genome.fa.s211.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold211
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2157208

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117071--117132	23	2.7	23	90	2	90	50	8	3	38	1.48
117071--117142	23	3.2	23	79	13	78	50	9	2	37	1.50
119153--119202	15	3.3	15	76	18	50	36	2	0	62	1.07
119152--119206	21	2.8	20	76	23	62	36	3	0	60	1.15
119246--119283	18	2.1	19	85	5	51	50	2	0	47	1.15
119441--120015	280	2.0	281	97	0	1089	48	4	7	40	1.49
120572--120601	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
120718--120796	19	4.5	18	79	13	76	39	0	0	60	0.97
120746--120793	17	2.8	17	81	9	62	35	0	0	64	0.94
120716--120805	46	1.9	48	84	4	121	41	1	0	57	1.06
121866--121893	5	5.6	5	100	0	56	57	0	0	42	0.99
121887--121924	19	2.0	19	85	10	51	44	0	0	55	0.99
121856--121943	29	3.1	29	70	21	80	47	0	0	52	1.00
122302--122336	18	1.9	18	88	11	54	40	11	11	37	1.77
122999--123032	15	2.3	15	89	0	50	29	0	0	70	0.87
125448--125495	16	2.7	17	78	15	53	43	0	6	50	1.27
125988--126039	3	17.3	3	100	0	104	65	0	0	34	0.93
126815--126854	20	2.0	20	85	9	55	45	0	0	55	0.99
127569--127598	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
127961--128005	23	2.0	21	83	8	54	66	2	0	31	1.04
128937--129005	24	2.8	25	76	10	70	40	0	1	57	1.07
131919--131971	26	2.0	26	100	0	106	33	18	11	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132454--132478	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
136826--136886	24	2.4	27	73	15	67	62	1	1	34	1.15
138796--138834	20	2.0	20	90	10	62	53	2	0	43	1.14
139999--140048	20	2.5	20	76	0	55	34	0	0	66	0.92
140702--140778	20	3.9	19	77	9	84	32	15	11	40	1.84
147644--147678	14	2.3	16	85	14	56	74	8	11	5	1.22
148980--149336	27	13.0	27	83	3	383	26	30	13	29	1.94
149332--150396	28	36.6	28	81	8	1024	29	29	17	23	1.97
149329--150396	263	4.1	262	86	4	1263	29	29	17	23	1.97
153341--153493	34	4.9	34	78	18	195	41	37	0	20	1.53
153370--153500	22	5.9	22	73	21	103	40	38	0	20	1.53
153341--153452	56	2.0	56	96	0	206	39	39	0	21	1.54
153342--153469	56	2.2	55	91	4	166	41	38	0	20	1.52
158171--158323	34	4.9	34	77	18	186	41	37	0	21	1.54
158200--158255	22	2.5	22	97	0	103	39	41	0	19	1.52
158171--158280	56	2.0	56	96	0	202	40	38	0	21	1.54
161466--161506	22	1.9	22	85	5	57	29	0	4	65	1.13
161833--161877	22	1.9	22	82	13	54	55	4	11	28	1.54
162982--163012	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
164005--164038	16	2.2	15	89	5	50	67	2	11	17	1.34
164487--164536	6	8.3	6	86	8	59	46	0	2	52	1.12
164872--164921	20	2.7	20	79	14	54	54	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165443--165474	15	2.2	14	94	5	55	31	0	0	68	0.90
165661--165723	17	3.6	17	76	4	54	47	0	0	52	1.00
165700--165743	13	3.5	12	85	14	54	54	2	0	43	1.12
165992--166055	18	3.5	20	79	12	66	42	0	0	57	0.98
166010--166044	13	2.7	13	86	0	52	40	0	0	60	0.97
166010--166058	6	7.8	6	77	8	53	40	0	0	59	0.98
166008--166082	26	2.9	26	74	18	75	44	0	0	56	0.99
166030--166066	18	2.1	18	94	0	65	45	0	0	54	1.00
166023--166073	24	2.1	23	85	7	66	45	0	0	54	0.99
166471--166524	21	2.5	21	84	3	63	53	0	0	46	1.00
169745--169787	18	2.4	18	96	0	77	16	16	20	46	1.84
169879--169921	21	2.0	22	86	4	61	18	23	20	37	1.94
172446--172516	27	2.7	26	80	4	79	49	5	4	40	1.46
174057--174093	18	2.0	20	89	10	60	56	0	0	43	0.99
174567--174607	21	2.0	21	85	9	57	60	4	0	34	1.18
