genome.fa.s211.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold211
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2157208

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
870738--870795	26	2.3	26	85	11	77	48	0	1	50	1.11
871506--871546	19	2.2	20	86	8	59	70	12	0	17	1.16
871626--871681	19	2.8	19	80	15	60	5	17	0	76	0.96
871653--871688	17	2.1	17	89	0	54	8	13	0	77	0.98
872152--872193	17	2.4	18	80	8	50	21	2	19	57	1.52
873007--873054	11	4.4	11	80	17	55	68	0	0	31	0.90
873007--873070	19	3.5	17	74	17	65	68	0	0	31	0.90
873007--873065	9	6.1	10	74	18	54	69	0	0	30	0.89
873104--873135	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
873134--873174	3	14.0	3	89	5	66	36	0	0	63	0.95
873128--873173	9	5.2	9	89	5	58	41	0	0	58	0.98
875449--875504	29	1.9	29	96	0	103	44	8	28	17	1.79
879285--879332	16	3.0	16	77	19	55	52	6	0	41	1.27
879279--879331	15	3.4	15	78	16	54	50	5	0	43	1.25
883202--883726	154	3.4	152	79	9	492	25	14	19	40	1.89
886404--886428	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
890531--890670	70	2.0	70	100	0	280	37	8	20	34	1.83
895237--895292	16	3.4	16	76	9	51	60	0	3	35	1.14
895458--895504	12	3.9	12	83	8	60	51	0	2	46	1.13
897031--897107	32	2.4	31	87	8	93	29	7	18	44	1.78
897045--897109	32	2.0	32	96	0	121	24	9	20	46	1.79
899006--899036	16	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
899281--899311	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
899338--899379	15	2.7	15	80	20	50	35	2	0	61	1.09
912588--912847	79	3.3	78	84	2	306	21	31	21	25	1.98
918878--918918	21	2.0	20	85	4	55	39	0	0	60	0.96
920435--920478	20	2.1	21	87	4	63	65	0	0	34	0.93
920590--920638	19	2.7	18	81	12	64	46	0	0	53	1.00
920954--921001	23	2.0	24	84	11	64	58	0	0	41	0.98
924769--924806	15	2.5	15	80	12	51	44	0	2	52	1.14
924828--924879	16	3.3	16	78	5	52	46	0	0	53	1.00
924806--924850	21	2.1	22	84	12	58	42	0	2	55	1.12
924737--924923	26	6.8	27	66	18	84	41	0	1	57	1.05
924857--924923	13	5.6	13	74	22	51	37	0	0	62	0.95
925519--925659	69	2.0	69	83	2	176	39	12	3	44	1.59
925639--925854	113	1.9	114	86	2	310	38	10	7	42	1.69
926350--926428	16	5.1	16	69	22	62	40	0	1	58	1.06
926380--926460	41	2.0	41	81	13	96	41	1	3	53	1.27
926482--926527	14	3.3	13	82	14	56	34	0	0	65	0.93
928370--928437	35	2.0	34	86	11	95	67	5	5	20	1.33
930483--930518	2	18.5	2	88	5	56	0	47	0	52	1.00
930483--930515	17	1.9	17	93	0	57	0	48	0	51	1.00
933041--933115	20	3.8	20	76	0	78	34	12	12	41	1.79
933041--933118	40	2.0	39	84	2	102	34	11	12	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
937360--937401	19	2.2	19	86	0	57	14	11	7	66	1.43
946951--947004	29	1.9	28	85	14	76	81	9	5	3	0.97
946951--947010	19	3.2	19	80	15	63	81	8	6	3	0.96
948221--951217	28	104.4	27	84	8	2965	26	31	19	22	1.97
948221--951217	291	10.4	284	84	7	3261	26	31	19	22	1.97
951374--951480	48	2.3	46	82	9	128	20	28	19	31	1.97
951856--951930	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
951856--951933	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
955667--956731	28	37.5	28	82	6	947	26	31	19	23	1.98
955667--956731	56	18.8	56	80	7	1073	26	31	19	23	1.98
960090--960119	14	2.1	14	100	0	60	36	16	20	26	1.93
960127--960153	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
960094--960172	32	2.4	32	89	4	113	27	16	17	37	1.91
960138--960194	19	2.9	19	89	5	78	29	17	17	35	1.93
960239--960269	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
