genome.fa.s193.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold193
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3104049

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
692306--692345	16	2.6	16	88	4	64	57	5	0	37	1.21
699835--699866	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
705437--705468	6	5.7	6	92	7	50	0	12	0	87	0.54
705437--705522	17	5.0	16	72	18	66	6	13	1	77	1.02
705426--705468	12	3.6	11	82	14	50	2	9	2	86	0.76
708785--708968	90	2.0	90	92	0	305	35	27	7	29	1.84
710252--710352	14	7.1	14	65	14	55	52	2	8	35	1.48
710243--710397	28	5.7	27	73	17	108	51	2	7	38	1.43
710330--710375	23	2.0	23	91	0	74	56	0	4	39	1.19
710661--710719	28	2.1	27	78	9	66	52	8	6	32	1.58
711379--711461	39	2.2	39	88	2	123	19	16	8	55	1.66
715068--715141	20	3.7	19	82	7	85	28	17	13	40	1.87
717443--717608	51	3.3	51	80	5	140	29	24	10	34	1.90
717544--717736	76	2.5	76	82	5	235	26	26	13	32	1.94
719261--719296	18	2.0	18	100	0	72	38	27	11	22	1.88
719443--719820	112	3.4	113	75	10	352	39	22	12	25	1.89
719675--719820	53	2.6	57	72	13	133	39	24	12	23	1.89
721203--721248	20	2.3	21	77	11	60	30	2	6	60	1.34
722744--722795	16	3.2	16	71	13	52	48	26	11	13	1.77
725089--725126	19	2.1	19	85	5	51	68	2	2	26	1.16
725318--725466	57	2.6	57	84	9	171	51	2	1	44	1.24
725368--725480	57	2.1	53	79	11	124	52	4	1	41	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
730322--730346	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
736289--736689	214	1.9	214	83	2	527	41	9	24	24	1.85
743820--743919	34	3.0	35	81	11	120	40	11	19	30	1.86
748902--748952	19	2.6	20	84	6	77	39	11	17	31	1.86
748938--748963	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
748952--749002	20	2.5	20	87	6	68	27	15	17	39	1.90
749634--749715	31	2.7	30	81	5	110	30	20	4	43	1.73
749713--749760	20	2.5	20	90	10	73	37	14	6	41	1.71
751477--751772	79	3.7	80	74	10	257	27	23	12	36	1.90
753280--753314	18	1.9	19	88	11	56	51	0	5	42	1.25
765914--765973	20	3.2	18	75	11	57	51	0	0	48	1.00
774196--774222	13	2.1	13	100	0	54	22	7	7	62	1.46
776430--776461	15	2.0	17	88	11	50	56	3	21	18	1.56
779995--780033	19	2.1	18	85	4	51	53	20	2	23	1.57
782614--782650	2	18.5	2	88	0	56	43	2	2	51	1.30
790741--790770	16	1.9	15	93	6	51	80	0	3	16	0.85
791641--791708	33	2.1	33	89	8	104	32	14	16	36	1.89
800428--800453	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
800406--800473	33	2.1	32	91	8	111	32	16	16	35	1.91
800542--800566	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
800525--800587	33	1.9	32	87	3	90	30	15	20	33	1.94
807459--807512	20	2.7	20	88	2	81	35	16	9	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807899--808069	85	2.0	85	100	0	342	29	12	21	36	1.91
813062--813092	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
824588--824646	21	2.9	20	78	11	66	35	11	15	37	1.84
825745--825797	27	2.1	24	82	10	61	30	9	30	30	1.89
827869--829168	437	3.0	433	85	2	1816	31	11	22	35	1.90
835040--835109	32	2.2	31	92	7	115	32	10	21	35	1.87
838432--838475	11	3.7	13	88	11	60	81	18	0	0	0.68
839689--840332	31	20.7	31	76	11	387	24	29	13	32	1.94
839686--840107	62	6.8	61	79	6	447	26	28	14	30	1.95
839682--840332	92	7.0	93	82	6	544	24	29	13	32	1.93
840077--840416	33	10.9	32	73	16	173	21	30	12	36	1.90
840225--840366	27	4.9	27	83	9	140	19	30	13	36	1.90
840149--840426	61	4.4	61	72	19	189	20	29	13	37	1.91
840149--840426	33	8.8	33	77	15	250	20	29	13	37	1.91
840031--840432	92	4.3	91	83	5	405	22	29	12	34	1.91
840463--842143	92	17.9	92	84	8	1667	23	25	18	31	1.98
840463--842095	604	2.7	603	92	2	2639	23	25	19	31	1.98
841852--842301	104	4.4	102	77	9	402	25	26	16	31	1.96
