24	87	12	83	36	0	0	63	0.95
2159224--2159264	11	3.6	12	77	12	50	29	0	0	70	0.87
2159224--2159266	17	2.5	18	77	7	54	30	0	0	69	0.88
2159225--2159304	22	3.8	22	79	10	80	36	0	1	62	1.03
2163518--2163574	28	2.0	28	89	0	87	31	10	5	52	1.58
2163962--2164017	30	1.9	29	82	13	71	46	3	10	39	1.56
2165250--2165281	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2165881--2165945	24	2.8	24	72	11	71	46	0	0	53	1.00
2165943--2165985	21	2.0	21	86	0	59	41	0	6	51	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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