960223--960289	33	2.0	32	88	11	100	35	13	17	32	1.89
966360--966413	20	2.7	20	100	0	108	35	14	18	31	1.91
966447--966487	13	3.2	13	92	0	73	31	12	14	41	1.83
967687--968512	412	2.0	412	94	0	1454	27	27	20	25	1.99
968741--968779	18	2.1	19	85	4	53	56	0	28	15	1.40
969345--969407	21	3.0	21	90	6	94	34	25	14	25	1.94
969399--969460	32	1.9	33	90	3	99	29	17	16	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
969446--969503	21	2.8	21	97	0	107	34	17	17	31	1.93
969548--969578	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
969532--969598	33	2.0	32	88	11	100	35	13	17	32	1.89
972361--972433	33	2.3	30	78	17	83	31	10	8	49	1.67
973361--973392	11	3.1	11	86	13	50	78	0	0	21	0.76
974454--974496	22	2.0	22	86	13	63	58	0	0	41	0.98
975112--975203	48	1.9	48	93	0	157	32	2	15	50	1.56
978729--979364	155	4.1	152	75	7	496	40	19	16	23	1.91
980819--980873	11	5.4	10	80	10	67	1	14	0	83	0.73
980828--980872	19	2.4	19	88	7	65	0	15	0	84	0.62
980988--981040	21	2.5	21	87	3	70	15	7	1	75	1.11
983403--983456	26	2.0	28	82	7	67	53	3	1	40	1.29
984611--984653	3	14.3	3	95	0	77	62	2	0	34	1.08
984606--984676	15	4.5	17	83	13	82	59	2	0	38	1.12
985708--986315	160	3.8	160	89	1	846	34	10	13	41	1.79
986608--986986	154	2.4	154	83	3	467	24	14	20	40	1.90
989613--989869	79	3.3	78	82	3	291	35	14	21	28	1.92
989537--990118	78	7.4	78	74	7	290	33	12	24	28	1.93
989589--990118	158	3.4	156	77	4	395	33	13	24	29	1.93
991166--991358	93	2.0	94	84	8	250	14	24	15	45	1.84
991597--991646	19	2.7	18	84	6	64	48	8	22	22	1.76
991677--991716	19	2.2	18	86	4	53	47	10	20	22	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
991799--991868	8	8.5	8	84	10	70	17	1	1	80	0.87
991793--991875	15	5.7	15	78	12	66	16	2	2	78	0.97
991787--991881	8	13.0	7	81	9	68	18	2	2	76	0.98
992483--993113	52	12.0	51	73	9	380	35	14	25	24	1.94
992777--993043	105	2.6	105	88	3	382	36	13	25	24	1.92
992753--993122	154	2.4	154	85	5	480	37	13	25	24	1.91
992602--993128	258	2.0	263	82	5	640	35	14	25	24	1.93
993139--993221	33	2.5	32	84	5	121	24	16	32	26	1.96
993399--993461	28	2.3	28	83	2	74	26	20	26	25	1.99
993487--993565	14	5.9	13	72	14	54	35	20	11	32	1.88
994753--994804	20	2.5	20	90	3	77	0	1	15	82	0.75
994753--994813	18	3.3	18	84	9	70	0	1	14	83	0.72
1006485--1006960	155	3.1	155	78	4	424	33	14	24	27	1.94
1006529--1006973	77	5.7	79	75	7	329	34	13	24	27	1.93
1008600--1008665	7	9.0	7	74	12	53	18	1	4	75	1.04
1011279--1011406	65	2.0	65	92	3	213	42	10	18	28	1.83
1032948--1033124	78	2.3	78	83	2	203	29	27	15	27	1.96
1033932--1034054	42	2.9	42	71	4	113	19	26	17	37	1.93
1034112--1034213	41	2.5	40	76	9	98	17	31	17	33	1.94
1034223--1034509	126	2.3	126	83	1	333	18	29	17	34	1.94
1034139--1034832	42	16.5	42	72	9	283	17	30	18	33	1.94
1034314--1034629	126	2.5	126	82	4	361	15	31	19	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1034420--1034786	126	2.9	125	78	4	346	15	31	20	32	1.94
1034598--1034944	126	2.8	126	78	4	306	18	30	18	32	1.95
1034344--1034881	84	6.4	84	73	5	372	15	30	19	34	1.93
1035998--1036626	165	3.8	162	83	6	637	29	10	6	53	1.59
1035998--1036626	330	1.9	326	81	5	768	29	10	6	53	1.59
1035997--1036759	165	4.7	164	78	9	605	31	10	6	52	1.59
1038074--1038835	161	4.7	161	90	2	1079	34	11	12	41	1.80
1044298--1044414	62	1.9	62	96	0	216	39	8	13	38	1.76
1045172--1045196	9	2.8	9	100	0	50	20	0	0	80	0.72
1045739--1045967	72	3.2	72	92	0	386	43	19	6	30	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15