175009--175081	21	3.4	21	66	23	62	24	19	9	46	1.79
175030--175106	22	3.5	22	67	22	72	25	19	9	45	1.80
175004--175103	43	2.3	43	100	0	200	25	18	9	48	1.77
175004--175153	43	3.4	43	88	6	178	26	19	8	46	1.77
175115--175198	5	16.8	5	88	0	96	21	21	7	50	1.72
175115--175210	15	6.5	15	82	7	108	20	21	8	48	1.75
175115--175200	25	3.5	24	90	3	127	20	22	8	48	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188673--189519	42	19.8	41	80	7	811	12	30	20	36	1.90
188742--188844	53	2.0	51	86	3	143	14	27	21	36	1.92
188670--189519	254	3.3	254	84	4	1125	12	30	20	36	1.90
189978--190097	22	5.5	22	66	25	85	25	20	9	45	1.80
189952--190094	43	3.3	43	99	0	277	25	18	9	46	1.78
189957--190073	21	5.5	21	64	25	66	24	20	9	45	1.81
189952--190118	43	3.9	43	95	1	273	26	19	8	45	1.78
190106--190196	5	18.2	5	85	4	85	20	21	8	48	1.77
190106--190194	10	8.9	10	83	0	97	21	21	7	49	1.74
190106--190196	20	4.6	20	88	0	137	20	21	8	48	1.77
194184--194238	21	2.5	23	82	17	80	61	0	0	38	0.96
195118--195213	16	5.8	16	69	20	63	39	0	0	60	0.97
195122--195189	25	2.8	25	75	22	72	41	0	0	58	0.98
195194--195233	10	4.0	10	81	12	55	32	0	0	67	0.91
195114--195215	37	3.0	32	77	19	100	40	0	0	59	0.97
195119--195233	37	3.5	33	75	21	84	37	0	0	62	0.95
195183--195229	20	2.3	20	92	3	76	34	0	0	65	0.93
196165--196219	5	11.6	5	79	11	53	63	3	0	32	1.12
196165--196214	14	3.5	15	84	10	61	64	2	0	34	1.05
196539--196573	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
196905--196945	21	2.0	21	85	9	57	39	0	2	58	1.11
197254--197290	5	7.8	5	82	11	51	78	0	0	21	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197251--197298	23	2.2	21	85	10	62	77	0	0	22	0.78
202505--202530	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
207360--207447	1	88.0	1	77	0	68	0	7	5	86	0.71
207360--207441	16	5.2	16	77	12	89	0	7	6	86	0.70
207360--207441	32	2.6	32	98	1	157	0	7	6	86	0.70
219701--219771	27	2.6	27	88	0	97	30	7	16	45	1.75
224226--224303	27	2.9	27	86	0	111	25	8	19	46	1.79
224782--224827	11	4.4	10	89	10	74	32	0	0	67	0.91
224777--224827	16	3.1	16	80	2	66	31	0	0	68	0.90
225059--225096	19	2.0	19	85	10	51	52	0	0	47	1.00
225199--225248	20	2.5	21	81	12	52	52	0	0	48	1.00
225848--225898	13	3.9	13	74	7	50	47	0	0	52	1.00
225819--225896	40	2.0	39	82	7	95	48	0	0	51	1.00
226112--226136	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
226626--226670	2	23.0	2	86	4	65	48	0	4	46	1.22
227919--227962	14	2.9	15	80	10	54	54	11	9	25	1.65
231483--231526	12	3.5	12	82	11	52	63	2	2	31	1.19
231491--231524	13	2.6	13	85	0	50	73	2	0	23	0.97
231523--231574	24	2.2	23	86	3	68	38	1	0	59	1.08
235561--235652	31	3.0	30	70	16	82	52	0	1	46	1.07
241860--241902	16	2.8	16	82	6	54	65	0	23	11	1.25
242385--242409	11	2.3	11	100	0	50	32	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252398--252426	12	2.3	13	94	5	51	82	3	0	13	0.79
252398--252427	13	2.3	13	94	0	51	83	3	0	13	0.77
252676--252726	21	2.4	21	74	9	50	52	0	0	47	1.00
252702--252763	27	2.3	29	81	13	78	54	0	0	45	0.99
254349--254413	25	2.6	25	85	0	85	41	6	6	46	1.54
256650--256694	18	2.6	18	82	3	56	31	4	0	64	1.13
256905--256965	21	2.9	21	74	13	63	60	0	0	39	0.97
256891--256970	31	2.5	32	81	2	81	57	0	0	42	0.98
257115--257168	24	2.1	28	86	13	80	51	0	0	48	1.00
257121--257179	30	1.9	31	86	10	86	52	0	0	47	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15