genome.fa.s211.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold211
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2157208

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1380001--1380126	24	4.9	24	77	12	92	46	25	7	21	1.77
1384593--1384713	25	4.6	27	84	9	112	46	25	6	21	1.75
1384645--1384715	27	2.6	28	90	2	108	47	23	5	22	1.72
1385621--1385656	18	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
1388439--1388487	21	2.3	21	86	6	64	32	28	4	34	1.76
1391809--1391868	21	2.9	21	84	0	75	33	26	5	35	1.78
1392865--1392903	19	2.1	18	85	4	51	30	12	20	35	1.90
1401052--1401107	15	3.7	15	83	9	60	39	0	1	58	1.08
1403110--1403257	71	2.1	71	93	2	253	33	18	17	29	1.94
1403371--1403423	13	4.5	13	71	26	55	32	11	16	39	1.85
1403355--1403423	33	2.1	33	86	5	95	28	11	18	40	1.86
1409541--1409567	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1420802--1420875	39	1.9	38	91	2	121	48	0	0	51	1.00
1420853--1420899	24	2.0	24	82	0	58	51	2	0	46	1.13
1424214--1424272	30	2.0	30	83	3	75	40	6	3	49	1.46
1425856--1426002	76	1.9	76	81	2	179	36	11	4	47	1.61
1431876--1431923	20	2.5	19	80	12	53	50	0	2	47	1.12
1432001--1432037	15	2.5	15	90	0	56	48	0	0	51	1.00
1432151--1432194	14	3.0	15	80	6	54	47	2	4	45	1.35
1435262--1435303	16	2.6	17	85	11	61	54	11	4	28	1.57
1436275--1436350	37	2.0	38	87	2	109	31	0	28	39	1.57
1436892--1436931	15	2.6	16	84	11	57	37	0	2	60	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1436908--1436994	30	2.9	29	83	10	104	44	1	2	51	1.21
1436908--1437007	29	3.4	29	82	10	114	45	1	2	52	1.19
1436952--1437025	39	1.9	38	86	8	105	45	0	1	52	1.09
1436961--1437041	20	4.4	19	75	14	64	45	0	1	53	1.08
1436968--1437041	34	2.2	34	81	13	82	45	0	1	52	1.09
1437612--1437652	2	21.0	2	90	5	66	51	2	0	46	1.14
1439768--1439852	19	4.3	20	74	5	66	48	24	0	27	1.52
1440142--1440180	19	2.1	19	90	9	62	33	0	0	66	0.92
1440576--1440623	20	2.4	20	79	6	53	64	0	0	35	0.94
1444699--1444741	15	2.9	14	77	12	50	41	0	2	55	1.12
1444756--1444811	29	1.9	29	88	0	85	48	1	1	48	1.22
1444886--1444937	24	2.0	28	85	14	76	48	0	0	51	1.00
1444959--1445016	18	3.0	18	83	14	71	46	0	3	50	1.18
1444989--1445035	15	3.2	15	76	14	53	46	2	0	51	1.13
1444883--1445041	47	3.5	44	77	9	135	47	1	1	49	1.20
1449184--1449208	10	2.5	10	100	0	50	24	20	16	40	1.91
1449605--1449659	21	2.6	21	97	0	101	34	16	14	34	1.89
1449602--1449673	21	3.5	21	88	1	92	36	15	13	34	1.87
1450563--1450598	18	2.0	18	100	0	72	5	0	27	66	1.13
1450655--1450707	21	2.5	21	96	0	97	20	18	13	47	1.82
1455074--1455139	33	2.0	33	90	0	105	39	16	15	28	1.89
1456147--1456194	25	1.9	25	100	0	96	33	0	16	50	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1457440--1457513	21	3.5	21	85	3	96	33	10	17	37	1.85
1457570--1457637	19	3.9	19	76	21	76	35	10	14	39	1.80
1457591--1457615	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1457572--1457632	32	1.9	32	96	0	113	34	11	16	37	1.85
1457677--1457702	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1457657--1457723	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
1469642--1469691	15	3.4	14	84	10	64	86	12	2	0	0.67
1469643--1469685	19	2.4	18	85	14	63	88	11	0	0	0.52
1469646--1469684	10	3.9	10	83	10	53	87	12	0	0	0.55
1469643--1469691	20	2.4	21	82	3	64	87	10	2	0	0.62
1470658--1471128	55	8.3	55	82	9	516	26	29	20	23	1.99
1471840--1471896	21	2.7	21	94	0	96	35	10	17	36	1.84
1471952--1472006	19	2.9	19	97	0	101	34	10	14	40	1.81
1472026--1472092	33	2.0	33	85	0	89	25	13	16	44	1.84
1474602--1474771	52	3.3	49	77	8	160	30	26	12	31	1.93
