genome.fa.s193.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold193
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3104049

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1409101--1409173	21	3.5	21	68	17	62	42	0	1	56	1.08
1409183--1409215	15	2.1	16	94	5	59	36	0	0	63	0.95
1409262--1409335	37	2.0	38	81	7	89	41	2	1	54	1.23
1409380--1409416	18	2.1	18	89	0	56	72	0	0	27	0.84
1409381--1409421	10	4.2	10	78	15	50	68	0	0	31	0.90
1409497--1409538	18	2.2	19	79	12	50	33	0	0	66	0.92
1409571--1409626	23	2.5	22	83	11	69	58	0	1	39	1.08
1409816--1409863	18	2.8	18	81	15	66	64	0	0	35	0.94
1409917--1410000	24	3.5	24	75	14	84	59	0	0	40	0.97
1414158--1414222	26	2.5	26	92	2	105	50	0	6	43	1.27
1415149--1415276	49	2.6	48	80	8	125	41	3	2	53	1.29
1415203--1415256	25	2.2	24	86	3	72	40	1	0	57	1.09
1415182--1415256	24	3.1	24	77	9	82	38	1	1	58	1.15
1418713--1418813	8	13.1	8	70	14	52	57	0	0	40	1.12
1418713--1418809	39	2.5	39	77	6	101	57	1	1	40	1.12
1419392--1419427	18	2.0	19	89	10	58	27	0	2	69	1.02
1420524--1420584	13	4.5	13	74	11	50	59	0	1	39	1.08
1420520--1420607	29	3.0	30	77	8	92	61	1	2	35	1.16
1420971--1421010	21	1.9	21	85	10	55	47	0	0	52	1.00
1421162--1421205	15	2.9	15	80	12	54	36	0	2	61	1.09
1421218--1421273	26	2.2	25	81	9	60	42	1	1	53	1.21
1421228--1421279	25	2.0	26	81	7	61	34	5	1	57	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1421551--1421621	17	4.1	16	70	19	54	40	0	1	57	1.07
1421602--1421642	22	1.9	22	90	5	66	53	0	2	43	1.13
1422403--1422438	18	2.1	18	89	5	56	30	19	8	41	1.81
1430098--1430136	21	1.9	21	94	5	71	43	12	23	20	1.86
1431003--1431142	52	2.7	52	88	0	190	42	12	15	29	1.83
1432861--1432892	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1439536--1439579	21	2.1	21	100	0	88	29	13	13	43	1.83
1447781--1447812	16	2.0	16	93	0	55	84	9	6	0	0.78
1448742--1448831	29	3.0	29	75	6	99	25	30	14	30	1.95
1448810--1448854	23	2.0	23	95	0	81	26	33	22	17	1.96
1448833--1449124	27	9.4	32	76	14	185	20	35	14	29	1.92
1448896--1449104	27	7.2	27	75	14	193	20	36	15	28	1.93
1448833--1449162	122	2.7	122	91	4	503	20	35	14	30	1.92
1449155--1449261	33	3.3	33	89	3	164	28	34	18	18	1.95
1449280--1449400	52	2.3	52	94	0	206	35	18	16	29	1.93
1456586--1456624	16	2.4	16	91	0	60	84	7	7	0	0.77
1457265--1457290	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1457749--1457815	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1462717--1462742	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1463201--1463267	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1464198--1464283	28	2.9	28	73	10	82	25	26	16	31	1.96
1464294--1464523	27	7.3	35	80	10	122	20	35	13	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1464348--1464583	27	8.2	27	78	12	229	20	36	14	27	1.92
1464378--1464641	122	2.2	117	93	3	438	21	35	13	29	1.91
1464248--1464583	149	2.3	150	89	5	497	20	34	15	29	1.93
1464308--1464650	149	2.3	145	82	7	388	20	35	12	30	1.91
1464625--1464752	33	4.0	33	87	6	167	28	37	16	17	1.92
1464745--1465116	49	7.7	49	86	3	497	25	25	18	30	1.98
1466039--1466063	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1466126--1466184	13	4.9	13	73	23	58	33	15	13	37	1.86
1466105--1466184	34	2.4	34	95	0	151	35	16	12	36	1.86
1466173--1466323	52	2.9	53	86	3	191	33	16	17	33	1.92
1470737--1470811	20	3.8	20	78	0	87	33	13	13	40	1.83
1470737--1470814	40	2.0	39	87	2	111	33	12	14	39	1.84
1479942--1480144	78	2.6	79	82	2	221	29	17	28	25	1.97
1480099--1480170	28	2.6	28	88	0	99	23	19	31	25	1.98
1480056--1480388	159	2.1	159	93	0	567	30	13	27	29	1.94
1480158--1480274	51	2.3	52	81	1	137	29	10	27	32	1.90