841911--842355	157	2.9	156	86	5	586	26	26	15	31	1.96
841852--842309	52	9.0	52	77	9	250	25	26	16	32	1.96
842078--842353	52	5.3	52	75	10	206	27	26	13	32	1.94
842967--843005	19	2.1	19	100	0	78	33	10	20	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
842994--843018	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
846272--846313	22	2.1	19	86	13	57	42	4	0	52	1.22
846476--846527	18	2.7	19	79	8	61	28	0	7	63	1.22
855991--856293	79	3.9	78	76	4	306	31	21	10	36	1.87
855954--856278	157	2.1	158	85	2	440	30	20	10	39	1.86
859443--859467	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
866165--866189	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
866252--866276	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
866545--866771	79	2.9	79	76	9	196	28	22	11	37	1.90
866682--868559	940	2.0	936	86	3	2616	30	19	14	35	1.92
868709--868766	31	2.0	27	84	15	73	34	15	3	46	1.63
869513--869563	19	2.6	19	82	17	61	25	13	19	41	1.88
869549--869617	33	2.1	33	86	5	95	34	13	20	31	1.91
874348--874378	16	1.9	16	93	0	53	54	0	9	35	1.33
875760--875799	13	3.1	13	92	0	71	32	15	15	37	1.88
877859--877910	19	2.7	20	78	3	61	32	15	13	38	1.86
883117--883185	23	3.2	20	67	21	57	37	5	20	36	1.77
883112--883203	46	2.0	46	97	0	175	36	7	20	34	1.81
883132--883205	23	3.2	22	67	14	60	33	9	21	35	1.86
883755--883793	20	2.0	20	94	0	69	43	25	0	30	1.55
884374--884441	34	2.0	34	91	2	111	54	0	0	45	0.99
885428--885476	21	2.3	21	78	0	53	48	0	10	40	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
885805--885862	26	2.2	26	84	6	71	46	1	1	50	1.22
895615--895996	155	2.5	156	79	7	409	32	10	15	40	1.82
897556--897590	15	2.3	15	100	0	70	37	5	25	31	1.80
901073--901098	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
901056--901127	22	3.3	22	75	12	60	23	2	1	72	1.06
902493--902545	16	3.4	16	76	19	58	15	5	15	64	1.47
904166--904211	21	2.2	21	84	7	58	67	0	2	30	1.03
905056--905082	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
907103--907132	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
907109--907155	12	3.5	13	85	11	60	65	0	0	34	0.93
910434--910484	24	2.1	24	85	0	66	70	1	3	23	1.14
912517--912849	152	2.2	154	81	4	377	41	16	13	28	1.86
913097--913396	164	1.8	165	84	4	410	44	13	8	33	1.75
914697--914730	14	2.4	14	86	13	52	55	5	11	26	1.58
914741--915140	156	2.6	154	84	5	495	54	6	6	32	1.53
917529--917608	30	2.6	32	77	15	80	28	31	21	18	1.97
917667--917726	26	2.3	26	85	0	75	30	30	18	21	1.97
920830--920854	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
920810--920876	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
920917--920941	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
922130--922203	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
922148--922223	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
922130--922223	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
922262--922287	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
924501--924545	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
928392--928471	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
928457--928495	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
930947--931040	20	4.6	21	81	4	111	39	12	18	29	1.88
930947--931040	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
931079--931104	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
945339--945389	20	2.5	20	96	3	93	41	29	7	21	1.81
946289--946411	30	4.0	30	79	13	142	21	34	14	28	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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