genome.fa.s193.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold193
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3104049

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2297420--2297480	30	2.0	30	100	0	122	34	16	22	26	1.95
2298361--2298415	20	2.8	20	83	8	67	32	18	9	40	1.82
2304532--2304586	19	2.9	19	97	0	101	41	16	14	27	1.87
2304571--2304627	13	4.8	13	72	24	63	40	14	15	29	1.87
2304583--2304649	20	3.7	20	72	25	76	44	13	14	26	1.83
2304552--2304649	33	3.0	33	92	4	155	42	14	15	27	1.85
2307372--2308178	204	4.0	201	91	2	1296	44	10	9	34	1.72
2307378--2308178	405	2.0	401	92	1	1318	44	10	9	34	1.72
2310299--2310517	41	5.3	41	84	1	251	31	10	14	43	1.80
2310306--2310566	123	2.1	123	79	5	278	32	11	14	42	1.81
2313208--2313233	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
2316578--2316622	18	2.5	19	79	17	51	55	2	2	40	1.24
2317140--2317208	21	3.1	22	76	15	63	46	10	2	40	1.53
2317541--2317584	21	2.1	21	83	8	54	34	2	4	59	1.30
2318926--2318965	19	2.1	19	86	9	55	60	7	0	32	1.25
2318645--2319470	419	2.0	424	82	6	1036	44	3	8	43	1.53
2319956--2320015	22	2.7	22	79	5	59	43	11	3	41	1.57
2320193--2320241	22	2.3	22	79	13	57	44	8	10	36	1.68
2320206--2320297	22	4.2	22	81	0	94	43	7	5	43	1.56
2320381--2320431	22	2.3	22	82	0	66	33	7	13	45	1.73
2324386--2324435	4	12.5	4	77	12	50	74	2	24	0	0.93
2324387--2324435	22	2.2	22	86	13	66	73	2	24	0	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2325148--2325185	21	1.9	19	85	15	51	28	0	2	68	1.03
2325279--2325312	14	2.5	14	85	4	52	29	0	5	64	1.17
2326038--2326083	18	2.4	18	85	10	56	34	2	2	60	1.21
2326091--2326128	18	2.1	18	100	0	76	44	15	5	34	1.69
2335196--2335220	13	1.9	13	100	0	50	40	0	4	56	1.18
2335236--2335280	20	2.2	20	84	0	54	51	0	0	48	1.00
2335338--2335367	11	2.7	11	94	0	51	73	0	0	26	0.84
2336283--2336356	16	4.6	16	76	15	64	44	1	2	51	1.24
2336353--2336388	16	2.2	17	90	5	56	36	2	11	50	1.53
2336312--2336441	48	2.7	48	78	7	129	46	2	5	46	1.38
2337713--2337781	22	3.1	22	81	10	79	47	0	0	52	1.00
2340212--2340244	14	2.3	15	90	10	52	45	3	0	51	1.16
2340413--2340466	20	2.7	19	75	13	56	38	1	0	59	1.08
2340420--2340480	21	2.8	21	71	14	52	36	1	0	62	1.05
2340413--2340468	21	2.8	21	83	5	71	39	1	0	58	1.08
2347050--2347125	32	2.4	32	93	0	125	35	23	10	30	1.89
2349294--2349332	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2356186--2356340	79	2.0	79	92	0	256	45	9	14	30	1.76
2364245--2364287	19	2.2	19	84	16	52	62	2	0	34	1.08
2364305--2364369	28	2.3	29	81	2	69	52	3	1	43	1.26
2365261--2365331	25	2.7	27	76	12	85	52	0	0	47	1.00
2365893--2365947	20	2.7	22	81	13	64	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2365941--2365984	23	2.0	22	86	4	61	38	2	0	59	1.10
2366205--2366244	21	1.9	21	90	10	64	40	0	0	60	0.97
2374094--2374122	6	5.0	6	95	4	51	34	0	0	65	0.93
2374336--2374388	24	2.2	24	83	6	63	30	0	3	66	1.10
2374373--2374424	18	2.7	21	67	27	51	40	0	0	59	0.97
2374795--2374871	36	2.1	35	88	7	109	31	14	6	48	1.69
2376673--2376697	13	1.9	13	100	0	50	20	0	40	40	1.52
2379900--2379950	2	26.5	2	92	7	88	52	0	47	0	1.00
2416807--2416835	6	5.0	6	95	4	51	34	0	0	65	0.93
2417050--2417102	24	2.2	24	83	6	63	30	0	3	66	1.10
2417087--2417138	18	2.7	21	67	27	51	40	0	0	59	0.97
2417421--2417478	31	1.9	30	86	10	82	62	3	3	31	1.29
2417513--2417588	36	2.1	36	95	4	136	30	13	6	50	1.67
2418265--2418299	15	2.4	15	90	4	54	54	0	0	45	0.99
2418566--2418605	6	7.2	6	81	16	50	32	0	0	67	0.91
2418566--2418607	16	2.6	16	88	3	57	30	0	0	69	0.89