1478016--1478483	159	2.9	158	80	4	471	27	22	11	37	1.90
1478058--1478504	79	5.6	79	72	6	305	28	22	11	37	1.89
1478056--1478483	158	2.7	158	79	8	435	28	22	12	36	1.90
1478320--1478538	79	2.8	77	79	10	203	28	27	10	33	1.89
1478117--1478559	237	1.9	237	79	4	507	27	24	11	35	1.90
1480246--1480311	34	1.9	34	93	6	116	39	21	7	31	1.81
1480598--1480644	21	2.2	22	85	11	62	40	8	6	44	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1483399--1483478	30	2.6	30	92	2	124	62	15	1	21	1.39
1483434--1483489	24	2.4	23	77	11	60	64	12	0	23	1.27
1484685--1484719	11	3.1	12	88	12	56	0	14	0	85	0.59
1486801--1486858	21	2.8	21	89	2	91	43	13	6	36	1.71
1487558--1487582	13	1.9	13	100	0	50	48	8	8	36	1.62
1487571--1487605	16	2.1	17	89	5	54	54	20	5	20	1.64
1489196--1489558	157	2.3	158	79	7	414	33	12	24	29	1.92
1489196--1489589	79	5.0	79	79	6	379	35	12	23	28	1.91
1490714--1490790	20	3.8	20	77	3	73	40	12	12	33	1.82
1491513--1492079	61	9.4	60	79	6	546	29	18	24	27	1.98
1491409--1492076	120	5.7	119	82	6	652	29	18	24	27	1.98
1493140--1493205	28	2.4	28	85	12	84	3	9	6	81	0.95
1496437--1496510	32	2.3	32	92	0	121	33	13	16	36	1.88
1496522--1496563	21	2.0	21	100	0	84	42	9	19	28	1.82
1496606--1496648	20	2.1	21	95	4	79	34	23	9	32	1.87
1498333--1498361	15	1.9	15	100	0	58	34	3	20	41	1.69
1498758--1498921	51	3.2	51	68	8	136	28	24	13	33	1.93
1504864--1506098	28	42.9	28	81	7	1105	27	30	18	23	1.97
1504867--1506098	148	8.5	144	79	11	814	27	30	18	23	1.97
1506683--1506733	20	2.5	20	83	0	66	35	11	13	39	1.82
1506683--1506760	40	2.0	39	82	2	93	33	12	12	41	1.82
1511011--1511055	21	2.2	21	84	4	56	13	11	8	66	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1520751--1520800	15	3.3	15	91	2	73	88	10	2	0	0.61
1520762--1520827	23	2.8	24	78	19	75	84	10	3	1	0.79
1520751--1520801	10	4.9	11	92	7	72	88	9	1	0	0.60
1520750--1520803	1	54.0	1	77	0	54	88	9	1	0	0.58
1522040--1522632	28	20.9	28	87	3	735	26	32	18	22	1.97
1522042--1522632	139	4.2	142	86	6	770	27	31	18	22	1.97
1525710--1525808	52	1.9	52	87	4	146	32	17	20	30	1.95
1525797--1525821	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1525864--1525961	19	5.8	18	71	28	90	36	17	12	33	1.87
1525883--1525939	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
1525862--1525959	32	3.0	32	96	1	178	35	17	12	34	1.87
1526720--1527021	119	2.5	119	91	2	471	38	12	23	24	1.90
1526793--1526900	52	2.1	52	85	0	144	36	14	23	25	1.93
1526971--1527732	49	15.9	48	78	11	748	32	16	24	26	1.96
1526980--1527743	92	8.0	93	89	6	1097	32	17	24	25	1.97
1526924--1527732	386	2.1	381	88	4	1205	32	16	24	26	1.96
1527734--1528021	64	4.6	63	78	10	263	19	17	35	28	1.94
1527725--1528013	31	9.3	31	81	11	267	17	17	35	28	1.93
1528026--1528497	32	14.9	31	84	7	490	31	15	30	22	1.95
1528113--1528497	96	4.0	96	92	4	595	31	16	29	23	1.96
1528597--1528634	16	2.3	17	86	4	51	26	5	23	44	1.74
1529471--1531212	28	60.9	28	82	9	1798	27	30	18	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1529471--1531212	116	15.2	114	85	7	1957	27	30	18	22	1.98
1531804--1531879	20	3.9	19	74	10	73	35	13	11	39	1.81
1536417--1536462	15	2.9	16	84	15	60	4	0	8	86	0.68
1536651--1536680	16	1.9	15	93	6	51	30	16	0	53	1.44
1537045--1537088	12	3.5	12	82	17	54	56	2	0	40	1.11
1537045--1537104	26	2.2	28	88	11	90	56	1	1	40	1.19
1537463--1537526	30	2.1	30	82	5	76	39	0	1	59	1.07
1537881--1537917	6	6.2	6	96	0	65	0	54	0	45	1.00
1540271--1540317	25	2.0	24	83	8	60	36	23	21	19	1.95
1542169--1542211	22	2.0	22	90	9	70	44	0	0	55	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15