genome.fa.s193.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold193
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3104049

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
917--942	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
3031--3066	15	2.4	15	86	13	56	11	13	22	52	1.72
7046--7089	20	2.1	22	91	8	74	29	9	20	40	1.83
7144--7169	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
7124--7185	32	1.9	33	86	3	90	27	12	17	41	1.86
7218--7291	20	3.7	20	83	8	87	29	18	13	37	1.90
7238--7294	20	2.8	21	89	7	91	29	17	14	38	1.89
9059--9083	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
9040--9103	33	2.0	32	90	3	101	37	15	15	31	1.89
16779--16847	33	2.1	33	91	0	111	21	17	23	37	1.94
17623--17675	21	2.5	21	84	9	63	30	5	16	47	1.70
20351--20896	87	6.2	86	73	12	365	32	24	8	34	1.87
20351--20859	178	2.9	176	78	7	444	31	24	9	34	1.87
20822--21291	231	2.0	235	88	3	696	29	20	11	38	1.87
22832--22856	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
22919--22943	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
22952--23071	52	2.3	52	94	4	208	34	17	17	30	1.93
29418--29453	13	2.8	13	91	0	54	38	19	11	30	1.86
29518--29557	21	1.9	21	100	0	80	37	10	22	30	1.87
29660--29730	20	3.5	20	77	11	74	29	14	16	39	1.88
32912--33076	84	2.0	84	82	7	201	24	19	3	52	1.62
34921--34945	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34954--35074	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
37936--38002	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
38475--38510	13	2.8	13	91	0	54	38	19	11	30	1.86
38575--38614	21	1.9	21	100	0	80	37	10	22	30	1.87
38737--38788	20	2.6	21	81	9	63	30	13	15	40	1.86
43964--43994	14	2.2	14	94	0	53	51	0	0	48	1.00
44820--44881	32	1.9	33	86	3	90	33	16	14	35	1.89
46771--47290	56	9.3	54	74	11	304	41	15	19	23	1.89
46799--47298	168	3.0	167	77	8	413	42	15	19	23	1.89
47986--48026	21	2.0	21	85	9	57	34	4	4	56	1.42
49568--49623	19	2.9	18	78	14	67	33	17	14	33	1.90
49609--49635	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
49590--49653	32	2.0	32	87	9	94	39	17	15	28	1.90
50263--50305	21	2.1	20	91	4	68	25	27	0	46	1.53
50263--50320	20	2.8	21	81	5	73	31	25	0	43	1.55
50267--50334	20	3.3	19	73	17	55	29	23	0	47	1.52
52174--52208	13	2.7	13	86	0	52	37	17	14	31	1.89
58533--58570	20	1.9	20	100	0	76	21	7	21	50	1.74
58994--59033	9	4.3	9	83	3	53	77	0	22	0	0.77
60182--60438	136	1.9	135	87	7	378	31	12	21	33	1.91
61071--61102	14	2.3	15	89	10	50	0	15	3	81	0.82
64382--64417	18	2.0	18	94	0	63	30	22	13	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65566--65683	52	2.3	51	84	7	150	34	10	22	32	1.88
65668--65739	28	2.6	28	76	10	78	29	19	30	20	1.97
65776--65847	28	2.6	27	91	8	110	27	19	29	23	1.98
65670--65968	109	2.8	106	88	6	440	33	16	25	25	1.96
65886--65959	28	2.6	28	87	8	98	27	20	29	22	1.98
65943--66086	51	2.8	51	76	2	146	34	13	22	29	1.92
68416--68477	21	3.0	21	86	6	83	40	12	16	30	1.86
68443--68489	21	2.3	21	85	3	60	46	17	12	23	1.82
68976--69031	28	2.0	28	96	0	103	42	14	23	19	1.88
71430--71533	20	5.7	20	76	17	75	28	15	14	41	1.86
71449--71513	32	2.0	32	93	0	112	29	13	13	43	1.83
72579--72698	51	2.4	51	81	0	132	33	12	25	28	1.92
72632--73072	79	5.6	79	82	2	467	33	12	24	28	1.93
72632--73073	236	1.9	237	85	2	620	33	12	24	28	1.92
75394--75431	20	1.9	20	94	0	67	50	10	18	21	1.76
76113--76194	41	2.0	42	92	2	139	42	13	24	19	1.87
