genome.fa.s211.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold211
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2157208

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

This is table  6  of  15  ( 1763 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
637212--637251	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
638350--638399	24	2.0	25	92	3	84	66	0	2	32	1.03
641471--641548	27	2.8	27	72	14	70	48	2	0	48	1.15
648746--648805	27	2.2	27	84	0	75	31	6	16	45	1.74
648765--648827	27	2.5	25	82	7	74	25	7	22	44	1.79
648893--648923	13	2.4	13	100	0	62	19	48	6	25	1.72
649837--649885	20	2.5	20	100	0	98	40	10	22	26	1.86
653210--653277	26	2.5	28	86	6	88	29	4	17	48	1.67
661609--661647	20	1.9	21	94	5	71	20	17	20	41	1.91
663582--663682	32	3.2	32	91	0	157	34	11	16	36	1.86
663579--663642	19	3.7	19	70	23	68	32	10	17	39	1.84
671924--672170	63	3.9	62	79	8	216	23	28	15	31	1.95
671952--672226	94	3.0	92	79	11	253	23	29	16	31	1.96
671924--672170	31	7.8	31	80	8	234	23	28	15	31	1.95
672159--672226	27	2.4	28	79	13	77	20	32	17	29	1.96
672194--672262	35	1.9	36	85	8	97	15	33	14	36	1.89
672110--672346	91	2.6	91	88	4	336	21	33	14	29	1.93
672228--672317	27	3.3	26	77	9	90	22	34	12	31	1.91
672285--672449	35	4.8	34	92	2	249	18	32	14	34	1.91
672575--672958	48	7.9	48	86	1	525	26	27	16	30	1.97
672574--672960	97	4.0	97	93	0	639	25	27	16	30	1.97
675614--675647	10	3.3	10	84	8	50	55	0	17	26	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
679712--679758	21	2.2	21	77	7	51	19	17	6	57	1.60
679745--679782	15	2.5	16	79	12	53	31	15	2	50	1.58
680210--680249	3	13.3	3	89	0	62	30	30	0	40	1.57
684680--684707	8	3.5	8	100	0	56	46	0	25	28	1.53
685033--685113	38	2.1	38	100	0	162	38	4	18	38	1.73
685389--685422	15	2.3	15	94	0	59	85	0	14	0	0.60
685384--685425	20	2.2	19	91	4	66	85	0	14	0	0.59
685384--685425	7	6.3	7	86	8	52	85	0	14	0	0.59
694841--694908	34	2.1	34	88	5	104	45	13	8	32	1.74
700061--700105	14	3.2	14	78	9	56	40	0	6	53	1.27
702314--702362	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
704248--704292	18	2.3	20	88	7	67	44	0	0	55	0.99
704254--704298	23	1.9	24	90	4	74	44	2	0	53	1.13
707874--707952	13	5.7	13	71	16	52	46	1	3	48	1.28
711040--711096	2	28.5	2	85	0	78	43	1	5	49	1.35
711204--711245	20	2.0	21	90	4	68	45	4	4	45	1.45
712171--712236	34	2.0	33	85	8	91	45	4	12	37	1.62
713075--713133	27	2.1	27	87	3	82	42	1	13	42	1.54
713082--713133	27	1.9	27	92	0	86	44	1	13	40	1.55
717106--717145	10	3.7	10	84	15	53	85	0	10	5	0.75
717529--717568	7	6.0	7	78	21	50	82	0	17	0	0.67
717529--717568	13	3.2	12	89	10	62	82	0	17	0	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
717526--717590	22	3.0	21	80	13	69	76	4	16	1	1.02
717526--717590	21	3.0	20	82	13	67	76	4	16	1	1.02
722869--722911	11	3.9	11	96	0	77	23	9	18	48	1.76
722918--723074	81	1.9	81	85	5	219	23	15	20	40	1.90
724840--724892	25	2.1	25	89	0	79	22	11	3	62	1.45
725858--725894	17	2.1	18	90	5	58	43	0	0	56	0.99
726344--726387	20	2.4	18	85	11	54	52	0	0	47	1.00
726346--726389	23	1.9	23	85	0	61	50	0	0	50	1.00
728694--728728	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
728804--728872	23	3.0	23	76	14	79	43	1	0	55	1.08
732164--732254	34	2.7	34	98	0	173	39	37	0	23	1.55
732228--732283	22	2.5	22	94	0	94	39	39	0	21	1.54
732194--732310	56	2.1	56	95	0	207	38	39	0	22	1.54
732250--732352	34	3.0	34	97	0	188	40	37	0	21	1.53
732165--732344	90	2.0	90	96	0	333	40	38	0	21	1.54
737030--737085	13	4.7	13	70	28	52	39	39	0	21	1.54
