genome.fa.s215.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold215
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2124891

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1473780--1473833	19	2.8	19	88	2	72	29	16	14	38	1.89
1474474--1474610	51	2.7	51	97	0	256	28	18	10	42	1.83
1474434--1474561	20	5.8	20	74	21	105	29	17	11	41	1.85
1489825--1490442	28	21.8	28	84	5	758	29	31	16	22	1.96
1489830--1490442	85	7.2	85	84	4	797	29	30	16	22	1.96
1489830--1490442	113	5.4	112	88	3	879	29	30	16	22	1.96
1496482--1496522	21	2.0	21	85	9	57	21	7	2	68	1.26
1496649--1496691	20	2.1	20	86	4	59	18	6	4	69	1.29
1496649--1496691	21	2.0	22	86	8	63	18	6	4	69	1.29
1496370--1496844	165	2.9	167	83	4	554	32	9	8	50	1.63
1497195--1497227	17	1.9	17	88	11	50	81	0	9	9	0.87
1498109--1498151	23	1.9	22	86	13	61	72	0	0	27	0.85
1499288--1499414	32	3.9	32	80	15	145	30	25	13	30	1.94
1499942--1500015	20	3.8	19	87	8	96	31	14	17	36	1.90
1500044--1500107	33	2.0	32	90	9	103	39	12	14	34	1.83
1503988--1504046	19	3.1	19	85	2	73	38	13	13	33	1.84
1504074--1504135	32	1.9	32	87	9	90	35	12	17	33	1.88
1505127--1505185	22	2.7	22	86	5	75	42	8	22	27	1.82
1508448--1508502	21	2.6	21	85	0	65	18	20	1	60	1.46
1508463--1508506	21	2.1	21	91	0	70	20	18	0	61	1.35
1510364--1510390	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1510459--1510524	20	3.7	20	73	26	83	31	16	18	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1510460--1510539	33	2.4	33	95	0	142	33	16	17	32	1.92
1519257--1519319	33	1.9	33	83	0	81	34	15	20	28	1.94
1520062--1520216	36	4.6	32	76	19	147	32	24	13	29	1.93
1520053--1520216	68	2.4	65	80	14	206	31	25	12	31	1.93
1520096--1520215	36	3.4	36	92	5	194	31	23	13	31	1.93
1520684--1520728	22	2.0	22	95	0	81	44	6	24	24	1.77
1520689--1520755	32	2.1	32	85	0	89	40	5	25	28	1.79
1527955--1528033	13	7.2	12	69	25	59	32	16	15	35	1.90
1527957--1528054	33	3.0	32	87	3	133	34	15	15	34	1.89
1530342--1530387	22	2.3	21	82	17	62	47	0	21	30	1.51
1530342--1530420	21	3.9	20	72	21	58	46	0	20	32	1.51
1530354--1530395	21	2.0	22	85	4	59	52	0	19	28	1.46
1536748--1536803	20	2.8	20	78	8	69	35	17	12	33	1.88
1536743--1536799	19	2.9	19	82	5	69	35	17	12	35	1.87
1536765--1536829	32	2.0	32	84	3	85	40	15	15	29	1.88
1539118--1539344	68	3.4	68	91	1	359	28	27	13	30	1.94
1539118--1539346	36	6.7	36	77	11	234	28	27	13	30	1.94
1539776--1539830	20	2.8	20	94	0	92	34	20	12	32	1.90
1539908--1539932	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1539890--1539953	33	2.0	33	90	3	103	39	17	15	28	1.90
1540049--1540092	22	2.1	21	87	8	63	40	9	4	45	1.56
1544812--1544948	36	4.0	33	72	19	93	28	27	11	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1544790--1544947	67	2.4	68	88	5	234	30	25	12	31	1.93
1544786--1544949	32	4.9	34	77	11	155	29	26	12	31	1.92
1545377--1545430	20	2.7	20	91	5	83	37	20	11	31	1.88
1545618--1545656	19	2.0	20	90	10	62	35	7	7	48	1.61
1546308--1546377	33	2.1	33	91	0	113	44	11	15	28	1.81
1549368--1549397	11	2.6	11	94	5	51	73	0	26	0	0.84
1549380--1549429	23	2.2	22	82	10	57	66	0	26	8	1.19
1549377--1549433	22	2.4	25	86	11	77	64	0	26	8	1.22
1550640--1551020	154	2.5	153	85	4	498	24	19	18	36	1.95
1552017--1552042	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1556125--1556154	15	2.0	15	93	0	51	50	16	20	13	1.78
1556114--1556154	15	2.7	16	81	11	50	46	17	19	17	1.85
1558355--1558394	22	2.0	20	85	14	55	25	20	5	50	1.68
1564284--1564944	46	14.7	46	70	14	271	19	18	16	45	1.86
1564305--1564576	138	2.0	138	84	7	356	18	16	16	48	1.81
1564443--1564642	93	2.2	92	82	5	235	21	20	15	43	1.88