76192--76749	120	4.6	120	83	6	602	28	18	27	25	1.98
76192--76746	61	9.2	59	82	7	500	28	18	26	25	1.98
76192--76749	181	3.1	179	82	7	625	28	18	27	25	1.98
90105--90424	79	4.1	78	77	7	290	36	13	22	27	1.91
90115--90461	158	2.2	157	80	4	378	34	12	23	28	1.92
91080--91134	20	2.8	20	82	0	65	30	18	9	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106366--106439	26	2.8	27	74	13	73	35	13	13	37	1.84
106449--107159	28	25.4	28	83	2	745	29	27	16	26	1.97
108043--108204	20	7.6	20	70	14	108	32	15	12	40	1.84
108043--108204	40	3.8	40	75	16	162	32	15	12	40	1.84
108033--108258	91	2.5	91	91	0	353	31	15	11	40	1.83
115006--115132	61	2.1	61	83	2	157	41	11	23	22	1.87
115085--115314	49	4.6	49	75	11	207	34	15	25	24	1.95
115085--115509	52	8.6	49	73	13	237	34	15	24	25	1.95
115330--115525	104	1.9	104	84	2	268	33	15	24	27	1.95
115533--115610	32	2.5	31	83	6	86	17	17	35	28	1.94
115589--115647	27	2.2	27	90	0	91	32	15	33	18	1.92
117093--117134	1	42.0	1	85	0	57	0	0	7	92	0.37
117093--117134	10	4.5	10	85	14	63	0	0	7	92	0.37
117093--117134	18	2.4	17	92	7	75	0	0	7	92	0.37
129593--129643	20	2.6	20	90	3	77	31	15	17	35	1.92
129673--129735	33	1.9	32	87	12	92	33	12	20	33	1.90
135969--136018	21	2.4	22	83	9	61	32	20	0	48	1.50
137751--137793	21	2.0	23	86	9	63	34	4	20	39	1.74
141175--141253	26	3.0	26	78	8	81	39	11	15	34	1.83
142056--142104	22	2.2	23	82	10	66	28	32	6	32	1.82
142734--142767	16	2.2	15	89	5	50	35	2	2	58	1.28
142865--142918	16	3.4	15	85	10	63	29	1	3	64	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143515--143697	34	5.4	34	94	0	303	22	0	36	40	1.55
148403--148585	34	5.4	34	94	0	294	23	0	35	40	1.55
149427--149472	2	23.0	2	95	0	74	4	0	45	50	1.21
153083--153163	42	1.9	42	97	0	153	32	7	23	37	1.83
156597--156668	36	2.1	34	84	7	92	56	1	5	36	1.31
158054--158108	14	3.6	15	72	20	51	56	0	0	43	0.99
158156--158197	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
165617--165674	21	2.8	21	86	0	89	58	1	3	36	1.25
165737--165943	35	6.4	34	74	18	165	53	0	1	44	1.13
165901--165989	44	1.9	47	86	13	132	51	1	0	47	1.08
165951--165999	15	2.8	18	76	20	59	59	0	0	40	0.98
165963--166033	26	2.7	25	78	18	74	59	1	0	39	1.06
171228--171278	16	3.2	16	82	0	66	41	33	15	9	1.80
171729--171763	18	1.9	18	94	0	61	31	0	0	68	0.90
172249--172350	53	1.9	53	82	4	125	35	23	14	26	1.94
172331--172445	16	7.2	16	79	5	101	40	29	16	13	1.86
172471--172509	15	2.6	15	91	0	60	53	30	2	12	1.52
174705--174742	13	2.7	14	88	8	51	13	2	0	84	0.73
175986--176019	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
182499--182528	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
182543--182569	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
183657--183711	16	3.4	17	75	25	64	41	0	1	56	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184340--184388	20	2.3	22	89	6	75	48	0	6	44	1.27
184592--184641	21	2.4	21	87	12	68	56	0	0	44	0.99
193710--193761	22	2.3	22	83	3	59	30	3	0	65	1.10
193889--194448	162	3.4	160	77	11	403	32	11	6	49	1.65
196670--196716	22	2.0	23	84	8	60	29	2	2	65	1.15
198838--198882	20	2.3	20	88	11	67	55	0	0	44	0.99
198848--198883	11	3.4	11	88	3	56	50	0	0	50	1.00
198838--198883	21	2.2	21	88	11	69	54	0	0	45	0.99
204927--204961	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
205176--205248	18	3.9	18	77	10	76	34	1	1	63	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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