737054--737109	22	2.5	22	94	0	94	39	39	0	21	1.54
737025--737136	56	2.0	56	94	0	197	39	38	0	22	1.54
737076--737178	34	3.0	34	95	0	179	40	35	0	23	1.55
737970--738066	46	2.1	46	92	0	158	27	12	29	29	1.93
738659--738705	21	2.2	22	85	11	62	44	0	0	55	0.99
738656--738715	23	2.7	21	75	15	59	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
739228--739275	25	1.9	25	95	0	87	27	6	12	54	1.61
741239--741276	2	20.5	2	84	15	55	50	0	0	50	1.00
742861--742890	10	3.0	10	90	0	51	36	0	10	53	1.35
742918--742962	21	2.1	22	88	12	67	64	0	0	35	0.94
744532--744584	26	2.0	26	81	0	61	32	5	1	60	1.31
748408--748453	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
750337--750407	27	2.6	27	88	6	99	22	7	23	46	1.76
760960--761000	12	3.3	13	73	13	50	60	7	24	7	1.48
760955--761005	24	2.1	24	96	0	93	60	7	23	7	1.50
760967--761005	12	3.2	13	78	14	55	64	7	20	7	1.45
777290--777353	20	3.0	20	80	15	60	34	9	15	40	1.80
778804--778853	18	2.6	19	79	17	59	18	6	6	70	1.29
780090--780157	30	2.2	30	82	7	75	42	0	5	51	1.26
780205--780247	21	2.1	21	87	8	63	39	0	0	60	0.97
780712--780762	8	6.0	8	86	9	66	72	1	0	25	0.95
788949--788980	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
791656--791697	21	2.0	21	86	13	61	40	0	0	59	0.97
792125--792165	15	2.7	16	81	14	59	43	0	19	36	1.51
804532--804581	15	3.6	14	75	15	50	34	0	2	64	1.05
804616--804713	28	3.5	26	79	15	83	39	0	2	58	1.10
804655--804732	14	5.2	15	74	13	72	41	1	0	57	1.07
804655--804707	16	3.4	16	82	15	67	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807012--807037	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
808957--808983	7	3.9	7	100	0	54	88	0	0	11	0.50
808957--808990	14	2.4	14	90	5	50	85	0	5	8	0.75
814319--815140	79	10.4	79	77	9	617	28	23	12	35	1.91
814459--815123	157	4.2	155	81	7	696	29	23	11	35	1.90
814319--815140	159	5.2	157	78	9	726	28	23	12	35	1.91
815258--815688	80	5.4	80	79	5	408	27	22	12	37	1.91
814713--816236	549	2.8	546	88	2	2150	28	23	12	35	1.91
815259--816434	79	14.9	79	70	10	464	27	23	13	35	1.92
815258--815688	159	2.7	159	82	5	505	27	22	12	37	1.91
815807--816370	238	2.4	238	81	3	618	27	23	13	35	1.92
815809--816417	158	3.9	157	79	5	604	27	23	13	35	1.92
815809--816468	238	2.8	238	78	5	516	28	22	13	35	1.92
823273--823388	37	3.2	37	97	1	216	33	18	18	30	1.94
829711--830274	61	9.3	61	82	4	592	27	24	18	29	1.98
833182--833808	79	7.9	79	80	3	519	28	23	12	35	1.92
833182--833805	159	3.9	156	81	4	624	28	23	12	35	1.92
833182--833808	238	2.6	235	80	6	692	28	23	12	35	1.92
836539--836677	63	2.2	63	97	2	260	33	17	8	39	1.81
842239--842265	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
842249--842304	19	2.9	19	83	2	76	33	16	14	35	1.88
848545--848583	13	3.1	13	92	7	71	30	12	15	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
849534--849559	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
852102--852140	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
852126--852204	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
856052--856096	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
858310--858335	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
860417--860450	17	2.0	17	100	0	68	35	0	41	23	1.55
860997--861050	19	2.8	19	80	2	63	31	16	14	37	1.89
862543--863047	79	6.3	80	73	8	348	34	12	26	26	1.92
862600--863003	161	2.5	160	80	5	424	35	11	26	26	1.91
865405--865503	51	2.0	50	86	6	137	49	11	14	25	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15