1566865--1566896	17	1.9	16	93	6	55	84	0	9	6	0.78
1567077--1567110	12	2.9	12	91	4	52	2	20	5	70	1.21
1569754--1569778	13	1.9	13	100	0	50	28	16	16	40	1.89
1569765--1569821	19	2.9	19	87	10	80	31	17	17	33	1.93
1569849--1569902	20	2.7	20	91	5	83	31	14	20	33	1.93
1570198--1570573	186	2.0	186	100	0	752	28	11	18	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1577120--1577237	20	6.7	19	67	25	80	26	14	16	43	1.86
1577139--1577199	13	5.2	13	70	22	53	24	14	16	44	1.85
1577120--1577218	33	3.0	33	93	0	171	25	14	16	44	1.85
1577183--1577259	20	3.9	19	81	8	84	29	15	15	38	1.89
1577287--1577340	20	2.7	20	88	5	74	31	9	20	38	1.84
1579723--1579765	15	2.7	16	92	7	70	27	9	9	53	1.63
1579723--1579771	15	3.1	15	83	11	62	28	8	8	55	1.58
1585610--1585699	20	4.5	20	82	0	108	30	15	15	38	1.89
1585610--1585699	40	2.2	40	100	0	180	30	15	15	38	1.89
1585773--1585797	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1585753--1585820	33	2.1	33	91	2	111	35	16	14	33	1.89
1591964--1592002	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1594392--1594441	20	2.5	20	86	0	64	30	16	16	38	1.90
1594515--1594539	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1594495--1594562	33	2.1	33	88	2	102	35	14	14	35	1.87
1595438--1595470	17	2.0	17	88	5	50	21	15	0	63	1.30
1596566--1596608	21	2.0	23	86	9	63	74	0	4	20	1.00
1597978--1598029	20	2.6	20	81	0	68	34	19	7	38	1.80
1602230--1602256	13	2.1	13	100	0	54	44	14	0	40	1.46
1607088--1607112	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
1609049--1609073	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1613898--1613935	17	2.1	18	85	9	51	31	13	18	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1613897--1613964	33	2.1	32	88	2	100	35	14	16	33	1.89
1615553--1615582	9	3.3	9	95	0	51	40	0	33	26	1.57
1622568--1622617	20	2.5	20	86	0	64	30	16	16	38	1.90
1622672--1622709	17	2.1	18	85	9	51	31	13	18	36	1.89
1622671--1622738	33	2.1	32	88	2	100	35	14	16	33	1.89
1623806--1623862	19	2.9	19	86	2	78	35	17	15	31	1.92
1623847--1623873	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1623828--1623890	32	1.9	33	90	3	101	39	14	15	30	1.87
1628646--1628671	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1632785--1632854	30	2.3	30	95	2	122	32	10	20	37	1.85
1637925--1638380	52	9.0	50	80	6	461	33	15	26	24	1.95
1637920--1638380	101	4.5	101	85	3	561	33	15	26	24	1.95
1638396--1638697	28	10.7	29	82	8	329	19	17	31	32	1.95
1638442--1638697	57	4.5	56	83	7	293	19	18	30	31	1.96
1638396--1638697	85	3.6	85	87	4	423	19	17	31	32	1.95
1640162--1640212	19	2.7	19	88	8	70	0	7	7	84	0.78
1640169--1640212	16	2.6	18	89	10	67	0	6	6	86	0.71
1655422--1655475	13	4.5	13	71	21	55	37	18	12	31	1.89
1655519--1655591	20	3.7	19	85	7	76	38	16	15	30	1.89
1657950--1657990	21	1.9	22	85	5	57	48	0	19	31	1.49
1658078--1658108	13	2.4	13	100	0	62	38	16	16	29	1.90
1667612--1667636	13	1.9	13	100	0	50	80	0	20	0	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1672393--1672430	20	1.9	20	94	0	67	44	10	18	26	1.82
1672364--1672530	51	3.3	50	83	5	212	43	14	14	26	1.84
1672569--1672619	20	2.5	20	87	0	75	33	21	11	33	1.90
1674222--1674272	20	2.5	21	77	6	59	41	9	17	31	1.82
1682166--1682231	19	3.8	19	66	22	54	40	19	10	28	1.85
1685614--1685646	17	2.1	16	88	11	50	0	24	0	75	0.80
1689658--1689730	28	2.6	28	82	8	103	32	20	21	24	1.97
1699558--1699718	53	3.1	52	86	7	213	54	4	0	40	1.27
1700914--1701120	97	2.1	97	85	0	279	35	13	23	27	1.92
1702071--1702127	19	2.9	20	84	5	80	31	15	14	38	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16