2419415--2419439	13	1.9	13	100	0	50	20	0	40	40	1.52
2420934--2421747	402	2.0	409	93	3	1410	29	14	23	32	1.95
2422445--2422502	27	2.1	29	84	12	77	51	0	0	48	1.00
2422640--2422697	2	29.0	2	96	0	107	51	0	48	0	1.00
2424646--2424702	22	2.5	23	83	8	73	43	0	0	56	0.99
2432195--2432224	15	2.0	15	100	0	60	13	26	26	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2436310--2436342	10	3.0	11	86	13	50	30	0	0	69	0.88
2436310--2436362	21	2.6	21	80	11	56	33	1	0	64	1.05
2436564--2436611	2	24.0	2	100	0	96	0	0	50	50	1.00
2442486--2442524	2	19.5	2	100	0	78	48	0	51	0	1.00
2447277--2447319	18	2.4	17	77	11	50	58	2	2	37	1.24
2447352--2447403	26	2.0	26	85	7	70	73	9	1	15	1.18
2447834--2447872	17	2.2	17	86	4	51	38	7	0	53	1.30
2447975--2448049	38	2.0	38	86	5	107	22	2	0	74	0.94
2449638--2449733	47	2.0	47	97	0	183	37	14	19	28	1.91
2450799--2450847	16	2.9	17	84	6	64	61	0	0	38	0.96
2450796--2450848	17	3.2	17	83	5	72	56	0	0	43	0.99
2451185--2451209	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2451268--2451869	304	2.0	296	84	6	784	38	10	8	42	1.71
2452007--2452160	28	5.5	28	71	18	115	66	1	1	29	1.14
2452004--2452177	56	3.1	56	79	12	187	64	2	1	31	1.16
2452090--2452169	10	8.4	10	75	15	80	68	1	0	30	0.97
2452036--2452171	19	7.3	18	68	19	75	65	2	1	30	1.13
2452066--2452159	46	2.1	45	82	6	109	68	1	1	29	1.04
2452101--2452150	17	2.9	17	82	5	57	68	0	0	32	0.90
2453016--2453093	29	2.7	28	80	7	86	28	1	3	66	1.17
2453024--2453076	28	1.9	27	88	3	79	26	1	3	67	1.17
2453022--2453095	20	3.8	20	79	12	66	28	1	2	67	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2453023--2453093	9	7.6	9	80	9	79	28	1	2	67	1.13
2453160--2453220	19	3.3	19	81	6	72	42	0	0	57	0.98
2453301--2453345	24	2.0	23	83	12	58	44	2	8	44	1.47
2453309--2453359	24	2.2	23	85	3	66	39	1	7	50	1.42
2456242--2456271	14	2.1	15	93	6	53	60	0	0	40	0.97
2456268--2456317	25	2.0	26	84	4	66	34	0	0	66	0.92
2460493--2460560	28	2.4	30	81	16	83	48	0	0	51	1.00
2463889--2463941	15	3.6	14	75	12	52	54	0	0	45	0.99
2463923--2463961	20	1.9	21	89	5	62	51	0	2	46	1.14
2465583--2465639	27	2.1	28	87	6	82	49	0	0	50	1.00
2471915--2471942	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2475223--2475249	8	3.4	8	100	0	54	40	0	11	48	1.39
2476992--2477016	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
2477588--2477612	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2477840--2477882	3	14.3	3	100	0	86	65	0	0	34	0.93
2478160--2478209	12	4.2	12	73	14	50	36	4	2	58	1.29
2478509--2478580	23	3.2	23	80	5	76	36	2	11	50	1.53
2478556--2478623	34	2.0	34	83	11	86	42	0	2	54	1.15
2478594--2478648	22	2.5	22	80	8	67	40	0	0	60	0.97
2478579--2478648	23	3.1	23	77	8	72	40	0	0	60	0.97
2484348--2484383	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
2487584--2487615	15	2.1	15	100	0	64	46	18	34	0	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2488017--2488045	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
2489483--2489533	25	2.1	24	85	3	66	41	1	1	54	1.22
2496878--2496911	17	2.1	17	88	5	52	29	2	11	55	1.50
2496886--2496941	17	3.4	16	83	9	69	35	0	10	53	1.36
2496891--2496966	33	2.4	32	77	12	77	36	3	7	51	1.50
2497271--2497331	21	3.0	21	86	11	74	22	1	3	72	1.09
2498695--2498755	23	2.7	23	97	0	113	45	1	6	45	1.39
2501531--2501599	34	2.2	29	77	22	77	53	0	2	43	1.15
2501537--2501617	35	2.3	35	89	8	128	55	0	3	40	1.17
2501720--2501748	2	15.0	2	92	7	51	48	0	51	0	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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