1480155--1480706	263	2.1	263	84	3	720	30	11	27	30	1.92
1480524--1480595	27	2.6	28	89	8	105	22	19	33	25	1.97
1480317--1480701	52	7.4	53	67	12	206	30	11	26	30	1.92
1482509--1482534	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1482488--1482554	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
1482574--1482641	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1482596--1482620	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1482577--1482639	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
1483367--1483963	55	10.4	55	81	11	648	24	21	28	25	1.99
1483413--1483502	26	3.3	26	68	14	74	23	18	30	27	1.98
1483367--1483957	116	5.2	116	91	2	876	23	21	28	26	1.99
1484926--1484982	24	2.3	23	80	11	60	0	12	5	82	0.82
1497375--1497572	79	2.5	79	83	1	218	29	16	28	25	1.96
1497528--1497599	28	2.6	28	84	10	94	23	18	34	23	1.96
1497481--1497817	159	2.1	159	92	0	566	29	12	27	29	1.93
1497477--1497704	51	4.4	51	64	16	133	28	13	28	29	1.94
1497687--1497758	28	2.6	27	82	8	74	22	18	34	25	1.96
1497587--1498137	263	2.1	265	84	3	709	31	11	26	30	1.92
1497746--1498132	52	7.4	51	72	12	221	32	11	25	30	1.92
1498006--1498145	51	2.7	52	81	10	169	31	10	26	31	1.90
1500483--1500508	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1500550--1500576	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1502500--1503753	49	26.8	48	81	9	1268	31	18	24	24	1.97
1502596--1503707	43	24.1	43	81	10	1045	31	18	25	24	1.97
1502918--1503758	92	9.1	92	92	1	1259	31	18	25	24	1.97
1502545--1503758	184	6.5	184	87	4	1507	32	18	25	24	1.97
1503753--1503857	32	3.2	33	90	4	169	20	17	34	27	1.95
1503864--1504053	33	5.6	33	70	14	120	35	14	30	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1504034--1504146	30	3.7	30	90	4	165	29	19	26	24	1.98
1503876--1504083	100	2.1	99	84	7	278	35	14	30	19	1.92
1505356--1505393	5	7.8	5	85	5	51	2	0	13	84	0.73
1505342--1505397	19	3.1	19	82	10	55	3	0	17	78	0.89
1505354--1505397	19	2.4	18	88	7	63	2	0	13	84	0.73
1511160--1511207	20	2.4	20	92	0	78	39	8	14	37	1.76
1512321--1512470	52	2.9	52	89	5	216	30	15	18	36	1.92
1512522--1512623	19	5.7	19	82	15	137	38	17	11	32	1.86
1512578--1512602	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1512515--1512621	32	3.2	32	86	12	160	37	17	12	32	1.87
1517791--1517863	21	3.4	21	75	14	69	52	5	6	35	1.52
1518742--1518816	20	3.8	19	84	7	96	30	13	14	41	1.84
1526271--1526299	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
1526928--1527004	38	2.0	41	84	7	106	45	2	1	50	1.23
1528994--1529042	16	3.1	16	81	0	62	51	26	10	12	1.71
1529030--1529086	16	3.6	16	78	0	51	43	28	19	8	1.80
1530059--1530106	20	2.3	21	86	10	64	56	8	0	35	1.30
1532079--1532153	16	4.7	16	78	3	62	41	29	20	9	1.83
1532080--1532164	16	5.3	16	75	8	57	41	28	20	10	1.85
1534468--1534520	19	2.7	20	88	2	72	33	15	9	41	1.79
1534471--1534520	20	2.6	19	87	3	64	36	16	8	40	1.77
1538214--1538256	21	2.0	21	100	0	86	32	23	0	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1539553--1539602	21	2.4	22	86	6	68	38	0	0	62	0.96
1540030--1540082	28	2.0	26	92	7	88	45	0	0	54	0.99
1540626--1540665	17	2.2	18	86	8	55	35	0	0	65	0.93
1540639--1540679	20	2.1	19	86	4	55	46	0	0	53	1.00
1541028--1541062	17	2.0	18	94	5	63	51	0	14	34	1.42
1542033--1542087	27	2.1	26	83	10	67	41	0	5	52	1.24
1542082--1542116	18	2.0	18	88	5	54	51	0	2	45	1.16
1542273--1542320	14	3.3	14	78	16	53	64	0	0	35	0.94
1542266--1542323	15	3.8	15	75	9	55	63	0	0	36	0.94
1545612--1545669	11	4.9	11	78	14	53	34	0	0	65	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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